中华民国临时政府北迁后，依据《临时约法》规定，由总统制改为责任内阁制。国家的政治体制并没有发生根本变化，但人员结构却有重大调整。原来在政府中起主导作用的、以孙中山为首的同盟会员，被以袁世凯为首的北洋军人和官僚所代替。凭借北洋军的实力掌握中央政权，他们改变了南京临时政府的民主施政方针，在解决重大政治难题时，常常直接以军队为工具，镇压人民，排除异己，实行军事独裁统治，以维护封建地主阶级和大资产阶级的利益。但是，北京临时政府开始还不是北洋派独占的政府，同盟会在中央和地方都有不容忽视的政治和军事力量。除总统府由袁世凯直接控制外，唐绍仪内阁阁员大致是北洋派和同盟会平分秋色，宋教仁、蔡元培等同盟会员参加了政府工作。在北迁后的参议院，同盟会仍占优势。所以这是一个以北洋派占主导地位的联合政府，这个政府的不稳定性是十分明显的。
由于临时政府的存在，封建专制势力的政治思想统治已不可能像前清那样严密，而有了某些松动。民国元、二年间，全国出现了上百个党会团体，其中有政治纲领并企图竞争政权的就有三十多个。同盟会是最激进、最庞大的政党。1912年8月，它联合四个小党改组为国民党。这个党虽然有少数人关注议会以外的斗争和保存地方实力，但绝大多数领导人都试图通过议会选举袁世凯为临时大总统。
袁世凯为了清除革命势力，独揽统治权，他逼迫主张调和南北矛盾的唐绍仪辞职，换上心腹赵秉钧。接着派人暗杀了国民党领导人宋教仁，镇压了孙中山发动的二次革命，使资产阶级推行政党政治的计划破产。孙中山、黄兴被迫逃亡国外，继续坚持反袁斗争。袁世凯还联合梁启超、汤化龙等组织进步党，与由同盟会改组的国民党对抗。1913年10月袁动员军警强迫国会选举他为正式大总统，接着便下令解散国会，另行组织政治会议、约法会议和参政院等机构。这些机构的基础不是人民，而是官僚，议员均由政府指定，选举只是形式。它们是此后民国史上一切类似机构的滥觞。1914年5月，袁世凯废除南京临时政府颁布的《临时约法》，公布了《中华民国约法》，改内阁制为总统制，成立政事堂和陆海军大元帅统率办事处，集军政大权于一身。第一次世界大战爆发后，欧美列强无暇东顾，日本大隈内阁乘机向袁世凯提出企图独占中国的“二十一条”。经过五个月的交涉，1915年5月袁世凯承认了“二十一条”的大部分条款，希图以此换取日本政府对其帝制自为计划的支持。同年12月，袁世凯公然称帝，改称中华帝国，以“洪宪”为年号。袁世凯的倒行逆施，激起社会各阶层的愤怒，全国群起而攻之。蔡锷奉梁启超之命，潜赴云南，组织护国军，首先发难。贵州、广西、广东、浙江、湖南、四川先后宣布独立。北洋派也酝酿倒袁。袁世凯于1916年3月22日被迫宣布取消帝制，恢复中华民国，6月6日忧惧而死。
袁死后，黎元洪继任大总统，冯国璋为副总统。段祺瑞为国务总理，握政府实权，极力主张对德国宣战。1917年，坚决反对参战的黎元洪解除了段的总理职务。段策动北洋派军人宣布独立。驻扎徐州的张勋乘机率兵进入北京，于7月1日拥清废帝溥仪复辟，改民国六年为宣统九年。在天津进行幕后策划的段祺瑞，立即组织讨逆军，攻入北京。于7月12日赶走张勋，重掌北洋政府大权，迎冯国璋代理大总统，并于8月14日对德宣战。段以“再造共和”自居，拒绝恢复《临时约法》和国会，1918年2月纠集官僚政客组成新国会（安福国会），选举徐世昌为大总统。
为恢复《临时约法》及国会，孙中山发动护法运动。他率领宣布脱离北洋政府的海军于1917年7月由上海到广州，联合两广、云贵地方实力派，召开国会非常会议，于9月组成中华民国军政府。孙中山任海陆军大元帅，云南督军唐继尧和两广巡按使陆荣廷为元帅。护法政府拟由湖南进军北伐。段祺瑞为了实现武力统一，于10月派兵进入湖南，陆荣廷等为了和北洋军妥协，操纵非常国会于1918年5月改组并控制了军政府，迫使孙中山辞去大元帅，离粤赴沪。
袁世凯死后，北洋集团失去统帅，内部权利之争日趋激烈，逐渐形成皖、直、奉三大系，以段祺瑞为首的皖系虽然把持中央政权，从日本得到大量借款，编练参战军，显示出比较雄厚的实力，但他没有能力控制整个北洋派，追随段的地方实力派只有安徽、山东、浙江、福建等省。以冯国璋为首的直系，主要在直隶及长江中下游地区（包括江苏、江西、湖北），这一地区是英国的势力范围，直系得到英、美的支持。1919年冯国璋病死，曹锟和吴佩孚继承了首领地位。奉系首领张作霖则割据奉天、吉林、黑龙江三省。在南方则有唐继尧为首的滇系军阀和陆荣廷为首的桂系军阀。此外，还有许多割据一省或一地的小军阀。除南北之间长期对峙的冲突外，军阀内部为争夺政权或扩大地盘而连年混战。为争夺中央政府控制权的大规模战争主要有三次。第一次是1920年7月发生的直皖战争。1918年段祺瑞对南方用兵，推行武力统一政策，加剧了直皖两系的对立，使双方矛盾公开化。段企图利用直系军队进攻湖南，坐收渔利。而攻入衡阳的吴佩孚则暗中与南方桂系首领陆荣廷谈判。1918年8月通电主和，指责皖系亲日卖国。次年秋，鉴于皖系扩军备战，直系遂联络奉系组织八省同盟。陆荣廷等也决定“联直倒皖”，秘密向吴佩孚提供物资，促其北撤。1920年5月吴自衡阳领兵北上，直达保定。1920年7月，段祺瑞组成“安国军”与直系军在直隶北部兵戎相见。奉军入关助直，皖军一败涂地。直奉两系控制了北京政府。直鲁豫巡阅使曹锟坐镇保定，以胜利者自居，俨然成为北京政府的太上皇。对此，张作霖不甘心，双方为争夺地盘和北京政府的支配权，很快产生了矛盾。1922年发生了第一次直奉战争，这次战争，是以亲直的靳云鹏内阁倒台，亲奉的梁士诒组阁为导火线。吴佩孚指斥梁士诒亲日卖国，矛头指向奉系。张作霖指挥奉军入关，双方在京津和京汉两铁路线展开激战，后因奉军一部倒戈，全线崩溃，张作霖败退关外，宣布东北“自治”。与此同时，两广发生粤桂战争。滇、黔、川地方军阀出现内讧，谁也不再打“护法”的旗帜。南北政治对峙虽然存在，但南与南战，北与北战，南北都失去了统一全国的力量。此时联省自治的政治思潮应运而生。湖南军阀首先挂起自治的招牌，制定省宪法，希图自保的地方军阀如云南、四川、贵州纷纷效尤。控制北洋政府的直系军阀则依恃其庞大的军队，高唱“武力统一”和中央集权。
直系战胜奉系后，独占北京政权。它先打着“恢复法统”的旗号，推黎元洪复任总统，把徐世昌赶下台；接着便高价收买国会议员，操纵选举，于1923年10月抬出贿选大总统曹锟。这次“选举”使国会声名狼藉，议员被称为猪仔。从此在人们的心目中，国会彻底破产，曹、吴派兵南征北讨，军阀混战更加剧烈。
曹锟贿选后，全国各阶层代表人物纷纷表示反对，北方政局也发生变化。浙江督军卢永祥通电断绝与北京政府往来，浙、沪一带成为反直的中心。卢永祥和奉天的张作霖及广东的孙中山建立了联系，形成反直三角同盟。吴佩孚派孙传芳进入福建，又支持江苏督军齐燮元，以威胁卢永祥。1924年9月3日发生齐卢战争（又称江浙战争），10月15日卢永祥战败。齐卢战争爆发时，张作霖趁势率十七万奉军攻入关内。曹锟任命吴佩孚为“讨逆军总司令”。吴统率二十五万直军迎战，于是爆发了第二次直奉战争。10月中旬正当两军在山海关激战时，与吴佩孚素有矛盾的直军第三军总司令冯玉祥从热河回师，发动政变，软禁曹锟，吴佩孚在山海关一带被奉军战败，率残部自塘沽仓皇南逃。11月，张作霖、冯玉祥推戴段祺瑞为“中华民国临时执政”。奉系重新控制北京政权后，势力扩张到河北、山东、安徽、江苏等省及上海，与地方军阀产生矛盾。军阀间的混战状态仍然没有结束。