这两个女王间的对立几乎持续了一辈子，估计没有任何人之间的对立会比她们的更大更长了。玛丽个性更娇弱，因而也易动感情。她能够密谋、策划复杂的长远计划，但也可能因一时冲动而前功尽弃。伊丽莎白更冷酷无情，不过也很女人化。几乎就在玛丽回到苏格兰之时，伊丽莎白的确在一个男人身上犯下了愚蠢的错误。这个男人就是诺森伯兰伯爵的儿子罗伯特·达德利勋爵。
伊丽莎白让自己陷入了与罗伯特·达德利的流言蜚语之中：有传闻说，罗伯特·达德利会毒死他的妻子艾米·罗布萨特（Amy Robsart）来跟伊丽莎白结婚。
作为英格兰的话题人物，如果他恢复单身了，那么女王是否真的打算和他结婚？对此，我们不得而知。但当他的妻子真的意外身亡且死因可疑时，伊丽莎白立即意识到他们之间是不可能的，并选择了退缩。如果伊丽莎白继续在此犯傻，那估计就是她最后一次犯傻了。自那以后，尽管伊丽莎白喜欢有男人陪伴，也可能真的爱上了莱斯特和埃塞克斯，但她主要还是利用婚姻传闻来服务于国家治理。虽也有各种医学上的猜测，认为伊丽莎白是因为身体上的缺陷而不适合结婚，不过这种猜测没有得到证实。但是很显然，她拒绝结婚是为了国家利益着想。
不过，苏格兰的玛丽女王就缺乏这种自我控制了。对于这个打小就没在苏格兰生活、喜欢享乐的女孩而言，霍利鲁德与凡尔赛间的差异是相当惊人的。不过，不管当时她是否主动选择回苏格兰，她选择的时机还是相当不错的。伊丽莎白刚刚因为拒绝了阿兰（Arran）伯爵的求婚而与苏格兰的一个强大派系结仇。而且，尽管伊丽莎白挽救了这个国家的宗教改革，但这个国家还是准备迎回它自己的女王——玛丽。玛丽不仅已经不再是法国的王后，而且在法国也不再重要了。这样，苏格兰人接受玛丽也无碍于苏格兰的独立，苏格兰不会因此成为法国的附庸。而且玛丽似乎还乐意维持加尔文教派的秩序，尽管她因为坚持要在自己的王室教堂里做弥撒、热爱跳舞和其他娱乐活动而惹怒了诺克斯。
尽管诺克斯不停地对她进行讽刺、谩骂，但她还是赢得了绝大部分贵族的支持。而在当时的苏格兰，也就只有贵族和农民，中间没有任何其他阶层。想再次结婚的玛丽，拒绝了伊丽莎白的建议，最终与达恩利（Darnley）勋爵亨利·斯图亚特结婚。亨利·斯图亚特是个粗人，人也不聪明，在很多方面甚至就是傻瓜一个，但他最终成为英格兰的斯图亚特王朝的开创者。于是，玛丽煽动起义。玛丽的私生兄弟默里伯爵（Earl of Murray）纠集了一些人发动叛乱但被击败，并逃亡英格兰。与此同时，达恩利勋爵也开始怀疑他妻子与其意大利秘书大卫·里奇奥（David Rizzio）间的关系。
很难说达恩利勋爵对女王不忠的怀疑是否有理，但从她丈夫和宫廷生活中解脱出来的女王，在精通音乐、文雅的拉丁人的陪伴下应该会很快乐。
不管怎样，玛丽那心怀嫉恨的丈夫参与了一场密谋，将里奇奥谋杀于王宫。大约在三个月后，玛丽生了一个孩子，也就是后来苏格兰的詹姆斯六世和英格兰的詹姆斯一世。玛丽后来又和博思韦尔（Bothwell）伯爵恋爱了。博思韦尔是个粗鲁、野蛮、做事不择手段的人。至于说他的动机是源于对玛丽女王的爱还是对权力的渴望，就不得而知了。女王和博思韦尔都是已婚人士。后来玛丽的丈夫达恩利勋爵被引诱到一栋孤零零的别墅并在那里被火药炸死；而博思韦尔则与他的妻子离婚，从王宫里诱拐了玛丽并与她结婚。
如同对这个可悲的女王生命中的其他事情一样，人们的看法不一，很难说她是否参与了谋杀丈夫；但不管怎样，她已经众叛亲离。当废物博思韦尔流亡丹麦时，她也被迫退位。而为了躲避追捕者，她到英格兰寻求庇护，从伊丽莎白那里寻求保护——而之前她还宣称伊丽莎白的王位是她的呢。怎么处理玛丽就成了伊丽莎白的一个棘手问题。她显然不能把玛丽送回到苏格兰王位上，也不能让她回到密谋策划之中心——法国，伊丽莎白也不想承认国民有权罢免他们的统治者。玛丽的事情最终交由负责调查达恩利勋爵谋杀案和著名的“银匣信件”事件——这也是历史上最著名的谜团之一，不过最终被认为是真实的——的委员会处理。委员会最终证明玛丽女王是有罪的，她参与了谋杀其丈夫。在接下来的日子，玛丽成了一名囚犯，而且还是一名带来大量麻烦的囚犯。
与此同时，法国的天主教和新教间爆发了内战，英格兰也卷了进去。双方于1564年达成了和平协议，但英格兰就颗粒无收了。
这也让伊丽莎白在接下来的大约四分之一个世纪里没法在欧洲大陆用兵。
我们在前面已经提过，女王虽然努力在宗教和教会组织里寻找一条中庸之道，以图凝聚绝大部分国民，但她仍面临着来自两派的压力。英格兰北部和苏格兰低地结合为一派，大贵族则是另一派。
更特别的是，信奉旧信仰的威斯特摩兰（Westmoreland）伯爵和诺森伯兰伯爵肯定很乐意用被罢免的玛丽——此时玛丽计划跟天主教徒诺福克公爵结婚——来取代伊丽莎白。1569年爆发了“北方叛乱”，这两个伯爵逃到了苏格兰。而在苏格兰，当年幼的詹姆斯六世的摄政者默里被谋杀后，一些贵族密谋恢复玛丽的王位。这对伊丽莎白而言可是个巨大的危险，因为每个国家的天主教都会支持玛丽坐上苏格兰和英格兰的王位。而且在其他人看来，有个儿子的玛丽显然比没结婚、没孩子的伊丽莎白更有可能实现王位的和平继承。
1570年，天主教会给了英格兰女王又一次打击：罗马教皇庇护五世开除了伊丽莎白的教籍并要求英格兰国民不再拥护她。
至于谁将统治英格兰这个问题就更是被明确提出来：统治者1 1569年，英国北部天主教贵族因反对新教，在诺森伯兰、威斯特摩兰等郡发动了大规模叛乱。叛乱被镇压后，北部天主教势力遭到沉重打击。
应该是罗马教皇提名，还是议会提名？这之间的斗争究竟有多激烈？在十年后，教皇格里高利十三世在给某些阴谋家的信件中宣称，刺杀伊丽莎白不算是犯罪。枢机秘书在1580年12月写给教皇在马德里的教廷大使的那封信，也显示了罗马教皇对伊丽莎白的仇恨程度及其想要达到的目的。
与此同时，还存在其他危险。英格兰与法国、西班牙的关系因为不同的原因而僵化了。西班牙在阿尔瓦（Alva）的领导下，试图摧毁荷兰的新教。而它采取的手段实在是太残酷了，以致信奉新教和天主教的国民都反对，这导致它疲于应付。在法国，新教徒和天主教徒间的内战再次爆发，尽管后来也实现了和平，但统治者不希望英格兰重归天主教，因为那样的话，英格兰就可能和法国的天主教联合起来。
于是，英格兰的天主教徒求助于西班牙。他们通过在伦敦的一名叫里多尔菲（Ridolfi）的意大利银行家与阿尔瓦取得书信往来。
他们希望阿尔瓦派遣军队到英格兰来领导起义，他们声称能够取得成功。他们计划的第一步是谋杀女王，而西班牙的腓力二世也同意了这个安排。只知晓该密谋部分内容的伊丽莎白，开始玩弄法国人：提议和安茹公爵结婚，但实际上她根本没想过要结婚。
当她的情报机构搞清楚了整个阴谋的详细内容后，那个曾被提议和玛丽结婚的诺福克公爵，被发现牵涉其中是，因而被送上断头台。此时，议会要求处决玛丽。
这些事件和接下来一年的大事件，孕育了英格兰最重要的果实和帝国的发展。在法国，梅第奇诱使她那尚未成熟且地位不稳固的儿子查理九世相信胡格诺派正密谋反对他。而查理九世本来是支持胡格诺派的，其后突然而至的惩罚就是恐怖的圣巴托洛缪大屠杀。海军上将科利尼（Coligny）就是其中诸多受害人之一。胡格诺派教徒的社会职衔主要是法国各行各业最能干的工匠，其中的许多人由于这次大屠杀而移居英格兰。这类迁移本身就很重要了，但可能更重要的是这些工匠本来在科利尼的领导下，在很大程度上组成了法国最好的航海群体。如果科利尼和他们没有被法国人屠杀，那么法国与英格兰的海军竞赛就会更激烈，法国也不至于落后那么多，更不至于输在起跑线上。我们将在下一章具体介绍的德雷克和其他“海盗”也不可能那么快速地推动英格兰走上帝国之路——如果没有1572年大屠杀的话。查理九世死后爆发的另一次内战，也同样绑住了法国人的手脚。
这些年见证了荷兰共和国的崛起，也见证了西班牙和天主教权力在荷兰的衰落。西班牙极大地浪费了它自墨西哥和秘鲁的矿山获得的看似取之不尽的财富。由于那残酷、愚蠢的压迫，西班牙被驱逐出荷兰的十八个省。尽管十一个信奉天主教的南方省份仍听命于帕尔马（Parma）公爵，但七个主要信奉新教的北方沿海省份，在奥兰治王子的统治下建立了共和国。这也降低了荷兰对其近邻——新教英格兰的威胁，但这又影响到英格兰将来的大陆政策。
不过，来自爱尔兰的危险还没有解除。这个时常威胁着盎格鲁人和爱尔兰人之间关系的讨厌命运，一直持续到玛丽时期：玛丽派遣殖民地开拓者去爱尔兰为国王和王后占领土地。事实上，一直以来，就像19世纪的意大利一样，爱尔兰也只是一个“地理词汇”而不是一个国家。爱尔兰被看作是坐等殖民的蛮荒之地，就好像美洲大陆。结果也是一样的——殖民者和土著之间爆发了灭绝之战；土著人中的首领彼此之间也战争不断。伊丽莎白，与之前的统治者一样，并没有资源来完成征服或维持秩序。另一方面，一直以来，爱尔兰并不仅仅只是英格兰的敌人，它还是其他准备入侵英格兰的敌人的便利的登陆点和聚集点。
宗教形势增强了这个危险。试图改革和合并天主教会的特伦托大公会议，最后促使西班牙骑士依纳爵·罗耀拉（Ignatius Loyola）创建了耶稣会。耶稣会的主要目标是恢复教会、重振声威，其铁律及其对各类人群——从彻底的野蛮人到最有教养的人——所具有的非同寻常的适应性，让它具有了巨大的权力和影响力。爱尔兰人传统上是信奉天主教的，但信仰的强度也随其民众陷于半野蛮状态而减弱。耶稣会的到来带来了重大变革，爱尔兰土著逐渐变成好斗的天主教徒，并被英格兰的天主教引以为非常时期的同盟。
1580年，耶稣会在坎培奥（Campion）和帕森斯（Pasons）的领导下进入英格兰，为那里的天主教事业带来了新希望。同一年，西班牙战胜了荷兰，腓力二世霸占了葡萄牙及其殖民地，一支意大利和西班牙联军登陆爱尔兰。
1579年，由教皇授权的另一支规模小些的军队也登陆爱尔兰。虽然他们都被击败了，但也为英格兰敲响了警钟。在同一年，教皇授权暗杀伊丽莎白——这个计划现在已经得到了文献的证明，但当时人们是不知道的，直到共谋者泰瑞尔（Tyrrell）和帕里（Parry）后来经受不了严刑逼供后招供，他们随后也被处决。
1577年，法国在杜埃兴建了一所大学，专门培训神父，尤其是在英格兰工作的神父。现在，开始有大量毕业生回到英格兰。