狄奥多西不仅取缔了阿里乌斯派的野蛮统治，而且他认为应该尽情报复在君士坦提乌斯和瓦伦斯的宗教狂热下，罗马正统基督徒所受到的伤害。正教皇帝认为异端教派都是叛徒，反对上天和世间的最高权威，所以要运用权力对罪犯的肉体和灵魂进行特别审判。君士坦丁堡会议的教条明确律定信仰的真正标准，那些掌管狄奥多西良知的神职人员，提出了最有效的迫害方法。在长达15年（380～394 A.D.）的时间里，他至少颁布了15次严苛的诏书以对付异端教派。特别是那些拒绝接受三位一体教义的基督徒，为剥夺他们的希望，他严格制定了针对他们的各种法律和诏书。若有人宣称某些条款会对异端教派有利，那么法官要将这些条款视为欺骗和伪造的不合法文件，不加以引用。他要用刑事成文法来惩治异端教派的执事人员、宗教集会和信徒本人，呼吁立法者要用痛心疾首的态度抨击异端邪说。
其一，异端教派的宣教师僭用主教和长老神圣的职称，无法获得正统教会教士同等的待遇；不仅要取消所有特权和薪俸，如果胆敢宣讲受谴责教派的教义，实施亵渎神圣的仪式，就犯下了重罪，要受到放逐和籍没的刑事处分。若有人敢赠予、接受或资助异端教派的圣职任命，应处以10磅黄金（超过400英镑）的罚金。这样做的目的是期望异端教会的本堂神父全部灭绝后，剩下的那些无依无靠的信徒，受到无知和渴求的驱使能回归到正统教会的领域。
其二，严格禁止不合法的宗教聚会，很周详地包括各种可能的环境，因为异端教徒可能假借名义，用他们的方式敬拜上帝和基督。他们的宗教集会无论是公开或私下、白天或夜晚、城市或乡村，都被狄奥多西的诏书明令禁止。建筑物或场地只要被用于不合法的目的，就丧失在帝国领域内的财产所有权。
其三，一般认为异端教派错误的行为源于他们顽固的性格，所以这种性格应该是指责和处罚的目标。破门罪要用民事的手段配合以加强驱逐效果，异端被戴上表示可耻身份的特别标志，将他们与市民同胞隔离。高阶官员出面说明，侮辱误入歧途的民众不仅是正当行为，且确有必要。异端教派的信徒逐渐丧失从事高尚或赚钱职业的资格。
狄奥多西对自己的公正行为感到满意，他在诏书中说得很清楚，如果优诺米乌斯派把圣子的神性与圣父加以区别，那么他们就不能立下遗嘱，也不能从遗产的赠予中获得好处。摩尼教派的异端分子罪不可赦，犯者唯一的救赎方式是死刑。奥迪安派或称十四日派信徒同样遭到重惩，他们犯下穷凶极恶的重罪，竟敢在不正确的日子举行复活节的庆典。每一个罗马人都有权提出公开控诉，狄奥多西在位时首次设置宗教检查官，这个名字真是让人无比痛恨。然而我们可以确信，他所颁布的刑责诏书很少被强制执行。信仰虔诚的皇帝显然要用矫正和恐吓的手段来对付倔强的臣民，至于惩罚多半是说说而已。
狄奥多西制定宗教迫害原则，他的公正和虔诚被圣徒赞许，但真正照本宣科被拿来执行，则是用来对付他的敌手和僭主马克西穆斯。在基督徒君主当中，首次有人用宗教观点来处死基督徒臣民。普里西利安派是新出现的异端邪说（385 A.D.），他们扰乱了西班牙行省的安宁，本案经过上诉的程序，从布尔多的宗教会议送到特里夫的皇家宗教法庭审理。禁卫军统领宣判，有七位人员受到苦刑、定罪和处决：头一个是普里西利安本人，他是西班牙的阿维拉主教，有良好的家世，而且极为富有，流利的口才和渊博的学识更是为他增色不少；两位长老和两位辅祭要陪伴敬爱的主教一起赴死，自认会成为光荣的殉教者；还要加上拉特洛尼安这位诗人，他的名声直追古人；最后是布尔多的贵夫人优克洛西娅，她是演说家德尔斐狄斯的遗孀。有两位主教赞同普里西利安的观点，被判处距离遥远处境凄惨的放逐。还有一些卑劣的罪犯，装出急于悔改将功赎罪的样子以求获得赦免。要是犯人的有些自白可以相信，那也是完全出于畏惧和逼供，他们提供的含糊不清的报告为审判者所轻信，以致审判者认为异端教派的普里西利安分子犯下了各种人神共愤的恶行，像是施展魔法、不信上帝和猥亵好色。普里西利安在属灵姐妹的伴同下漫游世界，被控在宗教集会中一丝不挂地祈祷。有些极为武断的流言使大家相信，他用可憎而有罪的卑劣手段，与优克洛西娅的女儿发生不正常的关系，所获得的财产已受到查抄。
但是经过深入而公正的调查以后发现，普里西利安的信徒的确违犯了自然的法则，但那是他们的生活要求严格禁欲，而不是被指控的荒淫乱性。他们对正常的房事采取拒绝的态度并加以指责，极为不智的做法是要求夫妻分离，这经常引起家庭不和。在他们的禁止或是劝告之下，信徒完全不能食用肉类，而且需要不断地祈祷、禁食和守夜，谆谆教诲要求信徒遵守严格而完美的宗教奉献生活。这个教派发人深省的教义、有关基督的人性和神格，以及人类灵魂的性质，来自诺斯替派和摩尼教的体系。这种徒有虚名的哲学从埃及传到西班牙，并不适合西部粗鄙的习性。普里西利安那些出身并不体面的门徒，开始只有忍受，后来人数逐渐减少直至消失不见。他的教义虽然为教士和人民所拒绝，但是他被处死这件事在很长一段时间内引起激烈的争论。对他罪行的判处公正与否，有些人加以指责，有些人大声赞许。
我们很乐意看到那些最著名的圣徒和主教的人性矛盾，米兰的安布罗斯和图尔的马丁，认为这种情况要运用宗教的宽容原则。他们同情这些在特里夫遭到处决的不幸的人，拒绝与那些谋杀主教的人士保持同教的团契之情。马丁过于激动，以致背离一般的处理方式，他的动机值得赞美，他的忏悔更可以作为我们的表率。图尔和米兰的主教毫不犹豫地公开宣称，异端教派的作为是永恒的罪孽，但是仍为他们在世俗的死亡中鲜血淋漓的情景感到震惊。人类诚挚的本性要抗拒神学的偏见，批判对普里西利安和他的追随者可耻而违法的审判程序，肯定安布罗斯和马丁的人道精神。政府和教会的负责官员逾越各自的职权界限，世俗的法官在有关信仰和主教管辖权这方面，竟能接受上诉以及宣布最后的判决。在罪恶的宗教迫害中，主教担任控告人是可耻的行为，残酷的伊萨西乌斯坐看异端分子身受荼毒而无动于衷，同时还唆使法官判处死刑，这一行为激起了广大群众的义愤和不满。这个行为不端的主教的恶行被视作下面这一观点的证据，即宗教狂热是由与利益相关的污秽动机刺激而产生的。处死普里西利安以后，粗糙的宗教迫害方式，发展为精纯熟练而且条理分明的神圣职责，指派教会和世俗的权力分掌不同的业务。虔诚的受害者按照程序由教士解送给官吏，再由官吏交给刽子手。教会用怜悯和关怀的温和语气宣布冷酷无情的判决以及犯人灵魂和信仰上的罪行。