1760年，罗伯特·克莱武动身前往英格兰并于1765年回到印度。
从1760年起，印度的状况就变得极其糟糕且不光彩。正如我们之前所看到的那样，孟加拉的纳瓦布名义上向政府负责但没有权力，而东印度公司有实权却不用负责任。最终，孟加拉纳瓦布的统治毫无意外地垮台了，而东印度公司的员工则趁机大发横财，各种掠夺财富的机会也随之而来。米尔·贾法尔也用事实证明自己是个极其糟糕的统治者——尽管当时的条件也并不利于本地统治者的统治。当东印度公司的当地代表罢免了米尔·贾法尔并用其养子米尔·卡西姆取而代之的时候，他们不仅索取巨额现金，同时还要求得到三个最富有的孟加拉省的管理权。这也是英格兰人（不是英格兰政府）首次进行直接管理，他们还大大提高了管理效果。
米尔·卡西姆也努力改善在其他省份中的管理，虽然他获得了来自总督范西塔特和沃伦·黑斯廷斯的同情和支持，但东印度公司的其他重要代表却坚持发动起义，并再次用米尔·贾法尔取代了米尔·卡西姆。奥德的纳瓦布与名义上的莫卧儿皇帝想趁孟加拉混乱时浑水摸鱼，但他们最终于1764年被东印度公司的一小支军队在伯格萨尔击溃。东印度公司也由此将其控制范围从孟加拉扩展到奥德，甚至还控制了皇帝本身。
不过，印度的情况仍然无法令人满意，于是，已经成为贵族的克莱武于1765年被派往印度以建立一套更好的制度。新实施的制度，虽然其本意是好的，但在现实中却不起作用。本地统治者负责维持秩序和军事事务，而东印度公司则负责收税。这套二元体制算是印度的老传统了，只是现在东印度公司取代了之前的本地税务官——尽管它也是将其分包出去。英格兰政府看到其中将会带来巨额收入后，也第一次插手东印度公司的事务。
在当时正为美洲事务焦头烂额的财政大臣查理·汤森德的呼吁下，议会于1767年要求东印度公司每年上缴四十万英镑给英格兰政府。此时，不管是声望极高的克莱武还是其能力稍差的继任者沃利斯特，都不能有效解决印度本土的灾祸。
1770年，印度爆发了有史以来最严重的饥荒，大约有三分之一印度人被饿死。而此时的本土英格兰人还听到一个消息——也不知这个消息是否属实——在印度的英格兰人在这场可怕的灾难中大发横财，激起了印度人的强烈怨恨。
此外，马拉塔人再次行动起来并危及东印度公司的利益。在南方，一个伊斯兰教冒险家海德尔·阿里已经积攒了一定的力量，直接威胁到了马德拉斯，并已与那个区域的当权者打了几仗。在如此暴风雨的席卷之下，本来平静的印度人的生活，也掀起了滔天大浪。另外，由于内部管理不善和贪污，东印度公司非但没有搜刮到预想中的巨额财富，反而于1772年走到了破产边缘。在过去的艰苦岁月里已经因其正直和能力而卓尔不群的沃伦·黑斯廷斯临危受命，被派往印度挽回局势并重新建构东印度公司与当地统治者和政府间的关系。
在两年多的时间里，黑斯廷斯成功地在孟加拉建立起了所有印度省份都从没享受过的最好的管理制度。他公平、老实地征税；建立法院；保证孟加拉不被马拉塔人侵扰，维护了孟加拉的安全；团结亲英的奥德。虽然他没能纠正之前的所有恶习，但无论在挽救公司还是在引入良好管理以为印度人服务上，他都出色地完成了任务。从此开始，印度本地人也开始得到了建立在责任感基础上的现代服务。
英格兰国内也在兴起一种新精神。《1773年调整法案》是英国议会第一次试图控制东印度公司及其资产的努力，虽然它最终导致了灾难性的后果，但其本意还是好的。议会试图让东印度公司处于政治控制下，并通过母国政府监管其政治活动。它还愚蠢地通过印度的最高法院将英格兰的法律引入东印度公司，让所有人都能够拥有反对公司职员的权利；它还成立了一个由五人组成的理事会：其中包括在管理事务中拥有同等表决权的总督。
不幸的是，于1774年抵达加尔各答的理事会成员完全就是个祸害。其中包括菲利普·弗朗西斯，他对黑斯廷斯深怀嫉妒并且野心满怀。弗朗西斯和另外两个理事会新成员都没有关于印度的任何阅历和知识，而且这个年轻人还认定黑斯廷斯是一个彻头彻尾的流氓，是个专横的人。由于另外两个人也一直站在弗朗西斯那边，这让黑斯廷斯在开展工作时束手束脚，以致不能继续推进其改革。不过，即使是这样的三重干涉也没有完全毁掉他之前已经完成的深入改革。
但他们却怂恿所有人都来控告总督，甚至还接受了一无是处的英国人马哈拉贾·南达库马那臭名昭著的伪证：马哈拉贾·南达库马指控黑斯廷斯收了巨额贿赂。后来最高法院判处马哈拉贾·南达库马绞刑，而黑斯廷斯的敌人则由此捕风捉影、倒打一耙，并毫无根据地指控黑斯廷斯设计陷害了马哈拉贾·南达库马。黑斯廷斯就是在这样的环境下开展工作的，虽然一个理事会成员于1776年死了，其工作环境也有了很大的改善，但弗朗西斯于1780年返回英格兰后却极尽毁谤和撒谎之能事来中伤黑斯廷斯。
幸运的是，黑斯廷斯的地位不降反升。在1779～1784年的五年里，黑斯廷斯独自为不列颠保住了本已希望渺茫的印度帝国。期间，东印度公司和马拉塔人与海德尔·阿里之间爆发了骇人的大战。法国于1778年宣战并派了一支舰队前往印度支援那些与东印度公司作战的印度人。其时，东印度公司的金库几近枯竭，但黑斯廷斯仍然希望能够给英格兰寄回数量不菲的红利。为此，依附于东印度公司的贝拿勒斯的王侯不得不支付五十万英镑的保护费。但尽管如此，黑斯廷斯也未能从英格兰得到任何帮助，不得不独自作战。因为此时的英格兰已经忙着应付美国革命引致的世界大战了。
通过夺取法国人的据点，黑斯廷斯让法国舰队丧失了基地并使其无法施展拳脚。通过战斗和外交，黑斯廷斯不仅成功维持了英国在印度的权力，甚至还大大提升了英国的声望。在战争过程中发生的一件事，即向贝拿勒斯的王侯征收保护费或说是罚金，将会成为弹劾黑斯廷斯的重要依据。
奥德省欠了东印度公司一大笔钱，但其纳瓦布根本无法偿还，因为他的母亲和祖母（被称为“穆斯林贵妇”）在弗朗西斯和其他反对黑斯廷斯的其他理事的同意下非法地占有了该纳瓦布已故父亲的巨额财富。奥德省的纳瓦布无疑有权继承其父亲的这些遗产，于是黑斯廷斯借给了他一支军队以从其家族的女士那里夺回财产。
该纳瓦布后来也偿还了对东印度公司的欠款——这笔钱在危急时候可是相当重要的救命钱。
单枪匹马的黑斯廷斯，不仅在不丢失丝毫领地或其他东西的情况下挽救了印度，他还在其任总督期间为构建更好的政治秩序奠定了基础。在东印度公司的所有公务人员中，他几乎还是唯一能够理解印度问题并真正同情印度本地人的。由于理事会满怀恶意的愚蠢行为以及马德拉斯和孟买总督所做的蠢事，黑斯廷斯不得不做了他不愿意做的事情以让公司摆脱险境。不过，英格兰的政治家，如著名的埃德蒙·伯克和查尔斯·詹姆士·福克斯，开始觉得印度的问题实在是太大了，而它对于政府的诱惑也太大了，因此再也不想让一个商业公司来控制印度。黑斯廷斯能够从公司那里借兵到贝拿勒斯的王侯或是贵妇那里收钱，但其他总督，不管比黑斯廷斯贪婪还是清廉，都不可能得到公司的类似信任。
1783年的联合政府提议剥夺东印度公司对印度的所有管理权，将管理权授给由七个委员组成的委员会，并规定开始时由这个法案任命委员而后则由国王任命委员。
由于当时政治圈子里的唯利是图，该议案最终没有获得通过，但不列颠经历了对美国问题长达十二年甚至更长些时候的错误处理后，它在印度的管理明显要做得更好，更能得到民意支持，也更加尊重本地人和统治者的权利。
东印度公司与其他同时期创立的二十多个公司一样，起初都仅仅是为了谋取商业利润，但后来它被一系列不可预见的因素所影响，并最终成为富饶且人口众多、拥有古老文明但已衰落的印度的实际统治者。这种不正常的地位是不可能长久维持的，且其问题也无先例可循，不过在黑斯廷斯的领导下，不管是公司方面还是政府方面，他们最后干得还算不错。
皮特后来在1784年成功通过了一部比之前被否掉的联合法案要好得多的法案。根据该法案，东印度公司保留了除对总督及其他一两个高层官员外的所有其他人的任免权。虽然印度政府在名义上也由东印度公司控制，但实际上却被国王的内阁控制。这种二元控制形式一直持续到1858年。