咸丰三年（1853年）正月初二，太平军启程了，这次他们的目的地是南京。
这次，他们也学乖了，再也不敢全军都乘坐在民用船里。作为天王，洪秀全坐在舒适的大船里。杨秀清、韦昌辉、石达开、秦日纲等人则率领水师拱卫，保证不会再被偷袭。当时，船分为两种，一种是民用船，一种是战船。杨秀清等人指挥的就是战船，战船有作战功能，不会被偷袭。
为了保险起见，林凤祥、胡以晃、李开芳等人还率领着步兵在岸上走，蓑衣渡的悲剧不会再重复了。悲催的是清军，没人敢惹这么一支庞大的队伍，沿途的清军都不超过几千人，太平军一人一口唾沫就能淹死他们。
消息传到京城，咸丰气得差点翘辫子，立即将钦差大臣徐广缙逮捕入狱，提升向荣为钦差大臣，专门负责湖南和湖北的军务。咸丰还任命两江总督陆建瀛为钦差大臣，负责江苏和安徽的防守重任。此外，咸丰又任命了河南巡抚琦善为钦差大臣，驻守湖北和河南。
咸丰用钦差大臣的数目表明他很重视，也很生气，希望这些钦差大臣们给点力。咸丰心想，只要你们人人给点力，帝国就无虞了。
向荣很想给力，他在九江纠集重兵，准备和清军在这里大干一场。在到达九江之前，太平军畅行无阻。钦差大臣陆建瀛整天神经紧张，收到向荣的消息后，赶紧下令全军撤到九江。在九江时，陆建瀛整天焦躁不安，要是向荣没能及时赶来怎么办啊？
陆建瀛下令全军必须日夜巡逻，切不可有丝毫疏忽，结果全军上下的神经都绷得紧紧的。有一天夜里，陆建瀛实在睡不着，半夜起来出去巡视，没想到巡夜的士兵居然把他当成贼，狠狠地揍了他一顿。这个钦差大臣当得太窝囊，陆建瀛还不能责怪那个士兵，反而夸奖他敬业。可想而知，当时清军压力之大。
陆建瀛后来实在受不了，心想，要是向荣没有及时赶到，我这老身子骨就要送给长毛了。九江这地方太危险了，陆建瀛越想越怕，撤到彭泽。到了彭泽后，他还是觉得很危险，居然连夜乘坐小船跑到南京，留着将领们守城。
巡抚张芾看钦差大臣跑了，心里也着慌。张芾素来怕死，干脆带着全军将士一起逃命。向荣果然没有如期到达九江，太平军来时，发现这里空空荡荡，大家一路引吭高歌经过九江，很快就到达军事重镇安庆。安庆总兵王鹏飞知道大势已去，自己如果抵抗，肯定是全军覆灭，干脆带着大家一路狂奔，狂奔没有目的地，离太平军越远越好。
安庆的战略位置非常重要，它有长江作为天险，是太平天国一个重要的屏障，如果能把安庆搞好，南京城的安全就能得到巩固。后来，曾国藩把安庆比作是太平天国的七寸，不惜巨大代价拿下安庆，最终撬翻太平天国。但太平天国的领导人却没一个意识到安庆的重要性，别说是不学无术的洪秀全，就是脚踏实地的杨秀清也没看到这点，这件事充分说明了多读点书多长点见识是有好处的。
杨秀清到了安庆后，根本没想到好好经营这个战略要地，还是老一套，疯狂扩军，将钱财席卷一空。
太平军离开安庆后，部众已经扩大到七十万人了。
镇江、瓜州、扬州、南京全都暴露在太平军的刀锋之下。太平军一旦控制了镇江和瓜州，等于是控制了南北漕运的咽喉，清廷危矣。没有南方粮草和银钱的供应，在曾国藩和左宗棠还没有脱颖而出的时候，要想击败蝗虫一样的太平军简直是不敢想象的事情。
咸丰也很焦急，提拔周天爵为安徽巡抚，负责在安徽剿匪。这个周天爵我们已经见识过了，完全是一个大内密探零零发，他极有搞笑天赋，但现实不是电影，搞笑是搞不垮敌人的。这次，周天爵又对咸丰说：“太平军非常骁勇善战，要想打败他们是不可能的，只有一种办法。”
“什么办法？”咸丰问。
“下毒，”周天爵表情深沉地说，“皇上，您只要给我三十万斤的烂肠草，我保证让洪秀全和杨秀清不战自溃。”
咸丰还真相信了，立即下旨让两广总督叶名琛收集三十万斤的烂肠草。据说，石达开曾经让士兵们收集了几万斤烂肠草卖给叶名琛，再用这些钱买回了不少大炮火枪。
周天爵搞笑过头了，最后自己辞去军务，推说自己年纪大了。咸丰于是紧急召见军机大臣，问他们怎么办。经过一番商议和争吵，最后制定了一个战略：南京将军祥厚主持这次防守，江苏巡抚杨文定镇守镇江，漕运总督杨殿邦镇守瓜州，向荣带兵到南京救援，琦善带兵支援瓜州，江忠源和邓绍良带兵救援南京。
清廷高层的想法是在南京城下一举歼灭太平军的主力。但向荣和琦善却违背圣旨，迟迟不肯出兵。曾国荃后来评价说：“先到先败，后到后败，同到同败，不到不败。”江南总共兵力才几万人，太平天国却有七十万之众，能够作战的至少也有十万人。军机大臣们纸上谈兵不需任何代价，只不过浪费点口水，但前方将士却要因为这些口水而送命。自古就有将在外军令有所不受的说法，所以他们的做法也是可以理解的。
一月二十八日，李开芳的部队抵达南京城外，从武汉到南京只用了一个月的时间，一路上基本上没遇到像样的抵抗。
李开芳到了南京城外后，终于遇到了一次像样的抵抗。这支抵抗的力量并不是来自清军，而是一个叫张炳垣的读书人纠集的几百乡勇。令人称奇的是，这帮乡勇连武器都没有，拿起扁担充当武器。还别说，他们打得有模有样，因为是巷战，太平军不熟悉地形，被他们打得晕头转向。
陆建瀛在城楼上看呆了，他不理解怎么会发生这种事情，几百个乡勇对付太平军上万人，怎么可能？这仗打得起来吗？
乡勇们一下子打出了自信，加入团练的越来越多，大家纷纷请求总督陆建瀛支援，贡献些武器。陆建瀛本是个神经很容易紧张的人，他认为这帮乡勇是太平军的内奸，故意做做样子引诱自己开城。陆建瀛不但不给乡勇们武器，反而下令向乡勇们开炮，炸死了几百个乡勇。乡勇们彻底寒心了，纷纷逃走。
陆建瀛非常黑，他杀死乡勇后，还上报说击杀了大量的太平军。咸丰一听他立功了，表扬一番，陆建瀛把这些钱全部挪入自己的家中。
不久，林凤祥的精锐部队和李开芳会师，太平军意气风发，而城内的守军却心惊胆战，个个像缩头乌龟一样躲在城楼上。
太平军先不急着攻城，而是把大炮先运到城下。李开芳大旗一挥，数十门大炮朝城楼轰去。城里许多建筑被轰塌，看这架势，陆建瀛又想逃命。儒生张炳垣这时候派上用场了，他建议陆建瀛，用牛皮泡水后包裹藤盾，再蒙上一层渔网，盖在城楼上就可以抵挡炮火。陆建瀛将信将疑，到了这节骨眼上，也只能死马当活马医了，权且当做是一个偏方吧！
没想到这偏方真的很管用，陆建瀛此时心理上完全处于依赖状态，他觉得张炳垣这个人太神奇了。只要有他在，南京城定然金枪不倒，这么一想，便不再作逃跑的打算。
别说张炳垣不是诸葛亮，就算他真是诸葛亮也不管用。各地援兵都没赶到，南京城已经是一座孤城了。而且攻城的林凤祥是个有勇有谋之人，无论白昼黑夜，太平军的大炮持续不断地轰击着南京城，城内的守军无不心惊胆战。一到晚上，林凤祥就将士兵分成很多小队，假装要攻击，搞得清军人心惶惶，夜不能寐。
与此同时，南京城内部也不消停，城内的天地会教众也伺机搞破坏。到了这地步，陆建瀛已是草木皆兵，南京城已经没有不破的道理了。就算不会被攻破，陆建瀛也会精神崩溃。
杨秀清到了前线之后，下令在静海寺、天后宫等地方挖掘地道，准备实施爆破攻城的计划。张炳垣发现之后，建议陆建瀛在入城口修建地堡，在城中主干道两旁设置炮台，只要太平军挖地道就轰击。不知道为什么陆建瀛拒绝了他，想是这些天被吓坏了，不再相信张炳垣。
二月十日，一声巨响，狮子山上的那块城墙轰然倒塌，接着太平军又用大炮猛烈轰击缺口。狮子山那块的城墙全部倒塌，太平军蜂拥入城，陆建瀛正准备逃跑，不想在街上被逮了个正着，当场被杀。如果以为到这里战事结束了，我们就大错了。汉兵们一哄而散，因为之前杨秀清颁布过命令，凡是投降的可以不杀，所以大家还是保命要紧。
但南京城内驻扎着一支八旗军队，八旗军队是没有特赦权的，不论投降还是血战，都是个死。置之死地而后生，八旗兵和城里的乡勇联手，居然把攻入城内的太平军全部歼灭。许多和尚也加入了这场战斗，因为太平军从武昌到南京的途中杀了不少的和尚，理由是这些和尚相信佛祖不相信上帝。
李开芳亲自率领大部队进城，才控制局面，将八旗兵击退到城中之城中。南京城内也有很多的小城，这些旗人拼了命也要跟太平军战斗到底。洪秀全这是自己给自己找麻烦，如果改变一下政策，规定投降的人一概不追究，说不定这些八旗兵立即会缴械投降。
现在剩下的就是血战了，杨秀清亲自指挥攻城，连攻三次都没有攻下来，徒留下几千具尸体。杨秀清终归是杨秀清，他心想你们就这么点人，还能死扛到底啊，我先用车轮战把你们搞得精疲力竭再说。不少八旗兵在杨秀清的车轮战术下居然活活累死，看到八旗兵精疲力竭，杨秀清忽然下一道命令：投降的旗人可以免死。
杨秀清太阴险了，他这道命令一下，等于是给旗人们浇了一瓢冷水，斗志大减。目的达到了，杨秀清命令太平军全力攻城，终于拿下最后的钉子。将军祥厚自杀殉国。城破之后，洪秀全下了一道非常无耻的命令，下令全城捕杀旗人。先前杨秀清已经答应了投降不杀，现在洪秀全又下这样的命令，虽然说兵不厌诈，但这么做确实太卑鄙了。
我们不知道杨秀清对此的反应，估计也是听之任之的态度。
两万旗人全部被杀，无一幸免。
南京陷落，全国震惊。