然而不幸的是，跟世界大战及其他战争一样，一个能够高效率参与战争的政府不一定能带来和平。议会现在的航向终将导致后来的独裁和斯图亚特王室的复辟，不过在这之前还要先经历与查理一世的第二次内战。国家渴望和平，这样交战双方也能够少遭受些苦难。与通常一样，这次问题也出自立法委员。议会中的长老会教徒愿意接受查理提出的成立长老会并持续三年的条件，并在这三年内确定教会的最终形式。由于议会的军队主要由独立派组成，长老会对军队的惧怕尤甚于对国王的，尽管这种害怕毫无缘由。本来，议会只要付给军队报酬，应该是能够和平解散军队的；但议会却犯了一个致命的错误，他们只付给士兵一部分报酬。这真是一件让人难以置信的蠢事。
军队立即暴动，反对议会及其长老会领袖，并拒绝解散。其中霍尔斯还被绞死。克伦威尔支持他们得到公道报酬的要求，也支持要宽容各种教派；但他同时也意识到如果军队不受控的话，那么将会给文官政府带来威胁。
为了个人利益和长老会的利益，长老会的领袖随后参与了劫持查理并试图让苏格兰人入侵英格兰的阴谋。长老会的阴谋泄露后，克伦威尔将查理转移出霍姆比庄园。议会随后开始在伦敦召集一支主要由长老会教徒组成的新军队。但新模范军要求将十一位著名的长老会领袖驱除出议会。作为对这个要求的回应，伦敦民众闯入议会恐吓那些独立派成员，遭到恐吓的独立派成员逃往军队寻求保护。剩下来的长老会成员投票赞成武力抵抗军队，作为回应，新模范军往伦敦进军，占领了威斯敏斯特宫和伦敦塔。
克伦威尔倒是真心渴望能够通过一些和平的、合乎宪法的方式来解决问题。他以军队的名义与国王联系，并草拟了一份《建议纲领》，其中的建议包括两年召开一次议会，并给予除了天主教徒外所有教派成员完全的信仰自由。不过，这样都还不能让议会感到满意，而军队也越来越不受管束。军队扬言要清洗议会甚至审判国王，还提出了一部更加民主的宪法，即《人民公约》，并威胁说如果再得不到认同就准备兵变。
查理试图逃往海岸，但未能成功，最终被囚禁于怀特岛的卡里斯布鲁克城堡。不过，就在克伦威尔镇压兵变并努力寻找解决方法的时候，国王又与苏格兰议会的理事就入侵英格兰一事进行谈判。英格兰议会也相当愚蠢地没收了保王派的财产，并导致众多地区的民众反对议会。这些民众被打败之后，都服帖地放下了武器。这样很具英格兰特色，只要是公平斗争，人们就愿打服输。
民众也已经厌烦了军队，不愿再为他们买单了。
随之发生了许多暴动，加上之前的死灰复燃，第二次内战随之爆发。费尔法克斯和克伦威尔都再次披挂上阵。议会则紧接着通过了一部镇压异端邪说的法案，继续它那为所有人反对的疯狂政策，甚至后来还准备接国王回国并为此与国王展开谈判。
查理一世一生中都反复无常地对待那些为他工作或是与他谈判的人，他不久就会遭到报应。军队已经厌烦了国王和议会，于是将国王强制收监。当下议院于1648年12月5日宣称要与国王和解的时候，普莱德上校于第二天带着一小群士兵闯入议会并武力驱逐了所有保王派成员。
1649年1月1日，议会经过“普莱德清洗”后剩下的议员提议由高等法院来审判国王，而且上议院议员不得参加这次审判。几天之后，下议院仅剩的议员宣称他们就是代表英格兰人民的最高权力，并成立之前提议的高等法院。开审判大会的时候，要找到足够的人坐在这个特别法庭里不容易，最终有六七十人参加。在这个完全不合法的法庭上，查理拒绝辩护，并被判刑。
1月30日，查理在白厅前的断头台上被砍头。他是英格兰历史上第一个也是唯一一个被处死的国王。
在斧头砍下查理头颅的那一刻，围观的群众发出惊恐的叫声，英格兰这个国家也随之驶入了一片危险的未知海域。这把斧头砍断的可不只是国王的脖子，它还切断了英格兰人在过去那么多个世纪里已经习惯且变得合适的历史、法律和制度。在当时的伦敦，无论是国王的朋友还是敌人，随着国王被砍头的消息一天天地传遍全国的各个教堂、庄园大宅和村舍，他们都担忧地轻声问自己：接下来的命运会怎样？