与此同时，议会忙于商贸事务。世界将进入一个全新的时代，由于其对帝国的巨大影响，我们也将不得不提到它。
1648年是变革开始的标志。那一年，西班牙终于承认了荷兰的独立。虽然西班牙和法国还会打上一段时间，但《威斯特伐利亚和约》（ThePeace of Westphalia）也算是结束了诸多欧洲国家都卷进去的三十年战争。这不仅意味着和平的到来，也标志着欧洲宗教战争的结束。
从此之后，欧洲各国间的战争主要围绕争夺威望、贸易或领土，宗教不再是战争之源。中世纪最终结束，而现代新纪元也终于到来，接下来将会是一个为了殖民帝国和商业利益而斗争的世界。
在威廉二世总督去世后，荷兰共和国落入荷兰省大商人的控制中，这标志着变革即将发生。大海港如鹿特丹和阿姆斯特丹开出的船队开始垄断欧洲的大部分海运。在我们今天看来，这个小小的荷兰在当时的贸易竞赛和帝国竞赛中可是遥遥领先的。为了应对这个局势，英格兰议会于1650年和1651年通过了两部法案。
大部分历史学家都将注意力集中在后面的那部法案上，而第一部法案的重要性通常被忽略了。它表面上是关于巴巴多斯岛、百慕大群岛、弗吉尼亚和安提瓜岛这些保王区的实际或潜在的叛乱，但包含了被应用于整个帝国的三条原则，而正是这三条原则将带来灾难。
这三条原则是：议会对殖民地拥有最高权力；禁止殖民地的贸易交由他国船只运输；赋予国务委员会撤销任何私人或公司特许状的权力。虽然这部法案只在1660年前才具有实际效力，但这些原则实际上等同于赋予了英国政府在商贸中的政治股权，在一定程度上甚至最终导致下个世纪的美国独立战争。
第二年通过的第二部《航海法》，虽然针对的完全是贸易和运输，但其真正目的却是国防。不过很多人没看到这一点。除个别特例外，它规定英格兰及其殖民地在贸易过程中只能使用英格兰、爱尔兰或者其他殖民地的船只来运输，而且这些船只的船员中英格兰人还要占大多数。
通过法律来控制海运并非什么新鲜事，然而，比如查理一世的相关法规只是想影响贸易，而这一部法规却是唯一想建立帝国的海运体系的。就如其序文所言，它是“共和国财富和安全的重要保障”。至于贸易——不管是哪一行业，抑或是帝国的哪个地区——是增长还是衰退，根本不是重点，关键是要建立英格兰商船队。这有多重要？想想当艾斯丘（Ayscue）在1650年镇压西印度群岛和美洲殖民地的叛乱时，因为缺乏船只而不得不延期了整整一年就知道了。斯图亚特王室基本忽略了海军，到查理二世才开始建立一支海军和商船队伍。主要在城市商业利益的影响下，共和国政府第一次认识到，在这样一个正在发展中的海外帝国，不管就抵挡敌国还是联结帝国各个部分而言，一支强大的海军都是必不可少的。
国务委员会里由亨利·范恩领头的海军委员会创建了一支品质优良的新舰队，并任命布莱克为司令官。布莱克在五十岁之前没有下过海，而且他对海战这种不同的战争模式几乎一无所知。不过，海军委员会的选择最终被证明是个幸运的选择。与此同时，艾斯丘也最终出海了。虽然他在对付巴巴多斯岛时，足足封锁了这个岛三个月才迫使对方投降；但在对付其他三个也宣称效忠于国王的殖民地时，他基本上没有遇到什么麻烦。
这样，在1652年与荷兰开战之前，整个帝国——包括爱尔兰、苏格兰和殖民地都被迫接受了共和国政府。
与此同时，布莱克在与鲁珀特亲王的较量中也赢得了一系列的胜利。布莱克一直追到了地中海，这也是英格兰海军军旗第一次飘扬在地中海上方，同时也展现了布莱克作为一个司令官的才能。鲁珀特其实也是一名伟大的将领，但不幸的是，他在陆地上遇到了克伦威尔，在海上又遭遇了布莱克。布莱克随后也将遭遇一名能力能够与之抗衡的荷兰舰队司令特龙普（Tromp）。
荷兰人和英格兰人之间的仇恨情绪，已经滋长、孕育了整整一代人的时间。英格兰的《航海法》虽然不是两国战争的唯一原因，但荷兰人的确憎恨这部法令，因为它威胁着荷兰人对海上贸易的控制，并使事情发展到了紧急关头。在伊丽莎白时代以后，事情已经发生了变化：虽然两国的海军舰队的规模大致相当，但荷兰水手可要比英格兰水手有经验多了。而且，荷兰人的贸易也要比英格兰的大得多，这让荷兰人获得极大优势的同时也制造了两个不利因素。第一个，由于其在海上的财富量更大，因而其在战争中所可能遭受的损失也要比英格兰大得多。事实上，据估测，英格兰在战争中所获得的战利品是其战争初期整个英格兰的商船队的两倍，也由此永久性地削弱了其对手的财富和力量。第二个，荷兰人如此依赖海上贸易，如果它在战争中失败或是被重创，那么它将再无能力赢回之前在贸易竞赛和帝国竞赛中的地位。
在八次大战以及其他一些较小规模的交战中，布莱克和蒙克获得了一连串的胜利。虽说这些胜利还没有直接导致荷兰的彻底衰落，但起码已标志着荷兰海上霸权的永久性衰落。英格兰人从荷兰人手里夺过海上霸权。
1654年，荷兰不得不签订合约，黯然接受了英格兰的《航海法》及其带来的影响，并同意为上一代人在安汶岛的大屠杀支付赔偿金。一直为此怨恨不已的英格兰人如今终于复仇了。