在诺曼王国走向终结的过程中，有一个中心人物显然没有参与。这个人就是威廉二世的姑母康斯坦丝。她的侄儿曾许诺将王国传给她，亨利六世以她的名义入侵并征服了西西里，但康斯坦丝却错过了他的加冕仪式。
尽管康斯坦丝拥有奥特维尔家族血统，并且严格意义上是西西里的统治者，但她却从未跨越海峡参加西西里的庆典。她在欧洲大陆生活，并在那里生下了亨利六世唯一的儿子。由于他在阿西西（Assisi）受洗，因此被当地人称为“阿普利亚之子”，并深受南意大利人欢迎。他的教名是腓特烈和罗杰，以此纪念他的两位祖父，并体现了大家对他的希望：即能拥有腓特烈一世的英勇斗志，又具备罗杰二世的治国之才。
如此期望简直令人目眩。他出生时人们的庆祝堪比弥赛亚降临。人们预期他的统治就如同完美的太阳，没有乌云遮蔽，不会受到侵蚀。
腓特烈二世的青年时代在华丽宜人的宫殿中度过，身边不是穆斯林导师的教导就是奢华的享受，但他的童年时代并没有阳光。两岁那年他的父亲去世，自己被送到德意志继承皇位。途中他发现叔父斯瓦比亚的腓力（Philip of Swabia）质疑自己的继位，并已经发动了内战。腓特烈二世被送回巴勒莫，于公元1198年5月17日加冕。其母康斯坦丝试图安抚臣民，于是断绝了与德意志帝国的所有联系。她把专横的帝国顾问遣送回国，放弃腓特烈二世对德意志帝位的继承权。不幸的是，康斯坦丝本人也在同一年去世，三岁半的腓特烈二世成为孤儿，交由教皇照料。
由于腓特烈二世要依赖教廷，他那些炫丽的头衔看起来不过是毫无意义的嘲讽，而更糟糕的羞辱还在后面。年事渐高的教皇没有兴趣恢复腓特烈二世在德意志的利益，事实证明他甚至无力保护腓特烈二世在意大利的领土。叔父腓力率领的德意志军队成功入侵那不勒斯，并在热那亚的帮助下跨过西西里，控制政府。德意志人甚至都懒得正式罢黜腓特烈二世；他们已经完全无视他的存在，只是以其名义进行统治。
腓特烈二世遭到囚禁，已经完全被无视了。他只能在巴勒莫的街头游荡，由富裕的市民每周或每月轮流提供日常餐食。对于年轻的腓特烈二世来说，他显然上了重要一课：人生的成功不是出自头衔或地位，而是实现目标的意愿。他周围每个人都试图利用自己，因此他不会相信任何人，而是把自己的筹码深藏不露。成功显然属于更加自私、更加残酷的目标追求者。
14岁那年，腓特烈二世结束了未成年时期，正式执掌西西里政权。他很大程度上有名无权，他在宫中发表讲话，充分表露出沮丧之情，也体现出他的弥赛亚倾向：
“国民们，聚集起来，过来看看，是否存在像我这般的悲伤。我的父母去世时，我还没有感知到他们的爱抚。我出自一个令人敬畏的家族联盟，但从小就被交给不同的仆人，但他们在侍奉我和皇室成员时只是敷衍了事……我不是君王：我没有统治，而是被统治者；我乞求恩宠，而不是赐予恩宠。我一次次地乞求你们，地上的王公们……释放恺撒之子吧！”
腓特烈二世努力在意大利树立自己的权威，而一场危机正在德意志酝酿着。他的叔父腓力在一场旷日持久的内战中败给了贵族不伦瑞克的奥托（Otto of Brunswick）。尽管教皇本该维护腓特烈二世的利益，但他却给叛乱篡位的奥托加冕。这个34岁的篡位者转而把腓特烈二世视作王位的首要威胁。他刚刚准备就绪，便入侵意大利，试图消除这个威胁。他的军队横扫卡拉布里亚，无人阻挡，而16岁的腓特烈二世正在寻找盟友。
令人惊讶的是，教皇第一个同意结盟。自从诺曼人在南意大利建立王国后，历代教皇都把它视作抵抗德意志帝国的堡垒。由于腓特烈二世是德意志和西西里两国的君主继承人，他也变成教皇的梦魇：罗马从南到北将被一个强权包围。因此他特地为奥托加冕，阻止这一情况发生，但如今奥托进军意大利，极有可能拿下西西里，这又会把教皇的噩梦变成现实。教皇得到了两个承诺——继续十字军东征，德意志和西西里君主永远不再由一人独揽，随后便转而支持腓特烈二世。
至少从短期来看，教皇彻底转变立场的选择非常明智。奥托的侵略看似不可阻挡，但实际上来也匆匆去也匆匆，因为教廷在他不在场的情况下便将其逐出教会。这场胜利的远征变成了尴尬的竞赛，他要抢在腓特烈二世之前登上王座，而后者将西西里交给妻子治理，返回德意志。他抢先一步，抵达德意志西南部城市美因茨。
尽管腓特烈二世的王位继承权更合法，但他和奥托起初都不曾占据上风。南方的贵族从来没有完全支持过奥托，这一次他们支持腓特烈二世。但北方的贵族却更倾向于支持他们熟知的“恶魔”奥托，而非自己并不了解的腓特烈二世。双方陷入僵持，谁都无意冒险进攻，除非确定自己握有某些优势。小心谨慎很有必要。两军在第一次也是唯一一次冲突中基本相持不下，直到奥托的坐骑受伤，侍从才焦急地护送他离开战场。此时谣言四起，说他抛弃了大军，结果导致撤退变成了溃败。奥托回到北方的一处家族领地，坚持抵抗了三年。
公元1215年盛夏，腓特烈二世在首都亚琛再次加冕。这场庆典并不完美，因为教皇在赐予他“皇帝”头衔的问题上拖沓不决。但无论是国王还是皇帝，腓特烈二世现在面临着一个重要的问题：他在哪里立足？他控制着欧洲另一端的国家，中间隔着阿尔卑斯山和敌对的伦巴第诸国。巴勒莫和亚琛都是西欧世俗权力的中心。
如果只考虑个人威望的问题，这个选择很容易做出。“皇帝”的宫邸、查理曼的继承人，以及——至少从宣传上说——古罗马帝国的荣光，显然胜过西西里王国。然而，他还有更加实际的考量。在德意志腓特烈二世权力受限，他要对封建贵族负责，而这些贵族聚集到他的麾下，并非出于忠诚，而是要摆脱先前的统治者。但另一方面，在西西里，他将是拥有绝对权力的君主，可以随心所欲制定法律。在南意大利，他也更有在家的感觉。尽管腓特烈二世拥有条顿人的名字，但他是南方诺曼人的后裔。他在巴勒莫成长，这里塑造了他的神形思想。因此，当他面临选择时，他毫不犹豫地回家了。之后大约35年间，他只回过德意志一次，只是短暂停留。
可以料到教皇对此愤怒至极。教皇支持腓特烈二世的条件之一，就是后者将南意大利传给其子，将势力范围限定在德意志。因此腓特烈二世才重新立誓，参与十字军东征，以图安抚教皇。如果说腓特烈二世当即备战，他的表态会更有效果，但事实上他对耶路撒冷几无兴趣，对基督教更没兴趣。有时他还卑鄙到嘲讽自己军中的基督教元素。在一次战斗途中，他指着一片麦地说“你们的上帝就在这里生长”——这话是在贬损圣餐饼。
然而，如果说他对宗教没有兴趣，他对其他一切事物倒是充满好奇。他的好奇心永远都不满足，如果学界权威的观点与他的观察结果不合，他愿意一反常态地抨击这些权威，如普林尼、希波克拉底和亚里士多德。他收集了各种动物，尤其喜欢异国物种。他集齐了大象、长颈鹿、骆驼、猎豹、黑豹、猴、熊和开罗苏丹送来的珍禽——白色凤头鹦鹉。不过他不只是动物爱好者。他用科学的方式接触万物。例如，他曾记录苍鹰瞄准猎物时眼睛会瞪大，还记载过两种猎鹰的不同并非过去传统所论述的那样。他写了数篇关于驯鹰的论文；还将鸟分类，并研究它们筑巢、迁徙的方式和日常习惯。
他邀请各国学者入宫。数学、几何学和代数学专家都为他写过论文。医学在欧洲其他地区几乎不存在，但他解囊资助。那不勒斯成立了一所大学，成为意大利仅有的两个获准教授医学的地方之一。未来的医生需要该校专家委员会授予执业许可，方能服务病人，这样就为质量控制提供了统一标准。学校获赠一批希腊文和阿拉伯文文稿，这样（如腓特烈二世所说）有助于学生“旧瓶装新酒”。学生都有补助，在外旅途中还有皇家卫兵保护，这一切都由国王出资。学生们也被低廉的学费和实用的补贴款所吸引，纷纷来到那不勒斯求学。
腓特烈二世是一位多产作家，他完成了数篇医学论文，甚至亲自开业行医。在处理政务期间，他抽时间指导兽医照顾马匹，参加最著名的数学家的讲座，还亲自试验，切开尸体的腹腔，探索肠胃功能。
他还是一位颇有成就的诗人，热爱语言学，曾试图实现意大利语的标准化。但丁为完成这一任务做出了主要贡献，他非常认可腓特烈二世，称其为意大利诗歌之父。腓特烈二世精通西西里王国境内所有语言，包括意大利语、希腊语、拉丁语、阿拉伯语、德语和法语。
正如祖父罗杰二世一样，他大力资助艺术，在（自己设计的）宫中填满了马赛克艺术品、大理石、油画和雕塑。他在巴勒莫的宫殿成为欧洲著名的学术中心，尽管离文艺复兴运动还有两个世纪，这里已经成为文艺复兴的殿堂。难怪当时的人们称他为“世界的奇迹”。
尽管腓特烈二世统治着欧洲两端的两大国，他关注的显然是西西里。西西里岛饱受内战和外敌入侵的摧残，大部分地区人口剧减。他从德意志返回后，便安排退役士兵在此定居，并在未被利用的土地上发展工业。随后他宣布打倒一切封建残余。他将各省的长者召集到宫中，询问他们当地的传统王法及习惯法。他将这些条文一一核对，去除矛盾的内容，整理制定了官僚机构的章程，界定了不同官员的权力。从妓院管理到臣民着装规定，大小事务都纳入控制管理。他任命了只对国王负责的法官，旨在遏制腐败，并为寡妇、孤儿和穷人提供免费的法律援助。尽管腓特烈二世拥有绝对统治权，但他的章程为成文法开创了先例，并长期成为西西里法律的基础，直至19世纪。
尽管腓特烈二世改革了西西里，但远在国外的事件迫使他将注意力转向圣地。公元1187年耶路撒冷沦陷，但无论是第三次十字军东征还是灾难性的第四次东征，都没能将其收复。于是，公元1217年，第五次东征开始了。腓特烈二世含糊其词地承诺随同出征，但一如既往地食言。尽管缺少强人领袖，但十字军仍取得一些进展，迫使苏丹提出用耶路撒冷换取敌对行动的停止。十字军预期腓特烈二世即将领兵前来，因此拒绝了苏丹的请求。然而，随后他们便遭到反击，仓皇而逃。无论公平与否，每个人——包括圣地和欧洲——都将这场灾难归咎于腓特烈二世。
腓特烈二世似乎并没有太过烦心，面对国际上的巨大压力，他继续无视自己的誓言。绝望的教皇同意增加筹码。耶路撒冷王国13岁的继承人尤兰达（Yolanda）未婚，而腓特烈二世也是鳏夫。二人于公元1225年结婚，于是腓特烈二世正式成为耶路撒冷国王。这样他有了新的动机，承诺在1227年年底之前发动十字军东征。他将出征日期定在8月，但因发烧而推迟，声称直到身体痊愈方可出发。教皇怀疑这又是他的拖延策略，一怒之下将其逐出教会。
腓特烈二世与教皇谈判数月，仍未能取消禁令，于是他决定无视教皇，发起拖延已久的远征。这次十字军东征颇为奇怪。他是一个被逐出教会的怀疑主义者，根本不相信自己为之奋斗的信仰，他的军队规模极小，不足以完成使命。他根本不被耶路撒冷的守军放在眼里，也不可能得到国际援助。但这些都没有困扰他。由于军队规模太小，外交途径成为唯一选择，而他很清楚自己在这方面的能力。
一抵达阿卡（Acre），他就用渊博的知识和完美无瑕的阿拉伯语折服了苏丹的使者。苏丹的博学之士与他交谈后，汇报称他几乎可以在各个领域与他们交流。数周后两位君主亲自会面，结果也是如此。苏丹为他的魅力所倾倒，同意交出耶路撒冷（当然，圆顶清真寺除外）及海岸地带一小部分地区。一个月后腓特烈二世便进入了他刚刚赢得的城市，正式接管。他径自走向圣墓教堂，从圣坛高处拿下金色王冠，将自己加冕为耶路撒冷国王。
尽管他取得了意想不到的胜利——除第一次外，其他所有的十字军东征均以失败告终——但大多数欧洲人都对此反感。尽管耶路撒冷暂时回到基督徒手上（至少在腓特烈二世手上），但一些最神圣的地方仍被穆斯林把持着。耶路撒冷被穆斯林的领地包围着，而且根据协议，基督徒禁止建造城墙。大家一致认为，耶路撒冷再次陷落只是时间问题。
此外，最主要的原因在于，收复耶路撒冷的是一个异教徒。就在腓特烈二世加冕一天后，该撒利亚主教兵临城下，封锁了耶路撒冷。城内分化为两派，分别拥护腓特烈二世和支持教皇。在当时的情况下这座城市根本无法统御，腓特烈二世就此离开，从此不再回来。群龙无首的耶路撒冷又挣扎了15年，最后不出意料地再次回到穆斯林手中。
腓特烈二世匆忙回国另有重要原因。他在圣地得到消息，摄政王已经发动了和教皇的战争，教皇大军已经入境。抵达意大利后，这位以公正、慷慨、富有外交手段而著称的君主，展示了自己残忍无情的另一面。他赶走了教皇军，对勾结教皇的人穷追猛打。叛变的贵族应邀前去谈话，结果均遭抓捕。异见人士被裹起来扔进火炉，他们的妻子则被塞进阿普利亚城墙，垒上砖头，在折磨中慢慢死去。
腓特烈二世和教皇的战争令中世纪的人们深感不安，但关于是非对错大家看法不一。林肯主教谴责教皇是反基督徒，但其他人咒骂腓特烈二世，甚至计划将其谋杀。双方都认为出现了可怕的问题。基督教世界的精神领袖和世俗领袖应该成为同盟而非敌人。当双方终于在公元1230年达成和平协议时，欧洲多数地区如释重负。
然而，和平是暂时的。腓特烈二世的儿子亨利起兵叛变，试图封锁由阿尔卑斯山到达德意志的通道，但腓特烈二世设法逃走，最后迫使他的皇储投降，成为阶下之囚。尽管德意志投降了，但北意大利的伦巴第诸城借机叛变。教皇情不自禁地支持叛变，他和腓特烈二世旧日的争执再次爆发。
腓特烈二世用了5年时间，残酷地镇压了叛变的意大利城市。为了庆祝胜利，他过早地采用古罗马的胜利庆祝仪式，骑着大象公开游行。然而，受挫的教皇并未被打垮，1239年，他第三次将腓特烈二世逐出教会，并鼓动意大利诸城再次叛变。腓特烈二世兵临罗马城下，但他无意围攻罗马，而是洗劫了周边的教皇国领地，以发泄心中的愤怒。他还没开始威胁罗马，却发现教皇已经去世。由于他出兵只是针对教皇本人而非罗马教廷，于是就此撤军，希望新教皇处事更为妥当，并取消驱逐禁令。
但不幸的是，新教皇英诺森四世（Innocent Ⅳ）比前任更加顽固。腓特烈二世试图将他逐出罗马，但英诺森四世逃到热那亚，在一个相对安全的地方宣布罢免腓特烈二世。德皇派出一支部队向北进军，但在帕尔马遭到溃败。过去这样的挫折基本上无足轻重，但54岁的德皇开始感受到连续征战的压力。不久后他的次子被俘，另一个儿子遭到杀害，带来双重打击，令他性情大变。他变得极其犹豫不决；上一秒他还说要攻击教皇的大本营，但下一秒就想温顺地投降。公元1250年，他终于放弃了一切，穿上了基督僧侣的斗篷。当年12月13日，腓特烈二世去世。他的遗体被运送到巴勒莫，安放在板岩石棺中，与祖父罗杰二世并排安息。
腓特烈二世在世时便是毁誉参半的人物，去世之后也是如此。英诺森四世得到他去世的消息后，高兴地表示“让天堂欢愉、大地喜悦；因为他的死，强大的上帝不再用雷雨闪电威胁我们，而是带来清新的微风和润物的雨珠”。但丁也同意腓特烈二世带来了无尽的战争，在《神曲》中安排他进入地狱最底层城市狄斯（Dis）中，与其他异教徒同处一个墓室。无论走到哪里，他似乎都会挑动周围人的敏感神经。他妻妾成群，为基督教世界所不齿，而从个人外表和热爱奢华方面来说，他完全是一个东方人。
但对其他人而言，他真的是世界的奇迹，是那个时代最博学、最有为、最有魅力的人物。他还在世的时候，便被冠以不少传奇人物的称誉。他是伟大的皇帝，宣布最后的审判，重建圣墓教堂，冲破罗马的封锁，建立自由的国家。当他在为之奋斗的过程中去世时，一般人都不相信他已经离开人世。德意志人声称他只是在基夫豪塞尔山（Kyffhäuser Mountain）下安睡，待到乌鸦聚集的那天，他就会归来，重塑帝国昔日的荣光。
然而，事实上腓特烈二世称不上德意志国家英雄。他在巴勒莫的时间超过了在美因茨或亚琛，他抛弃德意志纯粹是为了谋取更大的个人权力。某种程度上他是诺曼西西里王国晚期的缩影，毫无保留、独立自主，但最终遭到忽视。他在世的时候，英王约翰于公元1215年签署了《大宪章》（Magna Carta），依法朝着现代民主跨出了不朽而伟大的一步。尽管腓特烈二世带来了成文宪法的概念，这在他去世500年后成为一切民主改革的基础，但这个贡献也随着《大宪章》的出现而很大程度上被人遗忘。
如果说腓特烈二世的统治是西西里末日辉煌的小阳春，那么西西里的严冬随后迅速来临。他去世16年后，安茹的查理（Charles of Anjou）入侵西西里岛，杀死了腓特烈二世的儿子和孙子，终结了霍亨斯陶芬家族，即罗杰二世的家族。西西里王国仍保持其领土完整，先后被不同的欧洲君主所统治，直至19世纪。但西西里再也没有遇到本地的君主；而在其统治者眼中，西西里不过是一个次要问题。