长期分裂局面造成的影响，使秦始皇非常关心六国旧地的动静，担心六国旧贵族图谋复辟。为了防止割据的再现，秦始皇把六国富豪和强宗十二万户迁到咸阳，另一部分迁到巴蜀、南阳、三川和赵地，使他们脱离乡土，以便监视。他把缴获的和没收的武器加以销毁，在咸阳铸成十二个各重千石的钟鐻铜人。又下令“堕坏城郭，决通川防，夷去险阻”，尽可能消灭封建贵族依以割据的手段。为了控制广阔的国土，特别是六国旧境，秦始皇还修建由首都咸阳通到全国各地的驰道，东穷燕齐，南极吴楚。他自己多次顺着驰道巡游郡县，在很多地方刻石记功，以示威强。为了加强北方的防务，秦始皇三十五年（前212），又修筑由咸阳经过云阳（今陕西淳化西北），直达九原（今内蒙古包头西）的直道，堑山堙谷千八百里。在西南地区，还修筑了今四川宜宾以南至云南昭通的五尺道，于近旁设官进行统治。
秦始皇对分裂割据的思想和政治倾向，也进行了斗争。当时的一些儒生、游士，希望复辟贵族割据局面，他们“入则心非，出则巷议”，引证《诗》《书》百家语，以古非今。始皇三十四年，丞相李斯请求焚毁《诗》《书》，消灭私学。他建议“史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师”。秦始皇接受了这一建议，于是就发生了焚书事件。第二年，为秦始皇求仙药的方士有诽谤之言，又相邀逃亡，秦始皇派御史侦察咸阳的儒生方士，把其中被认为犯禁者四百六十多人坑死。在早期封建社会的历史条件下，在统一与分裂激烈斗争的年代，秦始皇用焚书坑儒手段来打击贵族政治的思想是可以理解的。但是，焚书坑儒摧残文化，是极其野蛮残暴的事，对于古文献的保存和学术的传授，造成了极大的损失。
秦始皇施政定制虽已兼采阴阳等家思想，但根本上是以法家思想为依据。焚书坑儒以及“以法为教”，“以吏为师”等，更突出地反映了他的法家思想。