开国和攘夷的争论是就对外关系而言的，但经过长期摸索和碰壁，有识之士逐渐认识到不先改革内政，将无以凝聚全国人心一致对外，如此若攘夷则必然失败，若开国则会被迫沦为列强的殖民地。新的思潮就此产生并开始了激烈的交锋，那就是——尊王倒幕与公武合体。
文久二年（公元1862年）元月，老中安藤信正在坂下门外遭到袭击；二月，德川家茂将军与御妹和宫正式举办婚礼；四月初，萨摩藩重新编组大军，由“国父”岛津久光亲自统率，浩浩荡荡地杀向京都而去。
如前所述，岛津齐彬去世以后，御隐居岛津齐兴重掌藩政，全盘推翻齐彬的政策，大肆迫害齐彬的亲信，西乡吉之助即被逼得要跟月照和尚一起蹈海自尽，在被救上来以后，经过大久保正助（利通）等好友的多方奔走，最终仅被判以流放之刑。
好在老头子齐兴已是风烛残年，仅仅把持藩政一年多的时间便也呜呼哀哉了，权柄就此落到了他第五个儿子，同时也是新任藩主岛津忠德之父的忠教手中。岛津忠教原本出继分支的重富岛津家，就此复归大宗，改名为岛津久光，并且自称“国父”——也就是国主之父的意思。
岛津久光虽然是个大孝子，却并不赞成老爹那一套，尤其他年轻气盛而又野心勃勃——我西海名门岂能一味仰承幕府的鼻息过活？还是兄长齐彬的政策更能振兴萨摩藩。目光敏锐的大久保正助看穿了久光（忠教）的这份心思，因而紧着抱上了他的粗腿。
这位大久保正助乃是西乡吉之助的好友，同样出身下士家庭，“奥由罗骚动”中受到牵连，与其父一起被处以谨慎之罚，等到岛津齐彬上台后才被解禁，出任御藏役的低级职务。他与西乡吉之助、有村俊斋等志同道合者一起组建“精忠组”，类似于齐彬的粉丝团。
岛津齐兴复辟以后，“精忠组”受到打压，智谋多端的大久保正助便用围棋做敲门砖，首先巴结上了岛津忠教的棋友、吉祥院主持乘愿和尚，接着请乘愿把他相关国事的意见书呈递给了忠教。忠教因此而召见正助，对他的聪敏赞不绝口，当即加以提拔，很快便引为亲信。等到忠教改名“国父”久光，掌握藩政之后，立刻恢复了齐彬在位时的很多政策，还特意赐名正助，改大号为大久保一藏。
通过大久保一藏和家老小松带刀（清廉）等人的努力，西乡吉之助终于被从流放地召了回来。正好传来“坂下门外之变”消息，幕府的权威几乎跌落谷底，岛津久光一见有机可趁，于是在上述人等的煽动下，打算继承兄长的遗志，率军进京，觐见天皇，进而利用天皇来压制幕府，迫使幕府分权给朝廷和强藩。
一句话：“一桥派”卷土重来了。
四月三日，萨摩藩的激进尊攘派有马新七、田中谦助等人想要趁此时机举兵倒幕，他们在京都旅馆寺田屋集结，计划首先杀死关白九条尚忠和京都所司代酒井忠义。此事为岛津久光得知，即命大久保一藏派遣奈良原喜八郎等九人前往弹压，双方发生冲突，结果有马新七等六人当场死亡，另有两人翌日即被勒令自杀——是为“寺田屋骚动”。
萨摩人为什么要打萨摩人呢？其实原因很简单，岛津久光所代表的尊攘派上层，是不主张以武力推翻幕府统治的，他们只是想向幕府施压，从而分润权柄，达成“公武合体”、雄藩参政的目的而已。“寺田屋骚动”恰好说明了公武合体派和倒幕派之间的分歧已经无可磨合，虽然同样打着尊王攘夷的旗号，但两派根本上就已经分道扬镳了。
无论魄力、野心还是好学程度，岛津久光都不在乃兄齐彬之下，但区别也是很大的，岛津齐彬精通“兰学”，岛津久光却精通“国学”，说白了，齐彬是开国派，久光却是攘夷派。因此最终久光向朝廷请得的敕旨，其主要内容包括：改革幕政，使“一桥派”全面上台；将军家茂前往京都朝觐，以提升朝廷的威望；幕府明令攘夷。
其后，岛津久光即率军卫护敕使前往江户，幕府被迫对其强横态度作出妥协，颁布了一系列政治改革令，主要包括：设置政事总裁职以取代老中会议，由松平庆永担任；设置将军后见职，由一桥庆喜担任；设置京都守护职以守护朝廷并稳定京都局势，由“南纪派”的会津藩主松平容保担任；放宽参觐交待制度，由隔年一参觐改为三年一参觐，每次居留江户百日，并且允许诸大名的妻、子返乡；推进对洋学的研究，向国外派遣留学生；进行军事改革；简化传统宽大而不便行动的礼服等等。
并且幕府还答应，家茂将军将于次年也即文久三年（公元1863年）上洛觐见天皇，正式宣布攘夷——是为“文久的改革”。
“一桥派”重掌大权，岛津久光志得意满地返回了萨摩。翌年三月，家茂将军如约上洛，并于四月确定了攘夷的期限——五月十日。此诏一下，幕府权威陡然提高，各地尊攘志士无不欢欣鼓舞。然而这种攘夷事实上就是把外国人全部赶出日本，基本恢复幕府旧有的锁国体制，它是根本背离时代发展潮流的，因此也必然引发始料未及的严重后果……
文久年间的“攘夷”，后来被称为“无谋的攘夷”，也即根本上缺乏统一指挥和细致规划，不考虑军事代差，幕府一声令下，诸藩便各行其是，悍然向洋人挑起战端——因为幕府并没打算真的主动动手。那么这种无谋攘夷之失败，也便是意料中事了。
首先动手攘夷的是激进尊攘派的大本营长州藩，藩主毛利敬亲下令，下关炮台严密监视和封锁马关海峡，凡见到有外国船开过，不管是商船还是军舰，不管是美、英、法、荷哪一国的，一律发炮击沉之。
马关海峡今名“关门海峡”，是指本州岛最西端和九州岛东北端之间一条狭窄的水路，也是从日本海进入濑户内海的重要通路。五月十日，乃是预定的攘夷日期，长州激进尊攘派的领袖、松下村塾的高徒久坂玄瑞当即下令向通过的美国商船彭布罗克号开炮，并且指挥两艘新式炮舰——庚申丸和癸亥丸——左右夹攻，迫使彭布罗克号仓皇退去。到了五月二十六日，长州再度悍然炮击荷兰军舰梅杜莎号，当场打死荷兰水兵四名。
列强对此自然不会视而不见，首先跑来报复的是停泊在横滨港的美国军舰怀俄明号。六月一日，怀俄明号开入马关海峡，在海岸炮台的射程外航行，引诱长州军舰前来驱逐，结果因为没有岸炮的支援，被装备精良、航速较高，又训练有素的怀俄明号先击沉壬戌丸，再掉过头来击沉庚申丸，重创了癸亥丸，大败长州海军。
四天后，法国海军准将朱利斯率领两艘军舰来到下关，先重创了沿岸炮台，随即派遣陆战队上岸，击退长州武士，把炮台彻底夷为平地。长州军急忙修复炮台，并且派兵渡过海峡，占领了对岸小仓藩的沿岸阵地，誓将海峡封锁战进行到底。于是翌年七月，英、法、美、荷四国集中了十七艘战舰、五千兵力，以英国海军中将奥古斯特·库珀为总司令官，从香港出发，浩浩荡荡开入马关海峡。激战三天后，四国联合舰队不但轰平了海峡两岸炮台，还攻陷了下关城。
毛利敬亲闻报大惊失色，只好派遣重臣高杉晋作前去与洋人和谈——攘夷的急先锋长州，首先认怂了。
第二个和西方列强全面交火的则是萨摩藩。不过萨摩人没长州人那么激进，本来并不打算动手的——要当炮灰也得他藩或者幕府先上，咱不能在打仗上当出头鸟——可是没想到，洋人倒主动逼上门来。
战争肇因于“生麦事件”。且说当岛津久光先上洛再往江户，成功地逼迫幕府进行改革，并且承诺攘夷后，这位“国父”大人便得意扬扬地取道归藩。行列在途经横滨港附近生麦村的时候，遇见三男一女四名旅游观光的英国人，因为未按规矩避道——大名的行列通过时，只有等级更高的大名才能阻拦，其余武士也好，庶民也罢，都必须避至道边等候——而被萨摩藩臣拔刀相向，当场砍死一人，砍伤两人。
这一恶性事件发生后，岛津久光也知道曲在己方，生怕英国派军队前来报复，因而归藩之后，便立刻加固沿岸炮台，做好了开战的准备。等到了攘夷令生效后的六月份，果然七艘英国军舰气势汹汹地杀将过来，舰队司令为奥古斯特·库珀中将——他要到第二年才去攻打的长州——派人向萨摩提出严惩“生麦事件”的凶手，并赔偿两千五百英镑抚恤金。
本来这一要求并不过分，却被岛津久光一口给回绝了。有一种说法，说是负责翻译的福泽谕吉（日本近代著名思想家、教育学家，现在一万日元纸币上所绘的就是他的头像）一时紧张，把“请萨摩藩主逮捕严惩肇事者”误译成了“逮捕严惩肇事者萨摩藩主”，久光一听啥，要严惩我儿子，是可忍孰不可忍！
谈判就此破裂，七月二日，战争正式爆发。英国舰队首先突袭捕获了停泊在港口的三艘萨摩蒸汽船，随即与岸上炮台展开了激烈的交火。一直战至黄昏时分，英舰一艘重伤，两艘中度受创，损失非常惨重——事后英国方面的借口是：海上风浪太大，影响了舰炮的瞄准和舰只的规避，更要命的是英舰正好停在了萨摩炮台日常训练的标靶物所在地……
但是萨摩方面虽然死伤人数较少，却也并不好受。他们本以为经过多年学习西方先进科技，苦心经营的沿岸炮台可以抵挡住英军炮火的，谁料激战过后，毁坏了将近半数，并且英国舰炮射程较远，很多炮弹直接越过炮台，落入了萨藩本据鹿儿岛城内，瞬间引发大火，数百年古城几成废墟……
于是只得与英国人在横滨议和，萨藩向对方赔偿两万五千英镑的巨款——不过经过大久保一藏的协调，这笔费用最终转嫁到了幕府头上。这场“萨英战争”极大地刺激了大久保等萨摩藩尊攘志士，也让岛津久光初尝苦果，他们原本狂热的头脑逐渐冷静了下来，思想开始从攘夷向开国转化。
然而在那些头脑僵化的局外人看来，目前的形势一片大好嘛，就连老牌列强英国的舰队，不也被萨摩一藩给击退了吗？只恨幕府指挥不力（其实是根本就没有指挥），诸藩观望的多，真正动手的少，倘若真能把全国的军事力量全都凝聚起来，又岂有攘不了夷的道理呢？好，既然幕府不愿或无力担当攘夷领袖的重任，那咱们就换一个来！
要换谁做领袖？当然只有天皇朝廷啦。此际激进尊攘派甚嚣尘上，已然逐步控制了京都朝廷的权力，在朝有三条实美、姊小路公知等朝臣，在野有久留米藩士真木和泉（保臣）和长州藩士久坂玄瑞，几个人碰头会商，提出了天皇“攘夷亲征”的计划。
所谓“攘夷亲征”，当然不会让孝明天皇亲统大军去跟洋人死磕，而是借着天皇行幸贺茂神社和石清水八幡宫，进行“攘夷祈愿”的机会，使得天子摆脱朝中顽固派和京都幕府官员的控制，进而彻底推翻朝廷委任幕府处理政务的旧体制，从而达成上下一心，全面攘夷的目的。
可是孝明天皇虽然坚持攘夷，却并没有推翻幕府，自己亲掌国政的心思，对三条实美等人的谋划是不理不睬。三条等人无奈之下，被迫铤而走险，计划挟持天皇离开京都。可惜消息败露了，千年古都很快又将沦陷为血与火的战场……
文久三年（公元1863年）八月十八日凌晨一时，中川宫朝彦亲王、前关白近卫忠熙、右大臣二条齐敬，以及京都守护职松平容保一起入内参觐，获得了孝明天皇的允可。于是到了四时左右，会津、萨摩、淀、德岛、冈山等藩兵数千人汹涌冲向皇宫，接替了各门的守卫。随即天皇下诏，要求在京各藩藩主全都入内觐见，同时免除了激进尊攘派公卿三条实美等人的职务，命其在家禁闭。
这是公武合体派对激进尊攘派——或者也可以说是具备一定倒幕倾向的尊攘派——的全面反攻。很快，朝命下达，对于不尊王命的长州藩主毛利敬亲、定广父子加以惩罚，免除长州兵警卫御门的任务，勒令限期离京，同时放逐包括三条实美、三条西季知、东久世通禧等七名与长州藩关系密切的公卿。
这就是“文久政变”，又称“八月十八日的政变”。那七位公卿狼狈逃出京都，只好跑去依附长州，史称“七卿落难”。
松平容保的会津藩乃是幕府亲藩，淀藩是幕府谱代，德岛等藩虽为外样，但一贯恭顺，他们为了维持江户幕府的存续发动政变尤有可说，可是萨摩藩为啥要跑来添乱呢？其实原因也很简单，自从攘夷之诏下达后，长州便成了尊攘派尤其是激进尊攘派的大本营，毛利父子的声望一时无两——他们是第一个向洋人开炮的，为此还曾经受到过天皇的表彰——这使得岛津久光大为不满。外样诸侯当中，岛津久光是自命魁首的，怎能容许长州毛利氏爬到自己头上去呢？
再加上自从久光率兵上洛，获得天皇敕旨，压服了江户幕府以来，孝明天皇即对其青眼有加，寄予厚望。当激进尊攘派掌控朝政之后，天皇便多次传旨久光上洛，为他澄清朝局，只可惜久光因为“萨英战争”而不克抽身。所以当近卫忠熙等人以天皇御意去游说萨摩藩驻在京都的总负责人西乡吉之助时，吉之助秉承“国父”旨意，当即一口答应下来。
如此一来，原本乘着攘夷东风在京都呼风唤雨的长州势力被一扫而空，以会津、萨摩为首的佐幕诸藩彻底控制了局面。激进尊攘派当然不甘心就此失败，他们陆续在各地起事以反抗幕府的统治，想要杀回京都去。其实早在“八月十八日的政变”以前，公卿中山忠光就组建了“天诛组”，在大和举兵，以呼应所谓的“攘夷亲征”；政变爆发后，筑前藩士平野国臣又占领了但马国生野代官官署（生野之变）。但这些起义陆续都被幕府指挥各藩围剿，血腥地镇压了下去。
而受到最大打击的长州藩，则正策划着更为危险的举动，他们打算从内部扰乱进而占领京都，挟制天皇，让天皇下诏讨伐江户幕府——这一行动被称为“夺玉”，“玉”指的就是当时在位的孝明天皇。
翌年六月五日，负责京都治安的新选组逮捕了一名化装成武具商的尊攘志士古高俊太郎，俊太郎受刑不过，供出当晚将有长州、土佐、肥后等脱藩志士二十余人聚集在京都三条河原町的旅馆池田屋开会，打算在京都纵火，然后趁乱攻入皇宫，挟持天皇。并且与会名单上，竟然还有“桂小五郎”的名字！
桂小五郎原为长州藩医和田昌景之子，过继给大组士桂家做了养子，后来受到长州藩主毛利敬亲的青睐，赋予重任，并且成为藩中尊攘派的领袖人物，与主掌藩政的长井雅乐（时庸）展开了长期的斗争。
长州藩最初的藩论是倾向于锁国佐幕的，就在“樱田门外之变”前后，长州藩内制定了三条基本纲领，那就是：一，尊王；二，佐幕；三，恪守藩祖（毛利辉元）以来的忠义之心。然而重臣长井雅乐却跳出来大唱反调，向藩主毛利敬亲提出了《航海远略策》，指出毁约攘夷是没有好结果的，只有公武一心，开国进取，才能挽救艰危的时局。在得到毛利敬亲的首肯后，他前往江户说服了老中安藤信正和久世广周，又进京说服了天皇和许多公卿，为把公武两家拉上同一辆战车而费尽了心机。
桂小五郎等人针锋相对地提出吉田松阴的“航海雄略论”，以对抗长井的“航海远略论”，这两种方针就表面上看起来非常近似，却也存在着两个截然不同的差异点。其一，“远略论”更重韬晦，认为在力量不足的情况下，暂且与列强签署不平等条约乃是不得不为之事，但“雄略论”却认为绝对不可原谅；其二，“远略论”主张公武合体，而吉田松阴在临终前却已经产生了倒幕的思想，传留给其弟子们的遗产，就是对幕府极度的反感，进而认为所谓公武合体只不过是幕府以退为进，欲图苟延残喘的鬼花招罢了。
故此以桂小五郎和久坂玄瑞等人为首，纷纷提出必须先攘夷，后开国，想在不先解决内部矛盾、改革政治以前就向西方列强敞开大门，根本就是开门揖盗。曾经支持过吉田松阴的重臣周布政之助也站在小五郎等人一边，于是众人齐心协力把长井雅乐赶下了台，并导致长井雅乐在文久三年（公元1863年）的二月份切腹自杀。
拉回来再说池田屋的密会，其实桂小五郎恰好在这个时间点上洛，并且同意与会，还真不是来挑事儿的。且说去年攘夷之战开始以后，长州藩内尊攘派三巨头高杉晋作、桂小五郎和久坂玄瑞逐渐走向两个不同的阵营，高杉和桂终于认识到了自己与洋人之间的差距，就此反对无谋攘夷，主张慎重处事。当“八月十八日”的政变爆发后，长州藩内群议汹汹，纷纷要求发兵上洛，向朝廷申诉，桂小五郎左拦右阻，最后提出，不妨由自己先上京去看看风色，咱们才好谋定而后动啊。
所以小五郎这次与会，不但不是来煽风点火的，反倒是希望来灭火的。只可惜新选组并不清楚此事，一心想若擒获甚至斩杀小五郎，便可极大削弱反对幕府统治的势力。于是他们在通报了京都守护职松平容保以后，快速展开行动，乘夜奇袭了池田屋，包括宫部鼎藏、吉田稔麿在内的七名志士被当场斩杀，其余数人遭到逮捕——是为“池田屋事变”。
然而新选组却并没有发现桂小五郎的踪迹，据说小五郎发现情势不对，根本并未出席，直接就闪人了，就此侥幸留得一命，随即被迫化装成乞丐，恓恓惶惶地逃出了京都。
对于长州藩来说，“池田屋事变”更是火上浇油，再加上桂小五郎不在藩内，仅凭高杉晋作一人，实在无法独撑大局，于是最终，长州大军开拔了，浩浩荡荡地杀向京都而来……
元治元年（公元1864年）六月五日爆发的“池田屋事变”，使得长州激进尊攘派的活动从地下转入地上，毛利家三名尊攘派的家老——益田右卫门介、福原越后和国司信浓——在中下级武士的煽动下，决定指挥兵马进京，对“八月十八日的政变”提出申诉。这种轻率的举动受到了高杉晋作等稳健派的反对，然而他们的努力劝说最终化成了泡影，长州军还是出动了，将领除三家老外，还包括久坂玄瑞、“游击队”队长来岛又兵卫等人。
“游击队”乃是长州诸队之一，这些队伍并非正规藩兵，而是编组的民间武装。且说当长州开始封锁下关海峡，炮击过往洋船以后，屡经战阵，损失惨重，毛利敬亲深感旧日的藩兵不堪使用，于是便授命亲信高杉晋作去组建新式陆军。
这位高杉晋作是个很特别的人，从小才具无双，眼高于顶，一副风流名士的派头。与绝大多数尊攘志士不同，晋作出身于中上级武士家庭（其实桂小五郎也是，他本家和田，后来成为桂氏的养子，桂氏的始祖乃是毛利元就麾下大将桂元澄）。因为高杉氏的家纹为“丸之四割菱”，所以有传说出自甲斐武田氏，先祖是战国时代的备后国高杉城主武田小四郎春时。晋作的父亲高杉小忠太领二百石俸禄，就其在长州藩内的身份来说，可比德川幕府的旗本。晋作初名和介，自小便在藩校“明伦馆”中取得了优异成绩，得到毛利敬亲、定广父子的称赞。
当时在“明伦馆”中还有一个高材生，同时也是高杉晋作的好友，那就是久坂玄瑞，经过玄瑞的介绍，晋作与其同时投拜在吉田松阴门下——照理说，松下村塾所招收的大多是中下级武士学生，晋作本来是不可能想到要去那样一个乡下学校进修的。
在松下村塾的日子里，高杉晋作受到吉田松阴的深刻影响，同时他还四处游历，先后向思想家佐久间象山、横井小楠等人求教，思想倾向逐渐转变为尊王攘夷。而因为他的学习成绩良好，遂被与久坂玄瑞，入江久一、吉田稔麿并称为“村塾四天王”。
文久元年（公元1861年），晋作被选为世嗣毛利定广的小姓役，也就是青年侍卫官，随即他获得许可，乘坐木船“千岁丸”渡海前往上海考察和学习。此时正值太平天国运动席卷中国东南半壁，西方列强协助清政府镇压这次运动，从而更进一步地把中国半殖民地化，上海是全中国苦难的最鲜明的缩影。在上海的这段日子里，晋作的思想开始发生转化，一方面产生严重的危机感，深知日本若不革新自强，结果必将比清朝更惨，另方面，他的对外倾向也逐渐转向开国。
回藩后，高杉晋作提出“大割据”策略，想要以长州藩为基地率先进行改革，从而逐渐向外影响整个日本。在他的建议下，毛利敬亲答应组建一支新式陆军，和旧有的藩兵不同，这支部队不论出身，其中既有武士，也有很多商人、城市平民和农民的子弟。当时藩中主力部队名为“选锋队”，选锋的意思就是正面突击，他们蔑称这支平民武装为“奇兵队”，意思是只能搞搞偷袭啥的。
高杉晋作不以为侮，便自称“奇兵队开辟总督”，自号东行，毛利敬亲则名其为东一（东邦第一人）和谷潜藏（深谷潜龙）。
受到“奇兵队”的影响，长州藩内各种半军事性组织逐一被建立了起来，比如来岛又兵卫的“游击队”，伊藤俊辅（博文）的“力士队”，吉富藤兵卫的“鸣城队”，品川弥次郎的“御楯队”，还有“荻野队”、“膺惩队”、“第二奇兵队”等等。其中就人数和军事实力来说，当然以“奇兵队”为其翘楚，落难长州的公卿三条实美就曾经欣然为“奇兵队”题词“忠义填骨髓”。
再说长州军总计三千人，分海陆两道杀往大坂，随即以伏见的长州藩邸为据点，大举向京都进发。当时守卫京都的是包括萨摩、会津在内的共三十个藩的部队，就兵力来说，长州军完全落在下风。然而被热血冲昏了头脑的长州激进尊攘派却根本看不清形势，在他们想来，只要通过公卿上奏天皇，说明自己的尊攘大义，天皇自然会站到自己一边，到了那个时候，萨摩、会津等藩的武士，难道还敢违逆天皇的旨意而行吗？
然而事实上当时的孝明天皇并无从幕府手中收归权力的野心，同时因为去年几场失败的攘夷战争，也已经很明确地表过态：“征服丑夷乃国家之大典……无谋之攘夷实不为朕之所望……”所以天皇是根本不会主动走出皇宫，接纳长州志士们的所谓忠心的。
皇宫四周布列着各藩军队，而长州军则分扎在嵯峨天龙寺、山崎天王山和伏见三处，与各藩遥遥相对。六月二十七日，松平容保命令各藩部队加强皇宫各门的警备，勿使长州一人一骑进入。七月三日，他又写信给福原越后，要求长州军尽快撤出京都附近地区，否则后果自负。
长州军不甘心就此退出洛中，可是面对数倍于己的兵力，也不敢贸然发动攻击。就这样，随着时间的流逝，形势对幕府方越来越有利，七月十八日夜晚，松平容保终于请到了幕府讨伐长州的敕命，随即带病出阵，指挥各藩军队向长州军发起猛攻。
长州军得到消息后，骑虎难下，被迫分道杀向皇宫，激烈的战斗就这样打响了。山崎方面屯扎着长州军的主力，主要将领有久坂玄瑞、益田右卫门介，以及久留米藩浪人真木和泉等，首先遭到诸藩联军的进攻，被迫向后退却。为了掩护主力部队，同时扭转战场形势，另外两路长州军大踏步地向皇宫挺进，先锋来岛又兵卫亲率两百名部下直冲蛤御门。
当时守备蛤御门的乃是八百名会津藩兵，看到长州军汹涌杀来，匆忙奋起迎战，双方就此在御门前展开了激斗。作为天龙寺方面主将的国司信浓紧跟在来岛又兵卫之后加入战团，高呼“杀败会奸，冲进皇宫去求见天皇陛下”等口号拼死奋战，会津军力不能敌，节节败退，眼看御门就要被长州军攻破了。
然而就在这个时候，一直驻扎在附近、守护乾御门的萨摩军却开始行动了。萨藩主将正是西乡吉之助隆盛，在他的指挥下，两百余名萨摩藩兵救援蛤御门，突然出现在长州军的背后。遭到前后夹击的长州军瞬间崩溃，素有“鬼来岛”之称的勇士来岛又兵卫身中数弹，自度不得幸免，于是含恨切腹而死。
就这样，长州军最后一线转败为胜的希望就此破灭，三路军兵陆续都被击溃。久坂玄瑞被迫闯入公卿鹰司府邸，想要负隅顽抗，结果被萨摩、会津、桑名等藩兵团团围住。恶战一场后，玄瑞和好友寺岛忠三郎一起含泪对刺而死。
最后毙命的长州军大将是真木和泉，他依靠天王山地势之险，一直固守到八月二十一日，掩护三位家老顺利撤退，然后也被迫自尽了。这就是著名的“蛤御门之变”，也称“禁门之变”，长州藩第一次明确地打出了尊王倒幕的旗帜，但因为准备不够充分，敌我力量对比过于悬殊，最终以全面溃败而告终。据说经此一战，长州藩尊攘志士战死达三百余人，藩中舆论也为之大变。
“禁门之变”爆发后，幕府传令各地诸侯，以前尾张藩主德川庆胜为总督，越前藩主松平茂昭为副将，联军讨伐长州。然而此时幕府权威已堕，诸侯各抱观望之心，都不肯使出全力，担任讨伐军总参谋的萨摩重臣西乡隆盛（吉之助）遂提出一计，要“以长州人来处置长州人”——这一计划取得了完美的成功。
且说讨伐军是元治元年（公元1864年）八月二日出动的，然而还没等走到长州，如前所述，八月五日，英、美、法、荷四国联合舰队驶入关门海峡，对长州重镇下关展开了猛烈的炮击，长州军损失惨重。于是藩内保守派椋梨藤太等人趁机向毛利敬亲提出，只有排斥尊攘派，并且立刻向幕府谢罪，“纯一恭顺”，才能挽救毛利家濒临灭亡的命运。
在这些保守派，也被称为“俗论派”的打击下，家老周布政之助被迫自杀，激进攘夷派的代表井上闻多（馨）遭到“选锋队”的袭击，伤重而遁。于是毛利敬亲勒令益田右卫门介、国司信浓、福原越后三家老自尽，同时破弃重镇山口城，交出落难的五位公卿（七卿或死或走，留在长州的还有五个），亲笔写信向幕府谢罪，用这些屈辱的条件勉强劝退了讨伐军。
这就是第一次“征长之战”，在西乡隆盛的谋划下，长州藩不战而败，藩内尊攘势力几乎被扫荡一空。然后，就该轮到狂飙突进的高杉晋作出场了。
此前高杉晋作正奉了毛利敬亲之命，在与西洋列强展开和谈，随即因为长州军在“禁门之变”中攻击御门，并向皇宫开炮，被定为“朝敌”，幕府趁机发动了第一次征长战争。消息传来后，晋作为了抵挡幕府军的攻击，挽救长州藩的危局，匆匆赶回本据萩城，提出“武力恭顺”的主张，也即阳奉阴违，表面上向幕府低头，实际却厉兵秣马，寻机再举。
然而“武力恭顺”被“纯一恭顺”压倒，俗论派趁机上了台，开始残酷镇压尊攘志士，晋作也被迫亡命北九州。但他并未就此失望颓唐，在舟中作诗述志道：“君不见楠公护凤辇，更有尊氏反；又不见南宋衰乱间，生一文文山。顺逆赏罚寻常事，丈夫为之岂屈志！”于是他在九州仅仅躲藏了一个月，便又悄悄遣回下关，图谋夺回“奇兵队”的掌控权，发动起义。
当时“奇兵队”的指挥者，一为总督赤根武人，二为军监山县狂介。山县狂介本名小辅，吉田松阴评价他“志向高远，可称一个‘狂’字”，因此赐名狂介——也就是后来的日本陆军大将山县有朋。当高杉晋作秘密前来，和他商量“必须打倒俗论派，掌握藩政，否则就无法挽救长州，更无法挽救整个日本国”的时候，此人大违其“狂”名，在赤根武人等谨慎派的挟制下，竟然犹豫不决，不肯协同起义。晋作一怒之下拂袖而去，说：“就算只有我一个人，也必定会完成起义大事！”
虽然没能拉动“奇兵队”的老部下，但高杉晋作通过不懈努力，却终于说服了“力士队”队长伊藤俊辅、“游击队”新队长高桥熊太等六十余人（一说为八十人）。他们于十二月十六日冒雪在下关功山寺起义，主力进攻正在新地会所驻扎的藩兵，另有十八名武艺高强者组成敢死队，突击三田尻的长州海军局。正逢天降大雪，藩兵们毫无防备，晋作这如同晴空霹雳般的猛然一击，彻底把他们给打垮了。很快，起义者就控制了新地会所和海军局，并且不流一滴血就接收了停在港口的三艘军舰。
听到高杉晋作举兵的消息，长州藩内的尊攘派志士们纷纷赶来会合，最终就连山县狂介也坐不住了，率领奇兵队跑来请求加入。就这样，只短短一天的时间，高杉晋作就控制了整个下关。
“俗论派”闻讯大惊失色，急忙派遣藩兵三千人前往镇压，高杉晋作身穿祖先传留下来的绀丝威铠甲，头戴乌帽子形兜，沉着应战，很快便将来敌杀得大败，随即挟得胜之势，直指本据萩城。
当然啦，基于当时的社会形态，晋作并没有推翻毛利家取而代之的心思，在率兵进入山口城后，他立刻向藩主毛利敬亲呈交了“兵谏”的建议书。毛利敬亲无奈之下，只得驱逐“俗论派”，授命晋作改革内政、整编诸队。然而晋作虽然一度掌控了藩政，但他提出开放下关港，主动与洋人接触的主张，却不仅仅“俗论派”，就连往日的攘夷同志们也都接受不了，双方竟然联起手来，想要派人刺杀晋作。
晋作被迫逃往四国，在友人日柳燕石的家里躲藏了起来。
好在此后不久，桂小五郎经过长期流亡，终于跑回了长州，毛利敬亲正夹在“正义”、“俗论”两派斗争之中，觉得朝不保夕，如同揪住一根救命稻草一般，当即把藩政一以委之。小五郎为人谦抑温和，绝非目无余子的晋作可比，加上口才很好，善于说服人，于是在他的主导下，终于再次推倒“俗论派”，并且统一了“正义派”的思想——那就是：武备恭顺、尊王、攘夷，外加倒幕。
可是为了加强武备，扩充实力，为将来推翻幕府做好准备，你不跟洋人接触，不学习先进技术，终究是不行的啊。经过桂小五郎的斡旋，晋作终于得以重返长州，任用军事家大村益次郎，开始了对藩中兵马的全面革新和整备。
“功山寺起义”的第二年是庆应元年（公元1865年），五月，一个名叫“龟山社中”的商会悄然建立了。日本的这场近代变革，产生了所谓的“维新三杰”，而在此之前，还有所谓的“前三杰”声名更为烜赫，那就是高杉晋作、幕臣胜海舟，以及“龟山社中”的创办人坂本龙马。
坂本龙马本名直柔，出身非常低微，他的祖父直益本是酒店“才谷屋”的少东家，后来过继到土佐藩一个下级武士家庭，才始取得“乡士”资格。成年后，龙马获得藩内允准，前往江户游学，不但修习了“北辰一刀流”的精妙剑术，还拜在大学问家佐久间象山门下，精研儒学、军事和兰学。
所以说，相对这时期绝大多数尊攘派的年轻武士来说，龙马接触西洋学问是比较早的，了解也是比较深的，虽然同样主张攘夷，但对开国的抵触并不强烈。
土佐藩的始祖，乃是丰臣秀吉的亲信山内一丰，“小山评定”之际，一丰主动站出来支持德川家康，并且提出献出自己的居城挂川，请德川军入驻。因此“关原合战”后，他被家康封以土佐一国，领地九万八千石。
一丰十五传而至山内丰信，是幕末“四贤侯”之一，起用开国派重臣吉田东洋，进行藩政改革，成效卓著。“安政大狱”中，山内丰信受到打击，被迫让位给前藩主山内丰惇之弟丰范（丰信是以旁支入继宗家的），自己退居二线，号“忍堂”，后改“容堂”。井伊直弼对洋人的卑躬屈膝，与对“一桥派”和尊攘志士的残酷迫害，直接刺激了土佐藩中广大年轻武士，于是他们联合起来，组建了一个“土佐勤王党”。
“土佐勤王党”的首脑，乃是激进尊攘派的武市半平太（瑞山），坂本龙马幼小时即与半平太相交莫逆，因此也在盟誓的文书上签上了名字。此后不久，半平太找到龙马，请他前去刺杀吉田东洋，欲图以此契机来控制藩政。
龙马的思想在攘夷和开国之间徘徊，也不愿伤害对土佐藩做出过重大贡献的东洋，被迫脱党，甚至脱藩而去。不过最终，武市半平太还是找到一个名叫那须信吾的剑术高手，斩杀了吉田东洋，并且如其所愿，很快便推翻了旧的藩政府，把权力牢牢掌握在自己手中。
放下武市半平太不提，再说龙马脱藩以后，便前往九州考察，随即返回江户，在剑道师父千叶定吉的介绍下，前去拜会新任政事总裁松平庆永。庆永虽然颇为欣赏龙马的才干，但二人的地位天差地别，身为幕府首脑，不便破格提拔一名浪人，于是又介绍他去拜见军舰奉行胜麟太郎义邦（海舟）。
这位胜海舟，据说本出自一个高利贷者家庭，其父靠着金钱把儿子送去幕府御家人胜家做婿养子，继承了胜氏的家名。“黑船来航”之后，胜海舟受到幕府海防挂大久保忠宽（一翁）的赏识，进入长崎海军传习所任职。万延元年（公元1860年），幕府为了《日美修好通商条约》的换文，派出赴美使节团，使团成员乘坐美国军舰帕沃坦号，此外海军传习所的教练舰“咸临丸”也跟同护卫——使团翻译，就是大名鼎鼎的中滨万次郎，而“咸临丸”的副舰长就是胜海舟，那位萨摩藩的福泽谕吉，也混了个同船前往的位置。
“文久的改革”中，幕府任命胜海舟担任军舰奉行，等同于海军部长。所以松平庆永一瞧这位名叫坂本龙马的年轻浪人颇为精通兰学，便让他直接去找海舟谋职。海舟是彻底的开国派，龙马心中不能毫无芥蒂，勉强前往，反倒三言两语就被海舟给说服了——不开国则无以强国，不强国，所谓攘夷只是痴人说梦而已。随即胜海舟开设了神户海军操练所，也就是官办海军学校，委任坂门龙马担任塾头（类似于教务主任）。
胜海舟和坂本龙马一心培养出日本自己的海军人才，建立一支真正现代化的海军，但可惜好景不长，因为学员当中有很多人都与激进尊攘派有着千丝万缕的联系，因此“八月十八日的政变”后，胜海舟受牵连而被罢免了军舰奉行的职务，神户海军操练所经费断绝，也被迫关门。
此时的坂本龙马，已经构思出了他独特的共和政体论，在离开神户海军操练所后，他率领一些学员先是投奔萨摩藩，随即便在长崎创立了“龟山社中”，后改名“海援队”。“龟山社中”名义上是个普通的对外商务贸易组织，实际上乃是尊王志士们的总联络站和总情报站，利用这个组织，龙马把大量精力和金钱都投入到尊王倒幕运动中去。
只是龙马并不赞成武力倒幕，他认为只有各地雄藩联合起来，才能逼迫幕府自动地“大政奉还”，也即把权力返还给天皇朝廷，完成不流血的革命。为了达成这个目的，他决定首先要让尊攘派的两大魁首——长州和萨摩——携起手来。
萨摩藩本是尊攘派的重要基地，但公武合体的色彩更为浓厚，当坂本龙马和好友中冈慎太郎来到萨藩的时候，掌握藩中实权的乃是大久保利通（一藏）和西乡隆盛——此二人与长州的桂小五郎（后改名木户孝允）并称为“维新三杰”。
萨摩藩前此所以会协助幕府与长州军交战，本是为了掌握京都的实权，完成藩主岛津久光公武合体和“雄藩公议”的政治理想。可是幕府在战败长州以后却卸磨杀驴，加速恢复幕权，同时故意搅黄朝廷明令召开的“参预会议”。在这种情况下，西乡隆盛、大久保利通等人的思想逐渐倾向于武力倒幕。于是，经过龙马和慎太郎的反复劝说，西乡隆盛终于答应和长州联起手来，伺机推翻幕府的腐朽统治。接着，两人又来到长州游说，虽说长州人恨透了“会奸”、“萨贼”，但眼界开阔的桂小五郎和高杉晋作还是力排众议，决定争取萨摩这个强有力的外援。
经过反复磋商，萨摩和长州首先联起手来，其后又有土佐和肥前加入——通称“萨长土肥”，这就是最终推翻幕府统治的西南“四强藩”。
如前所述，在坂本龙马和中冈慎太郎的反复奔走游说下，庆应二年（公元1866年）正月，长州重臣桂小五郎再次秘密潜入京都，在萨摩藩邸与萨藩重臣西乡隆盛会面，签署了共同进退的同盟协议。幕府对此秘密同盟懵然无知，他们只看到了高杉晋作的“功山寺起义”，看到长州藩的割据倾向，于是悍然决定发动第二次“征长战争”。
幕府首先向长州藩发去了诘问书，要求藩主毛利敬亲、定广父子退隐，并且将领地削减为十万石，移往他处，如此则可保证毛利氏的家名不被绝灭。如此苛刻的条件，就算掌握藩政的依然是“俗论派”，也是很难答应的。幕府正要他们不答应，这样就可以名正言顺地号召诸藩联兵讨伐，从而一举灭亡毛利氏，解决长州问题。
萨摩藩的西乡隆盛、大久保利通等人竭力阻挠幕府征伐长州，前者甚至亲自领兵进入京都，号召召集有力藩主开会，共商长州问题。然而江户幕府终究“瘦死的骆驼比马大”，德川家茂将军还是拼凑起了各藩联军十五万之众，分从山阴、山阳、濑户内海和北九州四个方向合围长藩。幕府先锋总大将是纪州藩主德川茂承，家茂将军则离开江户，亲自坐镇大坂城遥控指挥。
消息传来，长州藩内大为震动，桂小五郎、高杉晋作急忙召集群臣商议。根据所得到的情报，幕府方三万陆军从山阴方向走石州口，五万陆军从山阳方向走艺州口，两万水陆联军从长门南方登陆走大岛口，另外主力五万以北九州的小仓城为基地走九州口，目标直指长州重镇下关和本据萩城。对比幕府的十五万大军，长州可战之兵才不过区区四千人。
四千对十五万，这场仗真的很难打，然而军师大村益次郎却胸有成竹，辅助高杉晋作拿出了超级狂妄的分兵四战的策略，也就是把四千人分为四队，各堵一路幕府军，面对数十倍于己的敌人，希望能够通过短期和局部决战，便达到各个击破的目的。
这位大村益次郎本名村田藏六，是长藩周防国吉敷郡铸钱司村一个名叫村田孝益的汉方医（中医）的长男。十九岁的时候，藏六拜藩内著名兰方医（西医）梅田幽斋为师，后来又进入大坂绪方洪庵的适塾深造。
绪方洪庵可称是当时日本一流的兰学家和兰方医，而身兼东西方医学之长的村田藏六因为学习成绩优异，也很快就成为适塾的“塾头”。嘉永六年（公元1853年），三十岁的藏六受老师绪方洪庵的推荐，出仕宇和岛藩藩主伊达宗城，帮忙在宇和岛藩内讲解兰学，并翻译西方军事书籍。
治病的医生第一次接触到杀人的学问，进步之神速却出乎所有人意料之外。很快，幕府开设了蕃书调所和讲武所，特意聘请村田藏六前往担任教授。等到了万延元年（公元1860年），桂小五郎因事前往江户，亲眼观看了村田藏六执刀进行人体解剖，心想如此人才，怎么竟然流落外藩呢？于是经小五郎反复劝说，藏六答应辞去宇和岛和幕府的优厚待遇，回归长州藩，担任“博习堂”的兰学教授。长州藩主毛利敬亲颇为器重他，让他继承了名门大村氏的苗字，改名为大村益次郎。
一直到这个时候，这位大村益次郎就表面上看来还不过一介翩翩文士而已，虽然对于东西方的各门学问都很精通，但从未领兵打过仗，说不上有什么经天纬地之才。只有桂小五郎认为益次郎才堪大用，等到“正义派”夺回藩政以后，他就委派大村益次郎进行藩内的军事改革。
大村益次郎的所作所为，着实让所有人全都大吃一惊。首先，他彻底抛弃了刀枪弓箭，拿出藩库中的多年积蓄购买了很多最新式的西洋枪炮，然后竟连士兵的服装也全都改了，废弃传统盔甲，一律改成黑色的便于活动的西洋式军服。上述两条还只是表面上的变革，在更深的层次上，益次郎废除了长州藩八家重臣世袭藩主马迴众的制度，打破传统的将、兵界限，全面引进西洋军制。
可以说，高杉晋作创建“奇兵队”，首次打破旧有的“士农工商”的等级制度，而大村益次郎的军事改革则使中下层民众得以成为将领，一扫长州藩内的封建势力，由此而产生的社会影响是非常巨大的。
正因如此，当幕府十五万大军汹涌攻来的时候，大村益次郎临危不乱，分析说：“各藩联军配合度差，士气低落，将领们多怀攘夷之心，不愿攻打长州，而士兵们人人思家，不肯长年在外作战。我以整编过的新式军队相迎，可以轻松取得胜利。敌人虽多，却不足惧！”
长州重臣会议决定，以高杉晋作担任海军总督兼九州口参谋，前往迎战坐镇九州小仓城的幕府军大将小笠原长行，大村益次郎则担任石州口参谋，迎战石见国津和野方向的敌人，其余两路也各遣将相敌。
就这样，第二次“征长战争”，也称“四境战争”，正式爆发了。
庆应二年（公元1866年）六月七日，幕府方的“富士山丸”等四艘新式战舰驶入关门海峡，配合陆军进攻大岛炮台——大岛口之战打响了。高杉晋作闻报，急忙乘坐战舰“丙寅丸”前往救援。
这艘“丙寅丸”战舰是两个月前才刚从英国人手中购得的。本来自从第一次“征长战争”以后，幕府就禁止长州藩再进口武器，于是高杉晋作通过坂本龙马的“龟山社中”，以萨摩藩的名义，花费了三万多两的巨资购得此舰。龙马同时还为长州运来了最新式的米尼埃步枪四千三百支、格拜尔步枪三千支，总花费高达九万二千两。
且说高杉晋作乘坐“丙寅丸”来到前线，观察到幕府方的舰只防备松懈，便妙想天开地趁夜前往突袭。“丙寅丸”撞入停泊在海岸边的幕府舰队当中，两侧炮门全开，拼命轰击。幕府军猝不及防，竟然乱成一团，结果在互相射击中伤亡惨重，被迫退回九州。
高杉晋作乘胜追击，通过九州口直取小仓城。他首先用海军吸引幕府方战舰和海岸炮台的火力，然后派山县狂介率军登陆，彻底破坏了小仓城附近的炮台。这是六月十一日之事，七月三日，长州军发起第二次登陆作战，突破了住吉原和大里的幕府方防御阵地，幕府大军在千余长州军的攻击下竟然节节败退，被迫退守小仓城。长州军随即凯旋回归下关，就此彻底解除了来自西、南两个方向的威胁。
再说此前的六月十三日，艺州口方面的长州军以“游击队”为主力，主动越过藩境杀入安艺国，随即遭到幕府方先锋大将德川茂承的反击，后退到小濑川西岸，隔河对峙。虽然兵力对比悬殊，但幕府军士气低落，暂时还不敢发动大规模的进攻。
在此前后，大村益次郎率领“南园队”、“精兵队”和长州支藩清末藩的部分兵马，一共七百余人，开到了石州口。虽然麾下士兵大都身着全新的西式军服，扛着洋枪，作为总指挥的益次郎却仍作文士打扮，身披浴衣（和式简装），戴着斗笠，腰挂短刀。从当时遗留下来的照片来看，这位总指挥相貌丑陋，面色惨白——据说是晕船所致。
面对新式装备的长州军，紧邻长藩的津和野龟井藩不敢抵抗，六月十七日，他们秘密送出降书，允许大村益次郎所部安全通过领内。随即益次郎便大踏步挺进，猛攻幕府亲藩石见滨田藩，当时滨田藩领内驻扎的除本藩藩兵外，还包括前来会合的备后福山、纪州等藩藩兵，总兵力为五千人，总大将是幕府所派遣的军监三枝刑部。
六月十六日夜晚，大村益次郎改扮成农民模样，孤身一人进入诸藩兵马驻扎的益田町，详细调查了敌军兵力配属情况。大概因为他相貌丑陋，毫无威势，装农民实在装得太像，所以竟然丝毫也没有被敌人察觉，侦查完毕后安然退回本阵。益次郎是很注重战前侦察的，此外他还曾说过这样的名言：“吃败仗的时候与其无谓地继续抵抗，不如早早撤退为好。”这句话彻底颠覆了以战死为荣耀的传统武士精神。
次日凌晨，大村益次郎兵分三路突入益田町。长州军武器精良，射程较远，同时在益次郎的苦心训练下，利用町内各种掩体作战的技术也比幕府军为高，因此以寡击众，仍然很快便赢得了胜利，敌将三枝刑部亦中弹殒命。据说坂本龙马曾受桂小五郎之邀观看了“四境战争”的整个过程，他留下笔记说：“长州军绝不布设密集队形，而是分散冲锋，使得中弹的人很少。”
这是一场新旧军队之间的战争，在长州军新式武器和新式战法的攻击下，传统的武士战法如同石下之卵一般被彻底粉碎。据说滨田藩士岸近江本是“宝藏院流”的枪术名家，藩中数一数二的勇士，但在长州军乱铳射击下眨眼就被打成了筛子。
败退的幕府军后退到滨田城西面十二公里外的山区，企图凭借大麻山、云雀山、鸢巢山等天险阻遏长州军继续挺进。但是大村益次郎调来了数门新式大炮，对上述山头进行猛烈轰击，最终大麻山、云雀山次第陷落，鸢巢山的幕府军一哄而散。七月十八日，长州军开始猛攻滨田城，滨田藩主松平武聪等人慌忙经海路逃往松江。
七月十九日，大村益次郎率领长州军进入滨田城，在城下町中各处都竖立起“长州支配”的木牌，并且随即占领了附近幕府直辖的石见银山。滨田城的陷落，标志着幕府军石州口一路的彻底失败。
幕府军气势汹汹四路来攻，结果除艺州口一路仍在对峙外，其余三路全都遭逢惨败。即便如此，高杉晋作依然不肯罢休，他于七月二十七日亲率“奇兵队”八百人再征小仓。没有了实力强劲的萨摩藩参战，各藩藩兵完全不是长州军的对手，纷纷后退，直到雄藩肥后派兵前来救援，才勉强止住了颓势。然而就在这个时候，突然传来了家茂将军在大坂去世的消息，七月三十日晚间，幕府九州方面的总大将小笠原长行抛弃军队，乘坐军舰逃回大坂，肥后、久留米、柳河等藩兵马也各自退去。八月一日，小仓城中燃起熊熊烈火，藩中家老以破弃城堡为条件请求与长州缔结和约。
长州之所以能够在“四境战争”中取得胜利，原因是多方面的，最主要在于幕府的腐朽，诸藩联军的装备既差，配合度又不高，而长州则经过军制改革，装备精良，同时上下一心，士气高涨。此外，萨摩以及英国对长州的暗中支持也起了很大的作用。
当时英法两国争夺对日本的控制权，英国认为幕府已经彻底腐朽，无法利用它来统治整个日本，因此转而支持藩政开明，并且逐渐打开国门的萨摩、长州等藩，希望实现以天皇为中心的雄藩联合体制。而法国看到英国这种态度，反倒加强了支持幕府的力度。可以说，如果没有英国人掺和，长州未必能够轻松打赢“四境战争”，而如果法国人不在其中搅事，大概高杉晋作在战胜后定会乘胜追击，直薄京都去吧。
且说这位志气冲天的高杉晋作，并没能看到维新的曙光，他在“四境战争”结束后不久便呕血卧床，随即在第二年也就是庆应三年（公元1867年）四月十四日永远闭上了眼睛，享年仅二十九岁——查其病因，乃是慢性的肺结核。
高杉晋作是非常具有战略眼光的一代雄才，他所主导的“功山寺起义”和“四境战争”彻底扭转了全日本佐幕和倒幕两派的力量对比，为最终推翻德川氏幕府扫清了道路。然而“明治维新”以后的相当长一段时间内，人们对晋作的评价却并不甚高。一方面，很多武士失去了世代相传的俸禄或土地，失去了他们统治者的身份，对于最先打破“士农工商”身份限制的晋作恨入骨髓；另方面，晋作本人也有着让人非常迷惑的坏毛病存在。
高杉晋作虽然鼓吹“四民平等”，吸收农民和町人参加“奇兵队”，但他本身却往往摆出一副上级武士的臭架子。生前，他自称“奇兵队开辟总督”，率扈从、携艺妓、张羽伞，悠然醉步于下关街头，并告诫其妻雅子“须牢记武士之妻与町人百姓之妻的身份区别”。在他死后，雅子也因此始终不肯接受身居高位的伊藤博文与山县有朋等人的资助，说：“武士之妻，再穷也不能靠足轻辈的接济过活。”
“新选组”也写作“新撰组”，是在文久三年（公元1863年）四月正式成立的。
且说会津藩主松平容保在前一年的闰八月就任京都守护职，负责京都的治安，为了增强警备力量，他经过幕府的同意，授命鹈殿长锐、清川八郎、佐佐木只三郎等人招募浪人，组建了“浪士队”。但因为浪士队内部品流复杂，大量攘夷志士也蜂拥而入，使得容保等人害怕这支队伍无法维持京都治安，反而变成动乱之源，于是在文久三年年初将其取缔，主力调往江户，编成“新征组”。
浪士队被取缔后，队员芹泽鸭、近藤勇等人前往求见松平容保，陈述了自己对幕府的赤胆忠心，容保深受感动，就允许二人创建新选组。新选组设立之初由三驾马车共同指挥，也即上面提到过的芹泽鸭和近藤勇，还有一位新见锦。然而到了当年的九月，内部纷争暴起，首先是新见锦被勒令自杀，随即芹泽鸭在与情人幽会岛原料亭的时候，被近藤一党的土方岁三、山南敬助、冲田总司等人刺杀。
从此近藤勇成为新选组的唯一首脑——局长，实际主导队务的则是副长，人称“智囊”的土方岁三。近藤勇出自武藏多摩地区，本是小剑术流派“天然理心流”第三代近藤周作的养子，后来继承为第四代传人，新选组内很多成员也都是他的同门。
当初德川家康建都江户时，为防一旦有变，可以使后代将军安全撤至甲府，因此采纳了大久保长安的建议，在多摩八王子地方布下一哨人马，这哨人马由原住民五百人，加上武田遗臣五百人组成，称为“八王子千人队”。传说新选组中坚力量大多是八王子千人队的后裔，因此对德川幕府秉持着强烈的忠义之心——六番组长井上源三郎已被证实确为这种身份。
新选组创建以后，即在京都各町巡逻，一开始的目的是捕拿妄图闹事的宵小，但因为很多尊攘志士都想在京都掀起纷乱，以便混水摸鱼地夺“玉”，所以很快的，新选组就成为了尊攘派的死敌。元治元年（公元1864年）六月五日，发生了“池田屋之变”，新选组随之名声大噪。
新选组对内管理严格，法度森严，对外则行动迅速，血腥无情，在他们的管制下，京都治安略有好转。然而随着德川幕府的垮台，新选组也日趋走向没落。在倒幕维新的戊辰战争中的每一仗，几乎都可以看到新选组成员的身影：先是鸟羽·伏见之战，江户无血开城后还有上野之战、会津之战和最后的箱馆之战。最终在新政府军攻打五稜郭的时候，人称“鬼副长”的土方岁三中弹身亡，标志着新选组的彻底覆灭。
除土方岁三外，新选组其他重要成员的下场是：近藤勇曾在关东地区组建甲阳镇抚队与新政府军对抗，战败后被处以斩刑；一番队长、剑术高手冲田总司在戊辰战争爆发后不久就因肺结核而死；参谋伊东甲子太郎和五番队长武田观柳斋等人在内部斗争中被整肃；总长山南敬助和八番队长藤堂平助等人脱队后遭到斩杀或被勒令切腹。
只有二番队长永仓新八和三番队长斋藤一侥幸活了下来。永仓新八在戊辰战争前就脱队而去，自组“靖兵队”与新政府军对战，会津战争后被赦免，恢复了松前藩籍。斋藤一曾在会津城下代替土方岁三指挥战斗，兵败后遭到流放，战争结束后，他改名藤田五郎，进入警视局，退役后就任女子高等师范学校的校工，直至病殁。