畠山持国将弟弟畠山持富收作养子。持永的同母兄弟持富之所以不支持持永而支持持国，应该是受到了持国复出的影响。然而文安五年（1448）十一月，持国撤销了这一决定，让他原本计划在石清水八幡宫寺出家的十二岁儿子元服，立他为继承人。文安六年四月，他接受足利义成（后来改名义政，本书此后统称义政）赐名，取名义夏（后改名义就，本书此后统称义就）。宝德二年（1450）畠山义就继承家督之位，并获得了幕府的承认。持富并未对兄长的违约做出反抗，于宝德四年病逝。
细川胜元像。龙安寺（京都府）藏
然而，由于畠山义就母亲的身份过于低微，家臣中反对他继承家督之位的不在少数。享德三年（1454）四月，重臣神保越中守等试图拥立持富之子弥三郎的阴谋曝光。畠山持国令游佐国助等进攻神保宅邸，神保父子战死。椎名、土肥等神保的同谋逃出了京都。（《师乡记》）
对于为何多数家臣背叛持国和义就，有多种说法。过去一般认为神保与游佐两位家臣之间存在争斗。但近年来，新的研究指出背叛的原因是持国的人事安排。畠山持国触怒将军足利义教之际，家臣们抛弃了他，他因此心怀愤恨。所以持国重用的是他败往河内之时跟随他的亲近之臣，这就导致了跟随他很久的畠山家重臣们的反对。将近十五年过去了，足利义教的恐怖政治仍然残留着印记。
足利义政画像。东京国立博物馆藏
话虽如此，事态若就这么发展下去，必将以畠山持国和义就的胜利告终。然而，弥三郎却去寻求细川胜元的帮助。细川胜元觉得这是弱化对手畠山氏的绝好机会，便将弥三郎藏在了自己的家臣矶谷四郎兵卫的宅邸里。弥三郎派的家臣们各自逃出自己的宅邸成为牢人，之后受到了山名宗全的庇护。（《康富记》）由于细川和山名这两位重要大名都支持弥三郎，畠山氏的家臣们也如雪崩一般加入弥三郎派。
当年八月二十一日夜晚，弥三郎派牢人们袭击了畠山持国的宅邸。畠山持国逃往同族畠山义忠的住处，义就则逃到游佐国助那里。二十二日，义就放火烧了游佐宅邸，与游佐国助和隅田左京亮一起逃出京都。二十八日，持国移居建仁寺西来院，表示从此隐居。（《师乡记》《康富记》）
如前所述，此时的将军是足利义政。嘉吉三年（1443），年仅十岁的将军足利义胜病逝，义胜的弟弟三春（八岁）继承将军之位。文安六年（1449，七月二十八日改元宝德）四月，三春以十四岁之龄元服，被任命为征夷大将军。他就是足利义政。
足利义政就任将军之初，由管领代行政务，此后渐渐也开始发挥自己的政治意向。细川氏与山名氏联合之后，畠山持国就与足利义政接近。因此，享德三年（1454）畠山氏家内爆发骚动时，足利义政支持持国和义就，应持国的要求下发了讨伐弥三郎的命令。
但是，足利义政对持国和义就的支持并不彻底。八月二十一日爆发武力冲突时，将军仅仅命令诸位大名守护自己的御所而已。二十八日持国隐居，足利义政与弥三郎会面，认可他继承畠山氏家督之位。此外，他还撤回了讨伐弥三郎的命令。（《师乡记》《康富记》）足利义政倾向于随波逐流，他的优柔寡断让混乱的局势更加不可收拾。
话虽如此，自己支持的畠山义就失败了，足利义政绝非心甘情愿。九月十日，持国从西来院回到自己的宅邸，认可弥三郎继承家督，四日后，足利义政命细川胜元处死了曾经庇护弥三郎的矶谷。（《师乡记》《康富记》）
细川胜元对足利义政的处置不满，向将军递交了管领的辞呈。当时，若考虑门第与政治经验，能担任管领者的，无人出细川胜元之右。慌了神的足利义政亲往胜元宅邸劝其留任。
这样一来，足利义政的矛头就对准山名宗全了。足利义政当时的亲信是赤松氏同族的有马元家，这也影响了他的行动。（《斋藤基恒日记》）此前的赤松满祐讨伐战中，山名宗全立了大功，吞并了赤松氏领地的大半，他就是赤松氏的仇敌。十一月二日，足利义政突然召集诸位大名，命令他们讨伐山名宗全。经细川胜元调停，讨伐中止，宗全将家督之位让与嫡子山名教丰，前往自己的领地但马隐居。（《康富记》）
山名氏世系略图
山名宗全已不在京都，足利义政便把畠山义就叫了回来。义就率五六百骑意气风发地胜利而归。弥三郎失势。（《师乡记》《康富记》）畠山持国于次年，即享德四年三月去世。足利义政这一连串的举动虽然可以说是对细川和山名的反击，但不可否认的是，这让畠山氏的内部纠纷更加复杂了。
畠山弥三郎逃到了大和，这是因为曾经让畠山持国尝到苦头的成身院光宣在那里。由于光宣接收弥三郎，大和再起战乱。享德四年（1455）七月，为讨伐弥三郎，畠山义就入侵大和，弥三郎大败；八月，筒井顺永和箸尾宗信败走，光宣舍弃鬼薗山城躲藏起来，鬼薗山城遭到破坏。（《大乘院寺社杂事记》）于是，越智和古市等义就派又重回舞台。
光宣的没落对于兴福寺而言也是一个危机，不过大乘院寻尊与一乘院教玄联合，强化与幕府的关系，捍卫兴福寺的权益。已经隐居的经觉此刻只能旁观。
这时，细川胜元的动作过于迟钝。因为细川胜元此时的紧要问题是帮助岳父兼盟友的山名宗全获得赦免，若公然支援弥三郎，恐怕会惹得足利义政不悦。
长禄二年（1458）六月，在细川胜元的努力之下，足利义政赦免山名宗全，宗全于八月上京。（《在盛卿记》）但作为他回归政坛的交换条件，山名宗全不得不认可了赤松氏的再兴。宗全最终带着不满接受，他开始对细川胜元产生不信任感。
另一面，畠山义就自称奉将军命令，在南山城、大和扩大自己的势力。从畠山义就的角度来看，这是他对抗细川胜元和弥三郎的自卫措施，但在足利义政眼中就是招致无意义混乱的行为。
长禄三年正月，足利义政的乳母、支持义就的今参局被诛杀，义就面临的局势越发困难了。当年五月，在细川胜元的斡旋下，成身院光宣、筒井顺永和箸尾宗信被赦免。（《大乘院寺社杂事记》）七月，畠山弥三郎也被赦免，但上京之后很快就去世了。光宣于是拥立弥三郎之弟弥二郎（日后的政长）（《大乘院日记目录》），由此成了与畠山氏家督问题密切相关的人，日后也无法脱身了。大和的混乱因为与畠山氏内讧扯上了关系，从此就一天一天地扩大了。