前一章讲到，与大和永享之乱关系最密切的大名就是邻国河内的守护畠山氏。现在这位畠山持国下台了。
嘉吉元年（1441）正月，幕府讨伐关东结城氏朝等叛军（结城之战）。幕府军于前一年七月二十九日起包围了下总结城城（现在茨城县结城市内），却未能找到任何破绽。恼怒的将军足利义教命畠山持国出兵关东，持国却闪烁其词，令将军不快。畠山氏的家臣团对事态深表忧虑，遂请求足利义教罢免持国。足利义教接受了他们的请求，废除了畠山持国的畠山氏家督之位，立他的异母弟持永为家督。持国于是离开京都的宅邸，潜入河内。（《看闻日记》《建内记》）持国的失势原因与经觉完全一样，这确实颇有意思。
嘉吉元年四月十六日，结城城终于陷落。五月四日，结城氏朝等贼寇的首级运抵京都，接受了检查。此后，公家与武家的实权者争相宴请将军，庆祝大捷。六月二十四日，赤松教康把将军请到了自己的宅邸，但这其实是赤松满祐与教康父子的计策。赤松满祐等在自家宅邸内暗杀了将军足利义教，逃回自己控制的播磨国。
二十五日，管领细川持之召集诸位大名，协商善后之策。（《建内记》）会议参加者不明，但山名持丰（日后的山名宗全）、畠山持永、一色教亲和赤松贞村应该参加了。首先，他们决定将足利义教的嫡子千也茶丸立为将军继承人（日后的足利义胜）。不过千也茶丸年仅八岁，政务由管领细川持之代行。
接着各大名决定赦免之前被足利义教驱逐或者受处罚的人（《看闻日记》），但最大争议点是对畠山持国的赦免。持国虽说失势，但在河内仍保持着潜在势力，若置之不理，幕府军西去播磨（讨伐赤松），京都就有危险了。然而畠山持国恢复原有的地位，对于会议参加者畠山持永就不利了。这确实是个挺难处理的问题。
赤松氏世系略图。数字是就任总领的顺序
赦免持国之后如何对待他，根据现存的史料并不完全清楚。但是，还没有做到把跟前的持永废掉，重新让持国做家督这一步。
事实上，持国与持永的父亲畠山满家也曾惹足利义满不高兴，受到过禁闭处分。因此，畠山基国去世后，嫡子畠山满家未能继承家督，而是由畠山满庆来继承。但在应永十五年（1408）足利义满逝去后，满庆向满家退位让贤，此后满庆作为满家的左膀右臂十分活跃。或许大家也期待着持国与持永兄弟能像昔日的满家与满庆兄弟一样实现和解吧。
畠山氏世系略图
然而，一手策划将持国赶下台的持永之母，以及畠山氏家臣游佐勘解由左卫门尉和斋藤因幡入道，向河内持国之处派出刺客。暗杀以失败告终，愤怒的畠山持国率军上京，摆开阵势。
细川持之大吃一惊，派遣使者去询问持国的意图。持国回答说“断无反对幕府之心，亦无杀害兄弟之意”，唯求游佐勘解由左卫门尉和斋藤因幡入道二人切腹谢罪。畠山持永的家臣大半加入了河内持国的阵营，进退维谷的游佐和斋藤于嘉吉元年七月四日拐带持永逃出京都。跟随者仅有五十骑而已。（《建内记》）就这样，畠山持国恢复家督之位，大局已定。
当月十四日，越智维通的遗子春童丸（后来的越智家荣）暴动了。依据幕府的命令，越智氏的家督由同族楢原氏继承，春童丸撕破这一决议，夺取家督之位。这一行动是与畠山持国合谋的结果。（《大乘院日记目录》）
亲眼见到被足利义教处罚的人纷纷复出，经觉也活动起来。十月二日，经觉从幽禁地宝寿寺出发上京，请求再任大乘院门主。幕府虽然允准他移住奈良近郊的己心寺，但拒绝让他重新担任门主。（《大乘院日记目录》）
当月八日，经觉以“隐居”的身份移住己心寺，但他并不满足。十一月十五日，经觉率领越智以下国民开进禅定院（平家火烧南都之后，大乘院门主以禅定院为居住地），强行夺回门主之位。
对此事，万里小路时房批判道：“如果经觉向幕府申请‘把年少的寻尊当自己的弟子一样养育’，问题本可以圆满解决。现在依靠武力，颠覆幕府的决定，看来是智者千虑，必有一失。”（《建内记》）然而，这只是不知情的评论家的意见罢了。正因为经觉清楚，依靠一般的手段无法拿回门主之位，所以才动用武力。
可是，武力也会带来副作用。经觉并没有自己固有的军事力量，于是借助了同被足利义教迫害的越智的力量。失势之前的经觉在众徒和国民相争时，不曾格外关照任何一方特定势力，从不曾跳出调停者的立场。但是，此番利用越智一派的军事力量，就等于打上了亲越智、反筒井的旗帜。经觉闯入纷争的旋涡中，大和的政治局势自此进入了全新的阶段。
另一方面，大和永享之乱的胜者筒井氏发生了内乱。筒井氏的总领是成身院光宣所拥立的筒井顺弘（光宣之兄），他对自己只是光宣的傀儡感到不满，遂与光宣对立。然而在嘉吉元年（1441）十月五日，顺弘败于光宣，逃到了亲戚立野氏那里去。（《大乘院日记目录》）
对于幕府而言，筒井氏是大和最值得信赖的武士。为了大和的局势恢复安定，幕府希望早日解决筒井的内乱。幕府既没有选择顺弘，也没有选择光宣，而是选中了第三人。这个人是顺弘、光宣的弟弟，当时是京都相国寺的僧侣。十月八日，幕府立他为筒井氏的总领，任命其为官符众徒。他就是筒井顺永。光宣虽对此不满，但为了与顺弘对抗，便认可顺永继承家督之位。（《大乘院日记目录》）
经觉以及越智、古市等反筒井势力一看机会来了，便对筒井氏施加压力。在兵库津以南与淀川有五处关卡，称为“河上五关”（兵库、神崎、渡边、禁野、淀），通关费的收入归兴福寺所有，但因为幕府任命筒井氏为河上五关的管理代官，通关费收入的大部分流入了筒井氏的腰包。这时候，担任代官的是成身院光宣，经觉以其未向兴福寺交纳收入为由，要求幕府解除光宣的职务。但是嘉吉二年十一月一日，光宣率手下的亲兵占领了南都七大寺（兴福寺、大安寺、药师寺、西大寺、法隆寺、法华寺、清水寺），经觉不得不向光宣归还代官一职。
然而，筒井顺弘也对五关代官的职位垂涎欲滴。顺弘与立野一族一道，准备进攻光宣所在的弥勒院；但在十一月十一日，顺永和光宣反而向顺弘据守的眉间寺（现在奈良市法莲町的东大寺下属寺院，位于奈良町以北的玄关位置）发起了攻击。顺弘等人败走，南山城（现在京都府南部）的木津父子和狛下司（狛野庄下司狛氏）因未能等到顺弘等人的救援，在般若寺坂（从木津经般若寺去东大寺北面的坡道）战死。光宣一方的山村（古市氏一族）和郡山辰巳等战死。
此后，山边郡丰田赖英作为顺弘一方北上，以钳住岩井川之势与光宣军交战不敌，被迫退去。取得胜利之后，光宣继续担任代官，并处罚了兴福寺内七名顺弘派成员。
次年，即嘉吉三年正月，筒井顺弘在越智氏的帮助下进入筒井城。光宣与顺永躲藏起来。但次月，顺弘遭到同族和家臣们的背叛，惨遭杀害。这可能是光宣的计谋。于是光宣和顺永回到了筒井城。（《大乘院日记目录》）
如此，筒井顺永和成身院光宣结束了筒井氏的分裂，对他们而言，真正的敌人就是统率反筒井势力的经觉了。
嘉吉三年（1443）六月，经觉上京晋见将军足利义胜。经觉复任大乘院门主一事得到了正式承认。（《经觉私要钞》）
曾试图从成身院光宣手中抢夺代官一职却惨遭放逐的顺弘派“七人团”，投靠了丰田赖英。当年九月，丰田赖英与古市胤仙等合作进攻奈良。经激烈战斗，奈良町陷入火海，光宣逃往筒井城。此后光宣转移到河内。经觉把筒井氏庶子、与顺永处于对立状态的筒井实顺送进了筒井城。
曾被光宣的威势制伏的兴福寺学侣、六方众，见到丰田等人得胜，便弹劾光宣，没收了其五关代官之职。经觉任命小泉重弘、丰田赖英和古市胤仙为官符众徒的首领，命他们取代筒井顺永，维持奈良治安。
事实上，这样一系列动作的背后，有接替细川持之担任管领的畠山持国的支持。（《大乘院日记目录》）持国曾被足利义教镇压，在足利义教死于非命之后复出，他对和自己境遇相似的经觉抱有亲近感。畠山持国是经觉等反筒井势力的积极后援。
次年，即嘉吉四年（二月五日改元文安）正月，传言说光宣将会发动反击，十九日，丰田赖英和古市胤仙向经觉请求：“为守护兴福寺，应在鬼薗山筑城。” 鬼薗山就是现在奈良宾馆所在的丘陵。对此经觉回复说：“筑城确为必要，但鬼薗山的位置在禅定院头顶上，希望能在别处筑城。”（《经觉私要钞》）简言之，经觉不愿意处于被鬼薗山俯视的位置，这就等于是在窥伺经觉作为大乘院门主的自尊心。
当月二十一日，筒井顺永、成身院光宣与筒井实顺交战，因家臣背叛，实顺战败切腹而死。于是，光宣顺利夺回了筒井城。（《建内记》《经觉私要钞》）
经觉焦急万分，在幕府的催促下发处罚纶旨，经觉此前就已申请，这次终于拿到。（《大乘院日记目录》《建内记》《经觉私要钞》）所谓处罚纶旨，就是由天皇发布的讨伐命令，处罚光宣的纶旨发布，等于说光宣成为朝敌，被视为乱臣贼子。
得势的经觉于是命令众徒与国民共十六人进攻筒井城。不仅如此，大乘院的北面（大乘院门主的护卫）也加入了战斗。然而二月二十六日，越智春童丸和小泉重弘等反筒井联军大败，古市与丰田也撤回自己的城池。（《大乘院日记目录》《经觉私要钞》）
如此，光宣攻入南都已无可避免。经觉担心光宣报复，于是决定躲起来。当月二十八日拂晓，经觉乘轿子逃往京都。因为担心筒井一方袭击，他让加入北面的奈良武士护卫他前去。经觉最终抵达京都西郊的嵯峨教法院，这里是经觉亲属的住处，很适合躲藏。（《经觉私要钞》）
之后，反筒井势力卷土重来，经觉于四月十九日重返禅定院。六月，经觉终于决定在鬼薗山筑城。他招募奈良民夫数千人，构筑了经觉的阵屋（住地）、六方众的阵屋，以及小泉重弘、丰田赖英和古市胤仙的阵屋，各自储存了粮食，准备了水桶。八月十日，经觉移住鬼薗山城，严阵以待。
次年，即文安二年（1445）三月，细川胜元取代畠山持国就任管领，幕府于是失去了讨伐光宣的兴趣。当年九月，反筒井联军被筒井一方击败。经觉为不被筒井一方利用，放火烧了鬼薗山城，向奈良南部遥远的葛上郡安位寺逃去。并且，经觉孜孜不倦记录下的日记也大半被烧毁。（《经觉私要钞》）因此很遗憾，《经觉私要钞》文安以前的记录几乎都没有留存下来。
成身院光宣再度在鬼薗山筑城，并以此为据点。筒井顺永再度成为官符众徒的首领，光宣则重新就任五关的管理代官。处罚纶旨也被取消，反而下达了赦免纶旨。（《大乘院日记目录》）
鬼薗山山脚下的禅定院运气不错，未被烧毁。在成就院躲避战火的寻尊得以返回禅定院。寻尊曾被经觉夺去门主之位，如今总算如己所愿，重新回到了掌控大乘院的位置。当时的寻尊年仅十六岁，正与经觉就任大乘院门主时同龄。
话虽如此，寻尊也有担心的事情。与此前的历任大乘院门主不同，寻尊并未接受过前任门主手把手关于知识和仪程的教导。寻尊与经觉的关系十分疏远，甚至连阅览经觉的日记《经觉私要钞》也不被允许。安田次郎认为，寻尊之所以要记录一部从未见过的详细日记——《大乘院寺社杂事记》，其原因正在于此。换言之，他要为自己，也为后人，写作一部具有参考价值的记录。
此后，筒井派与反筒井派仍旧争斗不断，但筒井的霸权一直未动摇。文安四年四月，接受古市胤仙的邀请，经觉进入奈良南部近郊的迎福寺。（《经觉私要钞》）筒井一方大为紧张，但经觉并没有能够颠覆以寻尊、光宣为核心的兴福寺新体制的能力。
享德二年（1453）六月，反筒井派的中坚古市胤仙病逝。以此为契机，两派趋向和解，享德三年十二月经觉与光宣会面了。（《大乘院日记目录》）
这样，看起来大和将迎来和平，但新的火种又在渐渐萌芽——畠山氏分裂了。