由于在行动前缺乏广泛的支持，明智光秀虽然成功杀死了信长和信忠，并强迫朝廷册封自己为征夷大将军，其后又占领了山城国和近江国的几乎全部土地，但却难以取得更进一步的进展。与自己有着姻亲关系的细川氏拒绝合作后，驻扎在近畿以内的中川清秀、高山右近等原本隶属其指挥的部队也没有加入明智光秀，随着时间的推进，其地位也愈发危险。他本人也已经认清如果自己不能迅速获得原织田众将的支持，当柴田胜家或羽柴秀吉等人以讨伐叛徒的名义对自己发动进攻时，以明智军现有兵力很难在交战中获得胜利。因此在受封征夷大将军之后，光秀便向全天下发出檄文，要求各地大名与其合作，但这一行动却根本没有得到任何回应，最终他只能在留下明智秀满驻守安土城抵御柴田胜家后自行率军平定近畿。
与此同时，远在备中高松城与毛利军对垒的羽柴秀吉截获了明智光秀的使者。收到信长遭到刺杀的消息之后，秀吉立刻在毛利军尚不知此事时与其议和，并立刻开始准备返回近畿。在按照议和条件要求高松城主清水宗治切腹后自杀后，秀吉于6月6日率军回到了姬路城，随即在将自己的财产分发给手下军队后开始迅速返回近畿，并在途中取得了附近地区的织田众将支持，到11日秀吉抵达尼崎城时，其军队人数已经达到了4万人。
6月13日，明智光秀在大山崎被羽柴秀吉击得惨败。明智光秀在试图逃回坂本城途中被猎杀落难武士以向其对手邀功请赏的百姓杀死。从6月2日凌晨的本能寺之变到6月14日被百姓杀死，光秀以征夷大将军之职自称天下人的时间仅延续了12天便宣告结束了。
丰臣秀吉
在山崎会战中击败明智光秀后，羽柴秀吉在短时间内便扫清了明智光秀的全部残余力量，成功将近畿地区握在了自己手中，接下来其将要面对的则是一系列政治问题。由于信长和嫡子信忠均已丧命，织田家的命运便被握在了羽柴秀吉、柴田胜家等几位方面军司令手中。在这些重臣之中，刚刚击败明智光秀的羽柴秀吉无疑是声望最为显赫的一位。当柴田胜家、羽柴秀吉、丹羽长秀、池田恒兴在清州会面讨论织田家应由何人继承时，柴田胜家在会议上拥戴信长的三子织田信孝，秀吉则以信长早已决定将家督传给织田信忠为由决定拥立信忠之子，此时年仅三岁的织田秀信。丹羽长秀和池田恒兴二人早在山崎会战时便已接受羽柴秀吉指挥，此时自然也站在了秀吉一边，使得秀吉最终成功压倒了胜家，以织田秀信监护人的名义成为了织田氏的实际控制者。
山崎会战
不过在此之后，柴田胜家又与织田信孝以及东海地区的军团司令泷川一益结为同盟对抗秀吉，信长的妹妹阿市甚至还在信孝的主持下嫁给了柴田胜家。这样一来，织田家内部之间的冲突已经无法避免了。1582年12月至1953年7月间，羽柴秀吉进行了两次卓越的战役，分别击败了织田信孝、柴田胜家和泷川一益。在这些战役中，与织田信长一样，羽柴秀吉也是凭借着对京都的内线优势，才能以总数并不占优的兵力击败了东南的泷川一益、东北的柴田胜家以及东面的织田信孝三人。
柴田胜家战败自杀后，秀吉又逼迫织田信孝切腹自裁，泷川一益则在7月初选择向秀吉投降。至此，秀吉已经平定了织田氏原有的全部领土，而其周围的上杉氏、德川氏、长宗我部氏以及毛利氏在此期间却并没有对其进行任何干扰。回到京都后，秀吉下令在石山本愿寺的原址上建筑起一座比安土城更加宏伟壮丽的大坂城。
不过秀吉却并没有享受太长的和平，到了1584年，原本支持秀吉的织田信雄又连结德川家康向秀吉宣战。如果家康在一年以前与泷川一益同时从东海起兵，很可能便会迫使秀吉无法在东海仅留下一支监视部队后将主力全部投入到与柴田胜家的决战中。到了1584年，德川家康和织田信雄便只能单独面对占有绝对优势的羽柴大军了。
与人数众多的秀吉相比，德川家康手中此时仅有35000人的可动员兵力，即使加上织田信孝，总兵力也仅有60000人左右。而秀吉的兵力在与所有家臣会合后兵力达到了125000人，是前者的两倍。但德川家康却能在小牧山与秀吉对垒达八个月之久，甚至还在4月9日至10日的长久手会战中取得了一场并无决定性意义的小胜。直到11月，秀吉才终于设法与织田信雄单独媾和，使德川家康陷入了孤立。一个月后，德川家康将三子德川秀康送给秀吉成为其养子，与羽柴军媾和，为历时超过八个月的1584年战役画上了句号。
在整场战役中，虽然秀吉最终还是达成了平定东疆的目的，但却使德川家康在国内赢得了极大的声望，一跃成为了除秀吉以外最具影响力的大名。为使家康臣服于自己，秀吉在两年后主动提出让自己的妹妹与家康联姻，其后为促成家康上京觐见宣告臣服，秀吉甚至还暂时将自己的母亲交给家康作为人质，保证自己在家康上京时不会暗害后者，才终于使家康来到大坂宣告臣服。
长久手会战
在利用两年时间彻底解决了东疆危机之后，秀吉终于得以将目光转向西方，并在1585年和1587年分别击败了四国的长宗我部元亲和九州的岛津义久。
早在1582年击败明智光秀之后，秀吉便不断向朝廷示好，取得了后者的支持。与德川家康讲和之后，秀吉曾一度希望天皇加封自己为征夷大将军，以便自己开设幕府。虽然皇室曾在平安时代末期以源氏从未获封过此职为借口拒绝过木曾义仲，但现在这一职务却又因必须与镰仓幕府具有继承关系而变成非源氏不可了。由于出身低贱，秀吉甚至无法像德川家康等人一样伪造家谱声称自己是源氏出身，最后只得拜公卿近卫前久为养父，成为了藤原氏的一员，并终于在击败长宗我部之后被朝廷任命为代替天皇治理天下的关白，年底又得到了公卿的最高官位太政大臣，并受天皇赐姓丰臣，成为了除源氏、平氏、藤原氏、橘氏以外的第五个皇族姓氏。在那之后，丰臣秀吉向全国所有大名宣布《总无事令》，要求各大名之间未经关白许可不能以武力解决争端。在经历了长达百年的战乱之后，武士的天下终于由一位农民之子统一了。
1590年，丰臣秀吉调动20万大军，在一场巨大的围攻战中消灭了试图割据关东的后北条氏。小田原战役结束后，关东地区的原后北条氏领地被封给了德川家康，使后者的领地增加到了250万石，成为了除丰臣家以外日本最有实力的大名。德川原有的东海领地则纳入了丰臣家的直辖领。通过这一措施，秀吉终于使自己一直忌惮的家康远离了近畿地区，在军事上无法再对丰臣政权的核心地带构成直接威胁。伊达政宗则因为在小田原战役中迟到而被迫将会津交给了蒲生氏乡，后者在次年彻底压平了日本东北地区的一揆势力。
小田原的围攻
到1591年时，日本已经完全处于丰臣秀吉一人的统治之下，西起九州、北至虾夷的全国土地都已经恢复和平。但他很快就发现自己还有很多问题必须解决。早在大约五十年前，来自西班牙和葡萄牙的传教士便从九州进入了日本。到1587年秀吉远征九州时，虽然基督教势力在秀吉的战略核心近畿并没有发展起来，但在九州却已经形成了一股巨大的力量，信徒已经达到了20万人之巨，而且手中还掌握着一座开放港长崎。九州征伐结束后不久，秀吉便将长崎划入了自己的控制范围，并宣布驱逐来自伊比利亚半岛的传教士。不过与此同时，为了赚取大量税收，他也允许欧洲商人继续与日本进行贸易，并鼓励日本商人前往菲律宾等地经商。
为将全国的税收以及兵役制度精确化，秀吉从1582年起便开始在自己的领地内进行检地，即丈量农田面积，估算粮食产量。在征服整个日本后，又将这一政策推广到了其余大名的领地。在稳定了农业经济基础的同时，秀吉对于京都、堺町以及九州博多等地区的商业也采取了刺激和支持手段，将这些地区紧紧握在了自己手中，使其成为他的另一大经济来源。此外，全日本的主要金矿也被秀吉掌握了。
在这些巨资来源的支持下，秀吉重新修缮了天皇的宫殿以及公卿的宅邸、寺院以及神社，并经常向天皇进献金银珠宝，使朝廷对于自己的支持与日俱增，稳定了自己权力的基础。确立自己在皇室中影响力和地位的同时，丰臣政权也在致力于控制社会底层的农民力量。1588年，秀吉颁布了刀狩令，宣布严格禁止农民保有刀剑、长弓、长矛或者铁炮等任何类型的武器。通过收缴农民武器的行动，秀吉事实上强化了信长所推行的兵农分离制度，并借此彻底毁灭了一向宗起义的军事基础。
到1592年时，丰臣秀吉已经建立了一个和平而秩序井然的日本，但国内大名们却并没有安定下来。在丰臣秀吉之前，织田信长为了避免大名依然占有自己的领土，不惜花费大量时间和鲜血来执行消灭政策，试图将日本所有土地全部划入织田氏名下，以避免日本统一后再生战乱。而秀吉却与之完全相反，这位关白对于愿意臣服于他的大名，都一律加以宽赦，使他们保留至少一部分的原有领地。但秀吉在过去十年中惊人的胜利，还是使不少大名领土缩小，而另一部分大名却又得到了大量土地封赏。若无丰臣氏在武力上的绝对优势，以及秀吉本人过人的政治风度，日本重新陷入内战只是时间问题。丰臣秀吉对于这一问题自然有着清醒的认识，而他所做的选择，也一如任何统一的岛国——入侵距离最近的大陆，利用后者的土地和资源来供养和封赏国内大名。而这一战，最终却使丰臣政权流尽了自己的鲜血。