我们可以首先讨论下宗教和解这个棘手的问题。与伊丽莎白一样，查理二世并没有坚定的宗教信仰或是宗教偏见，而他那随和宽容的性格似乎也预示着能够就这个问题达成很好的妥协。但不幸的是，查理非但没有伊丽莎白那样的政治才能，还比伊丽莎白多了一样东西，即对逐渐强大的罗马天主教的偏爱。在其《布雷达宣言》中，查理曾经承诺给予良心的自由，不会再有宗教迫害。
但他同时指出，议会对他的这个承诺以及所有其他承诺具有最终决定权。而早期的麻烦也正是议会而非查理或其首辅克拉伦登所造成的。
重新掌权的保王党人想要恢复主教制度和《公祷书》。长老会也愿意恢复主教，但认为需接受英格兰教会的控制。查理也愿意妥协，并希望加入一条，即接受天主教。但上述两个教派都对查理的这个提议感到害怕，这个妥协最终也被议会驳回。在萨伏依会议（因在萨伏依宫殿举行而得名）中，两派未能达成协议，这个问题于是也被扔给了下一届议会。
除了宗教分歧外，当时还有很多其他问题。在之前的战争、共和国和护国公时期中失去了财产和土地的保王党人，现在渴望着复仇。那些不从国教者曾经让他们蒙受重大损失，这就进一步扩大了宗教裂痕。
1662年，议会通过了《克拉伦登法典》——不过议会和克拉伦登都不是这部法典的作者。
《统一信仰法》将那些不能完全接受《公祷书》的教士或是教师赶出公职岗位，大约有两千名教士被迫辞职。随着各种法案的通过，不从国教者也被赶出大学——而这也将对他们的文化带来限制并让他们的视野变窄。其中，我们可以关注下1664年惩罚严厉的《集会法》。根据该法令，如果一个人参与非英格兰教会的宗教仪式，那他将会被流放至别国；根据参与的次数，最高可以流放七年。查理二世之前曾要求议会准许他能以国王的名义宽恕个人，并想以此来缓和《统一信仰法》，但议会却以《集会法》以及坚持驱逐天主教神父作为答复。
1665年又通过了《五英里法》，禁止所有被《统一信仰法》驱逐的牧师返回其之前教区的五英里范围内，除非国王发誓永远不会尝试改变国家或是教会的统治。这些法令部分体现了保王党人对天主教的憎恨和恐惧、对不从国教者的恐惧和对复仇的渴望。
这与发生在美国内战后的南部重建中体现出来的政治动机和经济动机在某种程度上是相似的。这些正在经受迫害的不从国教者由各种教派组成，比如浸信会、独立派、正在成长中的贵格会以及长老会。其中长老会的很多教徒都接受了《公祷书》，但他们仍然在议会里为放宽对那些不愿意接受《公祷书》者的法律限制而斗争。不管怎样，有很多人因此遭受痛苦并被流放，而这基本上就是意味着被卖到西印度群岛当奴隶了。
总体来说，不从国教者主要是下层和中层民众，而后者中又主要是城镇市民和商贸从业人员。上流社会和拥有地产的士绅阶层则倾向于支持英格兰教会。这样，国教与非国教之间的斗争就开始了，并将一直持续下去。查理多次试图干预，但他仅能使用的君主特权又恰恰是已经被议会否决了的。如在1672年的《大赦谕告》（或叫《信教自由令》）中，查理认为天主教徒和不从国教者都有宗教信仰的自由。而对天主教的反感和对斯图亚特君主特权的抵制都是如此强烈，以致那些受益于这个法令的不从国教者都对这个法令深感忧虑。限制国王的权力似乎的确是必要的，但议会并没有获得对王权的彻底胜利。虽然才华横溢的都铎王室保住了王位，但现在这个国家看似不太可能继续和它的君王继续保持之前的那种关系。不幸在于，危机的到来过于迅猛，而这个国家还没有作好准备。如果此时的议会能够真正代表人民，那么权力从国王那里转移到议会就会顺利得多。不幸的是，要想夺取查理的权力，看来还需要先发展出真正具有代表性的立法机构以及能够快速作出反应、现代形式的执行机构——内阁。如果一个“不会犯错”的国王会对自由构成威胁，那么不具代表性的议会也同样会对自由构成威胁。
在宗教事务上，虽然国王仍然拥有“信仰守护者”的头衔，还是教会的首领，但显然，真正说了算的是议会而不是国王。而查理也被迫在一年之内撤销了他宣告的《大赦谕告》。虽然我们还要在下一部分才讨论查理与议会的关系，但可以先在这里预告一下，查理将大败于议会手下。而全体民众，甚至包括那些遭受议会迫害的人，都宁愿由议会而非国王来掌权。
人们虽然不清楚查理与天主教会的关系，但他们深感忧虑，尤其是考虑到查理没有婚生子，而他那将继承王位的弟弟约克公爵詹姆斯又是一个天主教徒。1673年，议会通过了《忠诚宣誓法》，禁止天主教徒担任公职。查理也被迫签字同意，否则下议院就拒绝给他拨款。
虽然我们前面已经指出，只要他那不讨人喜欢的弟弟是他唯一的继承人，查理就无性命之虞，但实际上仍有人密谋反对他。
其中对公共舆论影响最大的就是由提图斯·奥茨（Titus Oates）——一个完全不可信的无赖——所捏造的阴谋，人们戏称其为“天主教的阴谋”。这个故事是这样的，查理将会被谋杀，而天主教徒詹姆斯将在耶稣会的帮助下登上王位。而在关于这个完全不真实的阴谋的消息被散布出去之前，民众对天主教问题的担忧就已经达到顶峰。尚有一些信奉天主教的贵族的议会于是通过了一部新的《忠诚宣誓法》，驱逐了除约克公爵（被特意点名）以外的所有天主教徒。五名天主教贵族被关入伦敦塔，詹姆斯妻子的秘书也被处决。
这件事大大增强了詹姆斯对能否成为英格兰下一任国王的忧虑。查理二世时代所追求的宗教政策实际上体现的是人民的意愿——就议会所能够代表他们意愿的程度而言，而不是那个在国内和殖民地都培育宗教宽容的国王的意愿。正如前面所言，查理那混杂了其他因素的动机是如此不可信，以致他提倡的宗教宽容——经常还囊括了天主教——根本是不可能的。
另一方面，一些知名英国历史学家认为当时处理（而不是解决）宗教问题的方法可能比纯粹的妥协来得更好。通过让其他所有教派而非部分教派置身国教之外，英格兰教会之外的成员以及他们的重要性和财富将在未来开创一种新的宽容，这比当初教会只是容纳了部分教派但又排斥其他教派的做法更能实现宗教宽容。而且，对教会和宗教立法的控制权掌握在议会手上，而非国王或者主教手上，也使得这种控制能够更加彻底地暴露在民意的压力之下，也就能够更加及时地感受到民意的压力。事实上，即使是在查理二世统治的后期，也还有很多两院议员与不从国教者的利益有关联，辉格党这个小党派对此也持支持态度。
如前所述，查理二世在其《布雷达宣言》中承诺支持改善宗教政策和政治政策，但小心谨慎地将这个决定权及具体方法留给议会，而议会也不想让查理拥有他父亲宣称的那种绝对权力。查理的双手实际上被相当有效地捆绑住了。那些特权法庭如星室法庭、高等法院等都被废除，并且得到了查理的第一届议会的批准。此外，国王在流亡期间还欠债大约三百万英镑，他的开销很大，不仅为他自己，也为他那数量众多的情妇，所以他经常入不敷出，需要议会不断拨款。
虽然我们不能依据某个公式来改变君主与立法机构之间的关系，但复辟事实上导致了国王权力的明显弱化和议会控制的加强，这是君主立宪制发展的里程碑。查理虽然在情况完全不一样的苏格兰还能够实行专制，但在英格兰他可比他父亲精明多了，更加清楚什么时候该屈服。