在第二次鸦片战争之前，太平天国农民战争已在中国南半部爆发。它是18世纪以来严重的社会和政治问题的产物。
建立政权
太平天国领袖洪秀全是广东花县（今广东广州花都区）人，出身农家，在科举考试落榜之后，接触到西方的传教书籍，逐渐离开传统的儒家信仰，接受了基督教的一些思想，劝人信拜上帝。他与冯云山深入广西桂平紫荆山区传教，在贫苦人民中获得了大批信徒。洪秀全创作了一系列宗教作品，揭露现实的黑暗，宣传平等的理想，提出“斩邪留正”，号召农民起来反对清朝封建统治。信奉的群众越来越多，和地主阶级的团练武装发生激烈冲突。拜上帝会发展成一支强大的力量，形成了以洪秀全、杨秀清、冯云山、萧朝贵、韦昌辉、石达开为首的领导核心。道光三十年十二月初十（1851年1月11日，洪秀全的诞辰），拜上帝会起义于清朝统治相对薄弱的广西金田，建号太平天国。后与清军在紫荆山区鏖战九个月，北上攻克永安州，出广西，入湖南，队伍日益扩大；又获得大批船只，建立水师，提高了行军速度，进入湖北，攻克武昌，顺长江东下，破九江、安庆。咸丰三年（1853）攻克南京，定都于此，改名为天京。
太平天国定都天京后，建立各级政权，颁布规章制度，制定军法，申明纪律。《天朝田亩制度》规定废除土地私有制，将土地平均分配给群众耕种，建立农村公社式的社会基层组织，以达到农民理想中的“有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使，无处不均匀，无人不饱暖”的社会。这种绝对平均主义是不可能实现的空想，太平天国以后也没有采取过分配土地的措施。但《天朝田亩制度》的提出，反映了世世代代农民对土地的强烈渴求，并在一定时期内起到了吸引广大农民参加斗争的作用。
北伐与西征
太平天国的胜利进军使清王朝陷入极度的惊慌恐惧之中，清将向荣、琦善分别组成江南大营和江北大营，在天京附近驻扎和窥伺。但腐败的八旗、绿营、募勇都不足以构成太平天国的重大威胁，太平军在天京站稳脚跟后，继续发动攻势，分兵北伐和西征。
北伐军由李开芳、林凤祥率领，经江苏、安徽、河南、山西至直隶（约今河北），屡败清军，前锋进至天津附近。但人数太少，远距离无后方作战，得不到增援，加以气候寒冷，衣食供应困难。而清廷调集大批军队聚集在北京附近，以众击寡，以逸待劳，北伐军不得已从天津南撤。天京方面虽然派出援军，但仓促招募，未经训练，在山东溃散。北伐军粮尽援绝，南撤到直隶的连镇和山东高唐州，终因众寡悬殊而失败。
太平天国进行北伐的同时，分兵西征，溯长江而上，占领安庆，围攻南昌，进入武汉，但在咸丰四年进军湖南时，遭到曾国藩湘军的顽强抵抗。
与湘军、淮军之战
曾国藩在太平军从广西进入湖南时，以礼部侍郎丁忧家居，旋奉旨组织团练。他纠集当地地主阶级的力量，在军事上别树一帜，创立湘军。多用湖南人，并以纲常名教笼络人心，对抗太平天国的宗教异端。将领大多是受程朱理学教育的儒生，士兵招募青壮年农民。将领自择营官、哨官，自募士兵，在军营中建立个人的隶属关系，形成了以族戚、同乡、同学为纽带的战斗力很强的地方军队。湘军还很重视水师，自造战船，购置洋炮，训练水手。此后，左宗棠统率的老湘军、李鸿章统率的淮军（用安徽人），其建军宗旨、编组原则基本上都和湘军一样。湘淮军是镇压太平天国、支持晚清政权的主要武装力量。
曾国藩（1811～1872）
咸丰四年（1854）湘军与太平军战于湖南，太平军失利，节节败退。湘军夺取武汉，沿江东下。两军大战于江西湖口。石达开指挥作战，击败湘军，将其水师切断成两截。曾国藩困守南昌，太平军第三次占领武汉。接着，石达开经营江西，攻克了许多城邑，招收了大批天地会起义群众，实力大增。咸丰六年，太平军又击破了江北大营和江南大营。
太平天国在军事上正处于顺境，内部矛盾却在激化。东王杨秀清大权在握，他虽然很有才能，建立了卓著的功绩，但骄奢日甚，凌虐同僚部属，甚至假天父下凡之名，要责罚洪秀全，并要逼洪封自己为万岁。北王韦昌辉表面顺从而积怨于心，他利用洪杨之间的矛盾，突然举兵杀死杨秀清，并株连杀害了许多无辜的将士，引起群众的愤怒。洪秀全顺从群众的要求，杀了韦昌辉。此后，石达开又遭洪秀全的猜忌，带兵出走，转战西南，最后在四川大渡河畔全军覆没。
太平天国内讧后，精锐尽丧，致使有利的军事形势发生逆转。重要城市武汉、九江、庐州（今安徽合肥）、镇江相继失守。但在太平天国起义的影响下，各族人民纷起抗清。天地会、捻军、白莲教、云南和陕甘的回民，与太平军或联合作战，或遥相呼应，有力地支援了太平天国，使清军顾此失彼，穷于应付。而且清王朝内部矛盾重重，满族亲贵不信任曾国藩等汉族地方武装，不肯委以重任，给以事权。当时又正值第二次鸦片战争期间，清朝和外国侵略者处在敌对状态。由于这些原因，加之太平军后期将领士兵的勇敢作战，太平天国虽经内讧的创伤，但尚能支撑危局，和清军长期相持。
当时，英王陈玉成、忠王李秀成等一批青年将领，具有指挥才能，作战身先士卒，能够辨认形势，团结盟军，故屡立战功，肩负起挽救危局的重任。咸丰八年，陈、李与捻军联合作战，攻破重建的江北大营，又在安徽三河全歼湘军精锐李续宾部。十年，大破号称有十万大军的江南大营，解除了对天京的包围。接着，乘胜东进，席卷苏州、常州，攻克杭州，在江浙开辟了新的局面。
起义失败
太平天国军事形势虽一度好转，但政治日益腐败，纪律废弛，多次发生叛乱，将领各自为政，苦乐不均，败不相救。洪秀全深居宫内，不理朝政，刑赏不公，封爵冗滥，天京逐渐失去了权威。陈玉成、李秀成也受到猜忌。洪仁玕从香港来到天京，写了《资政新篇》，企图有所建树，但他的某些带有资本主义色彩的主张不被农民所理解。当太平军逼近上海时，和外国侵略者发生了冲突。先有美国人华尔组织的洋枪队帮助清军。以后李鸿章在曾国藩的荐举下，率淮军至上海作战，并聘用英国军官戈登组织常胜军；左宗棠率老湘军在浙江作战，也聘用法国军官组织常捷军。第二次鸦片战争刚刚结束，外国侵略者就插手中国的国内战争，枪口转向太平军。太平天国不仅要抗击以湘淮军为主力的清朝部队，还要抵御外国侵略军，局势更加困难。
咸丰十一年，天京上游重镇安庆经激烈争夺后失守，清军从四面八方逼向天京。陈玉成又在皖北被俘遇害，太平军的西战场瓦解。李秀成既要抵抗李鸿章、左宗棠的猛烈进攻，保卫苏州、杭州，又要和曾国荃作战，以解天京的围困，左支右绌，败局已定。他提出撤离天京、“让城别走”的建议，未被洪秀全采纳。形势日益对太平天国不利。同治三年（1864）四月，洪秀全逝世。六月，清军攻破天京，李秀成在突围时被俘遇害。幼天王洪天贵福也在江西被俘杀。太平军余部在李世贤、汪海洋的率领下转战江西、福建、广东，被清军击败，太平天国农民起义遂告失败。
太平天国起义期间，全国各族人民掀起规模浩大的反清大起义。起义地域广阔，民族众多，时间持久，斗争激烈，相互策应，声势为历史上所仅见。
早在太平天国起义爆发前夕，湖南、广东、广西的天地会十分活跃，山堂林立，起义队伍很多。这些零散的起义军，掩护了正在酝酿中的太平天国起义。太平军在金田崛起并北上进军后，各地掀起抗清高潮。其中著名的如上海小刀会刘丽川起义，攻克上海和附近地区，战斗达一年半之久；福建小刀会黄得美、黄位，红钱会林俊等起义，攻克漳州、厦门，使“全闽震动”；广东天地会陈开、李文茂起义，包围广州十个月，以后进入广西，建立大成国；广西天地会朱洪英、胡有禄起义军进入湖南、江西，一部分队伍参加了石达开的太平军。太平军进行北伐，皖北捻军纷起响应。咸丰五年（1855），各支捻军公推张乐行为盟主，声势大盛。以后捻军与太平军联合作战，起到了为太平天国的西战场提供屏障的作用。天京失陷后，太平军将领赖文光等和捻军领袖张宗禹、任柱合作，在中原地区运用流动战术，屡败清军，击毙了清朝倚为长城的僧格林沁。以后，赖文光率领东捻，张宗禹率领西捻，分兵作战，直至同治七年（1868）失败。
太平天国期间，各地还有许多少数民族的起义，有力地支持了太平军。其中有广西僮族（编者注：僮族是壮族的旧称）黄鼎凤、李锦贵、吴凌云、吴亚终的起义军，曾和石达开密切合作；贵州的苗民在张秀眉的领导下，要求减赋，掀起大规模斗争，“千里苗疆，莫不响应”。直至同治十一年，贵州各族人民的起义才被入黔的湘军镇压下去。云南则在咸丰六年爆发了以杜文秀为首的回民起义，起义军以滇西大理为据点，建立政权。同治十一年，清军攻陷大理，坚持十八年的云南回民起义失败。陕西的回民在同治初年发动抗清斗争，义军林立，号称十八大营，曾和太平军、捻军配合作战。此后，甘肃、宁夏、新疆的回族、维吾尔族也起而响应。清朝在平定捻军以后，派左宗棠进入陕、甘、宁，镇压了回民起义军。
这次各族人民反对清朝统治的起义规模很大，遍及全国。汉族和苗族、瑶族、回族、僮族、布依族、白族、彝族在反清的共同目标下，相互支援，协同作战，表现了各族人民反对清朝封建压迫的共同意志。
两次鸦片战争及太平天国起义，使当时的中国社会发生了深刻的变化。咸丰、同治年间，清统治阶级内部各种势力的分化组合，就是这种变化的重要表现之一。
辛酉政变
《北京条约》签订后不久，清廷即发生了一场政变。咸丰十一年七月（1861年8月），咸丰帝病逝于热河，其六岁的儿子载淳即位。载垣、端华、肃顺等受遗诏，赞襄政务。幼皇帝的生母慈禧太后企图揽权，使人上奏请求皇太后“垂帘听政”。载垣等人以“本朝向无垂帘故事”予以拒绝，故彼此发生严重的权力冲突。慈禧与留守北京的奕合谋，在九月回銮北京时发动政变，将载垣、端华、肃顺逮捕处死。慈安和慈禧两太后垂帘听政，改年号为同治。奕出任议政王大臣，辅理政务。从此，慈禧太后把持晚清朝政将近半个世纪。慈禧、奕政权的建立，得到外国公使的支持。列强期待着这个政权将会更加服从自己的意志，有助于侵略势力渗入中国各地。
兵权、财权下移
这一时期，政治格局的又一个明显变化是地方性汉族封建势力的崛起。湘淮军的许多将领在镇压太平天国的战争中立下了汗马功劳，晋升高官，其中不少人位列封疆，清朝前期由满人垄断地方督抚的局面有极大的改变。晚清的中央政权虽仍由满族亲贵领衔掌权，保持着大一统的中央集权外貌，但汉人在中枢和地方的实力增强，清政府不得不更多地依赖地方汉族地主势力的支持，故政治离心力显著增强，地方对中央的号令、政策推宕拖延，阳奉阴违，自行其是。
中央和地方、满族和汉族的权力消长表现在兵权和财权方面。清朝原有的八旗、绿营等常备兵号称八九十万人，但有名无实，有饷缺兵，已蜕化成毫无战斗力的乌合之众。太平天国被镇压后，湘军虽然解散，但各省大约仍有五十万由湘淮军演变来的“勇营”，编组和指挥的权力在总督、巡抚手中。清朝中央竭力“强干固本”，组织神机营，企图重建八旗武力，又加饷训练京兵，但并无实效。清廷三令五申，要求各省“裁勇节饷”，各地均以“地方不靖”“伏莽可虑”为借口，反对和抵制裁勇，致已经下放到地方的兵权不可能再收归清朝中央。
兵权下移的同时，财权也在逐步下移。清代的地方财政本有一套严格的拨估、协解、奏销制度，全国财政大权集中于户部，地方并无独立的财政。太平天国战争期间，清廷财穷力竭，不能发放军饷，督抚将领均就地筹饷，不再受户部控制，也不能按照原来刻板的则例报销。同时，财政收支的内容发生了很大变化。收入方面，关税、厘金、洋药土药（鸦片）税大量增加，超过了传统的地丁大宗收入；支出方面，赔款以及地方的勇饷、洋务、善后等新开支激增。财政内容的变化，反映了社会经济和政治的变化。旧的章程则例不能适合新的财政内容，故财务制度陷于混乱。督抚掌握地方财政，自行支配，户部连各省收支的项目和总数也不清楚，更不可能进行财政的统筹和监督。清政府再三颁布“总核天下度支”“统筹饷需”“开源节流”的办法，但几纸命令不可能使地方把既得利益拱手奉还给朝廷。
洋务派的形成
清朝政府被迫打开了中国的门户，逐步改变其制度、政策。洋务派官僚集团应运而生，其主要代表人物有奕、李鸿章、张之洞等。他们改变了某些传统观念：一是认为外国入侵中国不过是要求通商，并非要推翻现存政权，所以和外国作战并无必要，也不可能战胜。为此他们执行对外妥协的外交。二是主张学习外国的某些长处，以辅助封建主义之不足。他们的主张和措施遭到各方面的猛烈反对，但洋务派在日益频繁的对外交涉、创建海军以及工商活动中积聚起了实力。李鸿章的北洋集团在19世纪后期居重要的支配地位。他本人任直隶总督、北洋大臣二十余年，经办晚清海军、陆军的编练，枪炮、机器的购造，轮船、工厂、矿山的开设，以及对外交涉、条约谈判。在他周围，聚集了一批军人、政客、企业家、知识分子。他们希望在军事、经济、外交、教育方面作一些枝节的变革，达到“富国强兵”的目的。创办新式企业，引进武器装备，虽不能挽回清政权的颓势，但在客观上为进一步的变革准备了条件。
除李鸿章的北洋集团外，洋务派尚有奕、曾国藩、左宗棠、张之洞等。奕集团出现最早，且因和英法联军议和、支持慈禧上台而立功，掌握中枢权力二十余年，但这一集团缺乏实力和人才，后来与慈禧失和，在中法战争中下台。曾国藩是洋务主张的倡导者，因去世较早，没有进行更多的活动。左宗棠集团以福建和西北为据点，创办了福建船政局等重要事业，主张积极抵抗外国的侵略。左宗棠曾亲率大军，跋涉西北，收复新疆，为祖国的领土完整作出了贡献。张之洞洋务集团崛起较晚。他本人出身于“清流”文官，并未掌握军权和外交，活动主要是创办了各种企业，集中在武汉一地。他无曾、左、李诸人的实力和影响，主张文治，倡导“中学为体、西学为用”，为洋务运动制造理论的根据。
洋务派的主张和活动遭到封建顽固派的激烈反对。奕等在北京创设同文馆，学习西方的语言文字、科学技术，引起理学大臣倭仁的攻讦。李鸿章的各种活动经常受到指责和弹劾。例如：
关于铁路的争议，从光绪六年（1880）提出建造铁路干线的建议以后，洋务派认为铁路具有重大的经济和政治价值，有利于巩固封建统治；而顽固派认为修筑铁路将带来生活的灾难性变化，是封建统治的祸殃。尽管争论双方都企图维护封建制度，但道路和方法不同。争论持续了十年，结果拖延了时间，丧失了机会，中国的铁路建设长期停留在争论阶段而踏步不前。
李鸿章像
李鸿章（1823～1901），晚清重臣，淮军创始人和统帅，洋务运动的主要倡导者。字子黻、渐甫，号少荃、仪叟。安徽合肥人。李鸿章在兴办中国第一批新式工业方面起过重要作用。他宣扬“先富而后能强”的观点，主张以“官督商办”的方式兴办铁路、电报、轮船运输事业，开采五金煤矿，以开辟财源增加财政收入。
19世纪70年代，自由资本主义向帝国主义过渡，导致争夺殖民地的斗争更加激烈。老牌的和新起的殖民主义者利用两次鸦片战争击败中国的有利条件，对衰弱的中国鹰睖虎视，寻机择肥而噬。
侵略边疆
首先是俄国，以《北京条约》中关于勘分西北疆界的规定，和清政府在塔城谈判，使用蒙骗和威胁手段，把侵略条款强加于中国。同治三年（1864）签订的《中俄勘分西北界约记》，割去了巴尔喀什湖以东约四十四万平方千米的中国领土。
同治四年，浩罕汗国（1876年被沙俄吞并）的军官阿古柏在英国支持下，利用新疆混乱的局势，侵占南疆，建国称汗。十年，俄国以清朝不能安辑地方为名，出兵侵入伊犁，名为“代管”而久占不去。光绪初，左宗棠率兵进入新疆，阿古柏战败自杀。光绪三年（1877），清军收复南疆。清朝派崇厚前往俄国，索还“代管”的伊犁。俄国玩弄花招，勒索更多的权利，崇厚受欺弄擅自签约，舆论大哗。清廷改派曾纪泽前往俄国，要求改约。光绪七年签订《中俄伊犁条约》，虽索回了伊犁并稍稍争回了一些利益，但中国丧失的领土仍达七万平方千米之多。清政府收复新疆后，招集流亡，兴修水利，奖励耕垦，努力治愈长期战乱的创伤。光绪十年建立行省，与内地行政制度统一起来。
清末中国人装配的第一台火车头
当时日本明治维新刚刚发端，即效法西方殖民主义，对中国进行侵略。同治十三年（1874），以琉球人被台湾土人所杀为借口，派兵在台湾登陆，对清政府勒索讹诈。清廷妥协退让，赔款乞求日本撤兵。为了保卫海疆，光绪十一年（1885）台湾建为行省，这一措施促进了台湾政治、经济和防务的发展。但十年后中日甲午战争中国失败，台湾又被日本所攫夺。
英国和法国则为争先打开中国西南的门户而进行争夺。英国为了打通缅甸至云南的通道，派遣近两百人的探险队，持枪执械，闯入云南，遭到当地民众的反抗，英国译员马嘉理被杀。英国公使借机勒索，态度蛮横，提出许多无理要求，并出动军舰，以战争相威胁，迫使清政府于光绪二年签订《烟台条约》。条约除了赔款、道歉、开放云南边境贸易外，还涉及税务、外交特权以及准许英国人进入西藏的条款。英国据此而组织武装力量入藏。光绪十四年，英军进入西藏边境，西藏军民奋力抗击侵略军，但清政府极力妥协，与英国签约议和，为英国势力的入藏提供了便利。
侵犯主权
在侵略中国边疆地区的同时，外国侵略势力还以不平等条约为口实，极力扩大在中国的种种特权，并企图从各方面对清政府施加影响。根据条约中外国使馆长期驻京的条款，许多国家的公使聚居在紫禁城边，对清政府颐指气使，施加压力。上海、天津、汉口、九江等处先后开辟租界，侵略者在那里划地界，修道路，设官署，颁法令，建货栈，使中国的土地上出现了许多独立于清政府管辖之外的殖民主义小王国。挂着外国旗子的轮船满载着舶来的商品闯关越卡，免除厘税，行驶在中国的内河。外国传教士纷纷活动，深入中国的穷乡僻壤。侵略势力希望利用清政府帮助自己掠夺更多的权利，镇压人民的反抗，所以在两次鸦片战争后，转而对清政府采取庇护、“合作”的政策。一方面，要求清政府在制度、政策方面作适当的修改变化，以适应外国的侵略需要；另一方面，向清政府提供武器，竭力支持这一腐朽政权。
列强改变和控制清政权的一个重要步骤，就是咸丰十一年（1861）总理各国事务衙门的设立。奕任总理大臣，管理对外交涉兼及通商、条约、海军、关税和铁路、开矿等事，权力广泛。同时，又设立了南北洋通商大臣。从此，列强可以甩开地方官吏层层的拖延、阻挠，直接和清朝的最高层打交道。洋务派官僚即产生于这些新设立的衙门。
同治十三年（1874），皇帝亲政，在列强的压力下，不得不以平等礼节接受各国公使的觐见，放弃了要求外国来使必须向中国皇帝跪拜叩头的礼仪。同时，也开始向外国派遣使节。马嘉理案件发生以后，光绪二年（1876）郭嵩焘作为道歉的专使前往英国，此后常驻伦敦，成为中国第一个驻外公使。以后陆续在欧美各国设立使馆，派遣公使。清政府在倍感屈辱、很不情愿的情况下，勉强参加国际社会交往，进行外交活动。
外国侵略者攫取中国主权的一个重要手段，就是长期控制中国的海关。海关总税务司一职一直由英国人赫德担任，各口岸的海关税务司全部任用外国人。海关大权旁落，为外国商品的倾销和人员的出入打开了方便之门。由于进出口贸易急剧增加，关税收入大增。清政府在财政穷竭、常年入不敷出的情况下，有外国人管理的海关提供经常的、有保证的财源，因此越来越仰赖帝国主义。赫德对清政府的影响很大，许多重要对外交涉由他操纵，甚至直接干预清朝的内政和官吏任免。
赫德铜像
1914年，上海外滩海关大楼前的赫德铜像。赫德1861年起代理总税务司职务，1863年11月任海关总税务司时年仅二十八岁，连续任职四十八年。他在任职期间，不但把中国海关完全置于英国人控制之下，而且把他自己的活动伸向中国的军事、政治、经济、外交以至文化教育各个方面。
人民的反抗斗争
面对外国资本主义势力的侵略，中国人民进行了坚决的反抗，主要表现之一是遍及全国、延续时间很久的自发的反洋教斗争。这种斗争具有广泛的社会基础和号召力。当时，不少外国传教士深入中国内地，修建教堂，招收教徒，且有些教士、教徒利用特权，横行不法，鱼肉百姓，引起人民的愤慨和反抗。一些官吏、地主和知识分子也纷纷参加，致使斗争变得极为复杂。19世纪下半叶，各地的反教会斗争连绵不绝，其中较大的有同治年间的贵州教案、四川酉阳教案、天津教案，光绪初年长江下游各地的教案，中法战争期间西南地区的教案，以及甲午战争前四川余栋臣、热河金丹道发动的斗争。越到后来，规模越大，反洋教斗争和反清斗争逐渐有结合的趋势。秘密结社的参加，武装起义的频繁，成为19世纪末反洋教斗争的特色。
海关税务司
中国丧失海关行政权以后外国主持中国海关行政的首脑名称。名为中国海关监督雇佣之人，实际是中国海关的主宰。1854年7月12日，中国历史上第一个外国税务司在上海出现，执行中国海关行政的权力。上海海关税务司成立后，十年之中，税务司制扩展到广州、汕头等十三个通商口岸。1861年在各关税务司之上，又设立一名总税务司。各级税务司完全听命于外国公使和领事，中国地方官甚至连将军、总督都无权加以管束。总税务司在海关范围以内，享有绝对的统治权。海关税务司的统治延续了将近一个世纪，民国期间开始关税自主。1950年，海关税务司才真正结束。