丰臣秀吉死后，日本再一次面临着回到战乱时代的危险，其子秀赖年仅六岁，根本无力统御日本各地大名，而其忠实家臣之间也存在着极为严重的矛盾，历史就这样为下一位统治全日本的人准备好了登上主角宝座的舞台，这个人便是在关东拥有250万石巨大封地的德川家康。
德川氏原本是三河的一方土豪，后成为冈崎城主。德川家本姓松平，势力范围被夹在尾张织田氏和骏河今川氏之间，东西两方面均受到比自己更强的大名威胁。在松平家与织田家发生交战后，为确保领地安全，家康的父亲松平广忠决定臣服于今川家，并将幼名竹千代的家康送往今川家作为人质，但途中却被织田家劫到了尾张，并在这里被软禁了两年之久。
丰臣秀赖
不过在此期间，他也认识了同为幼年的织田信长，与其颇为交好。1549年在一次人质交换中，竹千代被织田氏交给了今川氏，在此后近十年中一直作为后者的人质，甚至娶了今川义元的外甥女为妻，同时改名为松平元信，后又更名为松平元康，直到1558年才回到冈崎城。由于其父松平广忠早在竹千代被软禁于尾张时便已遇刺身亡，因此元康一回到三河便成为了城主。1560年的桶狭间会战后，松平家脱离了今川氏，重新在三河成为大名，并改名为德川家康。两年后，家康与信长结为同盟，成为后者的左膀右臂，正式走上了领土扩张之路。在本能寺之变后，家康出于谨慎而没有立刻争夺天下，而是退而选择趁乱局扩张领地。
对家康而言十分幸运的是，他的家臣与织田氏或后来丰臣氏手下统领的那些大多以利益为忠诚和动力的家臣不同。德川家地处的三河国虽然土地并不肥沃，商业也不像尾张那样发达，但由于长时间夹在织田氏和今川氏、武田氏等巨强之间，民风有着很强的向心力，而这也使得家康能够以较少的封地统御家臣，却并不会发生过多的变节事件。
家康虽然在早年与信长结为同盟时并未表现出过多野心，但其将姓氏改为德川这一行为本身便是为了将自己的出身与先前三河地区的地头——源氏的德川氏拉上关系。无论是无心插柳还是有意为之，这一次改名奠定了家康未来成为征夷大将军的基础。直到信长在本能寺之变中丧命后，家康才在小牧·长久手会战之前表现出一争天下的欲望，但很快即被强大的丰臣政权压倒。丰臣秀吉死后，由于日本再无人能够在实力和声望上与自己相提并论，家康几乎在一夜之间中成为了日本的新主人，其政策也开始变得极具压迫性和攻击性，很快便施展出高超的政治手腕迫使反对自己的大名与自己开战，并最终在关原会战中奠定了江户幕府250年天下的基础。
三方原合战后德川家康命人为自己绘制的画像。图中家康极为失态，表现出了会战失利时的慌乱神情
对于自己所犯的错误，德川家康并不会避而不谈。在三方原会战失败后，家康在遭到武田军追击时失魂落魄，甚至有传说认为他甚至在逃跑时出现排泄失禁的窘态。而家康在会战后却主动请画师将这一窘态绘成图画，并悬挂在房中训诫自己。
德川家康在随丰臣秀吉消灭后北条氏政之后即受封关东八国（下总、上总、安房、上野、下野、常陆、武藏、相模），封地石高数高达250万石，并将自己的居城选在了江户。相比之下，仅次于德川氏的上杉氏和毛利氏分别只有120万石封地，德川氏实力高于后两者之合。由于有着巨大的实力，家康在丰臣政权中的影响力与日俱增，而秀吉晚年任命其为首席大老更是给了他名正言顺主持政局的名分。
丰臣秀吉下令入侵朝鲜之时，日本西部九州岛、四国岛的几乎所有大名都按照命令倾尽全力奔赴战场，并在随后的战争中损失惨重。而关东的德川家康却未动一兵一卒，虽然其本人曾要求将自己派往朝鲜统御互相不合的前线诸将，但秀吉却担心家康在朝鲜拥兵自重，因此拒绝了他的要求。
在丰臣秀吉预感自己来日无多之时，由于担心在大名之间拥有极高声望和极强实力的德川家康推翻仍是顽童的丰臣秀赖，因此决定组成一个合议制决策机构来对其进行限制。秀吉任命德川家康、前田利家、毛利辉元、小早川隆景（1597年病逝后由上杉景胜接替）以及宇喜多秀家等五位大名为大老，以五大老体制作为其死后日本政权的最高决策机构，希望以另外四位大老的实力压制德川家康独断的可能。这五人均在秀吉要求下向秀赖宣誓效忠。此外，按照秀吉命令，德川家康应在自己死后移居伏见主持政局，而前田利家则留在大坂看护秀赖。这一安排的目的十分明显，即不让家康与秀赖同处一地，避免其利用秀赖统辖日本，也不能使其返回自己的封地江户，脱离丰臣氏监视。而忠于丰臣的前田利家留在大坂便可以进一步保护秀赖，尽量使其免受家康挟制。
在任命五位大老的同时，秀吉还任命了五位奉行，分别为石田三成、增田长政、前田玄以、长束正家和浅野长政，并以五奉行作为最高执行机构，负责将五大老的决策付诸实施，同时也可以对大老起到一定的制约作用。这五位奉行将全部在大坂居住，并轮流前往伏见城执勤。在秀赖成年之前，五大老与五奉行制度将代其执掌日本。
秀吉死后的丰臣政权结构
1598年8月18日，丰臣秀吉于伏见城去世，德川家康依照其遗令移居伏见。不久之后，家康便开始笼络各地大名。前田利家虽然竭力联合其余三位大老对家康进行压制，但仍无法阻止后者势力的扩张。秀吉晚年制定的五大老体制虽然在一定程度上控制了家康扩大势力的进度，却也给了后者借权势笼络诸大名的理由。
在秀吉临终之时，五大老曾签下过一份文书，宣誓在秀赖成年之前不允许诸大名私自联姻，也不能对大名领地进行变更。不过由于朝鲜战役之后财力拮据的诸大名均迫切需要秀吉曾经许诺的封地来恢复自己领内经济，家康便借封赏朝鲜远征军将领的名义，肆意从秀赖直辖领地中割取土地，赐予岛津氏5万石、堀尾氏5万石、细川氏6万石封地，而在奉行中影响力最大的石田三成虽然对此表示反对，但在大名的重压之下也只能同意。与此同时，家康还将家臣的女儿收作养女，使其与诸大名联姻，巩固亲德川大名与自己的关系。
在此期间，石田三成一直在竭力利用奉行权力阻挡家康的行动，但收效甚微，最后只得面见前田利家，希望后者能够联合大老、奉行以及诸大名逼迫家康卸任。然而前田利家的嫡子前田利长却在细川忠兴等人劝说下，认为石田三成是在利用利家的影响力来削弱大老权势。一旦德川被迫退出决策层，年迈的前田利家根本无力控制政局，其余三位大老影响力又相对较低，到那时，执掌日本的就将成为石田三成了。此外，由于石田三成先前反对家康封赏诸将的行动，而且此前便在诸大名间拥有不少政敌，如果前田家与三成接近，将来必遭诸大名围攻，因此前田利长力劝其父不要与家康为敌。
其后一段时间里，虽然也有其余一些重臣不满家康专权，要求其自行辞职，但家康对此却嗤之以鼻，完全不予理会。这样一来，一心阻止家康篡夺丰臣家权力的石田三成便只剩下了两个选择——暗杀家康或对其直接宣战。三成选择了前者，但暗杀行动最后却遭到了失败。
向来与三成不和的加藤清正、池田辉政、浅野幸长、加藤嘉明、细川忠兴以及黑田长政在听闻家康险遭暗杀后立刻认定石田三成是主使人，并带着一些士兵前往大坂城的石田宅邸诛杀三成，后者不得不改扮女装逃出大坂。逃出大坂后，三成居然大胆地选择前往伏见城德川家康宅邸，请求后者为其提供庇护。家康同意了三成的请求，并劝说加藤清正等人放弃诛杀三成。
家康之所以要保护这位死敌，其原因在于他深知以目前局势发展，三成早晚将联合反对自己的大名举兵讨伐自己，到时德川家便可凭借着自己能够动员7万大军的实力和支持自己的大名在一场决战中将反对势力一网打尽。若非如此，家康便难以获得一举铲除异己的理由，即使消灭了石田三成一人，自己未来的政治行动也将处处受到反对大名的限制，难以迅速取代丰臣秀赖成为名副其实的日本统治者，而只能像镰仓时代的北条氏一样摄政。1599年春，三成在家康的三子、秀吉的养子结城秀康护送下被遣返回自己的领地佐和山城。
几乎与此同时，前田利家去世，再加上三成被遣送回佐和山城，伏见和大坂再也没有谁能够阻挡家康获得行动上的完全自由。不久之后他便借故移居大坂城。三成此时虽远离大坂政局，但却也像家康一样得到了行动自由，并开始连结会津的上杉景胜，准备公开讨伐家康。照其设想，在上杉军公开讨伐家康后，后者必定率领诸大名前往会津对其进行镇压，三成自己便将利用家康东去的机会动员西国反对家康的大名兵力。在确保大坂和京都之后，西军将向美浓和尾张进军，控制中山道和东海道两条自京都通往江户的主要交通线，与从江户赶回的东军进行决战。而上杉军在此时则应向家康的关东封地发动进攻，牵制其部分兵力，使其无法在决战场上集中优势兵力。
上杉景胜在与石田三成达成协议后便开始了战斗准备工作。由于他自知自己仅能动员大约3万兵力，在实力上无法与家康的联军进行正面交战，而伊达政宗和最上义光也在时刻威胁着自己的北方侧翼，使其无法将本来就居于绝对劣势的兵力集结在南方。因此他并不打算主动对家康的领地发动进攻，而决定死守会津，尽可能拖延家康进攻自己的脚步，为三成在西线集结兵力争取时间。
为此，上杉氏动员了多达8万名劳役，开始对会津全境进行要塞化，在各隘口修筑工事，并对境内交通要道进行整修，以备在各要塞之间快速转移兵力所需。德川家康对于会津方面的军事动员自然不会熟视无睹，对其发出责问，要求景胜上京解释其行为，而上杉家老、米泽城主直江兼续却回复了一份口气十分强硬的状书，与德川家康彻底决裂。
自上杉开始与德川交恶时起，家康便认清了三成的战略目的。而他也决定利用这一机会在江户完成兵力的集中，之后再分兵两路沿东海道和中山道返回东海，并在尾张或美浓会合后与其决战。与此同时，家康还命令仙台的伊达政宗和出羽的最上义光从北方牵制上杉。只要自己能够笼络更多的大名，在决战场上集中更多的兵力，自己便可以击败西军。此外，将日本西部倾向于支持自己的大名控制在关东地区，还可以避免其在对方胁迫下加入三成。
会津征伐
无论对石田三成还是德川家康，在这场战役中的首要目的都是击败对方军队，只有击败对方军队才能够使另一方的政治、军事联盟崩溃，而地理上的得失在短时间内是无法起到太多作用的。
6月2日，家康开始了自己的计划，在大坂召集诸大名，宣布自己将率兵讨伐上杉，并要求众将也前往江户，与自己一同进攻会津。这一要求立刻便得到了呼应，10天之内，各路大名便纷纷返回自己的领地召集部队。6月14日，家康离开大坂前往江户，而支持他的各路大名也在随后分别率军东去。但其行军速度十分缓慢，以方便监视石田三成在西方的行动。家康的部队因集结于关东而在历史上被称为东军，其对手则被称为西军。
在离开大坂之前，家康向秀赖进献了多达两万两黄金和两万石大米。这一行动立刻使自秀吉死后便掌控着丰臣氏要务的秀赖之母淀姬产生了错误的安全感，认为家康对秀赖没有恶意，战争只是属下大名间的私斗。从而导致除一小部分自发出战的武士以外，所有丰臣家直辖部队均在整个1600年战役中袖手旁观。
6月15日，家康进入伏见城，并彻夜与留下镇守此地的鸟居元忠进行交谈。无论是家康还是鸟居元忠都已认清，西军起兵后必将以毗邻大坂和京都的伏见城作为首要进攻目标，因此该城事实上是无法长时间据守的。为了避免无谓消耗兵力，家康仅给鸟居留下了500名守卫士兵，并禁止后者向西军投降，以免对方获得威望上的优势，同时他还要求鸟居元忠尽可能拖延西军东进的脚步。自三河时代起便追随家康的鸟居也下定决心，在城破时自己将切腹自杀。
在家康于7月2日抵达江户之后，虽然上杉军上下已经绷紧了每一根神经，但他却并没有立刻率军向会津前进。直到7月21日，家康才率领5万人前往会津边境的小山地区，进抵了会津边境。
在此之前的7月7日，石田三成在佐和山召集了西军的主要将领，其中包括包括宇喜多秀家、小早川秀秋、萨摩的岛津义弘、土佐的长宗我部盛亲、佐贺的锅岛直茂之子锅岛胜茂以及越前国敦贺城主大谷吉继。在这些人中，岛津义弘和大谷吉继此前均准备加入东军，但前者在进入伏见城时却遭到鸟居元忠误击，一怒之下转投西军。大谷吉继虽然一向与三成交好，但此前却判断后者并无战胜家康的能力，因此率军东去，准备与家康会合。不过在途经佐和山时，大谷吉继为调和三成与家康之间的矛盾，希望三成之子能够随军一同出征，但他本人最终却被三成说服，在明知难以取胜的情况下加入了西军。
1600年7月，石田三成终于在佐和山宣布举兵。五奉行和毛利辉元、宇喜多秀家、上杉景胜联名发布了讨伐家康的文书，指责后者违背丰臣秀吉的遗旨，私自与大名联姻，变更大名领地，进驻大坂城。德川家康对此也早有准备，接到西军起兵的消息后立刻集合所有随他征讨上杉的大名召开会议，向他们表明自己将与西军决战，大部分将领均表示对其效忠，仅有一少部分人决定继续效忠丰臣氏而退出东军，率部转投西军。
石田三成虽然在后来成为了西军的事实指挥官，但封地却只有佐和山城的19万石，而且在诸大名之间声望不佳，这也使得西军自组成之日起便人心涣散。在秀吉时代，三成在一系列内政事务中表现卓越，成为秀吉治理日本内务的核心人物。在围攻小田原期间，石田三成虽然接连攻克馆林城和忍城，但其间在围攻忍城时曾受到一定挫折，并因此而受到加藤清正等同僚的嘲笑，认为其指挥能力欠佳。事实上，虽然其指挥能力确实无法与其在内政方面的能力相提并论，但三成也绝非一位庸才。不过致命的是，三成虽十分擅长于战略方面的策划和调度，却缺乏一位名将所必须的果敢，在面临决定性时刻时常犹豫不决。
在后来的朝鲜战役中，石田三成与大谷吉继一同担任船奉行，卓越地完成了将16万日军送过对马海峡的重任，其后又被秀吉派往朝鲜作为总奉行监督前线诸将战况。但由于与加藤清正等人的不和，三成在抵达朝鲜后行事处处受限，他对日军战线过长、兵力过于分散的担心也被视为怯懦。在此期间，三成奉命向秀吉汇报前线诸将的功过。不过这却加深了加藤清正等人对其的不满，因为三成在报告书中将诸将的过失无一遗漏如实上报，导致秀吉多次写信斥责前线将领。
1600年西军的实际领导者石田三成
由于三成无论在实力还是声望上都无法担任统帅，西军只得推举拥有120万石封地的毛利辉元前往大坂担任名义上的主帅。在加入西军阵营之前，毛利辉元认为单凭孤僻的三成根本无法召集起一支能够与家康相抗衡的大军，因此倾向于加入东军。但在其谋臣安国寺惠琼的劝说下，辉元最终选择加入西军。如果加入东军一方，虽然自己与德川相加的实力足以压倒西军，但德川胜利后自己却只能成为其重臣。如果加入西军，虽然在未来的决战中有可能遭到惨败，不过一旦击败德川，在前田利家已死的情况下，自己便可成为首席大老，取代德川家康获取天下的实权。
与此同时，另一位大老宇喜多秀家则被推举为西军副帅。不过这并不影响石田三成作为西军事实统帅的地位，而毛利辉元也决定留守大坂，将3万毛利军的指挥权交给了年仅19岁的养子毛利秀元。这一安排虽然使得石田三成能够最大限度地自由行动，但却也使西军失去了统一指挥，而石田三成在战场上是无法对其余诸将形成绝对统帅权的。更为严重的是，毛利秀元本人并不支持毛利氏加入西军，而吉川广家等毛利家臣则更是在暗地中与东军方面的黑田长政进行谈判，表示毛利军不会与德川为敌。
虽然毛利军统帅层内部一片混乱，但西军的副帅宇喜多秀家还是抱定了反对家康的决心。宇喜多秀家本是秀吉早年从宇喜多家收养的养子，后来在信长安排下重回宇喜多家继承家督。早在本能寺之变前，宇喜多秀家便曾率军随秀吉一同征讨毛利氏，后又参加了九州征伐等行动，受封备前国、美作国和播磨国西部以及备中国东部57万4000石封地。
在1592年第一次侵朝战役期间，宇喜多秀家曾担任第八军指挥官，并在碧蹄馆会战中取得过击败明朝军队的胜利。不过由于其手下众将不服节制，而其本人又时常为争抢功勋而亲率部队冲锋陷阵，后来还曾因此受到了秀吉训斥。不过在返回日本后，宇喜多秀家的官位还是晋升为从三位中纳言，并在秀吉晚年以21岁的年龄成为了五大老中最年轻者。
此外，秀吉的另一位养子小早川秀秋也加入了西军阵营，此人后来在关原之战中背叛西军，对后者的右翼进行猛烈打击，在会战中扮演了极为重要的角色。事实上，早在第二次侵朝战役时期，小早川便与石田有所芥蒂。
在日军1596年战役中，秀秋被任命为日军主帅，但其低劣的统帅能力却暴露无遗，并做出了很多十分轻率的举动。此外，小早川秀秋还参与了很多屠杀百姓的暴行，而后一行为也使他在石田三成向秀吉报告后受到了减少封地的惩罚，直到秀吉死后才在德川家康的活动下恢复旧领。关原会战前，小早川秀秋本倾向于支持德川家康，但石田三成以秀秋做过秀吉的养子为理由说服其加入了西军。不过德川家康也并没有放弃劝说小早川秀秋，要求其在战场上倒戈。而秀秋自然也没有拒绝家康的要求，这样一来，他只要在决战场上与占据优势的一方联手便可保证自己的荣华富贵。
7月19日，西军兵临伏见城下。鸟居元忠虽然兵力薄弱，但其防御却十分英勇。直到十天之后，石田三成才通过威胁斩杀一位城内将领留在大坂的家室将其买通，并在城内点燃大火。到了此时，伏见守军仅剩200余人，鸟居元忠率领残部发动了数次反击，直到全军仅剩10人时才选择切腹自杀。至8月1日清晨，西军终于占领了伏见城，但却付出了3000人的代价。
在此之后，石田三成开始向大垣城进军，同时命令毛利秀元与宇喜多秀家、小早川秀秋进攻伊势国，大谷吉继则前往北陆牵制加入东军的前田利长等人。按照计划，在确保近畿之后，三支部队将在控制着中山道的岐阜城附近会合，并以此为基地向尾张和三河前进，寻求在有利情况下与对方决战的机会。不过在此之前，西军的兵力却要被分散延伸到整个本州岛南北两岸之间，如果家康迅速返回美浓，三成便要面临极大危险了。
更加致命的是，对于一支部队的集中工作而言，最为重要者无疑是对于集结点的掩护。认定对方无法迅速返回西线的石田三成却不做此想，虽然他将岐阜城选为西军的集中地点，但却并没有留下足够的部队掩护岐阜城，反而将绝大部分士兵分散开来进行一系列次要的围攻战，在中山道方面仅留下了不到一万人，其部署位置也是岐阜城后方的大垣城，而没有推进到岐阜城以东对其加以掩护。这样一来，当东军回到美浓时，所需要面对的便只是岐阜城主织田秀信手中不足3000人的守军。
在此期间，石田三成曾计划利用东军诸将留在大坂城内的妻儿作为人质，试图尽可能使东军发生分裂。不过虽然石田三成派出了士兵对诸将宅邸进行监视，加藤清正、黑田长政、黑田孝高等人的妻子还是成功逃出了大坂，细川忠兴之妻玉子则在面临西军劫持时选择让家臣将自己杀死。得知后一事件之后，石田三成开始担心继续执行这一计划反而会激怒东军将领，此后再也不敢过分威逼东军家眷，导致其人质计划彻底失败。东军诸将非但没有受到牵制，反而更加深了其对三成的愤恨。
细川忠兴与细川玉子雕像。在战役刚刚开始时，石田三成曾希望扣押东军诸将留在大坂城中的家眷来瓦解东军，但细川玉子的自杀却使三成不再敢于使用暴力控制这些家眷，使计划归于失败
石田三成曾邀请细川忠兴之父细川藤孝一同参战，并试图利用玉子作为人质劝服藤孝。玉子死后，三成便放弃劝服细川藤孝的计划，转而利用集中在丹后地区的15000人向藤孝的田边城进攻，后者立刻组织起500人马宣布加入东军，并准备坚守城堡。此时德川家康仍然远在会津边境的小山，田边城几乎不可能坚守至双方决战之时。在最初的交战过后，细川藤孝便转而开始利用自己作为一位文化名人的声望，声称希望将城内藏书转赠天皇的弟弟八条亲王，以免书籍遭到战火焚毁。西军对此予以同意，藤孝则借机向八条亲王求救，后者立刻说服天皇向丰臣秀赖下达敕令，要求西军停止进攻田边城，因此这一围攻便被拖延了下去。
清州城和岐阜城分别扼守着东海道和中山道，只要能够攻克这两座城池便能切断横穿日本的重要交通线。清州本身是东军将领福岛正则的封地，现在由其部将大崎玄幡镇守，而镇守岐阜城的织田秀信则支持西军。为确保自己在返回日本西部时所需的交通线，家康在8月5日率军从小山回到江户后，首先派出福岛正则、黑田长政、本多忠胜、井伊直政以及细川忠兴的总计20600人作为前卫，沿东海道前进，在家康主力抵达之前确保对清州的控制权，并跃入中山道进攻岐阜。在此之后，他又派遣池田辉政、浅野幸长以及山内一丰率领的13100人为前者提供支援。
在派出前卫部队进攻岐阜城之后，家康命令自己的儿子德川秀忠率领36000人沿中山道进军，准备在尾张与福岛正则的前卫会合，其余大名也会紧随其后。而家康本人则准备在前卫将交通线打通后再率领32700名德川主力军从江户出发，前往美浓与前卫会合。家康之所以采用分兵前进的方法，原因很可能在于他认为仅凭东海道一条交通线难以供养自己超过13万人的大军，而对于自己的战略右翼也有加以掩护的必要，因此一部分军队必须绕道中山道，并肃清沿路加入西军的大名。
我们必须记得，十年之前丰臣秀吉之所以能够在类似的情况下在关东供养20万人的大军围攻小田原，不仅是由于他手中握着一支德川家康不曾拥有的庞大舰队，而且当他在小田原城确立了围攻局面之后，大部分军队便开始围攻各地要塞，并从当地征发粮秣供养大军，后北条氏却完全没有能力对此加以干扰。1600年的德川家康却是既没有舰队，又没有时间和足够部队来进行这些工作的。不过一旦前卫部队确保了清州和岐阜两地之后，情况就又会发生变化。这两座城堡所控制的土地完全有能力作为独立的作战基地，单独负担起供养东军前卫的需求。德川家康从江户出发时，前卫部队已不再需要关东作为其补给和作战基地了，整个东海道只需供养德川家康一支军队即可。与此相对，石田三成如果无法占领清州和岐阜，他便永远无法建立起一个有效的前进基地，其主要给养来源仍需从大坂送至前线，整条交通线长达数百公里，而东军前卫却仅有数十公里而已。
东军的机动（7月25日至9月15日）
不过这一安排事实上也给了石田三成一个绝佳的机会，如果西军能够在抵达大垣城之后迅速将主力部队集结起来进入尾张，并攻克清州城，西军便可以插进东军两支部队之间，使其难以会合在一起；福岛正则等前卫部队也将被孤立，无法得到距离过于遥远的家康支援，必须面临与优势敌军进行战斗的绝境。
东军总数超过33000人的前卫部队在8月13日抵达清州，在经过一周的休整，并对其后勤体系进行重组之后，从20日开始向北方的岐阜城发动进攻。虽然西军主力部队此时仍然分散在近畿和北陆地区以确保两翼的安全，但由于小西行长的4000人已经到来，大垣城的石田三成此时手中也已经拥有超过一万人。在三成获悉对方即将进攻岐阜城后，他立刻在22日将自己与小西行长相加的大约一万人推进到了大垣城以东3公里的揖斐川西岸，其前卫岛津义弘的1500人则进一步前进到了主力前方两公里的长良川西岸，希望在东军向北推进时打击在对方左翼上。
岐阜的陷落
不过东军的行动却远比他想象得更为迅速。早在当天凌晨，岐阜城主织田秀信仅有的3000余人便已经被池田辉政、浅野幸长以及山内一丰等人的13000人从木曾川沿岸逐退，同时福岛正则也击败了石田三成部署在长良川以东的前哨部队，而石田三成在福岛正则等军的大约两万人开始沿东北方向赶往岐阜城时，却因时间上的延误而来不及攻击对方。到8月23日，岐阜城终于被东军攻陷，仅仅一天之后，东军的前卫部队便进抵大垣城西北方向的赤坂，并在此后20天时间里始终与大垣城的石田三成保持着相持态势，而三成在这一天却并没有对连续越过长良川和揖斐川的东军进行任何干扰。
到此时为止，石田三成不仅没能阻止对方攻克岐阜成，就连自己的左翼也已经遭到了迂回。若非岐阜城本身也需要加以掩护，而这一时代的日本军队又是如此缺乏骑兵的话，假设东军前卫能够立刻向西派出几千名骑兵进入此时完全无人据守的关原，那么三成经由佐和山城通往京都和大坂的交通线便将被完全切断。东军前卫在没有与西军爆发大规模会战的情况下，仅凭迅速地行动便完成了确保中山道交通线的任务。而石田三成只好掉转自己的正面，以使自己能够面对着赤坂的东军前卫。9月1日，家康在获悉前线进展后终于从江户出发沿东海道前往清州，与从大坂前往江户时所花费的40天相比，这一次家康在两周之内便赶到了美浓，而西军对此却并不知情。
与家康本人的顺利进军不同，德川秀忠率领的另一支部队却在中山道遭遇了极为强烈的抵抗。按照家康的命令，秀忠应在途中切断西军真田昌幸和其次子真田信繁所据守的上田城，其后在9月14日左右与家康在美浓会合。不过秀忠在于9月5日进至上田城附近时，却没有选择在留下一支监视部队后即率主力前往决战场，而是被真田昌幸的挑衅激怒，愚笨地选择对其进行围攻。虽然真田军仅有1000到2000余人，但却成功拖延住了秀忠的脚步。而秀忠直到4天后的9月10日才意识到自己已经在上田城耽搁了过多时间，遂解围西去。但当秀忠军赶到决战场时，关原会战早已结束了，其手下的36000人最终未能在关原的决战中发挥任何作用。如果秀忠能够及时赶到战场，家康便能够在决战场上集中大约125000人的部队，在数量上压倒西军的85000人，即使小早川秀秋等人没有变节也足以击溃西军防线了。而秀忠的迟到却使家康失去了这一机会，甚至在决战场上一度面临失败危险。为此家康在战后对于秀忠行动的迟缓极为愤怒，几乎命其切腹。
在秀忠围攻上田城的同时，西军也被拖入了一场围攻战，其目标则是京极高次守卫的大津城。京极高次原本隶属西军，但在受大谷吉继之命前往东北方作战时却突然改变行军方向，带领着自己的3000人返回了琵琶湖西南端的大津城，并立刻与东军通信，同时开始准备守城。由于大津城距离京都距离很近，并且威胁到了从大坂城到大垣城的交通线，因此西军必须将其攻克。
9月8日，毛利元康、立花宗茂以及筑紫广门率领15000人赶到大津城下，同时增田长盛所率领的舰队也切断了大津城在琵琶湖上的交通线。由于大津城北靠琵琶湖，东、南、西三侧又掘有以湖水填充的护城河，仅有四座桥梁联通城堡内外，因此十分坚固。为避免陷入长时间围攻，毛利元康多次派人劝说高次投降，甚至连丰臣秀赖的母亲淀姬也召见了高次的妻子，希望后者能说服高次，但均不奏效。
在一切手段均被证明无效之后，毛利元康只得在10日开始强攻，并将自己直属的11500人部署在了大津城西侧的正门面前，而立花宗茂和筑紫广门的部队则被部署在了大津城南面和东面。由于大津城地势险要，西军一时难以攻破，而对方甚至还派遣赤尾伊豆和山田大炊带领500余人出城进行了成功的反击。《大津笼城合战记》记载到：“山田、赤尾素经战阵，智勇兼备，轻易摆脱了敌军，高唱着凯歌回到城内。”
毛利元康久攻不克之下，于13日调来了大炮轰击城池，击伤了天守阁的梁柱，使城内发生极大混乱。毛利元康和立花宗茂立刻趁机发动强攻，最终于次日攻入大津城内，迫使京极高次投降。不过到了此时，关原会战已经即将开始了，毛利元康与德川秀忠一样因围攻战拖延时间而没能参与决战，使西军在决战场上的兵力减少了15000人。
岐阜城失陷后，石田三成只能将一部分军队的集结点改为大垣城西方的关原隘口以封锁中山道，而其余部队则前往大垣城，在两方面均完成集结后，西军才能对岐阜方向进行反攻。此外，三成还要求毛利辉元亲率留守大坂的西军部队前往大垣。由于毛利秀元的3万人在围攻安浓津城时延误过久（此城直到8月25日才终于陷落），毛利元康被拖在大津城，毛利辉元又在家臣阻挠下停留在大坂迟迟不动，西军的集结也十分缓慢。
不过之所以三成一直没有采取更为主动的行动，很可能是由于他并没有认清东军控制住交通线所带来的巨大优势。而且他也认为即使家康能够迅速赶到岐阜，也会被自己吸引到大垣城这一方面。此时兵力超过17000人的宇喜多秀家已经赶到大垣，三成手中的兵力达到了25000人以上，足以确保大垣城在短时间内不被攻陷，关原守军则可以借此对家康的后方或侧翼发动进攻。毛利秀元于9月7日抵达了位于关原和大垣城之间的南宫山，三成手中已经集结了超过6万人的部队，而此时东军的前卫数量即使在不断与后续援军会合后也从未超过5万人。虽然大垣城对于从侧翼威胁中山道交通线而言是一个绝佳的阵地，也在相当时间内使东军前卫不敢前进。但如果石田三成此时率领部队对赤坂发动一次攻势，东军的前卫便可能会被压迫着向岐阜城方向撤退，以求与正在赶往前线的德川家康靠拢。这样一来，石田三成便能够夺回中山道。不过在此期间，石田三成却完全没有任何发动进攻的意图，反而仍在不停写信给毛利辉元，催促后者尽快带领援军从大坂出发支援前线战事，从而浪费掉了这一良机。
西军的集结（之一）
西军的集结（之二）
在东军方面，德川家康在9月10日接到小早川秀秋的来信，后者声称自己愿意与东军联手，在战场上倒戈进攻西军。一天之后，家康亲率的主力部队抵达了清州。此时他肯定已经获知西军主力的所在位置，因此遂决定进入中山道与对方决战。9月14日，家康抵达了大垣城东北方的赤坂，福岛正则等人早已在此宿营与西军对峙，等待家康和秀忠。赤坂营地面对着一条名为杭濑川的小河，而在下游大约5公里处便是西军的集结地大垣城。
到了此时，石田三成所处的局势已经是间不容发了。直到此时他才终于认清，德川家康已经赢得了这场兵力集结的时间竞赛。家康的突然出现也使西军诸将立刻陷入了恐慌，因为东军现在已经集结了超过十万人的部队，在数量上完全压倒了大垣城附近的6万名西军，这一优势使家康足以在确保侧翼安全的情况下击败关原或大垣城两支西军部队中的任意一支。家康若是向关原前进，石田三成便会被切断在大垣城，其通向大垣城以及近畿的直接交通线也会被切断，6万人的部队将无法得到充足给养，崩溃只是时间问题。而家康若是决定向大垣城推进，那么他便能够获得一个以接近两倍兵力击败石田三成本人和西军主力的机会，这样一个胜利无疑足以像后来的关原会战一样具有决定性意义。在这两种手段中相比，又是以后者更为直接有效。留给西军的时间只有第二天黎明之前这不到18个小时，如果西军在这段时间结束后还是留在大垣城的话，失败便将注定了。不过在做出任何决定之前，三成的部将岛左近建议先对东军的营地进行一次小规模突袭，以确定对方的实力，并振奋己方士气。
三成同意了，派遣岛左近和宇喜多秀家的家臣明石全登分别率领500人和800人前往赤坂。在岛左近抵达杭濑川后，他将自己手下的500人分为两部，只派出了250人渡过河川进攻东军，而另外250人则埋伏在东军营地对岸的树林中。与此同时，明石全登则将手下800人全部投入了突袭。岛左近的突袭部队在利用一座桥渡河后对东军中村一荣的部队进行了短暂突袭，其后便退回了对岸。而中村则立刻派出数百人进行反攻，但在渡河后便遭到了岛左近埋伏在树林中的250人攻击，只得在西军追击下退回了赤坂，并遭到了明石全登的夹击。
《杭濑川合战屏风图》中节选的明石全登所部以及岛左近与东军进行交战的场景（之一）
《杭濑川合战屏风图》中节选的明石全登所部以及岛左近与东军进行交战的场景（之二）
在岛左近进行突袭时，德川家康正在军营中准备吃饭。收到西军进攻的消息之后，家康立刻断定对方只是在进行一次旨在探明自己阵地情况的有限侦察行动。因此他并没有命人为他穿戴盔甲，而是登上了自己营帐的顶部观察双方战斗。最初家康非常赞赏中村一荣对于西军突袭的快速反应，但当他看到中村为追逐对方而渡过杭濑川后，便认定后者必将遭到反击。虽然东军的另一位将领有马丰氏带领数百人救援中村，最终还是被岛左近击败，家康最后只得命令本多忠胜率领500人掩护其撤退，两军主力之间的第一次交战也就此收场。虽然这只是一场伤亡人数总计不足100人的前哨战，但却使西军在士气上得到了振奋。若非这一场小战的功劳，西军的士气甚至可能根本无法支撑一场大规模的决战了。
当此之时，岛津义弘建议西军应在夜间对东军发动夜袭，照其观察，东军在将近半个月的快速行军后，一部分部队已经精疲力竭。宇喜多秀家对此也表示支持，并宣称只要当夜发动进攻，西军必将获胜。但石田三成却反驳说对东军进行夜袭是懦夫的行为，只要能够与对方进行堂堂正正的决战，西军便必然能够取胜。
其实，由于东西两军之间有杭濑川相隔，河上的桥梁也在白天的战斗中遭到破坏，西军如果渡河发动大规模夜袭，极有可能在战斗前便陷入混乱，从而无法发挥自己在体力上的优势。一番争论之后，宇喜多秀家接受了三成的命令，而岛津义弘却认为自己受到了侮辱，并决定当会战来临之时自己将按兵不动。
无论如何，三成的这一决定在事实上是拯救了西军的命运，因为当晚的暴雨使一切攻击性行动都无法进行。如果西军真的为夜袭行动而在大垣城以北展开而不是像后来一样退往关原，那么当第二天黎明大雨停止之后，他们便将完全暴露在家康的十万人面前了。
在拒绝夜袭行动之后，石田三成所要选择的便是在何处与东军进行决战，而这一地点事实上是早已决定了的。虽然三成已经犯下了如此之多的错误和延误，但西军所占据的地理却还是让他可以得到有利的阵地来阻挡东军前进，那便是关原隘口。关原町位于大垣城以西约12公里处，中山道、北国街道和伊势街道全部在此经过，只要西军能够扼守住町西的山谷，便可以切断东军沿中山道推进的道路，使家康无法进入近畿，而其南北两侧的山地也足以确保自己的侧翼不被东军迂回。
从9月3日至14日，大谷吉继、毛利秀元、长宗我部盛亲、小早川秀秋等部队便相继在关原占据了阵地，以便在西军能够采取攻势之前封锁中山道。现在石田三成既然已经无法以攻势性目的进行部队的集中，那么他也只能率领宇喜多秀家、小西行长、岛津义弘等部队主动退却到更适于守势作战的新阵地上，只要能够与关原隘口的友军会合，西军便仍能够组成一条足够坚固的防线来阻止家康继续西进。
9月14日傍晚19时左右，石田三成在留下约7500人据守大垣后，率领西军在一片大雨之中启程。由于中山道被东军掌握，他也不敢冒着将侧翼暴露给东军的危险直接向西撤退，而只能选择绕过南宫山南端后再沿伊势街道向北进入关原。这样一来，大垣城守军便可以作为后卫掩护自己的撤退。雨水之大使得西军各部几乎无法看清互相的旗帜，导致行军变得十分混乱。不过到15日凌晨1时，石田三成自己的5800人便已经抵达了关原，而后续部队也开始陆续抵达，随即开始在关原村以西的山谷中展开。
到15日凌晨4时30分左右，西军终于在一片泥泞之中完成了展开，而此时大雨也已经停止，代之以十分浓重的雾气。总人数在84000人左右的西军分为两个部分，一部分据守在笹尾山与松尾山之间的山谷中，而另一部分则停留在战场东南侧的南宫山。石田三成直接指挥的4000名士兵负责保卫其在笹尾山南坡上设立的指挥阵地，在阵地前方挖掘了壕沟并设置木栅，此外石田三成手中还拥有5门火炮。岛左近和蒲生乡舍则分别指挥大约1000人部署于石田的旗本前方。这样一来，三成便可以利用自己的部队掩护整个西军左翼，只要东军无法攻克由他亲自镇守的阵地，西军左翼就很难被对方攻破，而对方也无法对其进行迂回。
与石田三成一同部署在左翼的还有织田信高率领的1000名自发参战的丰臣武士以及岛津义弘率领的1500人。一同与小早川秀秋的15600人被部署在右翼的则是赤座直保、小川祐忠、朽木元纲、胁坂安治以及大谷吉继之子木下赖继。小西行长的4000人和宇喜多秀家的17200人则构成了西军中央的主力。此外，大谷吉继、平冢为广、户田胜成等人也被部署在中央。中央部队的位置要比两翼稍微靠后一些，这样一来，当东军沿着谷地对西军中央发动进攻时，西军的一翼或者两翼便可以打击在对方侧面上。
与此同时，在小早川秀秋以东大约3公里处的南宫山上还布置有毛利军和长宗我部军，其中毛利秀元亲率16000人位于南宫山北坡，吉川广家4000人、安国寺惠琼1800人、长束正家1500人以及长宗我部盛亲6600人则被部署在山脚下。这支部队总人数将近3万人，对家康的后方和中山道交通线构成了极大威胁。但毛利秀元和吉川广家却毫无战意，根本没有进攻德川军的打算，在后来的决战中只是固守南宫山观望两军交战。
部署完成后，三成又前往小早川秀秋在山谷南侧的松尾山阵地，告诉后者他已经将自己的部队部署在关原以北的笹尾山脚下。在此之前，石田三成听到流言称小早川秀秋与家康之间有所约定，现在他便一再要求秀秋向自己承诺忠于西军，并且许诺在西军战胜后授予秀秋关白一职和10万石封地，后者随即表示自己将在战斗中对东军侧翼进行猛烈打击，并与三成约定了烟火信号。
离开小早川秀秋的阵地后，三成又前往与小早川军北翼相连的大谷吉继军中，并将自己的作战计划告知了后者。按照计划，西军将在战斗中采取守势，等待东军主动进攻，在利用部署于山谷中的左翼和中央缠住东军正面进攻后，小早川秀秋应率领西军右翼从东军的南方席卷其左翼，同时在小早川以东3公里处的毛利军则应前进到中山道，打击在东军的后方。根据石田三成的乐观估计，如果一切顺利，家康到中午时分便将命丧黄泉了。
德川家康在得知西军离开大垣城后，很快便收到进一步的情报，明确了西军的动向。家康立刻认清如果自己不以此为契机与西军进行决战，坐等西军在关原建立坚固防线的话，自己沿中山道通往佐和山城和近畿的作战线就会被对方切断。但如果自己抢先凭借中山道更短的行军路线取得时间上的优势，那么东军反而有可能在石田三成抵达关原之前便切断伊势街道，将对方两翼完全切断。由于小早川秀秋和吉川广家已经事先通知家康自己将会变节或保持中立，因此后者决定不再等待德川秀忠的部队赶到战场，直接命令东军向关原前进。同时还派出了堀尾忠氏、中村一荣、西尾光教、水野胜成等人率领的11000人对大垣城发动进攻。
在匆匆吃下一碗米粥之后，家康披上了铠甲，但却没有佩戴头盔，并大声宣称此战必将轻松获胜，根本没有佩戴头盔的必要，因而只戴了一顶斗笠便率军出发。15日凌晨两点过后，东军以福岛正则为前卫，开始在大雨中西进。虽然东军行军花费的时间较短，但由于出发时间要远比西军更晚，最终还是比后者晚了两个小时才抵达关原，没有能够抢先切断伊势街道。
抵达关原之后，德川家康将自己的指挥所设置在了南宫山西北方向的桃配山上，紧邻中山道，而其直属的德川军32000人则被部署在指挥所前方，作为东军的总预备队。凌晨四时左右，福岛正则由于行军位置过于靠前而在一片迷雾中闯入了宇喜多秀家的后卫，并发生了短暂的交战。但福岛很快便撤回了自己的部队，与东军其余部队一同在关原町附近占据阵地。不过由于东军行军过于匆忙，进入阵地的时间较晚，而且对于西军的部署也不明了，因此未能完全展开。
关原会战
除3万德川军以外，其余东军部队大部分集中在中山道与笹尾山之间的平原上，并被分为前后两条阵线。福岛正则位于第一线的最左翼，面对着宇喜多秀家和小西行长组成的西军中央，右侧依次为田中吉政、筒井定次、加藤嘉明、细川忠兴以及黑田长政。这些部队相加人数在25000人左右，其阵线一直延伸至笹尾山脚下，面对着石田三成亲自防守的西军左翼。在第二线方面，京极高知、藤堂高虎、寺泽广高三支部队位于关原町以南，松平忠吉、井伊直政、生驹一正、金森长近、织田长益、古田重胜位于关原村以北，总人数在19000人左右。除此以外，有马丰氏、山内一丰、浅野幸长以及池田辉政等14000人后卫部队被留在预备队背后以监视毛利秀元以及长宗我部盛亲，掩护中山道交通线。对于东军而言，其战术目的十分简单，即利用正面上的兵力优势来击败西军的左翼和中央。至于西军的右翼，由于小早川秀秋已经答应变节，因此不必对其加以理会。抵达关原战场的东军人数总计为90000人左右，德川家康在召集众将后鼓励称东军毫无疑问将轻易击败对方。
对一场参战人数多达17万人的会战而言，关原战场就显得十分狭窄了。松尾山与笹尾山之间的山谷宽度仅有两公里，因此自西军左翼的石田三成军到右翼的小早川秀秋军之间的正面宽度也仅有2000米左右，而未能完全展开的东军正面则更是仅有1300米左右的宽度，这就使得东军相对关原隘口方向西军主力的数量优势难以被发挥出来，而进攻的秩序也因地形狭窄而很容易发生混乱。
上午8时，大雾开始散去，双方所在的位置也随之暴露在了对方面前。令所有人都大感惊讶的是，两军之间的距离十分接近，宇喜多秀家与福岛正则之间的距离更是仅有600米左右！对东军而言，自己事实上已被西军引入了一个对自己十分不利的战场。由于各部队大多集中在了中山道以北，其左翼便完全暴露在了西军右翼面前，东军如果不能在短时间内击败西军兵力相对薄弱的左翼，一旦小早川秀秋放弃变节与石田三成联手，从松尾山阵地向福岛正则和藤堂高虎等人进攻，东军左翼便面临崩溃的危险，而这也使家康在相当一段时间内不敢将其手中的预备队投入战斗。不过与此同时，家康所在的位置却也将南宫山的毛利军和西军主力之间的直接联系完全切断了。
几乎就在雾气刚刚消散之时，井伊直政亲自率领的30名赤备骑兵便与宇喜多秀家的部队发生了交战。这些骑兵个个穿戴红盔红甲，背后背负着绘有井伊家“井”字家纹的红色指物，就连马匹的缰绳、马鞍以及长枪都被染成了红色，是德川军中最精锐的部队。井伊直政原本被家康任命为其四子（同时也是直政的女婿）松平忠吉的监护人，但早在大雾仍然笼罩关原时，井伊直政便因为担心自己和忠吉在行列中的位置过于靠后无法赶上战斗，而开始催促松平率军向前移动。
关原会战（之一）
不过这也引起了身为前卫的福岛正则不满，后者认为井伊直政是在和自己争抢功劳。对日本将领而言，能够第一个和对方进行交战是一种莫大的荣誉，而家康早已将这一光荣的任务交给了福岛正则。在福岛的部将可儿才藏阻拦下，直政被迫将步兵抛弃在后，亲自与忠吉带着30名精锐骑兵继续前进。不过当大雾散去之后，二人却突然发现自己已经在不知不觉中冲进了宇喜多秀家的阵地，只得在用铁炮草草进行了几次射击后便退回了己方阵地，待步兵跟上之后才再次发动进攻。
虽然井伊直政的冒失行动本身并没有任何实际意义，但福岛正则还是在听到枪声之后勃然大怒，并立刻率领自己的部队冲向了宇喜多秀家。其麾下的铁炮部队也开始猛烈射击对方阵地，并给对方造成了一定伤亡，但其进攻却在对方铁炮火力和长矛方阵的紧密配合下屡遭失败。
上午9时，原先位于第二线的藤堂高虎、京极高知、寺泽广高也在紧邻福岛正则左翼的位置与西军中央开始交战，黑田长政、田中吉政、细川忠兴、加藤嘉明、筒井定次的20000余人则在福岛军右侧对西军左翼展开猛攻，直接冲向了石田三成的阵地。到了此时，东军与西军在整个峡谷都展开了激烈战斗。除南宫山方面以外，仅有小早川秀秋所指挥的西军右翼以及德川家康的预备队没有投入战斗。不过家康为了掩护自己暴露的左翼并压迫自己的前线部队继续向前挺进，也率领着预备队前进到了关原町背后，距离石田三成的前卫岛左近仅有不足两公里距离，而后者此时正与蒲生乡舍一同对东军进行反击，并成功将对方暂时逐退。
在首次进攻失败后，东军右翼将大批铁炮足轻调到了笹尾山的南坡，不断向石田三成的阵地发射猛烈火力。不久之后，为支援黑田长政、细川忠兴等人的攻势，生驹一正和户川达安也将自己的铁炮部队向前推进到了笹尾山腰，居高临下射击石田军前卫。在东军的猛烈射击下，岛左近被铁炮击中负伤，而石田军前卫也在猛烈火力下纷纷向后退却，丧失了阵地。在岛左近发动反击失败之后，三成只得命令其撤退。
在此之后，东军立刻开始向石田三成推进，后者却突然开始利用手中的火炮轰击东军行列，巨大的轰鸣立刻便使东军失去秩序。而三成也利用这一机会发动反攻，并在将对方逐退之后对田中吉政的部队进行猛烈追击，直到加藤嘉明和细川忠兴重新将部队聚拢在一起对石田军两翼进行反攻后才退回防御阵地。可是虽然如此，石田三成的阵地却还是承受着巨大的压力，超过3万人的东军拥挤在不足两公里的正面上，若非拥有火炮来击散对方的行列，而泥泞不堪的地面又使东军失去秩序，西军左翼在一个小时内就会被对方击败。
不过东军自己的左翼情况也并不好。原先位于关原町南侧的藤堂高虎等人在一定程度上能够为东军左翼提供掩护，但现在却也加入了正面进攻，完全敞开了自己的侧翼。三成所要做的便只是继续坚守住自己的阵地，使东军逐步将所有或大部分预备部队投入对西军中央和左翼的进攻之中，其后便可利用自己的右翼从侧面击溃对方。
关原会战（之二）
与此同时，大谷吉继也在与藤堂高虎、京极高知交战，而小西行长则与织田长益、寺泽广高互相拼杀。东军负责观战并记录战况的太田牛一后来在《关原御合战双纸》中写道：“敌我双方互相拼杀，铁炮与弓箭所发出的声音动摇天地，火药的浓烟使白昼变成了黑夜，敌我双方短兵相接。在一片大火之中，整个日本分裂成了两派势力互相搏斗。”
南宫山方面的浅野幸长在听到东军正面已经与西军开始交战之后，也率领着自己的6000人向西军的长束正家发动了进攻。长宗我部盛亲、安国寺惠琼、吉川广家以及毛利秀元对此却没有做出任何反应。仅有安国寺惠琼一人催促毛利秀元投入战斗，但后者却以其前方的吉川广家堵住了下山道路为由拒绝参战，吉川广家本人则对任何人的催促都置之不理。此外，紧邻石田军的岛津义弘也由于前日与三成之间的不快，自始至终没有与东军交战。也就是说，西军此时仅有32000人投入了实际战斗，而仅凭这些人便已拖住了除东军后卫以及家康3万预备队之外的全部东军兵力。只要小早川秀秋和毛利秀元能够在正确的时间投入战斗，西军便可将胜利握在手中了。
上午10时左右，德川家康再次将自己的预备队向前推进到了关原町以西，接近到了距离三成阵地仅有1公里左右的位置。此时家康虽然仍然在向众将吹嘘己方必将轻松取胜，但他本人却已经发生了动摇。只要小早川军一刻不变节加入东军，家康便一刻不能放心地将自己的预备队投入正面进攻，而自己的前线部队又已经精疲力竭，难以取得突破。与三成相同，家康也只能等待小早川秀秋做出选择。
不过石田三成此时最为关心的仍是受到重压的左翼安危，而岛津义弘的不作为令他十分惊讶，甚至在井伊直政已经冲到岛津阵地前方时后者也没有做出任何反应。三成派出传令兵要求后者行动，但这位传令兵却在匆忙中忽视了礼节，没有下马跪拜，反而在马上便呼喝命令，使义弘愈发不满。不久后三成亲自前来要求他参战，岛津义弘依旧予以拒绝，并非西军统帅的石田三成也无法强令义弘前进，只得悻悻地返回了自己的部队中。
虽然岛津义弘拒绝参战，但战场形势还是朝趋向于对西军有利的方向发展。自石田三成利用火炮轰击东军时起，后者的进攻强度便开始在一片混乱中逐渐下降，宇喜多秀家甚至已经能够发动反攻，挤压着自己面前的福岛正则等部队向前反击，而大谷吉继也能够在坚守阵地的同时发动一些反击，仅有小西行长在东军重压下被迫向后退却了一段距离，但很快也站稳了脚跟。不过由于缺乏支援，宇喜多秀家和大谷吉继也并不敢在反攻中推进过远，因而无法对东军进行决定性打击。到上午11时，从笹尾山到中山道大路之间的战斗已经陷入了僵局，双方均不能在正面战斗中取得足以决定战斗的优势。但相对而言，与行列已经在互相拥挤之中一片混乱的东军相比，西军还是占据了优势。
会战的决定性时机到来了，而石田三成决定抓住机会。三成下令点燃烟火，通知小早川秀秋和毛利秀元对东军左翼和背后发动进攻，只要这两方面总人数多达50000人的部队能够迅速投入战斗，东军前线部队便会在两个方面的打击下迅速崩溃，其后西军全军即可压向家康的预备队，将其包围或击溃，置家康于死地。但令三成震惊不已的是，小早川秀秋和毛利秀元并没有做出任何反应。
《关原合战屏风图》
南宫山方面的安国寺惠琼、长束正家在看到烽火之后立刻认清了三成的意图，并一再派人劝说毛利秀元和吉川广家参战。不过即使秀元决定出动，其军队走下南宫山的道路也被吉川广家挡住了，而广家对此根本没有理会。如果没有毛利秀元的大军支援，安国寺惠琼和长束正家单独前进无异于自取灭亡，因此也只能焦急地等待。而位置更靠东的长宗我部盛亲在催促吉川广家时甚至只收到了后者正在吃饭、需要等待一段时间才能下山的愚蠢借口，只得选择观望毛利军是否投入战斗。有这样的盟军，哪怕石田三成是八幡菩萨再世，也打不赢这一仗了！
与此同时，大谷吉继和小西行长相继派出传令兵恳求小早川秀秋参战，但后者却依旧不为所动，既没有帮助西军攻击对方暴露的左翼，也没有加入东军攻击西军右翼。毫无疑问，对于小早川秀秋而言，自己已经答应家康变节，但眼下西军形势占优，而三成又以关白之位相许，因而犹豫不决起来。这位软弱的小早川到了此时便只有按兵不动，静待事态发展。
德川家康也看到了这一幕，并开始怀疑小早川秀秋到底用意何在，只得派人去询问一直作为中介人协调秀秋变节的黑田长政，而后者在一片匆忙之中草草回复说他自己也并不清楚，只是派出了大久保猪之助前往松尾山小早川秀秋阵地上催促后者变节。大久保到达松尾山之后立刻揪住秀秋家老平冈赖胜的盔甲，然后拔出自己的协差威胁秀秋说如果他不立刻变节，自己就要杀死赖胜和秀秋。
家康对于战局发展以及小早川秀秋的意图也愈发紧张起来，甚至开始咬起了自己的指甲。很多文学家或历史学家声称为逼迫小早川秀秋参战，家康曾被迫采取了一个极为冒险的行动——命令手下一队铁炮兵向秀秋指挥所的后方开火。要知道，岛津义弘正是因为鸟居元忠在黑夜中对其进行误击才加入了西军，而想要从尾松山脚下向秀秋开火也几乎是完全不可能的。此时小早川秀秋本人也已经焦急万分，时间一分一秒地流去，日本的命运就握在自己手中，而他却不知道该在东西两军中作何选择。不过无论这次铁炮射击是否存在，大久保的威胁还是终于使小早川下定了决心，如同从梦中惊醒一般命令手下的15600人冲下松尾山，而其选择攻击的目标则是大谷吉继。
作为一位麻风病人，大谷吉继身体十分虚弱，无法在马上指挥作战，而且视力也已经几乎丧失，只得命人用担架抬着自己指挥部队，但这却没有影响他的指挥能力。早在战斗开始之前，他便对小早川秀秋的变节做出了准备，在看到秀秋的部队从松尾山冲向自己之后，吉继迅速从正在与藤堂高虎、京极高知战斗的部队中抽调了600人掩护自己的右翼，原本大谷吉继将木下赖继也布置在了自己右侧预防秀秋，但这支部队却早已被吸引到了正面的战斗上，无法调回来了。到了此时，大谷吉继唯一的希望便是与小早川秀秋前方的赤座直保、小川祐忠、朽木元纲、胁坂安治连接在一起，在西军中央的右翼重新建立起一条防线，但这四人却在小早川秀秋大军的挤压下冲向了大谷吉继的右翼。后者仅有600人的部队无法抵挡接近两万人攻击，到下午13时左右几乎全军覆没。
关原会战（之三）
大谷吉继已经认清自己无法再抵挡秀秋了，在两面作战的压力下，自己的正面也很快被藤堂高虎等人攻破，连完整撤退都已经不再可能。大谷吉继在绝望中选择了决死冲锋，很快手下士兵即死伤殆尽，而他本人也切腹自杀。为避免自己的首级落入对方手中，吉继命令汤浅五助在自己切腹后将首级埋藏起来。汤浅五助完成了大谷吉继的遗愿，东军后来费尽全力也没能找到其首级。而汤浅五助本人则在将吉继的首级藏好后后切腹自杀。
击溃大谷吉继之后，小早川秀秋便开始在其余变节部队以及东军左翼支援下攻击宇喜多秀家和小西行长的阵地。与早就为应对小早川秀秋变节做了准备的大谷吉继不同，宇喜多军和小西军根本没有预料到自己会遭到友军的攻击，没有在自己的侧翼准备任何保护措施。在大谷吉继遭到攻击之后，西军中央这两支最为强大的部队便陷入了一片惊慌之中，因此在遭到小早川秀秋的侧翼攻击不到20分钟之内便开始崩溃，福岛正则、井伊直政等东军部队也一再从正面发动猛攻，很快便将先前一直在英勇战斗的西军中央彻底击溃了。宇喜多秀家本人在震怒之下试图亲自率领残部发动冲锋，发誓要亲取小早川秀秋的首级，但最终还是在家臣劝说下退出战场，并与小西行长一同在13时30分左右向伊吹山方向退却。
随着战线中央的崩溃，西军开始全线溃败，德川家康的预备队也终于投入到了战斗中。这3万人的加入使东军立刻击溃了所有还在抵抗的西军。岛津义弘此时也意识到自己如果再不退出战场，无疑会在此地全军覆没。此时其阵地周围已经布满了井伊直政和松平忠吉的部队，准备将其包围起来。而义弘突然做出了一个极为果敢的行动，率领部队向东发动猛烈突击，试图突破至关原町附近后再沿伊势街道向南撤退。
井伊直政和松平忠吉二人则并不愿意让义弘轻易逃走，因此重新将部队聚拢在一起对岛津军进行追击，不久之后，德川本军的本多忠胜也加入了追击行列。到义弘完全退出战场时，身边只剩下了50余人，跟随其一同来到关原的侄子岛津丰久也在掩护义弘撤退时被井伊军杀死。不过在追击过程中，井伊直政和松平忠吉均遭到岛津军铁炮击伤，前者在中弹后更是直接落马，被迫在部将簇拥下退出战场。虽然在关原会战结束之后直政仍然参与了不少军事行动，但18个月后，他却因枪伤复发而死于破伤风，其时年仅42岁。
岛津义弘在进入伊势街道后便开始沿南宫山继续向东南方向撤离，在其行进过程中刚好从长宗我部盛亲的后卫阵地经过，导致后者认为自己遭到了奇袭，从而引发了一阵混乱，直到认清对方是岛津军后才平息下来。不过在听到西军主力已经遭遇惨败之后，南宫山的西军部队也开始向大坂撤退。
关原会战中向岛津义弘阵地进行的井伊直政
在笹尾山方面，与宇喜多秀家、小西行长相同，石田三成的部队在看到小早川秀秋变节以及大谷吉继被歼灭后同样受到了巨大震动，岛左近和蒲生乡舍的前卫在12时30分左右终于溃败，三成的旗本也在14时左右彻底崩溃，三成本人只能带领少部分家臣向北逃入山区。在此之后，家康便宣布战斗结束。
东军宣称斩杀了32000名西军士兵。考虑到双方在很长一段时间内都处于胶着状态，西军又在小早川秀秋变节后短时间内便溃散而逃，同时南宫山方向的3万人也根本没有参加战斗，因此这一数字无疑存在着不少夸张成分。不过除毛利军和长宗我部军以外，西军其余部队均被彻底击溃，无论伤亡数字具体为多少，这些部队在事实上都已经是被彻底消灭了。此外，东军宣称自己的阵亡数字在4000人左右。
由于西军无论是在实力上还是威望上均已彻底崩溃，因此家康也并不急于对其残部进行追击，而是直接停留在原地等待其部下重新集中和重组，东军诸将也纷纷赶到家康的营帐向其报告自己的功绩。黑田长政第一个回到营帐，受到了家康的热情款待。家康将一柄名贵的协差送给长政，并亲自将其插在了后者的腰间。紧接而来的本多忠胜、福岛正则也得到了家康大肆赞扬。当负伤的井伊直政在松平忠吉照顾下走进帐幕时，家康还亲自为其包扎了伤口，而井伊直政则告诉家康说忠吉在这一天表现十分英勇。
不久之后，小早川秀秋也来了，当他走到家康面前时立刻便哭拜在地，恳求后者原谅他曾参与围攻伏见城的罪责，并提出自己愿意亲自率军攻取三成的领地佐和山城以戴罪立功。家康答应了秀秋的要求，并对其在决战关键时刻加入东军表示感谢。
会战结束后在本阵检视对方武士首级的德川家康（中坐者）
东军在取得决定性胜利后的第一个目标便是佐和山城，小早川秀秋得偿所愿地成为了东军前卫，并在关原会战当夜便与田中吉政、福岛正则、藤堂高虎、池田辉政、胁坂安治、小川佑忠、朽木元纲等部一同先行出发，其余部队则迟至16日昼间才前往佐和山城。
石田三成本人在从关原逃走后没能及时返回佐和山城，而守城的重担便落在了其父石田正继和兄长石田正澄的肩上。父子二人手中仅拥有2800人的守军，虽然在最初进行了激烈的抵抗，但在17日家康本人抵达后士兵们的士气便一落千丈，被对方攻入城内。石田正澄在绝望之下开始与东军和谈，并以石田一族男丁全体切腹为条件争取保全城内守军和百姓的安全。不过由于东军之间依旧存在互相争夺战功的情况，田中吉政在18日清晨突然攻入本丸，城内燃起大火，石田一族也在混乱中相继切腹自杀。5天后，早在关原会战的同时便已经开始的大垣城围攻也在西军守将福原长尧投降后告终，长尧本人于9月28日切腹自杀。
9月21日，德川秀忠终于在大津城追赶上了家康的部队，但此时他的到来已经显得毫无意义了。由于家康恼怒秀忠因行动迟缓而险些葬送整场会战，因此拒绝接见后者，直到当天夜间才在家臣劝说下与其相见，但却始终一言不发，直到多年之后才原谅秀忠的愚行。
自第二天起，东军长驱直入向近畿地区前进，最终于9月27日进入大坂，为整个战役的主要战斗画上了句号。虽然毛利秀元在关原战场上态度消极，但此时却劝说毛利辉元坚守城池，不过后者最终还是在没有进行任何抵抗的情况下便在东军抵达前撤回了自己的西国领地。此后，东军很快便平定了全国各地的西军余党，使日本重归和平。
在秀忠赶到大津城的同一天，石田三成在伊吹山被东军抓获。三天之前，与三成同样逃往伊吹山的小西行长也在逃亡无望的情况下自行向家康投降，而说服毛利辉元参加西军的安国寺惠琼则在京都被捕。在三人被押送至大津城后，家康下令将三人送往京都斩首示众。10月2日，三人在京都六条河原被斩首。
据说三成在行刑前曾因饥渴难耐而向士卒要求给自己一碗米汤。由于来不及准备，士卒们只得摘了几个柿子交给三成，但三成却说柿子对肠胃有害而拒绝了。士卒们立刻便开始嘲笑三成将死之时却还有如此之多的讲究，后者却答道：“怀抱宏图志向之人，即便下一刻就人头落地，也应关注自己的生命。”三人死后，首级被挂在三条桥示众。后来一同劝说毛利氏参加西军的长束正家在城池被东军攻破后也切腹自尽。其首级被家康找到后与三成等人挂在了一起。
西军的副帅宇喜多秀家在从关原战场上逃走后一路亡命到了九州岛最南端的萨摩，其麾下的57万石封地全数被家康没收。不过萨摩岛津氏本身也是关原会战的败者之一，在战后费尽九牛二虎之力才保住了自己的封地，使其没有受到削减，因此岛津氏的新家督岛津义弘之子岛津忠恒不愿为秀家提供庇护，反而将其交给了德川家康，只是在同时恳求家康饶过秀家的性命。家康在考虑过后同意了忠恒的请求，将秀家永久性地流放到了八丈岛。秀家在那里一直活到了1655年才以84岁高龄去世，成为了所有参与过关原会战的大名中最后一个去世的。
至于西军的总帅毛利辉元，虽然他本人没有参与到任何实际作战行动中，毛利秀元所率领的前线部队也没有在关原战场上与东军为敌，而且家康本人在战前便答应吉川广家不会削减毛利氏封地，但当战事结束后，家康却背弃了承诺，决定彻底消除毛利氏的影响力，在重新划分全国大名领地时将毛利辉元的封地从120万石削减到了长门、周防两国的36万9000石，就连吉川广家本人的封地也从原先的12万石减少到了36000千石。
家康此时所面临的棘手问题无疑是如对丰臣氏的处理。要建立德川的天下，丰臣氏便必须灭亡。但很大一部分出身自秀吉家臣的大名在参加东军时都并非出于反对丰臣或扶持家康上位的目的，而是出于对于三成的怨恨。甚至于直到关原会战之后，这些人也仍然对丰臣氏效忠，不愿看到丰臣家灭亡。因此家康也不敢立刻撤封秀赖的全部封地，只能将其领地从222万石减少到摄津国的65万石，以免引起仍忠于丰臣的大名反抗。与此同时，家康仍然维持着代替丰臣家掌管天下的名义，而不敢立刻取而代之。
在对西军大名进行了大规模撤封和减封之后，家康总共得到了多达650万石的空余封地用来奖赏东军诸将，而德川氏仅直辖领地便上升到了400万石，再加上家臣各自领地，远远凌驾于其余大名之上。除德川家以外，由于毛利家和上杉家的减封（后者被改封至米泽城30万石），日本仅有的百万石大名便只剩下了加封后达到119万石的前田利长。小早川秀秋被转封至宇喜多秀家的旧领，但两年后便因背负背信弃义的骂名抑郁而亡（由于秀秋没有后代，其领地被家康收回）。此外，福岛正则、加藤清正等人领地也均大幅增加到了50万石左右。
在整个1600年战役中，事实上石田三成错误地分析了自己的形势。如果按照约米尼1804年在《大军作战论》一书中提出的作战线概念来理解西军的计划，我们就可以很清晰地看到其作战线是分为两个阶段的。其中第一阶段始于京都附近的伏见城，在破城后全军采取离心的行动，分别沿中山道进至大垣城，沿北陆道确保左翼安全，沿东海道确保右翼安全。在此之后，全军将集结在岐阜城附近，并在这里结束第一阶段的作战线，开启一条或两条新的作战线，沿东海道和中山道之中的一条或两条道路前进寻找决战的机会。
在转换两条作战线的过程中，岐阜城无疑是最为重要的中转节点。如果西军能够及时完成集中，采取攻势，岐阜城和清州城便将是新作战线的起点。对进攻一方而言，保证作战线，尤其是起点的通畅无疑是确保攻势顺利最重要的条件。但石田三成却并没有做到这一点，反而让对方轻易占据了岐阜城，从而丧失了作战主动权。
与之相对的是，由于东军主力可以沿东海道前进，左翼是拥有海岸线保护的，因此不必像西军一样被迫在两翼均派出强大支队进行掩护，相对集中的兵力使其可以迅速发动进攻，确保同样也是东军作战线中最为重要的决定点——清州和岐阜。当家康在听到西军集中于大垣城附近时，由于东军已经掌握了清州和岐阜之间所有交通线，他便可以不受任何威胁地放弃东海道的作战线跃入中山道，采取岐阜-赤坂-关原-佐和山城的新作战线。
对西军而言，由于关原是中山道附近所有交通线的交汇处，试图在这里切断家康的作战线也是理所当然。但必须注意的是，石田三成本人长期驻扎的大垣城本身，却既不在西军进攻的作战线上，也不在东军进攻的作战线上，而只是一个孤立据点。其战略价值远远低于石田三成的预计，导致家康抵达赤坂并集中足够兵力后只要沿中山道前进便可切断大垣城与关原的直接联系。虽然此后三成仍然通过在决战前夜的快速机动取得了对自己有利的战场，但西军内部的分裂还是使他无法按照自己的计划指挥全军，他在西军中并非统帅的尴尬身份也加重了这一问题，再加上毛利辉元从未亲临战场，为西军失败钉下了最后一枚钉子。
对于整个日本历史而言，家康的获胜却带来了长久的和平。即使东军在关原战场上遭遇失败，缺少实力统帅的西军在胜利后也将会四分五裂。到了那时，无论是遭人记恨的石田三成、少不更事的丰臣秀赖还是困守领地的毛利辉元都并没有统领天下的能力和威望。在东西两军交战的同时，九州的黑田孝高、大友义统等人便认定日本将重回战国时代，因此借九州诸将前往本州作战时攻城略地，寄望于短时间内统一当地，以便在未来日本大乱之时再争天下。
在丰臣家臣与各地大名的矛盾之间，石田三成既无威望也无实力辅佐丰臣家的安泰，再加上加藤清正、福岛正则等忠于丰臣的大名也会因加入东军而遭到裁撤，中央政权对地方的控制力势必会迅速下降，难以统御诸侯；各地大名步黑田孝高后尘纷纷割据一方的可能性也将逐步增大，使日本重新陷入长期战乱之中。
家康的胜利则确保了这种情况不会出现，其威望和实力足以压倒其余所有大名，日本所有大名的封地又在德川氏领导下被重新划分了。石田三成旨在铲除德川家康所进行的努力，实际上却为德川天下奠定了最坚实的基础。家康所获得的威望使日本进入了江户时代的和平中，只要德川氏的军事实力不会陨落，这一时代便可以一直延续下去。若将这些情况与整个世界的发展联系起来，那么这一胜利的意义便会更大。帝国的朝阳此时已在伊比利亚半岛升起，其光芒在16世纪已经笼罩了整个菲律宾，并开始向日本延伸。若日本的分裂和战乱时间愈长，它抵御欧洲入侵或殖民的能力便逾低。那么当欧洲人开始认真看待在日本方面的冒险时，东亚可能提早150年便要面临殖民了。所幸，虽然日本各地在江户时期仍然发生了一些暴乱，但这些战事也已经被彻底地局部化了，并终于使日本进入了前所未有的长达250年之久的和平时代。
关原古战场纪念碑，右侧为一面德川军旗。1603年，家康受封征夷大将军，开创了江户幕府，在1615年彻底消灭丰臣氏后将日本带入了长达250年的和平时期