公元5世纪，西罗马帝国灭亡，意大利半岛出现了权力真空。作为当时唯一的重要人物，教皇逐渐填补了这一真空，控制了罗马的政权。与此同时，法兰克国王丕平（Pepin）打败了伦巴第人，解除了其对罗马的威胁，并随后于公元756年正式承认了教皇对罗马的实际控制。丕平将自己刚夺取的罗马和拉韦纳（Ravenna）周边地区献给教皇，换取了国王的头衔。教皇直接统治的教皇国（也叫圣彼得国）应运而生，直至19世纪意大利统一，才从历史上消失。
中世纪时期，教皇国的领土边界和权力并不固定，几经变动。鼎盛时期，教皇国占据了现代意大利中部的拉齐奥（Lazio）、翁布里亚（Umbria）、马尔凯（Marche）、艾米利亚-罗马涅（Emilia-Romagna）的部分地区。教皇的军队守卫着这些领土。作战时他们一般由雇佣军指挥，有时也由教皇亲自指挥。这段历史的典型代表是文艺复兴时期的教皇尤利乌斯二世。他以瑞士雇佣兵为核心打造了一支卫队，频繁派兵征战，被称为“战神教皇”。
随着1871年意大利统一，教皇的世俗权力只限于梵蒂冈，然而即便如此其权力也受到质疑。1929年，教皇与意大利政府达成协议，后者承认“梵蒂冈城”为一个独立国家。这个国家依然由瑞士卫队保护，他们是历史上世俗和宗教战争时期的教皇卫队遗留下来的力量。