日本虽然成功抗击了元军的入侵，但自建立之日起便内乱不断的幕府又迎来了新危机。武士、寺院、神社没有哪一方满足于幕府所给予他们的封赏，而北条时宗也借着战争胜利的契机继续蚕食着幕府的一切权力。北条氏的直系家臣御内人成为了决定性政治力量之一，使得大量普通御家人愈发不满。1284年11月，新执权北条贞时的岳父安达泰盛便与御内人代表平赖纲发生了武装冲突，最终安达泰盛一门遭到铲除。不过平赖纲的势力却也没有长久，很快便在1293年被北条贞时本人下令灭门。
到1318年，皇室中又出现了一位以31岁壮年登基的后醍醐天皇，并终于在1324年发动了武装倒幕行动，但很快即被幕府剿平，后醍醐天皇被废，幕府另立其子为光严天皇。不过到了1332年，后醍醐天皇的另一位儿子护良亲王和一位恶党出身的武士首领楠木正成在近畿地区再次掀起倒幕行动。后醍醐也从流放地逃到了山阴道的出云国，大量招募自镰仓幕府建立以来便被排除在核心政治圈以外的西国武士。1333年4月，清和源氏后裔足利高氏突然在受命讨伐后醍醐时背叛幕府，另一位幕府军将领新田义贞也在5月8日宣布反对幕府，并开始直接向镰仓进军，半个月后便攻陷镰仓，迫使执权北条高时自杀，为镰仓幕府的统治划上了句号。6月4日，后醍醐天皇在楠木正成的7000人沿路拜诘下重返京都，足利高氏受天皇赐予“尊”字而改名足利尊氏，光严天皇则被后醍醐下诏废除。
镰仓幕府前期（左）和后期（右）的政治体系
到了此时，后醍醐天皇似乎已经站在了恢复皇权统治的门槛上，但武士们对于皇权统治的厌恶却阻止着这一目的的达成。1335年7月，北条高时之子北条时行重新回到镰仓，斩杀了征夷大将军护良亲王。足利尊氏借用这一机会进入镰仓，很快便将北条氏击败，而他本人则取代北条氏成为了武士领袖。
当年年底，后醍醐天皇拒绝了足利尊氏重建幕府的要求，并命令新田义贞进攻镰仓。但武士们，尤其是关东地区的武士们却并不愿意看到皇权复辟，因而纷纷加入了足利尊氏一方，使后者很快便击溃了天皇军，并在1335年12月11日攻入京都，但却很快又被尊皇派赶出了京都，不得不一路逃到了九州，去寻求那里的源氏后裔保护。
不过到了1336年的5月，足利又重新进入了近畿，并在5月25日的凑川会战中击败楠木正成。足利尊氏回到京都，拥立丰仁亲王为光明天皇。不过直到当年11月，后醍醐天皇才被迫退位。而且后者很快便逃亡到了奈良附近的吉野，建立了与京都朝廷对立的南部朝廷。京都朝廷和吉野朝廷之间的战争——也就是所谓的日本南北朝战争，一直持续了半个多世纪才告结束。
然而战争时间被拖得如此之长却并不能证明后醍醐天皇试图建立集公卿与武士于一体的政治体系的可能性。武士们从来都不希望恢复皇室统治，一个由武士领导的日本才是保证自己利益的最好选择。1338年，后醍醐天皇本人去世。到了1343年，南部朝廷只剩下吉野附近的一小片地区以及陆奥和九州的少量土地。而在这一年，足利尊氏终于被北朝封为征夷大将军，并于同年11月在京都的室町建立了幕府。
凑川合战（之一）
凑川合战（之二）
对于在战争之中建立的室町幕府而言，足利尊氏的政治体系存在着一个致命弱点。与源赖朝将所有武士都纳为自己的家臣不同，足利尊氏事实上只是各地武士的盟主，久久不能熄灭的战火又使将军无法削弱地方武士或守护的权力。因此几乎是从建立之日起，室町幕府对各地的影响力便远不如镰仓幕府，导致日本在整个14世纪至16世纪之间战乱不断。
更糟糕的是，室町幕府内部也发生了严重的分裂。在建立初期，虽然足利尊氏名为征夷大将军，但事实上弟弟足利直义也拥有着巨大的权力，二者之间的冲突甚至导致足利尊氏一度转投南朝以获得攻击直义的借口，击败直义后才回到北朝，并最终在1352年2月毒杀了直义。
1358年，足利尊氏也因病去世了，足利义诠成为了新的将军，四年后任命足利一族的斯波义将为执事，事实上就是执权一职的翻版。不过这一任命却遭到了权力逐渐膨胀的守护们强烈反对，义诠只好收回成命。到第三代将军足利义满继任时，执事又变成了管领，担任这个职务的细川赖之却还是因守护们对幕府施加压力而被流放。管领一职虽然依旧存在，但根本没有任何权力。
不过足利义满却是一位有着巨大决心的将军。细川赖之被流放后，义满开始了此前仅有源赖朝和足利尊氏实行过的将军亲政统治。到1392年，南北朝终于统一，战争的结束也使足利义满终于得以着手削弱守护的权力。其手段则是将管领制度一直扩展到全国各地，在关东、陆奥、九州等地分别设置管领，并给予管领制约守护的权力。在此期间，细川赖之重新成为幕府管领。到拥有多达11国守护头衔的山名氏发生内讧之时，足利义满巧妙地施展手腕削弱了山名氏，最终使其领国减少到了3个。在此之后，九州、关东等地的守护暴乱也终于逐渐平息了下来。
室町幕府的政治体系
出家后的足利义满
1394年，足利义满被朝廷任命为太政大臣，同年12月将将军职务让给了儿子足利义持，翌年又辞去了太政大臣，剃度出家。不过他并没有退出政治舞台，反而采取了与法皇相同的装束，凌驾于幕府和朝廷之上，甚至还在1397年接受了明朝册封的日本国王尊号。他的所作所为已经脱离了武士范畴，试图采取另立朝廷，以明朝属国之主，而非武士领袖的身份来统治全国。其原因也是显而易见的，即使到了此时，幕府本身在法理上也只能对武家进行统治，只有跳出这一模式，足利义满才能将公家和朝廷也完全掌握在手中。
1408年足利义满死后，足利义持却无力将幕府的直接统治维持下去。到二十年后，守护的势力甚至已经扩大到了足以影响将军继承人选的地步。而随着权力的扩大，守护也开始被称为大名，即拥有大片土地的领主。到了此时，守护已经不再是镰仓时代的地方军政官员，而成为真正的一方诸侯了，甚至于管领们自己也成为了大名。
到足利义持死后，室町幕府又因断嗣再次爆发大规模动乱。最终由神社抽签选出的新将军足利义教和主持关东政务的镰仓公方足利持氏之间的战争一直持续到了1439年才以后者自杀宣告结束。不久之后，足利义教又被刺杀，紧接着守护们拥立足利冬氏为将军，与幕府拥立的足利义胜发生战斗。最终足利冬氏族也在山名氏、细川氏等大名攻打下失败自杀。在这场战争之中，将军的权力已经丧失到了如此的地步，以至于在这些战争中，幕府已经无力先将失败者的土地收回后再封赏给家臣，只能任由胜利一方的大名自由占领失败者的土地。
1464年12月，无嗣的将军足利义政将弟弟足利义寻收做养子，并将其交给细川胜元辅佐。但不久之后，义政的夫人为其生下了足利义尚，义政取消了原先的成命，改立足利义尚为继承人。由于担心实力雄厚的细川家从中作梗，他又命令另一位大名山名宗全保护足利义尚。这最终在1467年引发了应仁之乱，以细川氏为首的东部大名和以山名氏、大内氏为首的西部大名在京都爆发了长达11年的混战，双方各自拥立足利义寻和足利义政，如同南北朝时的两个朝廷一样分裂成了两个幕府。直到细川胜元和山明宗全双双去世后，双方才在1474年签订和约，统一由足利义尚担任将军。
应仁之乱
不过到了此时，各地大名们对幕府权力的更迭也已不再关心了。将军对地方统治已经有名无实，幕府权力斗争无论如何激烈，其实际意义也仅限于近畿内部。1491年，骏河守护今川氏麾下的伊势宗瑞突然袭击了伊豆地区，迫使当地的幕府公方足利茶茶丸自杀，日本的战国时代正式拉开了帷幕。各大名之间开始互相攻打，原先由幕府任命的守护大名以及在暴乱和纠纷中自立的新兴战国大名把领地内的武士收为家臣，幕府和皇室一样被完全架空了。与此同时，各地被称为“一揆”的农民暴动又加重了这些混乱。到16世纪30年代，幕府甚至连近畿地区也已经控制不住了。幕府或者皇室的命令，已经完全沦为大名们玩弄权术的工具。
自从击败蒙古远征以来，日本的战场秩序也发生了变化。在那之前，武士是依靠骑射来射杀特定目标的，足轻的作用只是为其提供一定掩护。日本人在博多海滩上见识了蒙古步兵弓箭齐射的威力后，很快便学会了这一战术。不过这一工作并不由武士担任，而是被交给了数量庞大的足轻，使后者也成为了战场上重要的一员。1348年高师直指挥部队向南朝发动进攻时，佐佐木道誉率领的2000名战斗人员中便拥有800名足轻弓箭手。大部分骑马武士则开始学习蒙古重骑兵使用的冲击战术，使用长枪等白刃战武器以相对密集的队列向对方发动冲锋。对于此时军队秩序仍然比较差的步兵而言，这种冲锋往往是致命的。
不过到15世纪末为止，虽然足轻在战场上已经不再是完全的鼠辈，但大名及其家臣招募他们的方式却与先前没有什么两样。只有战争爆发时才会从农民之间招募足轻，战争结束后足轻便会自行散去，而除了弓箭以外，足轻们的武器依然要自行解决。直到日本进入16世纪之后，随着军队规模的扩大，冲击性战术越来越多地起到决定性作用，以及火绳枪等新式武器的引入，军队的组织结构和招募方式才发生了根本性变化。
《川中岛合战屏风图》局部，虽然绝大部分日本合战屏风图都存在着过于夸张或过于简略的问题，但从这些屏风图中也可以看到此时日本军队在战场上已经拥有了极高度的组织和纪律
由于冲击性战术要求无论是进攻一方还是防守一方都要拥有更好的秩序，这就使大名们必须更长时间地将一部分足轻们留在自己身边进行训练，以便他们适应更为紧密的队形和更为复杂的战术，这也导致一些大名手中出现了小规模的常备足轻部队。失去土地的浪人、农民以及大领主手中的富余劳动力则为这些小规模常备部队提供了兵源。此外，即使是战时才从农民中大规模动员起来的足轻们，其手中的武器种类也不再像原先那样只是杂乱的农具或简易兵器，而是开始使用相对统一的武器，一些实力较强的大名甚至还会为他们配发统一的武器和盔甲，使足轻可以按照所使用武器的不同类型分别进行组织和训练。这样一来，虽然大名仍会要求自己的武士家臣提供相应数量的足轻，但招募这些足轻的武士本人却不再亲自率领足轻作战了，取而代之的是将足轻交给专门的指挥官指挥。在经过训练之后，利用统一战术作战的足轻在战场上甚至能够比武士部队更具威力，再加上其庞大的数量，使日本的战场终于开始被足轻统治。
因各大名之间的领地、财力不同，足轻部队的结构也有着很大差别。以甲斐国的武田氏为例，按照《甲阳军鉴》记载，武田信玄时期的武田军中每30名足轻设置一名足轻小头，由足轻中挑选出的能力较强者担任。而一名职位更高的足轻组头则指挥五名小头，其单位被称为“组”，组头通常由武士担任。在通常情况下，一名足轻小头和足轻组头所指挥的部队会采用单一武器，以便在战场上统一行动，但某些情况下也会出现弓箭和火绳枪混编的情况。此外在组头之上，还会拥有直接听命于大名或部队指挥官侍大将的足轻大将，这些人通常由中等武士担任，分别指挥数个组。
战国时代的铁炮足轻
在战国时期，对战场秩序产生了最大影响的无疑便是铁炮，即火绳枪的引进。自1543年一艘葡萄牙落难船只将铁炮带到了萨摩之后，当地的大名岛津氏立刻认清了其具有的巨大威力，并开始大规模仿制这种武器，第二年就将其投入到了战场之上。在此之后，铁炮开始被日本各地大名普遍采用。这些武器被统一配发给足轻，逐渐取代了长弓在投射武器中的地位。
通常情况下普通足轻使用的铁炮最大射程可以达到200米至400米，但实际有效射程则在50米至80米以内。在这一距离内，铁炮发射的弹丸可以击穿1毫米厚的钢板，而战国早期武士们穿戴的盔甲“具足”通常使用0.8毫米钢板制造，很容易被火绳枪击穿。这同时也意味着，即使是一位身无分文的足轻、农民，当他得到一支铁炮之后，也可以击毙身着厚重盔甲的武士甚至大名。这不仅加强了足轻在战场上的主力地位，而且也提高了他们的社会地位，不过火器在日本并没有像在西方那样带来民主的萌芽，而是使足轻在后来的德川江户幕府时代被列为了正式的低级武士。
由于有着巨大的威力，铁炮的装备数量也自然呈现出快速增长的趋势。在1575年的长筱会战中，即使是整个日本最重视火器的大名之一，织田信长的3万人中也只有3500名铁炮足轻。但到了1592年丰臣秀吉入侵朝鲜时，岛津义弘率领的一万人中便拥有1500支铁炮，装备比例提高了将近30％（在丰臣氏和后来江户时代的军队中这个比例还要更高很多）。随着装备数量的增加以及运用经验的积累，在一部分大名的军队中也发展出了齐射战术。织田信长更是首先推行了小规模的三排横队，利用三排枪手轮流齐射的方式来弥补铁炮装填速度较慢的缺陷。要知道，这一战术在欧洲直到18世纪才会出现，在那之前，欧洲平原上仍然盛行着纵深在6至10排以上的长矛/火绳枪混合方阵，并不容易发扬火力。
不过与此同时，铁炮也存在着很多十分不便的缺陷。火绳枪在射击前必须先点燃一根燃烧缓慢的导火索（即火绳），并将其固定在火门上方，在射手扣动扳机后，火绳便会插入到火门以内，点燃枪管中的火药。为避免过早击发，火门在扣动扳机前会由铜盖盖住。整个装填过程十分复杂，即使是最优秀的射手，在战场环境下一分钟也仅能进行两至三次射击，而随着火药残渣在枪管内的积累，射击速度还会进一步下降到每分钟一发左右。由于此时刺刀还没有被发明出来，这些足轻至多配有一至两柄佩刀，铁炮足轻在面临对方长矛部队或骑兵的直接冲锋时也是十分脆弱的，铁炮缓慢的射速也加重了这一问题。因此射手附近必须由射速更快的弓箭手或者长矛兵提供保护，以免对方利用快速的冲锋击溃铁炮足轻。除此以外，进行齐射也要求足轻具有绝对的纪律性。如果射击发生混乱，其威力就会大幅下降，这就要求足轻所需的训练时间更加延长。再加上火绳本身是需要点火的，导致铁炮在雨天中完全无法使用，各大名虽然曾费尽心思来试图解决这一问题，但收效依旧不大。
使用火绳枪射击时所需的几个主要步骤，分别为装药、装弹、捣实火药和弹丸、在火门撒上火药、射击
也正因为这些原因，传统弓箭虽然在火绳枪被引入日本后便急速衰落，但却仍在日本军队中保有一席之地。这些弓箭的射速更快，而且在任何环境下都可以使用，因此往往被部署在几个铁炮组之间，为铁炮部队提供掩护。一支部队中会有专门的仆役人员来为弓箭手提供备用箭支，其使用的箭筒通常可装载100支羽箭。不过自铁炮引进后，弓箭手的数量就变得越来越少了，到16世纪末时，其地位已经完全沦为了铁炮部队的辅助掩护力量。
作为步兵部队的核心，使用长枪或长矛的足轻在一支军队中所占比例是相当大的，有时甚至能够达到70％以上。早期足轻使用的长矛相对较短，通常不足3米，而战斗方式也更接近于个人性决斗。但从1530年开始，足轻使用的长矛在长度上逐渐增加至4米以上，而各地大名也开始组建与欧洲类似的长矛方阵，但纵深并不像欧洲一样多达8排甚至16排，通常只有3至5排，只有织田信长似乎曾在姊川会战中使用过多达13排的纵深。在战场上，长矛方阵在白刃战中有着绝对的优势，只要能够保持正面完整，其如同刺猬一般的正面便有着极强冲击力，只有依靠火力或另一个方阵才能在正面将其击败。
不过在日本，长矛方阵却面临了十分尴尬的地位。在早年足轻素质较低时，组建大规模长矛方阵在训练和兵员素质方面是不可能的。而当这两方面的缺点都得到弥补之后，铁炮的引进却又使投射兵器的重要性再次提升，队形密集的方阵对于铁炮而言无疑是十分容易击碎的目标。到了战国后期，一个长矛方阵若无弓箭或铁炮掩护，那简直是完全无法战斗了。
可是以此时铁炮的可靠性而言，一支部队若装备了太多铁炮，其局限也会变得无法客服，而这就使投射部队和长矛部队的混编变得普遍起来。与西班牙方阵那种将火绳枪兵部署在长矛兵四周的方式不同，这火力部队在日本的战场上要更为独立，通常是以组为单位采用与罗马军团早期阵型相似的方式交错部署在长矛部队前方，当对方接近时，铁炮组便会从长矛组之间的空隙中后退到长矛兵保护之下。这种布置方法虽然在冲击力上要比完整的方阵有所差距，但在阵型的弹性上却要算是最好的，对于日本崎岖不平的地形也完全可以适宜。有时使用投射武器的足轻也会被部署在长矛兵的两翼，中央的部队仍会组成一个完整的方阵。
与武士相比，足轻的盔甲要简易许多，即使是由大名统一为他们配发的盔甲，通常也仅包括“阵笠”、“胴”和“草摺”。顾名思义，所谓阵笠便是一种形似斗笠的简易头盔，胴是一种简单的胸甲，草摺则是能够为腰部和大腿上部提供简单保护的战裙。这些盔甲上通常都会饰有所属武士的家纹。一部分足轻和低级武士背后还会背负着武士的“指物”，即识别旗帜。通常情况下旗帜上饰有所属侍大将的家纹或其他标志，因此在战场上各部队所属情况一目了然，而不至于出现混乱或自相残杀的情况。此外，武士高级将领在战场上还会拥有指示自己所在位置的马印，其形状虽然各有不同，但均十分高大华丽，通常需要数名足轻共同背负。
以足轻组成的长矛方阵。虽然在战国时期日本很多大名都拥有了长矛方阵，但由于日本山地较多，因此规模并不像欧洲方阵那样巨大
与足轻的情况类似，在战国时期，除担任组头、大将或更高级别指挥官的中高级武士以外，一些低级武士们也开始被编为统一的部队进行作战。在这些不担任指挥角色的武士之中，能够负担马匹的武士们成为了军队中的骑兵，无法负担马匹的则成为步兵。不过值得一提的是，由于日本马体型较小，奔跑速度也比较慢，因此冲击力并不像欧洲骑兵那样可怕。如果战况有所要求，骑马武士们也会下马步行战斗，因此这些骑马武士事实上更类似于欧洲中世纪时的骑马步兵（即龙骑兵），而不像是马其顿时代或中世纪结束后的那些专业骑兵。
武士所属的基本单位同样为组，但人数要小于足轻组，通常仅有10人至100人左右，组头之上设有与足轻大将类似的指挥官。然而，即使武士们被编成了统一的作战部队，他们也并不会像足轻一样紧密协同作战，步行武士们仍会如蜂群一般猎杀对方身份地位较高的武士。因此在足轻手中的长矛长度越来越长同时，武士却仍在使用长度较短，更便于进行个人性打斗的长枪。虽然步行武士在装备和盔甲方面无疑要算是重步兵，但作战方式却是轻步兵式的。相反，足轻虽然在盔甲方面要算是轻步兵，但战斗方式却更接近重步兵。不过也正因为武士们即使解散行列也依然拥有较强的战斗力，因此在追击敌军时往往能够起到决定性作用，而一旦解散行列便难以战斗的足轻在这一方面并不擅长。
日本武士使用的长枪与欧洲骑士所用的长矛完全不同，其前端并非一个简单的尖锥，而是一种双刃枪头，同时其使用方法也与欧式长矛并不相同，除刺击以外，也可以砍杀对方，但制造成本却要远高于欧洲长矛。
除长枪以外，日本所有武士依然会在腰间佩戴赫赫有名的武士刀作为武士身份的象征。不过由于武士刀刃部较薄，很难对身着甲胄的敌人造成太大伤害，而是更适合用来攻击人体的血肉（值得一提的是，日本古剑术训练的精髓便是如何在搏斗中抓住对方甲胄的缝隙，将武士刀刺入其中），因此在战场上很少成为首选武器，往往只作为自卫或备用武器使用。
一名手持长枪的日本武士，这名武士还在腰间佩戴着武士刀，肩膀上则披有防雨用的蓑衣。其身穿的具足仍然采用了“板扎”的形式制造，而非后来常见的整块钢板
在手中武器从弓箭演变成长枪的同时，武士身上所穿着的盔甲也在发生着变化。到了战国时代，随着白刃战逐渐增多以及火绳枪的引进，武士身上的盔甲也发展成了更轻便的具足。由于大铠是为骑射手设计的，因此重量较大，不便于步行作战或者近身搏斗。相比之下，具足更为轻便，而且重量分配也更加合理，能够让武士以全身躯干承受铠甲重量，而不是像大铠一样仅依靠肩膀承重，使武士可以更为灵活地行动，同时对手臂、大腿等部位的保护也更加完善。早期具足在制造工艺方面与大铠类似，但将通常以小片皮革或者金属制成的小札简化成大片皮革或金属制的板札，再由皮革织带串联而成。在火绳枪被引进日本后，为更好地抵御这种火器发射的弹丸，具足的躯干部分被逐渐改为跳弹几率更大的整块钢板制造，工艺类似于欧洲的胸甲。不过为保持甲胄足够灵活，肩膀（“袖”）、大腿（“佩楯”）等活动部位依旧为日式多片结构。高级武士或将领通常都会在头盔上装饰上自己的家纹或鹿角、牛角等其他饰物，很多武士还会在作战时佩戴金属制的可怖面具，将自己的血肉之躯完全覆盖在盔甲之下。
除上述这些战斗人员以外，当时日本军队中还有着“奉行”这样一个由高级武士担当的重要角色。根据具体职责的不同，奉行也分门别类，其中“战奉行”作为军队的副帅，在统帅位于部队后方时负责一线战斗指挥。枪奉行、铁炮奉行则相当于各兵种的总监，负责统筹相关足轻的装备、训练以及补给问题。军目付是与奉行地位相当，但职责不同的另一种官职，即军监。这些人负责向上级汇报所在部队战斗是否英勇，上报的功绩是否真实，并监视部队指挥官是否存在异常举动。除此以外，由于当时日本军队中仍然是以一名武士在战斗中斩杀的敌军头颅数目以及斩杀对象的重要性来评估武士的功绩，因此军目付还负责在会战结束后清点士兵带回来申报功绩的敌军头颅，辨认士兵斩杀对手的身份或地位。
与得到了广泛应用的火绳枪相反，火炮在日本军队中使用范围却非常小。虽然自铁炮进入日本后，一些大名便制造了少量放大版的火绳枪，使其具备了轻型火炮的威力（有记录指出织田信长曾在1575年的长筱会战中使用过这种武器），但真正意义上的火炮却几乎从未在陆战中得到过实际应用。16世纪末之前，火炮只有在一些围攻战中才少量使用。织田信长也只有在建造大型安宅船时才为每舰配备了三门火炮。火炮无法得到大规模应用除因成本较高以外，很可能也在于当时日本缺乏合适的炮架，无法灵活快速搬运，不少火炮甚至需要直接将炮身安置在用沙袋或石块临时搭起的炮台上发射。如果将其配属给部队，后者的机动性就会受到影响，再加上日本军队中几乎从未组建过专门的攻城纵列，火炮的发展便被搁置了。
在野战军队发生了革命性变化的同时，日本的城堡也进入了全新时代。从平安时代到室町时代早期，日本城堡事实上只是利用山脉地形建造在山顶，用于控制谷地或交通线的木制设防据点。其规模往往很小，无法容纳太多军队。在战国时代开始后，随着大名之间攻伐频繁，对城堡的需求量也随之提升，很多战略要点甚至战术要点都建起了大大小小的城堡，建造位置也不再局限于山地。其中一些重要城堡的规模十分巨大，拥有数道高大的石墙，城内的道路也十分曲折，而且墙上设置的射击孔可以让弓箭手或火绳枪手充分发扬火力。1567年，松永久秀首先在自己的多闻山城中建造了天守阁。这一高大的建筑位于城堡中央，可以俯瞰整个城堡及其周围地区，在战时是全城的指挥中心，此后很多大型城堡也纷纷建起了天守阁。最大的城堡有时能够容纳数万人生活，而大名们也会居住在这些城堡之中。
城堡大行其道使围攻战成为了战国战争十分重要的部分，夺取一座重要城堡便等于夺取了附近整片地区，大名之间时常会为此进行数年的拉锯战。在另一些情况下，如果不能夺取特定的城堡，交通线便无法得到确保。作为围攻战的进攻一方，有时也会在目标城堡附近高地上建起对垒城堡。不过日本军队在攻城武器方面却没有得到太多发展，抛石机几乎从未出现过，火炮数量也十分稀少。即使守军只有少量部队，强攻大型城堡通常也还是会付出巨大伤亡，导致进攻者往往只能选择进行长时间围困，由饥饿来迫使对方投降。
作为上述军事改革的基础，战国时期的日本兵役制度也从原先的自发性向制度性进行转变。在此之前，武士在接到动员令后除御家人本人必须前去报到以外，随行郎党以及足轻数量便完全由武士自己的荣誉心和名利心来决定了。到了战国时代，诸大名开始以武士的封地或俸禄为标准做出规定，家臣们必须在战时按照规定为大名提供相应数量的骑马武士、步行武士、足轻以及仆役人员，大名自己也会从直辖地中征募军队。
到战国时期开始时，从平安时代一直沿用的庄园制基本已经解体了，很多武士也成为了没有封地的职业士兵。大名们纷纷开始以新标准来衡量自己和属下家臣的领地粮食产量，并由此诞生出了石高制和贯高制两种俸禄制度，以此作为基础确定家臣武士所需负担的兵役人数，封地面积越大或俸禄越高的武士所需向大名提供的兵力自然就要更多。其中前者是直接以土地粮食产量为标准衡量封地经济情况，从理论上讲，当时日本的一石米相当于现在的17至20公斤大米。通常情况下，大名会按照每100石提供两至三名足轻为标准向武士下达动员令，不过这一数字也会根据大名所面临的战斗规模而上下浮动。在另一些大名的领地中，如占据着关东大片土地的后北条氏（与镰仓时期的北条氏并非同族）则采用了将土地粮食产量换算为金钱的方式，其单位为“贯文”或“贯”。在后北条氏中，大约每七、八贯需负担一人。
随着农业生产水平和人口基数的增长，战国时期的军队规模也要比以往更大。但必须注意的是，由于仆役人员的征募也被算作兵役动员范畴之内，因此在统计人数时也会将非战斗人员计算在内，而这些仆役人员数量有时甚至要比战斗人员更多。日本在1592年入侵朝鲜时总共投入了16万人，但其中真正的战斗人员却只有6万人左右，其余均为劳工、苦役等仆从人员。以五岛纯玄为这次远征所征募的部队为例，其部队中拥有11名骑马武士、40名步行武士、11名幕僚人员、38名随从、120名足轻以及280名仆役。总计500人中仅有220名战斗人员，非战斗人员却达到了280人之多。
在这些变革得到普及之后，日本的军队虽然在招募方式上仍然是封建式的，但组织结构方面已经颇具近代化雏形了。与镰仓时代的制度相比，一位指挥官现在所要直接指挥的不再是数量庞大且规模参差不齐的御家人队伍，而只要对次级指挥官下令即可。指挥结构上的系统和简化，再加上士兵纪律性的提高，使一支部队可以遂行更为复杂的战术机动，纪律也更为严格，而不会再像蒙古入侵之前的军队那样在战场上各自为战。
在一些领地较大的大名中，大名会将不同地区动员而来的部队编组为“众”、“备”或者“队”，其指挥官被称为侍大将，人数通常在500至1000人之间，包含有骑马武士、步行武士以及足轻等部队，拥有应付小规模作战的能力。另外由于大名本人无法直接统辖所有领地，因此会任命地位最高的家臣为掌握一座城堡及其周边地区的城主，或掌握多座城堡甚至整国土地的国主。其中一些人可以在领地上直接组建出足以独立作战的部队，并单独进行某一方面作战。即使在接受大名指挥作战时，这些部队通常也会保持独立的指挥体系，作为一个整体编制行动。大名亲自指挥的直辖部队则被称为“旗本”，通常会被作为预备队或近卫军使用，其中的足轻大将直接听命于大名本人。在大名直辖领地可动员兵力较多的情况下，大名会将从直辖领地上招募来的部队也交给家臣指挥，自己只留下其中一部分作为旗本。有时甚至连旗本也会交给一位家臣代理指挥（相当于近卫军或预备队指挥官）。
《尾州桶狭间合战之图》
到16世纪中期时，幕府虽然在名义上依然存在，但实力却下降到了连一方小大名都不如的地步了，反而是有着征夷大将军任命权的皇室重新得到了大名们的重视，而京都又是整个日本最为重要的交通枢纽，因而争夺京都也成为了各大名最重要的军事、政治目标。在全新的动员体系支持下，日本已经彻底演变成了诸侯割据的局面。九州南部守护大名岛津氏掌握着萨摩，逐渐收复了原先在镰仓和室町时代曾属于他们的大隅国和日向国，并以此为基础开始向北部扩张，而其面对的敌人则是九州东北的大友氏和西北的龙造寺氏；中国地区的守护大名大内氏被毛利氏取代，而且后者的势力还在向东不断蚕食尼子氏等大名；东海地区则有着庞大的今川氏和武田氏，挡在他们进京道路上的则是尾张织田氏和美浓斋藤氏；北陆的加贺国几乎已经成为了一揆起义的天下，若非越前朝仓氏阻挡，其势头甚至可能伸入近畿；在加贺国以东的越中和越后两国则是长尾景虎（即上杉谦信）的领地，而他也在不停地试图将势力延伸至东海和关东，并与武田氏、后北条氏多次爆发激战；更远的关东地区被后北条氏占据了大半，而东北地区的伊达氏刚刚开始踏上雄踞陆奥之路；在近畿内部，名义上是细川氏家臣的三好氏是势力最强的大名，四国东北部也属于他们，后来在15世纪80年代初统一四国的长宗我部氏此时还只是一个南部小大名。
在1560年之前，几乎没有人能预料到，自1551年继任织田家督，因幼年时期常与农家孩童一起玩耍而被戏称为“尾张大傻瓜”的织田信长会成为后来日本再次统一的奠基者。1560年5月12日，骏河国守护大名今川义元率领着27000人试图沿东海道进入京都，其首先要跨过的障碍便是织田信长所在的清州城。当此之时，织田氏所掌握的仅有尾张西部半国，实力远不及手握三河、远江、骏河三国的今川氏，可动员兵力也仅有5000人左右。不过在19日黎明，今川义元却突然在桶狭间隘口遭到织田信长不到2000人的奇袭，其本人遭到斩杀。失去主帅的今川军也只能向骏河撤退。
在这场一之谷会战以来最为精彩的突袭表演之后，曾雄霸东海的今川氏开始衰落，信长则开始跃入舞台中央。在从今川氐手中夺得尾张中南部统一尾张后，信长又攻入三河，在1562年与那里的大名松平元康订立同盟，后者随即也更名为德川家康，此后即由后者负责掩护织田氏的东南侧翼。
由于一位低级将领木下藤吉郎（即后来的丰臣秀吉）的出色表现，织田信长在1566年吞并了尾张以北的美浓国。织田信长进入稻叶山城后将其更名为岐阜城，并将自己的居城也移到了此处。对美浓的占领使信长领地扩大了一倍，可动员兵力也随之增加了一倍。1567年11月，织田信长颁布了自己新的印章，其内容为马蹄形的“天下布武”四字，向世人宣告他试图以武力统一日本的野望，这使他从一位地方大名成为了全国性的争霸者。
到了此时，战国时代也走向了一个新的阶段。在此之前，大名之间的战争几乎已经彻底演变成了专为荣誉或为一城一地进行反复争夺的无休止搏斗。而信长却像将鸡蛋装入篮子中再一起摔碎一样，终于将所有战事统一成为了一场最终征服整个日本的终极决斗。与其他那些以某城、某河或者某国为心理疆界的大名不同，在这位征服者心中，除了大海以外便再无其他疆界了。而这就驱使着他以比其余大名更高的层次来看待整个日本的战争，并始终贯彻其目的不变。
1568年9月，借幕府将军继承纷争的机会，信长以支持足利义昭为名进入了京都，赶走了此前一直控制着京都的三好氏。一个月后，足利义昭如愿成为将军，不过他的权力却被织田信长提出的“五条事书”所完全架空了。在向将军提出的五个要求中，信长甚至明确规定了自己可以不经将军同意便处理天下事务。但义昭并不甘于成为某一大名的傀儡，因此在未经信长同意的情况下便开始将一些家臣奉为近畿各国名义上的守护，并在暗中连结近畿西部的本愿寺、北陆的朝仓义景以及东海的武田信玄等人攻击信长，希望以数量来压垮织田信长的内线地位。
两年后的1570年6月，信长在姊川会战中击败了朝仓、浅井联军，暂时解除了东北方面的威胁。又过了两年，甲斐和信浓的大名武田信玄才终于从与上杉谦信、北条氏政的拉锯战中抽身，率领3万人沿三河国向京都前进，并于12月22日在三方原会战中击败德川家康。不过到了第二年4月，信玄却因为旧病复发而被迫撤兵，不久后就病死了。
到了此时，似乎已经没有谁能继续阻挡织田氏将近畿完全控制在手中的脚步了。但事实上，他在东西两条疆界上的地位却也并没有稳固下来。在东面的甲斐国，虽然武田信玄已死，但武田氏威震东海的军队依然完整，其子武田胜赖也从未放弃再次进攻京都的打算，武田氏仍然威胁着信长的东线。而在堺町以北的大坂，石山本愿寺在大量一向宗佛教信徒拥护下已经拥有了不亚于大名的实力，其所在位置如同一把利刃直指京都，将织田信长拖入了一场长达十年的围攻战之中。