与此同时，克伦威尔不得不离开伦敦，去恢复爱尔兰和苏格兰的秩序和控制。在爱尔兰，罗马教廷大使力图掀起一场反新教、反英格兰的天主教革命，但未能成功。不过前任国王的副手奥蒙德公爵与天主教徒联合起来，威胁说要推翻爱尔兰和英格兰的共和国政府，并正式宣布查理二世登基为王。
1649年夏，克伦威尔在都柏林登陆，并立即着手征服爱尔兰。
克伦威尔对爱尔兰的看法曾在一次演讲中得到清楚、强烈的表达。
他的看法也可能是当时大部分英格兰人的看法，甚至是直到现在也有很多人持这种看法。这也令人深感遗憾。克伦威尔没有去探索爱尔兰人在过去和现在感到不满的真实原因，他所看到的只是爱尔兰土著居民那始终不变的骚乱和不安分。他瞧不起爱尔兰人，认为他们无论在社会还是政治上都要低英格兰人一等。
9月，克伦威尔猛攻德罗伊达，因为它拒绝投降。依照当时的战争法则，拒绝投降的居民一旦被打败将遭到屠杀，克伦威尔后来屠杀了大约两千人。不过，人道主义在那时候也在逐渐发展壮大，以致克伦威尔也觉得有必要找到一些原因而非只用古老的战争法则来为自己的行为辩护。随后在韦克斯福德也发生了同样的屠杀，一连串的城镇也随之被攻克。
1650年春，克伦威尔短暂地回了一趟英格兰，留下艾尔顿和勒德洛继续镇压。这两人很好地完成了任务，但整个镇压却野蛮、残酷，因而长期被人们铭记在心。清除保王党的战争已经演变为种族战争和针对天主教的战争，苏格兰也逐渐成为战争的根源所在。而克伦威尔那与劳德大主教或斯特拉福德伯爵的政策极其相似的专横政策也给这个国家留下了深深的创伤，尤其是他的土地政策。事实上，他并没有驱赶香农以西的所有原居民，但的确没收了大量土地用以支付军饷和其他战争费用，他还让英格兰的地主和军人在之前凯尔特人的土地上屯田。
这个计划的确阻止了过去经常发生的造反，但随着士兵与当地天主教徒的结合、地主逐渐长期在外以及苛刻的地租，这个计划直到19世纪仍制造出大量麻烦。不过，克伦威尔的政策还不至于比之前甚至很久以后的其他英格兰政治家的政策更糟糕。爱尔兰人的特性以及他们那牢固的关于不公正的种族记忆，使得爱尔兰一直都是大英帝国的痛疮。
克伦威尔只在英格兰短暂停留就被要求进军苏格兰，镇压那里的叛乱。就支持查理一世和天主教的爱尔兰而言，克伦威尔不得不作出选择：究竟是将英格兰的意志强加于爱尔兰，还是相反。
在苏格兰，他也面临同样的问题。
1650年6月，年轻的太子——后来的查理二世——来到苏格兰，并在同意成为长老会教徒后获得了苏格兰人的支持。共和国的军事领袖、克伦威尔在内战时期的上级费尔法克斯，觉得不能因为苏格兰人选择了他们自己的君王和政体就去征服它。但克伦威尔的观点恰恰相反。如果查理二世宣称自己是苏格兰和英格兰的国王，那么他就能越过特威德河，再次发动战争，而英格兰就有可能丧失之前战争的胜利果实。
于是他决定向北进军。在尝试占领爱丁堡未果后，他退回到邓巴。这时苏格兰人已经截断了克伦威尔撤回英格兰的线路。如果克伦威尔再失败，将可能导致英格兰境内的叛乱。不过幸运的是，苏格兰人对他发动了一次仓促的进攻；而克伦威尔则抓住了这个转瞬即逝的机会打败了苏格兰军队，并顺势占领了爱丁堡。
不过在第二年，太子查理带着另一支苏格兰军队进入了英格兰，打算在那里掀起叛乱。紧跟其后的克伦威尔在伍斯特取得完胜，几乎全歼苏军，而当天正是他赢得邓巴之战的周年纪念日。
虽然太子成功逃脱，但在克伦威尔的有生之年，苏格兰和爱尔兰算是彻底平静了。克伦威尔也得以返回英格兰，并将注意力从军事上转移到政治上来。