顺治十四年正月十五日，顺治皇帝颁布谕旨，宣布废除科举中投拜门生的陋习。
顺治为什么要颁布这项谕旨呢？说来，跟一场科场舞弊案有关系。
这一年，天灾人祸特别多，四川一带频发地震。京城北京好几个月都没有降雨，旱情非常严重。封建时代，皇帝自称为天的儿子，天灾意味着老天对你的统治不满。顺治是一个好皇帝，面对天灾，第一反应就是自我检讨。除此之外，顺治还命大臣们，对于监狱里的犯人一定要认真审理，不要出现冤假错案。
顺治的这些做法并没有减少灾情，相反，灾情越来越严重。六月，杭州、嘉定、湖州、南京、绍兴等南方城市遭到了特大暴雨袭击，无数城郭被毁，不少人畜在大洪水中淹死。不久，江南的一些城池也遭遇了暴雨。九月份，北京又发生了地震。
老天突然之间降下了这么多灾难，让顺治帝非常惊慌：是不是我什么地方做错了？
然而，这还只是天灾，这一年，人祸也不少。
十月二十五日，顺天科场舞弊案被人揭发。
顺天乡试考场，有乡试生员四千人，贡监生一千七百多人，录取名额只有二百零六人。在当时人眼里，这个录取比例是非常低的。可能，我们现在的许多公务员考生会说：“这些人真是身在福中不知福啊！”
这次乡试的主考官是曹本荣、宋之绳等人。僧多粥少，很多人就想到了走后门，现在走后门是司空见惯的事情，但当时还没那么普及。顺治帝也没有完全适应走后门这种习俗，所以才有震怒的感觉。结果，有钱有地位的人大肆送礼，趁机结交一些官场要人。
榜单出来之后，大家一看，明白了：潜规则。高干子弟必中，富家子次之，穷人极少，或者干脆没有。榜单发布之后，一片哗然。许多考生不服，纷纷“上访”。
这事传到顺治耳朵里，令他勃然大怒，要求吏部和都察院对此事追查到底。顺治帝当时发出了这样的呼声：“若不重加惩治，如何惩戒将来？”
案子一查，揪出了一大堆。一些证据确凿的行贿学生立即享受到斩首的待遇，而且家产籍没，家人被发配到边远地区。
几个主考官先放在一边，待会儿再审。这个科场案非常不公平的是，顺治并没有将考官斩首，只是降级处分。这是不公平的，但是他解决问题的态度还是值得肯定的。顺治亲自主持复试，由此可见他对教育的重视，最终顺治选择了一批有真才实学的人。
顺天科场案刚刚平息，又出现了江南科场舞弊案。
顺治十四年十一月二十五日，江南科场案被人捅了出来。江南科场案作弊者更多，榜单公布后考生一片哗然。主考官离开之时，一些考生跟在后面大骂，甚至有人向主考官扔石头。许多学子写诗讽刺主考官方犹和钱开宗，有的才子不惜撰写传奇，揭露考场内幕，这些诗文很快就流传到京城，惊动了顺治皇帝。
工科给事中阴应节上奏：“江南考场上，舞弊太多，发榜后士卒愤愤不平，不少人在文庙前哭泣，有的还殴打考官，议论纷纷……”
顺治帝立即将考官方犹和钱开宗革职，押到京城审问。对于江南的举人，顺治帝亲自在西苑瀛台主持复试。在复试中有十四个文理不通者被革去举人，在这些文理不通者中，居然有著名诗人吴兆骞。吴兆骞绝对是一个才子，他通过乡试确实是凭着真才实学。那为什么顺治帝认为他文理不通呢？说来，也是这个才子心理素质不行，在皇帝面前他非常紧张，发挥失常，连话都说不清楚，自然文理不通了。
心理素质不好常常会吃闷亏，吴兆骞因为发挥失常，顺治帝误认为他是通过作弊过关的，将他流放到宁古塔。直到康熙二十年，在纳兰性德的平反下，吴兆骞才被赦免，重新回到京城。
顺治帝对江南科场案进行了严厉的查处，主考官方犹、钱开宗斩立决，其他十五名考官也被处以绞刑，家产充公，妻子儿女没入官。一些作弊的举人被重打四十大板，没收家产，并和家人一起流放到宁古塔。
顺治对科场案非常重视，这在今天看来是无法理解的，现在考试作弊实在是太普遍了，大家已经见怪不怪了。重视科举制度的公平性，不光是维护皇权，也是维护广大下层人民的利益。一旦科举腐败，草根阶层想要向上流通实在太难了。顺治的处罚虽然重了点，但他的做法无疑是深得人心的。
顺治非常明白，科举关系到吏治，而吏治决定国家的兴亡。基于这样一种思想，顺治多次借科场作弊案告诫文武百官，一定不要徇私舞弊，否则有损国家。为了确保科场的公平性，顺治多次修改科场条例。
尽管顺治一厢情愿要杜绝科场舞弊，但是面对利益的诱惑，严刑峻法从来都是无力的。科场黑暗一直伴随着清朝的灭亡。