不过毫无疑问，伊丽莎白一登基就面临种种困难。国内外都面临严重的问题，国库空虚、海军衰弱、没有陆军等。一方面，没有经验的新女王马上展现了她那非同凡响的能力。在玛丽一世逝世（即1558年11月17日）后几个小时，威廉·塞西尔（WilliamCecil）拟定了宣布伊丽莎白继位的公告。新女王深谙塞西尔的能力和特殊品质，立刻任命他为总顾问。她做了一个其他人很难做到的最好选择。塞西尔不是大贵族，作为政治家，他的名声也没有佩吉特（Paget）大。不过，他的勇气、诚实和可信赖是毫无疑问的，他在工作上不知疲倦，还是一流的组织者。与女王一样，面临不确定情况时，他不会焦急地仓促处理；他也同样小心谨慎。
在国内，最紧迫的问题就是教会问题，因为处理教会问题需要仰赖国家的团结甚至是和平以及一些其他因素。爱德华和玛丽的两段短暂统治已经给出了教训：爱德华告诉我们过于急速、强硬的新教改革是不可行的，玛丽则告诉我们仅通过火刑是不可能镇压信仰变革的。
伊丽莎白一辈子都要面对的问题，不是建立像亨利那样的中途之家，而是要创立一条相对灵活的、大部分国民都赞成或是能够容忍的“中庸之道”——而两派中的极端分子则留待单独处理。
在国际上，伊丽莎白与其国家同心协力，反对让英格兰再次顺从于外部控制。在国内，天主教的反攻势头固然很猛烈，但其导致的危险明显不如各类更为激进的清教徒的无序化趋势那么大。
伊丽莎白任命的一个由比较中庸的新教教士组成的委员会已经为她的宗教政策奠定了基础。她统治期内的第一次议会也通过了《统一法》（Act of Uniformity），要求轻微修改爱德华统治期间的第二版《公祷书》并投入使用；还通过了《君主至上法》，要求相关人士宣誓承认女王为“世俗、精神和宗教上的”最高统治者。
不过，只有那些获得了大学学位或担任公职的才需要宣誓；而拒绝宣誓的人也只是失去学位或公职。伊丽莎白无意用宗教迫害来划分民众，甚至还愿意容忍那些私下里做弥撒的。另一方面，她也没有放任新教的左翼极端分子不断妨碍国家的统一，因为他们所持的理念根本不能为公众接受。
幸运的是，与爱德华和玛丽不同，伊丽莎白不管对新信仰还是旧信仰都算不上狂热，因此她才能清醒地将宗教问题当作是政治问题来处理。而且，她解决宗教问题的唯一标准是：能给国家带来和平与好处；如果条件允许，能得到大家一致同意那就更好了。在她统治早期，在她与人民的共同努力下，他们的确实现了这个目标。伊丽莎白还提拔了大量天主教教士或具备天主教知识的人，结果导致议会并不怎么支持她，大主教和上议院里的很多上层贵族也不支持她，由此，伊丽莎白很难落实她的政策。这样英格兰教会的重建就成了女王和下议院的事情。不过，尽管只有一个大主教接受改革，而其他大主教被剥夺了职权，但由于顺应了大众意愿，伊丽莎白还是很容易就得到了至少八分之七的教士的支持。
这样，普通信徒就控制了教会，宗教事务也越来越多地由女王和议会来裁决。这一体系也一直延续至今，而且容忍度还不时提高。即使在诸如今日的美国，虽然没有国家教会，在宪法上所有宗教都是允许存在的，其政治也不能说不被宗教因素所部分影响。伊丽莎白时代的此类容忍可能会带来政治混乱，不过要到下个世纪才爆发出来。
很多在玛丽的宗教迫害下被流放的英格兰新教徒现在回来了。
而那些排斥宗教仪式和教会法衣的人往往认为这些都是天主教而非基督教的，他们为伊丽莎白团结民众增加了困难；而那些信奉加尔文宗（长老会）的人对于解决宗教-政治问题而言是个更大的威胁。约翰·加尔文组织的教会更是严厉，并要独立于教皇和政治国家。不过，长老会本质上又是民主的，因为它的权力来自每个会众——不论这些会众多么卑微。在长老会，没有大主教；不过在一些国家如法国，是由会众选举代表组成。公会议是个全国性的机构，它的权力植根于普通会众，它抵制独裁政治的统治。
在苏格兰，加尔文教派的领袖是约翰·诺克斯。苏格兰也成立了一个相应的组织，这个组织里还包括了很多贵族，他们希望推翻和攫取旧秩序下的那些大主教的财产。不过，整个运动的主要力量还是来自农民和普通大众。比之于英格兰，苏格兰加尔文教派对信徒的控制要更深，这部分是由于两个民族的政治观点的差异。因为都铎时期和后来的英格兰，一个国家教会比独立的教会——不管是由教皇从上而下控制的，还是由普通教徒从下而上控制的——更适合普通大众。
可能在更大程度上，这也是因为加尔文教派这个教会组织自身的苦行和严格的纪律。每个地方教堂都选举一名普通教徒为长老，负责对会众的私人生活和道德进行最严格的监督，并有权开除那些犯有以下恶行者的教籍：玩扑克、唱歌、在安息日搞娱乐活动。这套制度适合“不苟言笑”的苏格兰人，但不可能被伊丽莎白时期的英格兰大众所接受。至于后者的性格我们将在后面提到。
不过，在同一年，英格兰重新恢复新教、苏格兰接受了更加激进的新教这些事实——尽管两者的形式有所不同——在两个长期敌对的国家关系中极为重要。
新教和天主教之间的斗争遍及欧洲全境。天主教加强了老的欧洲大陆权力的政治结盟，不过新教还是占据了主导地位。在伊丽莎白刚登基的那段权力平衡尚不稳定的时期，苏格兰意外地成为整个局势的核心。西班牙仍然是最强大的帝国。但苏格兰的女王玛丽·斯图亚特，不久之后就在其公公去世后成为法国的王后。
我们在前面提过，玛丽与法国太子多芬结婚时双方签订了一个秘密协议，协议规定如果玛丽没有孩子的话，苏格兰就归法国管辖。
但结果恰恰相反。
玛丽还宣称英格兰王位是属于她的，而当她成为法国王后后，她还让英格兰士兵与她的士兵一起扎营。苏格兰-法国的结盟，对英格兰来说可谓是由来已久的危险了；如今这两个国家联合在一个统治者之下，英格兰所面临的危险就更大了。英格兰所处的位置就好像是铁钳中间的坚果。它还面临欧洲大陆的两大天主教权力——西班牙和法国。后者穿过多佛海峡到英格兰只有二十英里，而前者由于占据了荷兰，到英格兰的距离也只有六十英里。不过，事实上，英格兰也有优势，而伊丽莎白迅速捕捉到了这一点。
英格兰已故女王玛丽一世的丈夫西班牙国王腓力二世是个天主教徒，同时也是欧洲最有权势的君主，尽管他统领的领土是分散的。而如果法国、苏格兰和英格兰都归一个统治者所有，那么腓力二世的优势地位就会荡然无存。所以对他而言，如果他不能占有英格兰的话，那么英格兰最好就不要被他人占有。尽管伊丽莎白的这个姐夫提出要娶伊丽莎白，不过伊丽莎白从玛丽的遭遇和民众的脾性中清楚地看到了与西班牙人结婚的危险。所以她虽暗示腓力二世适合她但她就是不结婚，一直吊着腓力二世的胃口。
她还清醒地认识到，菲利普四世和法国国王亨利二世其实都不希望她好，他们也都不会让其他人控制她的岛国。
此外，事件还将戏剧性地发生变化。亨利二世意外被杀，苏格兰女王玛丽作为亨利二世的儿子弗朗西斯二世的妻子，成为法国的王后。与此同时，伊丽莎白与法国签订协议，结束她姐姐发动的对法战争，不久之后还与西班牙达成和平协议。年幼的玛丽由其母亲玛丽·德·吉斯（Mary Guise）以摄政的名义统治苏格兰，她是一名虔诚的天主教徒，对苏格兰人民冷漠无情。议会里的贵族与其农民追随者曾起义反对她，担心被打败的她还曾请求伊丽莎白帮忙。
伊丽莎白犹豫了一年之久。但吉斯在苏格兰召集了一支法国军队，而她的女儿不仅宣称是苏格兰和法国的女王（王后），还宣称是英格兰女王。这时候，伊丽莎白从陆地和海上同时出兵并夺取利斯。好几个世纪以来，苏格兰人虽然乐意与法国结盟，也对法国盟友心存感激，但他们并不想成为法国的封地。而加尔文教派也在之前苏法联盟的心脏要害处插上了一块劈裂楔。
事实上，法国人在苏格兰的不受欢迎程度都赶得上西班牙人在英格兰的不受欢迎程度了。
1560年末，弗朗西斯二世在法国去世，他年幼的弟弟查理九世成为新国王，他的母亲凯瑟琳·德·梅第奇（Caherine de Medicis）成为摄政者。当梅第奇反对吉斯派系并猜疑玛丽时，之前宣称拥有三个王国的年轻女王不得不撤回爱丁堡谋求臣民的保护；她也由此失去了法国王冠。而在伊丽莎白夺取利斯之后，法国人承认伊丽莎白是英格兰女王。玛丽则拒绝承认，因而也就只能经由海路回国，因为伊丽莎白不会愿意让一个王位觊觎者登陆英格兰。