自从吴胜兆反清失败后，侯家人每天都在不安中度过。没有人知道接下来会怎样。
四月二十六日，吴胜兆被捕十二天后，侯家闯入了不速之客，一个行色匆匆的李姓和尚——陈子龙。
原来，吴胜兆谋叛的消息传到南京，江南总督洪承畴、江宁总管巴山等人大惊，匆忙上奏摄政王多尔衮，多尔衮火速发兵苏松。苏州巡抚土国宝与洪承畴互相配合，在苏松一带集结官兵，大规模搜捕吴胜兆的党羽。
吴胜兆谋反案牵出了谢尧文的案子。谢尧文手中泄露的四十七位义士的联名上书，使清朝意识到江南潜藏着一股巨大的反清势力。江宁总管巴山、操江都御史陈锦指示土国宝，趁此机会“尽除三吴知名之士”，将江南的反清分子斩草除根。他们几次审讯抓获的江南义士，大致明白了向鲁王上奏表的主谋是陈子龙，主笔是夏完淳。陈子龙由此成为“三吴知名之士”黑名单上的第一人，是东南之乱的魁首。夏完淳的伯父夏之旭曾经与吴胜兆联络反清，也在黑名单中。
陈子龙听闻风声，改名换姓，扮成僧人，与夏之旭从松江逃往嘉定。他们先去了侯家在王庵村的房子，是夏完淳以前住过的地方，离岐曾住的厂头村不远。岐曾得信后，安排儿子和夏淑吉看望他们。
去南翔镇的路已经封锁，镇上的居民搬迁一空，乡下的村民四处逃命。桥边停泊着清朝的船只，大兵借剃发为名，封锁了水路。
阴雨连绵，更多恐怖的消息传来。吴胜兆谋反案发生十四天后，岐曾和家人才听说苏州西山一带遭遇屠戮，杨廷枢和妻子、女儿都被捕了。
岐曾给陈子龙写信说，听说陈子龙过来，他的心情又恐惧又欣慰。恐惧的是惊涛翻滚，没人能高枕无忧；欣慰的是陈子龙如大鹏一般，现在与鹪鸟栖息在同一棵树上。
收留陈子龙，可能会给侯家带来极大的危险。
岐曾知道藏匿朝廷钦犯的风险。他想起了张俭“望门投止”的故事。东汉末年，正直的官员张俭得罪了当权的宦官，被官府通缉。他四处逃命，看到有住家就请求收留。从山东到河北，再到西北塞外，不少人家佩服他的德行，冒着风险收留他。最终，他顺利逃到塞外，保住了性命，但收留他的人家无一例外全被逮捕，遭受了灭门之灾。后来，张俭的朋友骂他道：“孽自己作，空污良善。一人逃死，祸及万家，何以生为！”
收留，还是拒绝，是个关乎性命的选择。
岐曾可以拒绝。特殊时期，拒绝合情合理。这大概可以解释为什么陈子龙交友广泛，遭难时却逃来侯家，想必他之前已经被别的朋友拒绝过。
岐曾选择了收留。
他写信叮嘱陈子龙，让他保存实力，不要轻举妄动，一旦暴露行踪，会牵连多人。他安慰这名比他小十三岁的后生，说陈子龙其实没有什么把柄落在吴胜兆案子中，也没有具体的反清行动，只因帮助黄斌卿与吴胜兆联络才牵连其中。他向陈子龙保证，陈子龙既然躲到侯家，与侯家拴在一根绳上，他一定会尽地主之谊。
他安排玄汸给陈子龙送去酒肉。风声正紧，人多眼杂，王庵村已不安全，他让陈子龙转移到家仆侯驯住的丰浜村。
端午节，玄汸的妻子宁若生生了一个儿子，是玄汸的长子，取名侯乘。在民间看来，端午节是一年中毒气最重的一天。侯家大门上插着菖蒲、艾叶，屋内飘着苍术、白芷的草药味儿，饭桌上摆着石首鱼、雄黄酒，孩子们的额头上、手心里也涂了雄黄酒。箬叶包的角黍香甜可口，远处传来赛龙舟的欢呼声，亲友陆续送来喜钱，家人摆上汤饼，庆贺新生儿的诞生。
端午节后的两天是天生婆婆诞辰日。村民敲锣打鼓，家家户户摆上供品，侯家的亲友上门聚会饮酒。按祖上传下的风俗，宾客来家中饮酒时要先“打喜”，袖子里揣着一根木棒，一见主人的面就掏出来打，叫打脚骨。岐曾强颜欢笑，应承亲友们的打喜。
喜气洋洋的气氛中，无人能感受到岐曾心中的紧张。他对亲友说，宁愿新生儿做个农家娃，也不要出人头地。节日里的欢快鼓点，每一下都让他心惊。
陈子龙住到丰浜村侯驯的家里后，很快引起邻居的怀疑。陈子龙打算贸然冲出去，被侯驯拉去南翔镇侯家的别业。夜里，玄泓去南翔探视陈子龙，计划下一步的去向。
第二天，家仆紧急报告，说有人给大兵泄露了陈子龙住在侯家的消息，千真万确，晚上就要来抓人。
岐曾听了半信半疑，告诫全家镇定以待，与龚老夫人、玄瀞商议临时躲避。儿子们告诫四邻，防备大兵到来。一夜过去，毫无动静，似乎与上次躲避骑兵的事如出一辙。
龚老夫人一夜没合眼，天亮后，欢欣地逗弄玄汸的新生儿。岐曾嘱咐家仆继续打探，全家保持戒备。
嘉定与松江一界之隔，侯家已经暴露了目标，陈子龙再待下去显然不安全。岐曾给陈子龙写了封短札，劝陈子龙尽快选择安全之地。哪里才是安全之地呢，岐曾一夜无眠。
次日一早，恰巧顾天遴从昆山来看望哥哥顾天逵，岐曾想到了办法。他嘱咐顾天逵兄弟，将陈子龙带到昆山，由昆山转道苏州，顺运河南下，逃往浙江。顾氏兄弟与陈子龙虽不熟识，但也久闻其名，形势危急，两人答应了岐曾，带着陈子龙一起回昆山。
在去往昆山的路上，陈子龙想起了常熟唐市镇的朋友杨彝。杨彝比陈子龙大二十五岁，是应社的创始人，后来加入复社，二十多年前与年轻的陈子龙、杨廷枢等人都是叱咤风云的复社骨干。
当陈子龙敲开杨家的大门，希望杨彝收留他时，白发苍苍的杨彝拒绝了。自从明朝覆亡后，杨彝闭门不出，不问世事，断绝了一切来往。
陈子龙无奈，只能继续和顾氏兄弟赶往昆山。他们到达昆山顾家后，一打听才知道运河已经封锁，不通舟楫。顾天逵兄弟二人将陈子龙安置在顾家祖坟旁边的墓舍，一处很隐蔽的地方。
陈子龙走后，岐曾松了口气。当天，清兵闯了进来。大兵诘问家仆侯驯，侯驯故意将大兵引到其他屋子，给岐曾留下逃跑的机会。岐曾没有逃跑。当大兵找到岐曾时，侯驯挡在岐曾的前面，称他自己藏匿了陈子龙，与主人无关。家仆俞儿、朱山、鲍超、陆二、李爱也冲上前，与清兵厮打。最终，清兵将岐曾和六名家仆一起逮捕。
岐曾临走前，含泪给龚老夫人下跪。
龚老夫人仰起头，忍住眼泪，说了一句：“我昔欲为卞壸母，今宁不能为孔褒母乎？”
东晋名臣卞壸和两个儿子卞眕、卞盱，在乱军来临时坚守城池，拒不投降，失败后自杀，多像她的儿子侯峒曾和孙子侯玄演、侯玄洁；东汉末年的孔褒和弟弟孔融，藏匿被官府通缉的正直友人张俭，事发后两人争着为对方辩护，最终官府抓走了孔褒，又多像此刻她的另一个儿子侯岐曾。
龚老夫人看着岐曾和六名家仆被抓走的背影，似乎看到了生命的尽头。她走到家门外的水边，从容地跳入水中。岐曾的妾静姝、龚老夫人的婢女徐氏和长春，一同随她而死。
龚老夫人投水的地方，是两年前孙辈为她修筑的河埠头。当初避难乡下时，玄汸听到祖母在蟠龙江畔的一声叹息，于是说服父亲岐曾，凑钱雇人开渠，花了十天，开了一条一百三十多米长的水道，直通家门。困窘日子里大兴土木，朋友们都不理解。玄汸说，祖母在世的日子有限，让她高兴是最重要的。河道修通后，龚老夫人以七十多岁的高龄，欣喜地坐着小船往来各村，看望四散的家人。
据说，侯岐曾被押到松江后，起先受到了苏州巡抚土国宝的招抚。土国宝自称早听过侯岐曾的大名，给他送去酒肉，说海外通敌名单上没有他，等他与家里通信，就可以保命。言外之意是交钱赎命。岐曾说，我已经没有家了，还通什么信？国破家亡的痛苦，籍没催缴的压力，贪官恶吏的无耻，化作岐曾心中的一团怒气。次日，岐曾在狱中听说母亲龚老夫人投水自杀的消息，对土国宝痛骂不绝。土国宝虽听不懂吴地方言，却知道岐曾在骂他，失去了招抚的耐心。
随后，侯岐曾和五名家仆俞儿、朱山、鲍超、陆二、李爱一同被杀。岐曾终年五十三岁。
陈子龙的童子也被抓住，招出了陈子龙的去处。
两天后，清朝操江都御史陈锦带着兵丁赶到昆山，根据得到的线索，半夜突袭，将陈子龙和顾天逵、顾天遴兄弟一并绑走，押赴松江。
据说，陈子龙与陈锦的对话如下。
陈锦问他是何官员，陈子龙答道：“我崇祯朝兵科给事中也。”
“何不剃发？”
“吾惟留此发，以见先帝于地下也。”
陈锦再问他问题，他瞪着眼不再回答了。
五月十三日，陈子龙站在押解船上，想到即将来临的屈辱。当船行至松江境内的吕冈泾时，他趁守卫不防备，投河自尽，时年虚岁四十整。看守的清兵将他的尸体打捞上来，斩首后弃尸水中。
年轻的时候，陈子龙和夏允彝、徐孚远是几社的佼佼者，也是挚友。有一次，三人对坐饮酒，谈到未来的志向，各不相同。徐孚远的志向最慷慨激昂：“百折不回，死而后已。”夏允彝是三人中年纪最大的，他说：“吾仅安于无用，守其不夺。”陈子龙看了下两人，说：“我无暗公（徐孚远）之才，而志则过于彝仲（夏允彝），顾成败则不计也。”
现在，各如其言。夏允彝看不到希望后自绝于人世，两年来，陈子龙奋勇向前，不计成败，而今事业失败，他的生命也走到了尽头。昔日三人，只剩徐孚远继续往来于东南海域，从江浙到福建，再到台湾，联络义军，共图复明大业。
陈子龙死后的第二天，他的门生和轿夫找到他的遗体，具棺装殓，将他安葬在家乡松江广富林村。
在昆山，归庄、顾炎武等亲朋好友动用金钱和关系，全力营救顾家父子，但没能救出顾咸正，连他的两个儿子也没能救出。早在顾咸正被抓前，顾炎武预感风声紧张，专门坐船看望顾咸正，劝他躲避，顾咸正回答道：“行矣，不再计。”
几天后，顾天逵、顾天遴兄弟和岐曾的家仆侯驯被杀于松江。这一年，顾天逵三十岁，他的弟弟顾天遴二十七岁。
十余天后，顾咸正、夏完淳、夏完淳的岳父钱栴等数十人先后被押赴南京。夏之旭虽未被抓，但迫于清廷的追究，自缢于文庙。
“三年羁旅客，今日又南冠。无限河山泪，谁言天地宽。已知泉路近，欲别故乡难。毅魄归来日，灵旗空际看。”
夏完淳在押赴南京的路上，心中充满了哀伤。他才十七岁，却已承受了太多。他行至松江府，听说了陈子龙投水自杀的消息，忍不住为他的师友痛哭；路过苏州府吴江县，他想起曾经追随的吴昜义军，如今已灰飞烟灭；行至虎丘，友人杜登春准备了一些盘缠交给官差，告诉他顾天逵兄弟的死讯，他只能含泪入睡。
他把报国未成的遗憾，化为对外甥侯檠的勉励，“大仇俱未报，仗尔后生贤”；他惭愧无法继续奉养母亲，觉得愧对身怀六甲的妻子钱秦篆，他叮嘱妻子养育遗孤，不要另立后代。
夏完淳和岳父钱栴同时受到江南总督洪承畴的审讯。据说，洪承畴宽厚以待，试图说服他俩归顺，但夏完淳严词拒绝了。当钱栴犹豫不决时，夏完淳回头看着他，厉声用古代义士慷慨赴死的精神鼓励他。钱栴放弃了屈服的想法，决心与夏完淳一同赴死。
顾咸正则坦然得多。据说，当洪承畴问他：“汝知史可法在乎？”顾咸正反问道：“汝知洪承畴死乎？不死乎？”一度被追认为英雄的明朝叛将洪承畴默然了。在狱中，顾咸正和夏完淳、刘曙等狱友知道不免一死，索性放开心情，饮酒谈笑，津津乐道古今的忠义故事，约定死后要化为厉鬼聚在一起。
九月下旬，一道谕旨传遍江南，震慑了所有对清朝怀有二心的人：
叛犯顾咸正、夏完淳、谢尧文、钦浩、刘曙等三十三名，通海寇为外援，结湖泖为内应，秘具条陈奏疏，列荐文武官衔……依谋叛律，不分首从皆斩，妻妾子女入官为奴，财产籍没充饷，父母、祖孙、兄弟不限籍之异同，皆流二千里安置。
未获叛犯侯玄瀞等二十二名，严缉另结……
圣旨一下，顾咸正、夏完淳、钱栴等三十三人以叛逆罪被杀。
顾咸正时年五十七岁。他死后，顾家的家产遭到籍没，只剩他的母亲张老夫人独守家祠。顾天逵死后，他的妻子侯氏独自抚养两个幼女；顾天遴有一个小儿子，跟着外祖躲入山中侥幸活命。
夏完淳死后，友人杜登春为他收殓遗体，运回松江故乡，安葬在他的父亲夏允彝的墓旁。他的妻子钱秦篆生了一个女儿，不久夭亡。家人遵照他的意愿，没有另外立嗣，夏家的香火戛然而止。
钱栴死后，他的儿子钱默，即担任过嘉定县令的年轻人，在黄山出家为僧。
杨廷枢也死了。其实他是最早被抓住的，只是消息封锁，侯家知道得比较晚。吴胜兆反清失败后，清朝最先清洗的城市就是苏州。恰恰在陈子龙逃到嘉定侯家的时候，杨廷枢在苏州芦墟的门人家中被抓。他受到牵连，是因为戴之隽是他的门生，他对吴胜兆反清一事或多或少有鼓动。
在押赴南京的船上，杨廷枢在白衣上写下血书，回顾了自己五十三年的一生。他从小熟读圣贤书，崇拜南宋末年的忠义丞相文天祥。他学富五车，为东南士林翘楚，以一杆毛笔指点江山。他在狱中受尽刑罚，遍体鳞伤，十指倶损，却没有屈服。当土国宝劝他剃发以换取性命时，他以一句“砍头事小，剃头事大”拒绝。他视死如归，他的妻子和女儿也陪他共赴黄泉。
“人生自古谁无死，留取丹心照汗青。正气千秋应不散，于今重复有斯人。”灾祸虽突如其来，却早在他的预料之中。他的心中充满浩然之气，仿佛化身慷慨赴死的文天祥。
据说，临刑前，杨廷枢大喊一声“生为大明人”，他的头落地后，“死为大明鬼”的喊声还回荡在刑场上。主事者感慨不已，将他以礼安葬。
“尽除三吴知名之士”，清朝的意愿达成了。