迷信偿还一位处女的血债，可能比放逐一位圣徒收效更大。西里尔陪伴他的叔父前往橡树岭，参加行事极为偏颇的宗教会议。当克利索斯托受到怀念和崇敬获得平反时，狄奥菲卢斯的侄儿领导一个即将灭亡的派系，仍旧坚持自己的意见，认为过去对克利索斯托的判决非常公正，经过冗长的拖延和顽固的反抗都没有发生效用以后，勉强认同正统基督徒世界的普遍看法。他仇视拜占庭大主教完全基于利害关系，倒不是一时的情绪冲动。他始终羡慕这个职务的有利地位，能够与皇家宫廷建立直接的来往，同时又害怕他们有傲慢自大的野心，要压迫欧洲和亚洲的各大都市，侵入安条克和亚历山大里亚所在的行省，用帝国的边界来定出教区的范围。阿提库斯是个性温和的篡夺者，在接替克利索斯托的宝座以后，长期以来保持宽厚仁慈的作风，能够暂时缓和东部这些教长的敌对情绪。但是一位更值得尊敬和仇视的对手现在被擢升，终于唤醒了西里尔。
经历君士坦丁堡主教西西尼乌斯短暂而混乱的统治以后，皇帝总算决定了最好的人选，以安抚教士和民众的派系。皇帝听从舆论的建议，破格任用才能卓越的陌生人（公元428年4月10日）。聂斯托利是安条克的僧侣，出生在日耳曼尼西亚，他的生活非常严谨而且讲道的口才极佳，于是受到推荐。他第一次到讲坛为信仰虔诚的狄奥多西宣讲教义，却显露出宗教狂热的苛刻和暴躁。他大声疾呼：“啊!恺撒!给我一片清除异端邪说的土地，我会用天国来回报。请你跟我一起去消灭异端，我就会与你去消灭波斯人!”好像他们真的事先签好协定一样，君士坦丁堡的教长在5天以后，对所发现的阿里乌斯派秘密集会场所，展开奇袭和攻击的行动。这些教徒宁死也不屈服，绝望中所点燃的大火，很快延烧到邻居家中，聂斯托利的胜利被安上“纵火者”的罪名。在赫勒斯滂海峡的两岸，主教凭借他的气势和精力为信仰和纪律制定严苛的法则。而一旦对复活节的日期按照年代记载推算错误，则被当作违犯教规和国法的罪人加以惩处。吕底亚、卡里亚、萨尔代斯和米利都这几个地方，之所以能够洗净他们的罪孽，全部靠着顽固的十四日派信徒流出的鲜血。皇帝的诏书也可以说是教长的指示，对于异端的罪行和惩罚列举23种等级和宗派。但是这把宗教迫害的利剑，被聂斯托利拿在手里疯狂舞动，很快要指向自己的胸膛。宗教不过是一种借口，要是依据当时一位圣徒的研判，主教战争的真正动机完全出于个人的野心。
聂斯托利属于叙利亚学派，受到教导要对混淆两种性质的邪说保持憎恨的态度，必须精细区分“上主”耶稣的神性和“人主”基督的人性。他把神圣的处女尊为基督的母亲，自从与阿里乌斯派的争论开始以来，她无形中被加上“上帝之母”的头衔，被很冒昧地采纳接受，听起来真是刺耳。教长的一位朋友，后来甚至连教长本人，都在君士坦丁堡的讲坛上，一再反对使用或滥用这个名词。何况这个称呼使徒根本没提过，教会也没有认可，只会使胆怯的人感到惊慌，单纯的人受到误导，不信的人拿来消遣，好像可以拿来对比，证明奥林匹斯众神的古老谱系非常正确似的。聂斯托利在平静的状况下也会承认，只要两种性质的结合能够在选择的“用语”上说得通，倒也无可厚非，但是最使他无法容忍的事，在于否定一个新生的婴儿，就是禁止对幼年上帝的崇拜；使他更为气恼的做法，是从生活的婚姻或社交的伴侣中，去寻找那并不适宜的对比，并且把基督的人性当成神性的袍服、工具或帐幕。
亵渎上帝的声音使得圣殿的大柱发生震动，聂斯托利那些无法取胜的对手，不管是基于虔诚的信仰还是个人的情绪，都要发泄他不当言辞所引起的愤怒（429～431 A.D.）。拜占庭的教士私下对一个外乡人的闯入极为不满。无论多么迷信和荒谬的事物，都可以要求僧侣的保护，只要把一切荣誉归于主保圣母，就会使人民产生兴趣。主教的布道演说及圣坛前的礼拜仪式，总是受到叛乱叫嚣声的干扰；一些另有打算的会众拒绝承认他的权威和道理，帝国只要掀起任何风潮总要带来争论；战斗者在剧院发出惊天动地的声音，就会在巴勒斯坦和埃及修道院小室引起回响。西里尔有责任要教化众多的僧侣，使他们免于宗教的狂热和无知，他在亚历山大里亚的学校里，受到一性论肉身成圣的启迪，并且对此供认不讳。
阿塔纳修斯的继承人在运用武力对付另一种阿里乌斯派时，只考虑自己的虚荣和野心，殊不知这位敌人在教会阶级中居于第二把交椅，比起阿里乌斯派势力更大罪孽更深。敌对的高级教士间保持一小段时间的联系，他们的通信中用尊敬和仁慈等极为空洞的言语，来掩饰相互之间的仇恨。过没多久，亚历山大里亚的教长向君王和人民、东部和西部，公开谴责拜占庭的主教犯下滔天大罪。他从东部特别是安条克，获得的回应是宽容和沉默的暧昧建议，虽然同时向双方提出，实际上偏向于聂斯托利。梵蒂冈张开双臂欢迎来自埃及的信使，这种恳求正好迎合切莱斯廷一世的虚荣心。一个僧侣的偏颇观念竟会决定教皇的信仰，何况这位教皇和他的教士，对于希腊人的语言、艺术和神学根本是一窍不通。切莱斯廷召开意大利的宗教会议，权衡双方说辞和整个情况，赞同西里尔提出的信条，斥责聂斯托利的心态和人品，罢黜异端分子的主教职位，给他10天时间发表皈依和悔改的声明，并且将这个草率非法的判决交给他的敌人去执行。亚历山大里亚的教长发出如天神霹雳一击的时候，暴露出凡夫的过失行为和执迷不悟，他那十二条破门律仍在折磨一些身为正统基督教徒的奴隶，他们敬重这位圣徒的所作所为，但是没有失去对卡尔西顿宗教会议的忠诚。这些难以涤清污点的大胆言论，难免沾染阿波利纳里斯异端邪说的色彩，但是聂斯托利严肃而又真诚的表白，使现代更为明智而且立场公正的神学家感到满意。