尼禄当政的第10年，帝国首都遭到一场大火，为祸之烈和受害之广都是前所未有。所有希腊艺术和罗马功勋的纪念物，布匿战争和征服高卢的全部战利品，最神圣的庙宇和最壮观的宫殿，都被凶猛的烈火吞噬。罗马城划分为14个区部或地段，只有4个区部完好如初，3个区部被夷为平地，其余7个地段在经历大火肆虐后，到处是断壁残垣的悲惨景象。当局提高警觉，采取各种预防措施，不让这场重大灾害引起不良后果。皇家花园开放收容受难民众，迅速搭建临时房舍让灾民栖身，提供廉价的粮食和民生用品。从下达的诏书对市容重整和民宅建构所做的规定可以看出，罗马当局采用了一种最宽厚的政策。正如繁荣时期通常会出现的情况一样，罗马大火发生数年以后，反而建造出比过去更美丽整齐的新城市。尼禄在这段期间尽量谨言慎行，装出悲天悯人的仁慈态度，还是无法使他免于大众的猜疑。而且把罪名加在一个杀妻弑母的凶手身上，是很自然的事。身为国君，无视尊贵的地位，竟敢在剧院登台献艺，这种人还有什么蠢事做不出来。因而谣言到处流传，指控皇帝纵火烧毁自己的都城，愈是荒谬的传言愈容易迎合灾民愤怒的心情。当时竟有一种耸人听闻的说法，更是使人坚信不疑，说是尼禄欣赏他所引燃的大火，手里弹着七弦琴，高歌特洛伊的焚毁而发思古之幽情。尼禄皇帝为了转移用专制力量也无法消除的嫌疑，决意要找一些人出来当替死鬼。塔西佗曾经这样写过：
因此，尼禄为了辟谣，将群众所称的基督徒抓来。这些人因作恶多端普遍受到厌恶，于是用各种残酷至极的手段来惩罚他们。教派因创始人基督而得名，在提比略当政时，被代行法务官头衔的庞提厄斯·彼拉多处死。这有害的迷信虽一时受到抑制，但再度于发源地犹地亚传播，并蔓延到首都。须知罗马是当世最污浊放荡的罪恶渊薮，邪教在受到庇护之下，非常猖獗地流行开来。起初，当局将自认是教徒的人逮捕起来，继而根据他们的揭发，有大量人员被判罪，与其说是在城市纵火，不如说是由于他们对人类的憎恨。他们死于残忍的酷刑，临终还受到凌辱和讪笑。有些人被钉在十字架上，有些人全身缝上兽皮，让狗撕裂。那些被钉在十字架上的人，后来身上浸着易燃物质，在夜晚点上当成照明的灯火。尼禄把自己的花园当成大型展示场所，到处是惨无人道的景象，还举行赛车活动，皇帝亲临主持，他有时还会打扮成赛车手的模样混杂在人群中。基督徒的罪过实在应予以严惩示众，但舆论认为这批可怜虫是死于暴君的残酷，并非为着大众的利益，因此群众由痛恨转为怜悯。
那些用好奇的眼光观察人类变革的人，一定会注意到，尼禄位于梵蒂冈的花园和竞技场，受到首批基督徒鲜血的污染后，却因这个受迫害的宗教的一连串的胜利，以及代表的极大的特权而变得更为名闻遐迩。就在这块土地上，历代教皇修建了一座比古代朱庇特神殿更为壮观宏伟的教堂。他们从加利利海卑微的渔夫手里，获得统治全世界的权力，所继承的是恺撒的宝座，为征服罗马的蛮族制定法律，把管辖心灵的统治范围，从波罗的海推展到太平洋的两岸。
有关尼禄的迫害活动，在此还要提出几点意见，希望能够解释若干疑点，为研究后续的教会历史提供一些线索：
其一，后世抱持怀疑态度的学者，也不得不相信上述离奇事件的真实性，以及塔西佗这段著名记述的可靠性。前一点已经为治学严谨的苏埃托尼乌斯所证实，他也提到过尼禄曾惩罚过一个新的邪恶的新兴教派。可为后一点做证的则有：说法雷同的古老手稿；塔西佗为文那难以模仿的特殊风格；他那可以保证自己的著作不被狂热分子篡改的极高的声望；还有就是那段记述的主要精神，虽然指控首批受害基督徒犯了滔天大罪，但并未提到他们有任何超乎常人的神奇能力。
其二，塔西佗出生在罗马大火的前几年，只能从阅读史料和与人闲谈中了解到幼年时代所发生的大事。他早年的生活平淡无奇，直到他的天才完全发挥出来以后才为公众所瞩目。他对高尚的阿格里科拉出于感激之情的怀念，写出使后人读之深受感动而有所启发的最早的一部历史作品，这时他已经40岁了。他以《阿格里科拉传》和《日耳曼志》一试身手以后，竟令人始料未及地完成了一部皇皇巨著——自奥古斯都崩殂至涅尔瓦继位的30卷本《罗马编年史》。涅尔瓦的仁政创造了公正和繁荣的时代，使塔西佗的晚年可以用全副精力来治史。当他进一步研究所要著述的题材之后，考虑到自己的荣誉，避免让人作为笔诛的口实，认为与其颂扬在位帝王的德行，倒不如记录往日暴君的罪恶。他决定以编年史的形式，叙述奥古斯都以降相继四代帝王的行迹。要将80年的史料搜集、整理和修饰，使之成为一部不朽的名著，使每段文字都能发人深省而又栩栩如生，即使是对塔西佗这样的天才人物而言，也要耗尽他大半辈子的心力。战功彪炳的图拉真在当政末期，已将罗马的势力扩张到古老的限制范围以外，这位历史学家却在《编年史》的第二卷和第四卷中，描绘出提比略的暴政。等到哈德良皇帝继承王位，塔西佗按照预定的进度，还来不及叙述首都的大火以及尼禄对基督徒的残酷行为。这时候的间隔只有60年，身为编年史家，有责任要能容纳当代人的各种观念和看法。但是，塔西佗已跻身哲人之列，在悉心探讨这个新教派的起源、发展和性质时，很自然地抛开尼禄时代的偏见，而以哈德良时代的看法为依据。
其三，塔西佗常常会考虑到读者的好奇和见识，将许多事件中间环节的状况和概念，留给读者自己补充，因此他的行文极为简洁，故意省略这些环节。因此，我们可以大胆假设必然有特殊原因，导致尼禄对基督徒的迫害。否则，照当时他们的隐秘生活和清白无辜来看，不太可能引起帝王注意，更不可能触怒当局。犹太人在自己的家乡受到压迫，现在大量聚居在首都，比起基督徒当然更会引起皇帝和民众的怀疑，何况一个对罗马的压迫感到忍无可忍的民族，不惜采取残暴的手段来报仇雪恨，倒是非常可能的事。但是犹太人在皇宫里有靠山，甚至可以直接影响暴君本人。美丽的波培娅是尼禄的皇后，也是皇宫的主宰，还有一位犹太血统的演员深受皇帝宠爱，都在为这个让人厌恶的民族说项讲情。想要犹太人不受牵连，必须找出替罪的羔羊，于是有人提出，虽然真正的摩西信徒与罗马大火没有关系，但最近他们之中产生了一个有害的教派，像加利利派可是什么坏事都做得出来。在加利利派这个称呼之下，有两类人被混为一谈，其实他们的行为和信仰根本风马牛不相关，一类是信奉拿撒勒耶稣的门人弟子，另一类是投身到高卢人犹大旗帜下的狂热信徒；前者是人类的朋友，后面这类人才是充满仇恨的敌人。他们之间唯一类似之处，是为了捍卫坚定的信仰绝不会让步，全然无畏于死亡和酷刑的威胁。犹大的追随者在煽动同胞全面叛乱以后，全部在耶路撒冷的废墟中壮烈牺牲；但作为基督徒的耶稣信徒，则已经遍布在整个帝国。在塔西佗所处的哈德良时代，一个完全被人遗忘的邪恶教派，竟将它的罪行和祸害，归之于应公正对待的基督徒身上，倒是自然不过的事。
其四，不管人们对这种臆测（这只是一种假定而已）抱持何种想法，事实非常明显，尼禄对基督徒进行迫害所产生的后果，包括引起的原因，都限于罗马城的范围之内。加利利派或基督徒所信奉的教义，从来没有成为惩罚的标的，也没有受到追究查禁。从此以后，他们在长时期内遭受苦难的概念，一直与残暴和虐待发生关联。后来几位较为温和的皇帝，将这个受到暴君压迫的教派，看成善良和无辜的被害人，尽量采取宽容的对待方式。