元亡以后，蒙古贵族和军士被迫回到蒙古草原，经朱元璋多次派人攻打，其内部发生分裂。永乐初，蒙古分为三大部，即辽河、西辽河、老哈河流域的兀良哈，其西至杭爱山一带的鞑靼部和科布多河、额尔齐斯河及其以南准噶尔盆地的瓦剌部。由于蒙古地区与内地农业地区的长期隔绝，以及草原上大小封建主之间经常发生的相互掠夺的战争，使游牧经济凋敝，牧民的生活日益贫困。在明朝强盛时，瓦剌和鞑靼的统治者都接受过明朝的封号，在经济上也多次与明朝进行互市。但每当贡市的要求不能满足时，便不断以发动战争作为对明的要挟。明朝政府为了防止蒙古的侵扰，最初在北方设有辽东、宣府、大同、延绥四镇，以后又增设宁夏、甘肃、蓟州三镇，加上固原和山西的偏关，称为九边，皆布有重兵。明朝政府又积极在沿边修筑长城。据万历《明会典》统计，当时九边所筑城堡、关隘、空心台、墩台等共达一万八千余座。
频繁的战争并没有阻碍蒙汉等各族人民之间的往来，长城也没有隔断彼此的经济和文化的联系。许多蒙古民众为生活所迫不断向内地迁徙，也有的汉人因被蒙古统治者俘虏为奴，或因逃避租役，或经营商业，而大量流入蒙古。隆庆时，在蒙古古丰州（今内蒙古呼和浩特东）一地就居住有汉族人口五万余，居屋佃作，名曰板升。俺答汗继位后，特别是在他晚年和三娘子统治时期，蒙汉间很少发动战争。马市贸易极盛，除官市外，又得与塞下民互市。万历九年（1581）又修建了呼和浩特城（蒙古语意为青色的城）。此城很快发展成为蒙古地区与内地贸易的商业都市。长城附近延袤五千里无烽火警，近疆水陆屯田悉垦治如内地。蒙古封建主的财富显著增加，其币帛牲畜，动以万计，特别是鄂尔多斯、土默特、察哈尔等部所在地，随着内地先进生产技术的传播，农业和手工业（包括铁的炼冶业和铸造业）的产量和产品都有显著增加。
明朝时，藏民以半农半牧为生，农产品有小麦、荞麦和青稞，上层僧侣和各地的部落首领构成封建领主阶级，拥有大量的田庄、财富和奴婢，而广大藏族人民则都是农奴。洪武时，明政府在西藏等地设立乌斯藏都指挥使司以及宣慰司、招讨府、元帅府、万户府、千户所等地方行政机构，任命藏族的封建领主为都指挥使、宣慰使、招讨使、万户、千户等官职，赐给他们诰命、印信，通过他们向所属藏民征收赋税。当时西藏喇嘛教的教派很多，有噶当派（红教）、噶举派（白教）、萨迦派（花教）和本布派，每派又分为若干小派。而以噶举派帕木竹巴法王的权力为最大。明朝设帕木竹巴万户府，并封帕木竹巴法王为“国师”，明朝还在西藏封立三大法王（大宝法王、大乘法王、大慈法王）、五大地方之王（阐化王、赞善王、护教王、阐教王、辅教王），此即西藏八王。八王各有封地，分别统辖一定地区，与明朝往来十分频繁。
明初，宗喀巴在西藏创立格鲁派（黄教），他在西藏进行宗教改革，主张“敬重戒律”，提倡苦行。宗喀巴第五弟子释迦也失作为他的代表曾两次到达北京，明成祖封其为“西天佛子大国师”，宣宗封其为“大慈法王”和“国师”。此后黄教在西藏的势力日大，信仰者日多。万历时，三世达赖喇嘛索南坚错长期居留在西宁等地，与蒙古俺答汗相友好。与明朝首辅张居正也有书信往来，明朝封其为“大国师”。三世达赖喇嘛使黄教在蒙古得到广泛传播，在调和明朝皇帝和俺答汗的关系方面也有较大的贡献。四世达赖喇嘛云舟坚错曾于万历四十四年（1616）得到神宗授予的“普持金刚佛”的封号，此后，格鲁派的首领五世达赖喇嘛和四世班禅借青海蒙古固始汗的兵力，推翻噶玛派在西藏的统治，黄教在西藏的政治地位日益巩固，得到青海、蒙古以及东北各地喇嘛僧侣的支持。
明朝藏族人民与内地各族人民之间的来往更加频繁。永乐五年（1407）至十二年，在藏汉各族人民的艰苦劳作下，修通了四川雅州（今雅安）到乌斯藏的驿路。明朝在川、陇等地设茶马互市与藏民贸易，还准许西藏等地的僧俗官员派使来北京通贡，规定三年一贡，天顺年间一次贡使至二三千人。私人贸易被严格禁止，但汉藏两族人民之间的贸易关系始终不断。藏民经常以马匹、氆氇等物来内地换取盐、茶和布匹，汉族商人也从内地私自携茶与之易马，有人甚至越山涉水，深入藏族地区从事贸易活动。当时的河州、秦州（甘肃天水）、洮州（甘肃临洮）、雅州和打箭炉（四川康定）等地，已经成为藏汉各族人民互市的场所，私营贸易与官营贸易同样繁盛。
格鲁派
中国藏传佛教影响最大的宗派。格鲁，藏语意思是善律，该派强调严守戒律，称善律派。该派僧人戴黄色僧帽，故又称黄教。又因该派认为其教理源于噶当派，故称新噶当派。格鲁派强调修行次第，显密并重，先显后密；提倡苦行，僧人不结婚，戒杀生，禁饮酒，断绝世俗交往等。该派在藏族、蒙古族居住区流传甚广。到清代，格鲁派的达赖喇嘛与班禅两转世系统都由清政府确认，格鲁派成为西藏地方政权的执政教派，西藏政教合一的统治形式有了进一步的发展。
维吾尔族在明朝称畏吾尔，亦作畏兀儿，是居住在新疆地区的主要民族。明代，除撒里畏吾儿仍从事游牧外，其他居住在于阗（今新疆于田）、喀什噶尔（今新疆喀什）、哈密、土鲁番（今新疆吐鲁番）等地的畏吾儿人都以农业为主，兼营商业，其手工业也很发达。其耕地和牧场大部分掌握在封建主（蒙古族或畏吾儿族）的手中，一般农户则少地或无地，遭受封建主苛重的剥削。元末明初，畏吾儿族地区地大者称国，小者只称地面，形成封建割据的形势。洪武、永乐、宣德间，与内地恢复关系的小国和地面，前后共有七八十个之多。明朝政府从太祖时起先后在甘肃西部到新疆东部地区设立赤斤蒙古、哈密、沙州、安定、曲先、阿端、罕东、罕东左等八卫，卫设指挥，一度还在柳城、火州（均在今新疆吐鲁番东南）等地设都指挥等官。明朝与哈密卫的关系最为密切。永乐二年（1404），明政府曾封哈密王安克帖木儿为忠顺王。景泰时，土鲁番势力强大，攻占哈密城，兵锋及于嘉峪关内的甘州（今甘肃张掖）、肃州（今甘肃酒泉）等地。从此明朝对西域的控制日益松弛，不得不在嘉靖八年（1529）放弃哈密。
居住在云贵、四川、两广、湖广等地的少数民族有苗、瑶、彝、僮（即壮）、黎、傣等族。各族之间以及同一个民族不同地区间的社会经济发展很不平衡。有的农业已有显著发展，并普遍使用犁耕。湖南一部分少数民族到明中期已蓄食甚富；云南一些民族在平坝种稻，一年两熟，产量也在增加。但住在高寒山区的某些部落，生产力还很低下，有些仍处在刀耕火种阶段。从社会发展的阶段看，有些已由封建领主经济过渡到地主经济，或是地主经济已占统治地位；有的阶级分化不明显，有的则已有阶级分化，开始由原始公社制末期进入奴隶制，或已由奴隶制进入封建制。
明朝政府沿袭元朝的统治制度，在云贵、两广地区设置土司，通过各族的首领统治各族人民。但各地的土司与明朝也有矛盾，经常发动叛乱。明朝政府在平定叛乱后，往往把这些地区的土司裁撤，改设流官，即改土归流。改土归流的目的是建立对少数民族地区的直接统治，但是在客观上打破了农奴制度，促进了少数民族地区地主经济的发展，同时也加强了中央与地方的联系，对维护国家的统一有进步意义。
明朝统治时期，云贵各地经常爆发各族人民的起义。著名者有英宗正统十四年（1449）苗族农民的邛水十五洞司（今贵州三穗）起义、英宗正统七年至世宗嘉靖十八年（1539）的广西桂平大藤峡起义。明朝有很多汉族人民陆续迁至云贵、两广等地，他们不仅与当地少数民族人民一起进行抗官斗争，还把先进的铁工具和农业、手工业生产技术带到了苗、瑶等族聚居的地区，并从事耕作、开矿、采茶、兴修水利，对这些地区的开发起了积极作用。
高山族是中国台湾的土著居民，长期以来就劳动、生息、繁衍在这块土地上。16世纪，高山族已有发达的农业，甘蔗和棉花的种植也逐渐兴盛起来。在农业方面可能已用铁锄耕作，狩猎则已普遍使用铁工具。狩猎剩余产品已用于交换。高山族社会的基层组织是部落，若干部落结合成社。一社或千人，或五六百人，已有贫富差别和阶级分化。随着东南地区商品经济的迅速发展，越来越多的汉族人民渡海到台湾。濒海之民每年都有渔船在澎湖和北港之间打鱼，又有很多人到台湾与高山族进行贸易，或在山口设店，或径自入山，以玛瑙瓷器等换取鹿皮、鹿角，受到高山族的热情接待。
高山族诸罗县人形象图
出自《皇清职贡图》。《皇清职贡图》是清朝记录海外各国及中国国内各少数民族的史籍。
万历、天启间，颜思齐、郑芝龙等在台湾建立政权。他们称君主，有官职，有武装，与高山族保持和睦友好关系。郑芝龙在台湾练兵积粮，又在厦门、金门竖旗招兵，参加者都是贫苦的饥民，他们出没海上，走私贸易，也登陆与明军作战，他们还头裹红巾，号“郑家军”，军纪甚严，禁止掠捕妇女、放火杀人、强割稻谷等。荷兰殖民者侵入台湾后，郑芝龙于崇祯元年（1628）接受明朝的招抚，并在崇祯三年和十二年率领郑家军，以巧妙的海战击败荷兰殖民者。使荷兰“不敢窥内地者数年”。
居住在中国东北的女真族是满族的前身。明初居于东北的女真人分为海西、建州和“野人”三部。分布在松花江以东，东滨海，西接兀良哈，南邻朝鲜，北至奴儿干的广大地域内。其中海西、建州两部多居住在松花江、牡丹江、乌苏里江各流域，野人女真则分布于黑龙江中下游南北各地，东北到鞑靼海峡等广阔地区。女真三部社会经济发展不平衡，野人女真比较落后，不事耕稼，以狩猎为生。海西、建州两部虽然亦过渔猎生活，但已从事畜牧和农耕。
明朝政府在东北设置都司卫所，直接统辖女真三部和黑龙江流域的各个少数民族，建州女真部的建州是最早设立的卫。永乐时，明朝政府任命建州部首领阿哈出为建州卫指挥使，猛哥贴木儿为建州左卫都督。后龙江部力量强大，南下压迫建州，阿哈出孙李满住率众西走。英宗正统时，建州部众几经迁徙，相继来到浑河支流苏子河上游的赫图阿拉（今辽宁新宾）地方。明朝政府任命李满住为建州卫指挥使，董山为建州左卫指挥使，又设置建州右卫，以凡察为指挥使。此即著名的建州三卫。建州部众进入赫图阿拉后，明政府在东北地区开设马市，专与建州部贸易。从16世纪后期至17世纪初，建州部的社会生产力有显著发展。农业已成为主要的生产部门。手工业也很发达，“银、铁、革、木，皆有其工，而惟铁匠极巧”。建州女真以人参、貂皮和松木等与汉族贸易，贸易地除原有的抚顺外，又增加了清河（今辽宁本溪东北）、宽奠（今辽宁宽甸）、叆阳（今宽甸西北）三处。与这一生产力相适应的社会组织是努尔哈赤建立的八旗制度。此制度反映了建州部社会经济结构的变化和发展，加强了建州部的军事实力。万历十一年（1583），努尔哈赤采取又拉又打的办法，陆续把女真建州五部、长白三部、扈伦四部、东海诸部控制在自己的势力之下。二十七年，命额尔德尼、噶盖以蒙古文字女真音创制满文颁行。四十四年，他正式与明朝断绝关系，在赫图阿拉称汗，建立女真族政权，国号金，史称后金，年号天命，设置官吏，制定法令。次年，包括库页岛及其附近的小岛在内的女真各地，都脱离明朝的统治，由后金政权管辖。女真各部的统一，客观符合历史发展，对加速中国东北地区的开发，对东北各族之间的进一步联系都有重大意义。
库页岛
库页岛，俄罗斯称为萨哈林岛，面积七万六千四百平方千米，是俄罗斯最大的岛屿。位于黑龙江出海口东部，鞑靼海峡和鄂霍次克海之间。库页岛历史上曾为中国领土。第二次鸦片战争期间，沙皇俄国通过1858年《瑷珲条约》和1860年《中俄北京条约》逼迫清政府割让该岛。1905年和1918～1925年间，日本曾统治库页岛全境。1945年，苏联占领库页岛全境。现为俄罗斯萨哈林州管辖。
万历四十六年后金发兵大举攻明，烧毁抚顺城。次年，又在萨尔浒大败明军。以后六七年间，由于明朝统治集团的腐朽无能，明军连续败退，除山海关外极小地区，辽东大小七十余城，包括辽、沈在内，全部为后金占领。明熹宗天启元年（1621），后金一次掠获的辽东汉人达二十万口之多。二年，后金以辽阳为都。五年，迁都沈阳。六年，努尔哈赤率兵攻宁远（今辽宁兴城）时受伤，死于沈阳，其子皇太极继位。皇太极时期后金的势力又有所扩展。不久，后金又扩充了八旗制度，先后建立汉军八旗和蒙古八旗，并继续在关内掳掠人口，分拨给八旗贵族或士兵之家为奴耕作。崇祯五年（1632），皇太极联合蒙古喀尔喀、科尔沁等部，攻打受明册封并与后金为敌的蒙古察哈尔部，察哈尔部首领林丹汗走死青海，后金攻占呼和浩特。至此，后金已占领长城以北的广大地区，从东、西、北三面，对积弱已久的明朝形成包围。明崇祯九年，即清太宗崇德元年（1636），皇太极得到满族贵族、蒙古王公、各部部落首领以及东北地区一些汉族地主的支持，改后金为“清”。从这时起，清朝已成为一个与明朝相对立的封建王朝。