江户幕府的奠基者是德川家康、秀忠父子，逮至第三代德川家光而统治架构基本完善。这前三代幕府将军之统治，常被称为“武断政治”，即将军本人拥有极大的独裁权力，惯以强硬手段来解决政治问题。幕府正是靠了这种独裁，才使得乱世终结，和平重开，幕藩体制的根基得以牢固。
江户幕府的开创者和初代将军为德川家康，然而家康在位只有短短两年多的时间，便装模作样地退隐了，将大位传给了儿子秀忠。德川秀忠本是家康的第三子，生母为家康侧室西乡局，因此就理论上来说，他既非嫡出，又非长子，本当与继承人宝座无缘才是。
德川家康共有两任正室夫人，第一位是结发之妻关口氏，后称“筑山御前”，为故主今川义元之养女，产下嫡长子德川信康。天正七年（公元1579年），织田信长逼迫家康处死筑山御前母子——不过根据近年来的考证，此事肇因于家康、信康父子之间的对立，以及德川氏家康团普遍对信康的厌恶，而并非信长独断提出无理要求。
筑山御前被杀后，家康长期不立正室，直到天正十四年（公元1586年），丰臣秀吉为了拉拢家康，特意指定其妹朝日姬离异，前往骏府做家康的继室，乃被称为“骏河御前”。骏河御前再嫁后四年即逝，并未留下一男半女。
那么没有办法，德川家康只好在庶子中挑选继承人了。据说此公身体强健，精力旺盛，侧室无数，普施雨露，总共产下了十一子、五女——光存活到成年的儿子就有九个，人丁单薄的丰臣家打马也追不上。嫡长子信康以下，次男为於义丸，据说其母身份极为卑微，受到家康宠幸之时，可能才是名侍女，因此不受重视，先做了丰臣家的养子（其实是人质），然后又送给结城家，定名为结城秀康。三男长松因此脱颖而出，很小就被确定为家康的继承人，家康甚至还把自己的幼名“竹千代”也送了给他——此子后来也曾做过丰臣家的养子兼人质，受丰臣秀吉赐以“秀”字偏讳，便正是江户幕府的第二代将军德川秀忠。
因为德川秀忠曾在上田城下被真田昌幸父子玩得团团转，因而未能赶上确定全日本大势的关原合战，其后又一直窝在老爹羽翼之下，连着当了好几年的傀儡将军，故此传统对其评价不高，认为他只是个老实木讷的二世祖而已。然而家康去世以后，秀忠终于得以独揽大权，又当了整整七年的征夷大将军，让位给儿子家光后在幕后还指挥了整整九年，江户幕府一直维持着蒸蒸日上的局面，因此若说秀忠无能，恐怕是太过偏颇了。
或许秀忠是没有领军之才，但其治国之能未必比其父逊色。江户幕府的整体统治架构是在家康、秀忠、家光三代完成的，跨度为四十九年，其中秀忠直接执政或参与执政的年份超过半数。
与其说德川家康创立了江户幕府的统治架构，不如说家康只是一个理论指导者和规划者，大部分实际工作都是由二代将军秀忠完成的。家康画成了图纸，秀忠盖起大厦，三代将军家光最后描绘装修，这才有了完整的江户幕府，有了两百余年的一统江山。细数起来，德川秀忠的主要功绩有以下几条——
首先，秀忠改变了家康时代独断专行的做法，代之以将军与幕府重臣的合议制政治。家康时代就曾设置“老中”一职作为将军的最高辅佐官，“德川四天王”之本多忠胜、榊原康政，以及军师本多正信、主要奉行大久保长安等人全都担任过这一要职。到了秀忠时代，开始提升部分老中的权柄，至家光时代首次出现“大老”的称呼。大老便是首席老中，并不常设，权力仅次于幕府将军，无人可以并肩。首席大老是土井大炊头利胜，乃是秀忠的宠臣。
但这并不意味着幕府将军放松了权柄，也并不意味着权臣政治的出现。秀忠设立合议政治的目的是为了加快行政效率，使得当幕府将军年幼或暂时无力视事的时候，整个幕府体制仍能照常运作。秀忠本人虽然看似软弱，其实并不能容忍权臣的出现，他掌权以后，大力打压老爹的宠臣本多一族，即是很好的例证。
秀忠的第二大功绩，乃是继承老爹的政策，继续打压外样大名。那个在关原合战中起过重要作用的福岛正则，因为私自修城被秀忠抓到把柄，于元和五年（公元1619年）遭到改易，此外，最上义俊、蒲生忠乡、田中吉政等人也都先后失去了领土。秀忠把三个最年幼的兄弟——德川义直、赖宣和赖房——分封到常陆水户、尾张和纪伊和歌山，称为“御三家”，作为幕府的屏障。他定下规矩，只有幕府本家和御三家才准许使用德川的苗字，其余近亲全部恢复松平旧氏，而一旦幕府将军绝嗣，则由御三家的后裔入继为一门总领。
秀忠的又一功绩，乃是进一步控制朝廷。元和五年（公元1619年），他以家康遗愿为名上洛，请后水尾天皇娶其女和子为妃，虽然此举遭到公卿们的一致反对，但秀忠用威吓、流放等手段把所有反对声音都压了下去。和子入宫后，生下一个女儿兴子，宽永元年（公元1624年）更在幕府的支持下进位中宫。宽永六年（公元1629年），因不满幕府的高压政策，后水尾天皇宣布退位，秀忠拥立外孙女兴子内亲王登上天皇宝座，就是明正女帝——称德女帝后八百五十九年，终于又有一位女性天皇诞生了。
在打压和控制天皇朝廷的同时，秀忠还加大对寺社势力的管理。宽永六年（公元1629年），后水尾天皇任命数十名僧侣为僧正，颁发“紫衣敕许”（高位僧侣可着紫衣），秀忠借口其中某些僧侣资格不够，立身不正，宣布朝廷旨意无效，并在严格审查后将部分僧侣流放边远地区。从此以后，朝廷连对寺社的名义上的控制权也丧失了——此事也是导致后水尾天皇退位的一个重要原因。
虽然秀忠做出了如此伟大的功绩，但他终究是守成之主，被迫要一直活在老爹家康的阴影之下。家康还在世的时候，秀忠就曾经口出怨言：“大御所的谎话，就算人人知其为假，都会被迫相信；而我的谎话，就算再如何努力地说，都不会有人相信！”
前文云德川秀忠将军并不能容忍权臣的出现，掌权后便大力打压本多一族，这指的乃是家康的宠臣本多正纯。
本多氏自称为藤原北家兼通流的二条家纲之后裔，家纲之孙秀丰领有丰后国的本多乡，于是即以乡名为苗字。本多氏本为三河松平氏的谱代之臣，嫡流之主即为“德川四天王”之一的本多平八郎忠胜，此外受到家康重用的，还有分家的作左卫门和弥八郎。
本多作左卫门，大名重次，于文武两道皆有不俗的才能。论文，他长期负责内政工作，与天野康景、高力清长并称为“三河三奉行”，以铁面无私而普受赞誉；论武，他曾在“三方原合战”中为十数名武田兵包围，竟能挥舞长枪，刺翻一骑，顺利破围而出，就此赢得了“鬼作左”的异名。
本多弥八郎，大名正信，民间称之为德川家康的军师。当然，如前所述，战国时代所谓军师，即便再如何受主君宠信，普遍地位不高，本多正信则不同，他可谓是江户幕府初期的第一核心人物。
正信从担任家康的“鹰匠”起家，参与了作为今川军先锋对尾张的攻击，以及其后家康的统一西三河之战。然而永禄六年（公元1563年），三河爆发一向一揆，正信却站在净土真宗信徒一方，向家康掀起了反旗，失败后流亡畿内，改仕松永久秀。此后，他通过旧友大久保忠世的关说，才得以重返德川家——具体年份不详，最早的说法是在姊川合战前后，最晚的说法是在本能寺之变以后。
据说在德川家收取甲、信两州武田旧领、遗臣的过程中，本多正信居功甚伟，因此得以进入政权中枢。其后获得佐渡守的官位，并在德川家被转封关东地区以后，实领相模玉绳的一万石封地。江户开幕以后，本多正信担任幕府老中，相当于家康的宰相，等到家康退居幕后，他也干脆把老中和家督之位传给了儿子本多正纯，跟随家康前往骏府隐居。家康是在元和二年（公元1616年）四月辞世的，三个月后，老军师正信也走完了他七十九岁的漫长人生。
再说德川家康未死之前，只是退位“隐居”的时候，形成了江户和骏府的双头政治，其中在骏府掌握权柄的便是本多正信、正纯父子，而同样以老中身份在江户辅佐秀忠将军的则是大久保忠邻。其实与丰臣家相同，当日本的形势由动乱趋向和平，则家族内部的政治结构也会有所转换，文吏的作用日益重要，武将的地位相对降低，从而形成文、武两道相对立的派阀。丰臣家中有石田三成对加藤清正、福岛正则等，德川家中，则是本多正信父子对本多忠胜和大久保忠邻。
大久保氏据说源出关东豪族宇都宫氏，宇都宫的庶流武茂氏在南北朝时代移居三河国，苗字改为大久保或大窪。当德川宗家还是小小的西三河安祥城主松平氏的时代，大久保氏即仕之为谱代之臣。德川家康继位之初，麾下有两名猛将，为大久保忠世、忠佐兄弟，而忠邻即忠佐之子。
大久保忠邻先后参加过姊川合战、三方原合战、小牧·长久手合战和小田原之阵，屡建殊勋，遂被家康任命为三子秀忠的家老，在父亲忠世去世后，接管小田原六万五千石的领地。据说，在德川家继嗣的问题上，本多父子倾向于结城秀康，大久保忠邻则是秀忠的坚决支持者。
一方代表文吏利益，一方代表武将利益，再加上继嗣问题上的立场不同，双方的矛盾逐渐激化——本多父子被称为“骏府派”，大久保忠邻被称为“江户派”。两派首度大规模交锋，要算是“冈本大八事件”。
事情肇端于庆长十四年（公元1609年）的二月，肥前日野江大名有马晴信的一艘“朱印船”（得幕府赐予“朱印状”，获准海外贸易的商船）在澳门与葡萄牙商船马德雷·德·迪乌斯号发生冲突，被葡萄牙人杀死了有马的水手六十人，并将物资掠夺一空。有马晴信闻报大怒，在获得了德川家康的准许之后，遂于当年十二月在长崎围攻靠港的马德雷·德·迪乌斯号，将其击沉。
冈本大八乃是本多正纯的亲信，作为幕府方对这次报复行动所派出的“目付役”（监察官），观看了整个经过。事后，他称赞有马晴信办事利落，随口许诺说，幕府或许会将锅岛氏辖下的藤津、杵岛、彼杵三郡恩赏给有马。此三郡本为有马氏旧领，晴信无时无刻不想着恢复故土，闻言大喜，当即献上大笔财物，请大八转献给本多正纯甚至是德川家康，为他活动此事——谁料大八转过脸就把这笔钱揣进了自己的腰包。
有马晴信迟迟得不到幕府的回应，实在等不下去了，遂于两年后亲往拜访本多正纯，加以催促。正纯闻言大惊，当即唤来冈本大八对峙。大八阴谋败露，只得苦苦哀求，请求正纯放他一条生路。
或许本多正纯会袒护冈本大八吧，也或许会加以严惩，本来事情到此即告终结了，谁料风波陡起，晴信的嫡男直纯乃是德川家康的外曾孙女婿（其妻为德川信康的外孙女国姬），直接把事儿就给捅到了家康面前。家康先派骏府町奉行彦坂光正调查此事，查出大八不但大肆收受贿赂，还伪造过家康的“朱印状”，按律当处极刑。然而大八自知不免，干脆反咬一口，揭发出有马晴信曾经妄图暗杀长崎奉行长谷川藤广。
于是幕府下令将冈本大八和有马晴信一起押至重臣大久保长安的宅邸，在本多正纯和大久保长安的监督下，直接对质。对质的结果，晴信确实曾对长谷川藤广口出不满和威胁之语，至于是否策划了暗杀阴谋，那便“莫须有”了。最终判定，将冈本大八押赴安倍川畔处以火刑，有马晴信则遭到改易和流放。
“冈本大八事件”不但动摇了本多正纯的统治根基，而且当时世间谣传，大八所收取的巨额贿赂有大半全都密献给了正纯，导致正纯威信下降，在群僚中遭到孤立。可以说，这第一回合的较量，“江户派”大获全胜——然而本多正纯背后还有他老子正信撑腰，很快便卷土重来，并且反戈一击……
所谓文治、武断，虽然是因基本政治倾向不同而结成的政治团体，但并不是说团体中的每个个体全都具有相同的理念，或者身处相同的位置。丰臣氏武断派的成员不全都是只知挥舞刀枪的大老粗，而文治派里也有能够在朝鲜战场上与加藤清正争夺首功的小西行长。德川氏幕府开创初期的江户、骏府两派也是如此，在本多忠胜和大久保忠邻为首的武断集团中，也存在着一位天才的文吏——那就是前面提到过的大久保石见守长安。
据说大久保长安的父祖都是战国时代著名的猿乐（能剧的前身之一）师，苗字为大藏，后来流亡甲斐，长安被武田信玄看重，提拔为武士，担任谱代家老土屋昌续的与力，负责黑川金矿的开采工作。武田胜赖在天目山自尽以后，家臣四散，三成投入上杉家中，七成落到了德川家康手上。长安因为具备金山开采的经验，并且擅长理财，得以出仕家康，担任大久保忠邻的与力，并且获赐大久保的苗字。
大久保长安最初的工作，是稳定旧武田领，继续开采金矿、开垦田地，并且修复遭到损坏的各处堤坝。德川家移镇关东以后，他与伊奈忠次、彦坂元正等人共同担任奉行，负责家康直辖领地（约一百万石）的民政事宜。尤其在“冈本大八事件”以后，本多父子的势力衰退，“江户派”独掌大权，长安便成为幕府第一的民政长官。
只可惜风光不久，翌年四月，权势熏天的大久保长安突然中风而死，享年六十九岁。据说长安为官多年，又负责全部幕府天领的金银矿开采，家资巨万，死后竟然以金棺下葬，本多父子听闻此事，当即煽动起了一系列的谣言，说长安收取贿赂，贪污公款，罪恶滔天。
对于金银矿的开采，向来采取四六分账，四成上缴幕府，六成由长安自主处理——理论上来说，他是可以直接搬回家去的。再加上长安引进了西班牙的先进技术，使得投入减少、产量增高，这节省出来的部分，也全都落进了他本人的腰包。所以长安有钱是肯定的，至于这些钱是灰色还是黑色，那就没有人说得清了。
最终谣言传到家康耳中，家康勃然大怒，便命坂彦光正加以调查，很快便将大久保长安的亲信全都一网打尽。进而查出长安暗通浅野、池田、伊达等外样大名，以及窝藏武田信玄之孙武田信道（显了）与信玄之女信松尼等事——本多父子因此污蔑长安阴谋复兴武田氏。最终长安被抄了家，自然抄出金银无数……
然而“项庄舞剑，意在沛公”，长安已死，踹死狗也没有什么意义，本多父子的真正目标，乃是“江户派”首脑大久保忠邻。当初冈本大八不过一介贪官而已，便使得本多父子颜面失尽，被迫收敛爪牙，如今他们干脆把大久保长安打成叛国的奸贼，那么其后台大久保忠邻还可能安居于位吗？
正好就在这个时候，幕府和丰臣家的矛盾激化，战争一触即发，本多父子趁机唆使一个名叫马场八左卫门的浪人“驾笼诉”，也就是拦着家康的轿子（驾笼）告状，诬告大久保忠邻内通丰臣秀赖。忠邻因此而横遭改易，靠着残存的五千石领地恓恓惶惶度过了残生——他的身影从此便从幕府中消失了，“江户派”烟消云散。
两位大久保的垮台之速，难免使人瞠目结舌，究其根由，恐怕并不仅仅是本多父子的谗言，而在于德川家康本人，虽然号称隐居，却仍然手握幕府大权，他不能允许与自己所居的骏府相对立的“江户派”的存在，不允许在自己之外，还有另一个政权核心。既然不能直接收拾自己的儿子，那便对儿子的羽翼下手吧。
从此“骏府派”本多父子一枝独秀，但他们也风光了没有几年，便迎来了“大御所”家康的辞世，幕府政治格局再度洗牌。就秀忠将军而言，自然是对父亲身边这些掌权人物恨之入骨，一朝天子一朝臣，他重用亲信土井利胜、酒井忠世等人，而刻意打压本多正纯的势力——正信老头子倒是死得恰是时候。
为了稳固自己的权势，本多正纯将奥平忠昌所领的下野宇都宫十万石移封至下总古河十一万石，自己收取宇都宫城，知行加增到十五万五千石。宇都宫临近家康的葬所日光山，可以说是幕府在北关东的第一重要据点。然而就是这一举措，更使他树敌无数，并且直接迎来了末日。
元和八年（公元1622年），秀忠将军将前往日光东照宫主持家康第七回周年祭典，按计划将在宇都宫城内住宿一晚。四月十六日，据说秀忠的姐姐，同时也是原宇都宫城主奥平忠昌的祖母加纳御前（龟姬）传来密报，说宇都宫城内有不稳的迹象，秀忠乃以“御台所（将军夫人）身体不适”为借口，更改了行程，改在壬生城内泊宿。
是年八月，出羽山形藩最上家遭到改易，本多正纯受命前往处理相关事宜，途中突然接到幕府传来的质问状，开列十一项罪名，要他即刻为自己申辩。这些罪名包括：秘密购入铁炮、未获许可即修缮天守的石垣（若无幕府允准，大名们是连房子都不能擅自修葺的，怕你修牢了城堡好造反），等等。最可怕的一条，是传闻正纯秘密地在城内将军寝所的天花板（钓天井）上设置了机关，只等秀忠将军来住，即便开动机关，要把将军活活压死！
根据使者的传告，本多正纯罪大恶极，但念其往日忠勤，改封为出羽国由利五万五千石。对这些莫须有的罪名，正纯怒不可遏，一面逐条申辩，同时上书推辞由利的新领地。本来秀忠将军只是想找个借口把此人赶出政权中枢而已，但见他态度如此强硬，不禁勃然大怒，当即下令——你还是得去由利，但不是去接收新领地，而是去服流放之刑！
就这样，随着权臣本多正纯的失势，家康时代的侧近亲信逐步被扫清，秀忠将军终于迎来了他自己的时代。
德川幕府的第一任“御台所”，乃是秀忠将军的正室夫人，闺名叫做阿江——如前所述，其父家康的两任妻子死得都早，所以初代将军是没有“御台所”的，侍妾倒是不少。
阿江本是浅井长政和织田市姬的第三个女儿，也是大坂城内实权人物淀姬的亲妹妹。且说阿江夫人生有两个儿子，长子为家光，次子为忠长，如同反复上演的历史故事一般，母亲偏爱少子，一直撺掇将军秀忠废黜家光的继承人地位，而以忠长代之。
阿江夫人所以不喜欢大儿子家光，是因为家光降生后，爷爷家康认为如果孩子和母亲过于亲近，将会养成软弱的依赖性格——淀姬母子就是最好的例证——所以坚持把婴儿从阿江夫人怀中抱走，交给亲自挑选的乳母阿福抚养长大。因此阿江夫人和家光的母子之情非常淡薄，对自己一手养大的次子忠长则宝爱有加。
而且传说家光幼年时体弱多病，还有严重的口吃，待人接物也不得体，因此而更招其母阿江夫人的厌恶。
家康才一去世，阿江夫人便开始撺掇秀忠将军废长立幼。但一则不敢违背亡父家康的意愿，二则家光的乳母阿福也做了大量工作，秀忠最终仍然没有听从妻子的意见，不仅如此，他还宣布提前退位，把将军宝座让给了年仅二十岁的家光。
德川家光是在元和六年（公元1620年）元服的，大号本为家忠。自平安时代以来，公、武家族多有所谓的“通字”（或称“系字”），世代相传，比如说历代天皇名中多有“仁”字、伊势平氏通字为“盛”、足利氏通字为“义”等等，一般情况下，嫡长子必继通字，余子则可继可不继。三河冈崎松平氏原本的通字为“康”或“忠”，故有家康祖父清康和父亲广忠之名，然而家康攀附源氏名门，冒用德川苗字后，就用上了源义家的“家”字，并且作为通字传了下去。
家康是初代德川，其长子信康，是拜领了织田信长的上字，次子秀康、三子秀忠，则都是拜领了丰臣秀吉的上字，故此第二代无“家”字。等到第三代，在没有特殊情况的前提下，就该把“家”字用上了，因而秀忠将军才使嫡长子用“家”之通字，加上自己的下字，定名家忠。但据说此名与清华名门花山院家的始祖藤原家忠之名相犯，于是最终由参谋以心崇传定下了“家光”之号。
元和九年（公元1623年）六月，二十岁的德川家光跟随其父秀忠入洛，次月即获朝廷正式任命为征夷大将军——秀忠将军则退位称“大御所”。其后，新将军家光还入内里参觐，跟妹妹、中宫和子和妹夫后水尾天皇见了一面。宽永三年（公元1626年），“大御所”秀忠再次领着家光将军入洛参觐，秀忠受封左大臣，不久后进位太政大臣，家光则受封右大臣，不久后进位左大臣。翌年，崇源院（即家光、忠长之母阿江夫人）去世，宽永九年（公元1632年）元月，秀忠去世，当年十月，大权在握的家光将军即以兄弟骏河藩主德川忠长患有疯病为名，剥夺了忠长的领地，将其软禁在上野高崎城中。忠长随即忧愤自刃，享年二十八岁。
——兄弟相残的悲剧，即便在太平盛世也是无法完全避免的。
且说家光将军在位的时候，最为宠信的有老臣酒井忠世、土井利胜、松平信纲等人，以及一代女杰春日局。
春日局就是家光将军的乳母阿福，本家苗字为斋藤，乃是原美浓守护代斋藤氏（即斋藤道三所最后篡夺的家名）一族。其父斋藤利三，出仕明智光秀，成为重臣，参与了“本能寺之变”和“山崎合战”，战败后在坂本城下被捕，遭丰臣秀吉处以极刑。
孤女阿福从此就被养育在母家的亲戚三条西公国家中——听这名字，就知道是一位朝廷公卿了——因此从小便学习书道、歌道、香道等等武家小姐所很难接触到的艺能。成年以后，她被舅父稻叶重通（织田家名将稻叶一铁之子，一铁之女为斋藤利三的继室）收为养女，嫁给了婿养子稻叶正成。正成原本的苗字为林，入赘到了稻叶家，然而其妻早死，为了能够延续这段姻缘，重通干脆把外甥女阿福送去做了继室。
稻叶正成被丰臣秀吉安排到小早川秀秋身边，成为家老。“关原合战”的两年以后，小早川秀秋去世——据说大谷吉继临终前曾经朝向小早川军喊道：“人面兽心之徒，我三年之内必来作祟！”所以秀秋就得疯病死了——其实很可能是被毛利或者丰臣方派人暗杀的。因为没有子嗣，小早川家遭到幕府改易，可怜的稻叶正成也就此变成了浪人。
庆长九年（公元1604年），秀忠将军的嫡长子诞生了，德川家康喜不自胜，把自己的幼名“竹千代”赏赐给了这个婴儿，并且公开为其招募乳母。阿福前往应征，经过家康亲自考察后，认为此女具备武家的脾性和公家的教养，而其夫正成也是战功彪炳的武士，当即拍板。就这样，任命阿福担任竹千代的乳母，稻叶正成则做了婴儿的小姓。
这个第三代“竹千代”——前两个分别是他的祖父家康和父亲秀忠——便是江户幕府第三代将军德川家光，而亲手抚育家光长大的阿福，就此成为家光最为信赖之人。据说阿福运用她的智慧，多次挫败阿江夫人改立嗣子的阴谋，因此等到德川秀忠退位，且阿江夫人去世以后，她便成为了“大奥”实际上的领导者——所谓“大奥”，就是指将军的后宫。
家光将军的正室乃是公家出身的鹰司孝子，跟家光毫无共同语言，据说夫妇关系极不和睦，基本上等同于分居，所以虽然挂着“御台所”的名号，却根本无力与阿福相抗衡。
其实阿福并不仅仅照管内事，对于幕府政务也有很大的发言权，即便德川秀忠仍然在世的时候，其权势便并不弱于土井利胜等老中了。尤其宽永六年（公元1629年），在她身上，更是发生了一件惊天动地的大事。
且说家光将军曾染疱疮恶疾，天幸很快治愈了，于是当年秋季，便派阿福前往伊势神宫去酬神还愿，随即指示她作为将军的代表，转道入京去参谒后水尾天皇。别说区区一介乳母了，即便是将军的姐妹、公主，作为武家之女，也并没有陛见的资格，因而此事使得朝廷上下无不感到惊愕和愤恨。但最终在幕府的压力下，阿福还是顶着贵族三条西实条（三条西公国之子）干妹妹的头衔，以“藤原福子”之名完成了使命，并受天皇赐予从三位的位阶和“春日局”的名号——据说此事也是后水尾天皇愤而退位的一个重要原因。
然后宽永九年（公元1632年），在第二代“大御所”德川秀忠去世以后，春日局再次上洛参觐，升任从二位的位阶，从此即被尊称为“二位局”大人——武家女性而达到这一高度的，此前只有平清盛的继室平时子，以及源赖朝的正室北条政子二人而已。
春日局死于宽永二十年（公元1643年），享年六十四岁。其孙稻叶正则与重孙婿堀田正俊受其余荫，就此成为幕府新的谱代大名，并且陆续入阁担任老中甚至是大老之职。可以说，对于江户幕府权力根基的稳固，无论把春日局所起的作用评价得多高，恐怕都不为过。
二代将军德川秀忠退位为“大御所”以后，即移居江户城的西之丸，而将本丸让给了三代将军德川家光，从此幕府便进入了西之丸年寄（事务官）和本丸年寄诸事合议的“双头政治”阶段。等到秀忠去世以后，德川家光才得以彻底掌控幕政，他立刻重新编组旗本众、重新分派各藩大名，制定了一系列新的统治制度，彻底完善了幕府的政治架构。
宽永十二年（公元1635年），家光将军重修《武家诸法度》，为了进一步巩固幕府权威，削弱各地藩主的势力，添加了著名的“参勤交代”项目。
“参勤交代”，也写作“参觐交代”或“参勤交替”、“参觐交替”，是指各地大名都必须在江户城下町购置宅邸，把妻子儿女安置其中，作为交给幕府的人质，大名本人则一年在领地视事，一年住在江户，轮番交替（关东大名则每半年轮替一次）。大名们千里迢迢前往江户侍奉将军，于路的仪仗开销，住在江户的生活费用，全都必须自己解决，幕府毫不补贴，财政负担由此变得沉重异常。那么，为了省钱而轻车简从来回行不行呢？那当然也是不被允许的，身列哪一等级，拥有多大石高，就必须按照幕府规定，统领多少随从，携带多少箱笼，摆出多大仪仗，一丁点儿都马虎不得，否则幕府必会趁机以不敬之名治以重罪，即便削藩、改易，那也是保不齐的事情。
家光将军正是利用这一制度来削弱各藩的经济实力，使他们再也无力与幕府相抗衡。并且如前所述，幕府的亲藩、谱代，大多被封在江户和京都周边地区，来往距离较近，道路也比较好走，而那些外样则大多居于远国，光一年一次的参勤交代，往往便足够他们破产了。
再一点，各藩世子大多与母亲一起长年留居江户，使得他们对幕府相对亲近，对自家领地却极不熟悉，一旦上代去世或者退隐，世子继位，立刻就会陷入主从相疑的局面。想要上下一心跟幕府对着干？可能性是相当之低的。
家光将军政治手腕之毒辣、灵活，于此便可见一斑。
除此以外，幕府还直接插手各藩的继承人问题。一方面，确定继承人必须申报幕府同意，新藩主继任也必须亲自前往谒见将军，获得新的“所领安堵状”；另方面，对于没有合法继嗣的大名家族，幕府从来都毫不容情地予以改易。
一般认为，江户幕府从一开始便奉行“锁国”政策，导致近代落后不振，一度遭到西方列强的侵略。然而实际上，日本的情况和中国明清两代并不相同，并且幕府的“锁国”是有一个启动过程的，也并非始自德川家康——缔造者是二代秀忠，完善者则正是三代家光。
事情还要从“大君邦交”说起。
日本自古以来，就非常重视和大陆国家的贸易交往，江户幕府建立以后，更是把对中国和对朝鲜的贸易往来当作重要的国政来抓。为了弥补丰臣秀吉侵略朝鲜所带来的恶劣后果，德川家康曾经多次派遣使臣前往朝鲜半岛，终于求得了和睦协议。庆长十二年（公元1607年），也就是家康退隐幕后的第三年，朝鲜使臣吕祐吉来到日本，向幕府呈递了国书，此后每次幕府将军换代，朝鲜都会派来“通信使”，以重申两国之间的友好关系。
江户幕府作为对朝主要联络官的乃是对马岛的宗氏，这一家族历史悠久，因为距离大陆最近，所以和朝鲜的关系非常密切，大概就是基于这个原因，宗氏数百年来一直盘踞在对马岛上，从未遭到过改易。
宽永十二年（公元1635年），也就是第三代将军德川家光亲政的第四年，宗氏的家臣柳川调信突然向幕府揭发，说当主宗义成在和朝鲜联络的过程中曾经篡改过国书。这可是一件了不得的大事，幕府立刻展开周密调查，最终的结果是，宗义成确实曾经修改过幕府向朝鲜递交的国书中的署名。
朝鲜李朝为中国的藩属，其君主称号为“国王”，所以在与日本交往的时候，也希望双方平等建交，日方国书最后署名“日本国王某某”。在朝鲜人想来，天皇是什么东西，咱们不清楚，日本真正的统治者丰臣秀吉可是受过明朝“日本国王”封赐的，现在的德川幕府继承了丰臣氏的事业，当然也就是明朝下属的一位国王了。然而幕府并不了解朝鲜人的想法，德川秀忠在位的时候，国书后面只署名“日本国源秀忠”，宗义成感觉这是不大合适的，就去恳求起草国书的僧侣以心崇传，请他给改个署名。
以心崇传又名金地院崇传，乃是临济宗的高僧，本出名门一色氏，少年出家，学问高深、佛法精湛，被后阳成天皇赐以紫衣。庆长十三年（公元1608年），他被德川家康召至骏府，与西笑承兑一起负担外交秘书的工作，其后还与板仓胜重等人一起担任过幕府寺社奉行，协助起草过《寺社诸法度》、《武家诸法度》和《禁中并公家诸法度》。当然啦，如前所述，他还是家光将军的起名者，并且参与了“方广寺钟铭事件”，是罗织罪名陷害和覆灭丰臣家的重要刽子手。
再说宗义成求到了以心崇传头上，老和尚对他的要求有点儿莫名其妙，于是便在国书上模棱两可地写了个“日本国主”。宗义成不敢再提要求，就擅自把“主”头上的一点抹掉了，改成“日本国王”。
事情败露以后，幕府上下展开了大讨论，研究应当怎样处理这一恶劣事件，更重要的是，以后再写国书应该怎样署名。讨论的结果是以两国邦交为重，宗义成赦免无罪，柳川调信擅告家主，为人不忠，流放出羽国津轻郡——这次事件，史称“柳川一件”。然而“日本国王”之称，似乎坐实了日本乃是中国的藩属，有辱国体，此后国书署名一律改成“日本国大君”。在日本人想来，自己名义上的君主乃是天皇，天皇和中国皇帝是平起平坐的，幕府作为天皇的臣子，实际管理日本列岛，可称“大君”，以与朝鲜国王平起平坐。
不过后来又有人提出异议，说“大君”的称呼其实比朝鲜国王要矮上一头。因为朝鲜的王子大多封为某某君，其中嫡王子称“大君”，幕府将军若也称“大君”，那不变成朝鲜国王的儿子了吗？况且，大君之名源出中国古书，本是天子的别称，也容易和日本天皇相混淆，不如仍改为“日本国王”为妥。
提出此议的乃是江户幕府中期的著名思想家新井白石，他的建议得到了第六代幕府将军德川家宣的赞同，于是自此以后，幕府所签发的日本国书之署名，就正式变成“日本国王源某某”了。
江户幕府时期，日朝关系一直良好，贸易往来不断，尤其以对马的宗氏得到朝鲜李朝同意，每年派出二十条贸易船，收入相当可观。幕府还想通过朝鲜来恢复与中国的邦交，然而中国自明朝中叶以来一直奉行闭关锁国政策，使得中日两国间的官方贸易受到极大限制，民间私商倒是熙熙攘攘，甚至当明清之交，很多明朝遗臣都航来日本，大多居住在北九州地区，对于江户幕府占统治地位的朱子学之确定和发展，做出了很大的贡献。明末大将郑成功还一度想把日本当作复国的基地，甚至提出向江户幕府借兵，还好此事并未成功，否则郑成功怕会前门拒虎，后门引狼，难逃千古骂名吧。
除中朝两国外，德川家康时代就大力发展同吕宋、安南、柬埔寨、暹罗等东南亚国家的邦交，同时还颁发给前往这些地区的贸易船“朱印状”，以证明他们并非倭寇或者海盗。日本人因此大量移居东南亚各地，一个名叫山田长政的日本人还曾一度成为暹罗国王的宠臣。
日本南部的琉球群岛，从公元15世纪以来就一直为土著尚氏所控制，尚氏向明朝称臣，受封琉球国王。因为琉球的地理位置对海上贸易非常重要，所以庆长十四年（公元1609年），急于挽救财政危机的萨摩国大名岛津家久就侵入并且占领了琉球国。幕府承认岛津氏对琉球的控制权，但岛津氏也很鬼，并不废黜尚氏国王，让他们仍以藩属的名义向明朝进贡，从而得以通过琉球国和明朝展开官私贸易。一直到明治维新以后，逐渐军国化的日本才悍然废黜琉球国王，彻底吞并琉球王国，进行奴化教育，把它变成了现在所谓的“冲绳县”。
如今冲绳县三天两头就会闹“琉球独立运动”，但欠缺一个强有力的宗主国的支持，估计是闹不成事的。
江户幕府的所谓“锁国”，其实禁锁的主要是南蛮贸易。丰臣秀吉在世的时代，就曾经下令严禁天主教传教，勒令凡日本国人都不得信奉这种“异国邪教”，等到秀吉去世，德川家康为了加强对外贸易，一开始并没有重申禁令。不仅如此，他还优待新近航来日本的英国和荷兰商人。
家康曾经任命英国航海长威廉·亚当斯作为自己的通商顾问，赐予三浦半岛二百五十石的俸禄，亚当斯因此而跻身幕府旗本之列，并且取了一个日本名字叫三浦按针——按针在日语中有领港、领航之意。
在德川家康的鼓励下，各地诸侯也纷纷大力发展南蛮贸易，伊达政宗就曾派家臣支仓常长前往欧洲，谒见罗马教皇和西班牙国王，要求通商。据说常长本人因此直接得到教皇的洗礼，被授予罗马公民权。
但是新教国家英、荷与先期航来的旧天主教国家西、葡之间矛盾重重，前者因此在家康面前大进谗言，说天主教传教士乃是妄图将日本变成殖民地的西、葡国王派来的间谍。家康本就不满天主教宣扬上帝万能从而淡化世俗领主的权威，进而看到很多九州诸侯通过与西、葡等国通商获得了大批物资和武器，认为如果不加限制地任其发展，将会动摇幕府的统治基础，恰巧就在此时，发生了著名的“冈本大八事件”，促使家康颁发了禁令。
原因就在于冈本大八反咬一口的时候，不但诬陷有马晴信妄图暗杀长崎奉行长谷川藤广，并且供出有马晴信勾结传教士和西、葡商人的诸多不法情事。于是幕府将冈本大八以火刑处死，将有马晴信先是流放到甲州都留郡，进而勒令其切腹自杀——身为天主教徒的晴信不肯自尽，命令家臣将自己刺死了。
以“冈本大八事件”为导火索，德川家康对天主教的反感变得愈发强烈，不久后便下达了第一次“禁教令”，在幕府直辖领地和有马氏的旧领中严禁传播和信奉天主教。庆长十七年（公元1612年）八月，禁教范围扩大到日本全国，各地教堂陆续被破坏，日本籍天主教徒纷纷遭到逮捕，被强迫改变信仰。不肯改变信仰的教徒遭到游街、流放和处死的命运——有一百四十八名被流放马尼拉，其中包括著名的切支丹大名高山右近、内藤如安等人。
高山右近本是摄津国一名小小的国人领主，右近为其官途，大号可能是“重友”，据说十二岁便受其母影响接受了洗礼，教名为胡斯托。高山家族曾经侍奉畿内霸主三好长庆，三好氏势力衰退后，改仕深受织田信长器重的所谓“京都之副王”和田惟政。元龟二年（公元1571年），和田惟政在白井河原之战败死，其子和田惟长欲图谋杀高山父子，结果阴谋败露，右近遂转投新近崛起的荒木村重。
天正六年（公元1578年），荒木村重向织田信长掀起反旗，高山右近与其表兄弟中川清秀临阵倒戈，归从信长。“本能寺之变”后，高山、中川参与了对抗明智光秀的“山崎合战”，建立功勋，就此又成为羽柴秀吉的直臣。此后贱岳合战、小牧·长久手之战和四国合战当中，亦都能见到右近的身影，他在羽柴·丰臣家臣团中的地位遂得以逐渐攀升。
右近是个虔诚的天主教徒，四处传播“主的福音”，受其影响，黑田孝高、细川忠兴、前田利家等大名也都先后接受洗礼，起码在表面上接纳了天主教。天正十三年（公元1585年），丰臣秀吉下达了“禁教令”，黑田孝高等人被迫放弃信仰，然而高山右近却顽强地抗拒秀吉的命令，声称宁可抛弃领地和财产，也不愿背教。于是他遭到改易和流放，被迫依靠小西行长和前田利家，苟延残生。
然而秀吉的政策，只是禁止传教而已，对于不肯放弃信仰的大名，除非右近这般彻底的顽固派，否则大多网开一面。而到了德川家康禁教的时候，则干脆是——不愿背教，那就别在日本待着了！颁布了“切支丹国外追放令”。高山右近因此被流放到马尼拉，因为年岁老迈，加上旅途奔波，抵达目的地后不久便病逝了，享年六十四岁。
如前所述，内藤如安本是松永长赖之子，后来侍奉小西行长，于侵朝战争中奉命担任对明朝的交涉使节，在明朝和朝鲜的文件中，记录为“小西飞”——其实小西是其主家的苗字，而“飞”，则是其官途“飞驒守”的略称。
“关原合战”后，小西行长被斩首，小西家族灭亡，内藤如安逃亡到平户，先后成为加藤清正和前田利长的客将。正是在前田家中，他结识了高山右近，相同的信仰使二人结为生死之交。在遭到德川氏幕府的放逐以后，一行人乘坐大船，斩风破浪抵达马尼拉，受到总督和当地天主教徒的热烈欢迎。高山右近不久后便即去世，内藤如安则一直活到宽永三年（公元1626年）。
拉回来再说幕府的禁教，到了元和二年（公元1616年）八月，二代将军秀忠颁布了第二次“禁教令”，对天主教徒进行残酷迫害，很多人因为不肯改变信仰而被活活烧死，史称“大殉教”。元和六年（公元1620年），又发生了“平山常陈”事件，标志着日本正式开始“锁国”体制。
平山常陈本是一艘朱印船的船长，因为坐船为中国式平底船，在从马尼拉回归日本途中，被荷兰船误认为是中国船而遭到逮捕。在搜查平山船的时候，荷兰人意外地发现了两名西班牙传教士，于是如获至宝地进献给德川幕府。幕府经过审讯后，将平山常陈和两名传教士全都处以火刑，其余十二名船员也尽皆处死。
从此宗教迫害扩大为贸易限制，葡萄牙人首先遭到驱逐，然后是英国人，最后在宽永元年（公元1624年）严禁西班牙船只来航。日本船只除朱印状外，还必须得到“老中奉书”才许出海，居住在国外的日本人也一律严禁归国，归即处死。
日本就此基本断绝了南蛮贸易，唯一例外的是荷兰人，荷兰东印度公司在日本设置了分公司，向幕府保证绝不传播异端宗教，同时荷兰商船一到日本，商馆馆长立刻向幕府提交《荷兰风说书》，报告海外情况。但即便是荷兰人也只准在长崎的出岛建造商馆，而不得踏入日本内地一步，就连中国船也逐渐只准停泊在长崎港，可以说，整个日本只有长崎一地是半对外开放的，幕府通过直接统治长崎而垄断了所有对外贸易。
有压迫，必然就有反抗，惊世骇俗的“岛原、天草之乱”就在这种禁教锁国的背景下爆发了。
肥前国的岛原半岛，本属外样大名松仓氏所领，当时的松仓氏家督为松仓胜家，是个冷酷无情而又贪得无厌的家伙。三代将军家光在位的宽永十四年（公元1637年）秋季，岛原半岛及其南方的肥后国天草群岛闹起了大饥荒，可是松仓胜家仍然按照旧例征收年贡，并将交不起年贡的数名农民残酷处死。
农民们生活在死亡边缘，已经沉寂很久的天主教信仰随之再度抬头，秘密信教以逃避残酷现实的百姓越来越多。此事为松仓胜家所查知，便在领内搞了一场大清洗，逮捕了很多教徒，要他们举行“踏绘”的仪式。所谓“踏绘”，是指将刻有耶稣受难像的木牌扔在地上，让怀疑为教徒者用脚底去踩踏，肯乖乖从命的定非天主教徒，或者虽是教徒却有心悔改，否则就将被处以火刑。这种方法并非松仓胜家所创，而是幕府搞出来并到处推广的无聊花样。
阶级压迫和宗教迫害双重利刃就此强加在岛原百姓头上，他们无路可走，被迫铤而走险。十月二十日，岛原有马村纷起一揆，杀死了松仓氏的代官林兵右卫门，并且攻破藩武器库，团团包围住了松仓氏的本据——岛原城。
二十七日，天草群岛也爆发一揆，与岛原一揆南北呼应。天草群岛乃是肥前国唐津的谱代大名大久保氏的飞地，唐津藩的代官三宅重利领兵镇压暴乱，却于十一月十四日被一揆所败，身首异处。天草一揆进而包围了富冈城。
消息报至江户，德川家光将军大为恼火，立刻派遣重臣板仓重昌前往九州，纠合附近诸侯前往征伐。岛原、天草的一揆闻报，结合为一，后退到已经废弃的原城，笼城固守。根据近年来的考古发现，原城在“岛原、天草之乱”爆发前，很可能虽被废置不用，基本的土垒木墙还并没有被扒平，这就给了一揆军一个很完美的抵抗基地。
有趣的是，一揆军的首领却是一个年仅十六岁的少年，俗称为天草四郎时贞。据说这位英俊少年乃是上帝派来拯救生活在水深火热之中的日本天主教信徒的，具有莫大神通，教徒们无不尊奉他为“天人”、“天使”，一切都唯四郎时贞马首是瞻。
天草四郎，某些记载中也写作大矢野四郎或者江部四郎，据考证，他原本的苗字应该是益田，乃是小西行长的家臣益田好次之子。“关原合战”后小西行长被斩首，领地遭改易，家臣们纷纷四散成为浪人，据说四郎时贞从小就居住在长崎港，虔诚地信奉天主教，并向旅居日本的荷兰人学习过西洋医术——所谓神通广大，能活死人、肉白骨，大概空穴来风，未为无因吧。
且说板仓重昌来到岛原城中，召聚了包括松仓胜家、锅岛胜茂、有马丰氏等周边诸侯，集结兵马，向原城发起了猛烈进攻。重昌一开始并没有把一揆放在眼里，认为那些作乱的农夫无谋无勇，根本不懂打仗，如何会是幕府军的对手？然而一连发起两次总攻都未能奏效，己方反倒损失惨重，重昌不禁涔涔汗下，意识到原城中定有深通兵法之人存在。
北九州地区乃是天主教传播的中心区域，战国后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，这些人在“大殉教”后被迫潜伏了下来，趁着这次动乱再度抬头。因此固守原城的并非仅仅数万农民，其中也掺杂了很多信奉天主教的浪人——四郎时贞首先是这些浪人们的领袖。
翌年元旦之日，板仓重昌硬着头皮发动了第三回总攻，却在原城下身中流弹而亡。一揆因此士气高昂，到处都传说着岛津、伊达等强藩将会东西呼应而起，一举消灭迫害天主教徒的德川幕府的谣言。而将军家光则又派来了第二名联军统帅，那就是一门众重臣松平伊豆守信纲。
松平信纲素有智谋，人称“智慧伊豆”，他在仔细观察了前线形势以后，认识到原城防御坚固，一揆作战英勇，绝对不能硬打硬攻。于是信纲就指挥着黑田、锅岛、立花、细川、水野、有马等十数家诸侯联军，从陆路将原城牢牢地封锁住，断绝补给，想要把一揆全部困死、饿死。
四郎时贞还期望长崎的荷兰人前来救援，然而在松平信纲的请求下，荷兰炮船却于一月十一日开到原城附近海面，然后向城内连开数炮。这一方面是告诉城内一揆，海上也已经被幕府军封锁，休想有一个人能逃走，另一方面也是希望从心理上瓦解一揆的斗志——天主教有何可信？上帝又有什么用？同样信奉所谓“上帝”的荷兰人，不也成了你们的敌人吗？
松平信纲的策略取得了效果，原城中粮草越来越少，一揆被迫开城夜袭幕府军阵营，因为信纲早有防备而遭到惨败。不仅如此，松平信纲通过审讯俘虏，了解了城中的内情，遂于二月二十八日展开了第一次总攻击。
在一揆的拼死抵抗下，幕府军付出了死亡三千人、受伤上万人的重大代价，然而原城终于还是被攻陷了，城内剩余的两万余众，不论男女老幼，全都遭到残酷的屠杀——四郎时贞等人也在其中，几乎没有一个人能够逃得性命。
“岛原、天草之乱”乃是对幕府和诸藩横征暴敛，以及迫害宗教信仰的大反抗，但它的失败也促成了幕府锁国体制的最终完成。此外在战后，德川家光鉴于《武家诸法度》中规定诸藩不得幕府指令不得向外用兵的条文，导致镇压暴乱的行动迟缓，遂将相关规定作了修改。
德川家光将军时代确立的幕府统治机构是这样的：最顶峰当然是幕府将军，其下为大老和老中，然后是“若年寄”，职责为辅佐老中管理幕府的直属家臣，再下还有寺社、町、勘定三位奉行，分管宗教、江户城内的行政和治安，以及幕府财政等事务。上述为幕府的中央机构，地方机构则包括京都所司代、大坂町奉行、长崎等地的远国奉行，以及其他幕府直辖地区的代官——幕府的直辖地区称为“天领”，初期约两百万石，中后期增加到四百万石。
幕府统辖各地大名，如前所述，即所谓的“江户三百藩”。此外，将军直属的家臣，如果禄秩不足一万石，则被称为“旗本”或“御家人”——前者准予直接谒见将军，后者没有这种资格。旗本多有领地，御家人则只领俸禄，他们全都住在江户，平时充当幕府的行政官僚或警护人员，战时则根据封地或俸禄的多寡来率领士卒参战。据享保七年（公元1722年）的统计，江户幕府共有旗本5205人，御家人17399人，连同这些人的家臣部下，战时动员力将近十万！
而根据十八世纪初的统计核算，当时天皇的领地为可怜巴巴的三万石，皇族、公家的领地七万石，幕府天领约四百万石，直参（旗本和御家人）的封地加俸禄为三百万石，各藩封地共两千两百余万石，此外还有寺社所领有的土地四十万石。这就是整个日本社会上层的基本构成。
那么在社会的下层呢？大小封建主主要的赋税来源是“本百姓”，所谓本百姓就是指拥有一定土地和房产的农民。当时日本农村大多为五六十户人家的小型自然村，村长被称为“名主”、“庄屋”或者“肝煎”，主管户籍登记和收取赋税，主要出身于“大百姓”（富农）和旧的小国人领主。村长下面就是本百姓，本百姓下面还有“水吞百姓”也就是佃农。
江户时代，各种捐税名目繁多，仅年贡就经常超过实际收获物的三分之一，农民的生活是很痛苦的——德川家康就曾经说过想要统治好百姓就必须让他们既吃不饱而又饿不死的话。不仅如此，幕府还规定了严格的身份等级制度，即所谓的“士农工商”制度。
“士”，即指武士，又写作“侍”。江户时代武士的身份标志为允许拥有苗字，可以带刀，如其权威受到平民百姓的损害，则可以“斩舍御免”（允许当场格杀）。武士内部也分很多等级，比如上士、中士、下士、乡士等等，高级武士经过的时候，无论平民百姓还是下级武士都必须伏地磕头，否则就可能遭到斩杀。幕府还规定，公家、神官、僧侣的身份等同于武士。
身份等级的第二级是“农”，也即农民。江户时代是重农的社会，因为有了农民才有土地产出，才有武士们享受的年贡和俸禄。比农民身份更低的是“工”也即城市手工业者，以及“商”即商人。虽然商人在四个等级中排位最低，但他们逐渐成长起来，掌握了财政实权，到了江户幕府后期，很多豪商甚至比武士更为尊贵和显赫。这些商人把商号当成自己的苗字，商号标记当成自家的家徽，按照武士家族的习惯来管理商号，主人和学徒之间的关系和武士团中的“寄亲寄子”关系简直毫无两样。甚至还有很多商人趁着武士家族破产或者绝嗣的机会，把自己的儿子过继过去，窃得了武士的苗字和家业。幕府虽然多次下令严禁也终究无济于事——只要有活不下去的贫穷武士，只要有腰缠万贯的豪商，有买家有卖家，这种地下交易就是永远无法根绝的。
工和商大多居住在城市中。江户时代的城市，以江户、大坂、京都最为繁华，被称为“三都”。城市居民大多为武士和工商业者，后者主要被区分为拥有土地或房产的“家持”和租房居住的“店借”两种。幕府和各地大名对工商业者征收的赋税比农民相对要轻（实际上是不如对农业来得重视），所以才会有很多商人暴富，到了幕府末期，甚至出现了“大坂富豪一怒，天下诸侯惊惧”的局面。
在“士农工商”等级下面，日本社会中还存在着被称为“秽多”或“非人”的贱民。秽多大多来源于古老的奴隶社会，一般从事处理尸体、屠宰牲畜、清扫垃圾等肮脏工作，或者成为流浪艺人，被整个社会所看不起——战国时代尼子经久利用来夺回月山富田城的钵屋贺麻党，就是这种低贱的流浪艺人集团。
幕府严格管理秽多，不允许他们和自由民相互往来，而且其身份世代承袭，永远不会被解放（贱民的“解放令”要到幕府灭亡后的明治年间才颁布，但其影响一直延续到现代日本）。非人是临时的贱民，是指十七世纪以后为生计所迫而从事卑贱职业的贫农或城市贫民，他们的身份虽然卑贱，却并不对整个家族造成影响，并且有可能恢复原本的地位。
家光将军统治时代，政治环境貌似太平，其实内忧外患仍然层出不穷。所谓内忧，既有如前所述的“岛原、天草之乱”，也有宽永十九年（公元1642年）前后爆发的“宽永大饥馑”。
这场大饥荒，一般认为主要有三个来源：一是“岛原、天草之乱”后的大屠杀，造成了九州地区疫病流行，尤其是牛瘟，很快蔓延到整个西日本，耕牛大多病死；二是宽永十七年（公元1640年）六月虾夷地驹之岳火山爆发，火山灰造成陆奥北部地区大范围歉收；三是宽永十八年（公元1641年）初夏畿内、中国和四国地区的严重旱灾，以及秋季北陆地区的长期降雨，各种异常气候进而又引发了大规模虫害……
德川幕府拿出的对策是：首先勒令诸藩重视灾情，厉行节俭；其次要求扩大农作物面积，禁止烟草种植和贩卖粮食类点心，并且减少酿酒；第三则是要求各大名运送“扶持米”以周济“吞粮巨兽”江户城。对后世影响最为深远的，是颁布了《田畑永代买卖禁止令》，严禁耕地买卖。
此外，为了避免因饥荒而引发各藩叛乱，幕府减少了对各地大名物资和人力的盘剥，使得大名们缓过一口气来，纷纷进行藩政改革，就此埋下了日后雄藩崛起的根苗……
家光将军时代的外患，主要来自于明崇祯十七年（公元1644年）清兵入关，明朝灭亡，大量明朝遗民逃至日本，给幕府带来了极大的恐慌——近四百年前，不也是外族入居中国，然后悍然发动了对日本的远征吗？幕府为此重整军备，加快各地防御设施的建造——虽然日后才知道，不过是虚惊一场，女真与蒙古不同，并无染指日本列岛之意。
面对这种种内忧外患，家光将军遂被迫以铁腕治国——从德川家康开始，直到三代家光，他们的统治被称为“武断政治”。直到四代将军德川家纲继位以后，社会环境逐渐平稳下来，幕府的对策亦遂之改变，才进入了真正平和的“文治政治”时代。
公元1683年，台湾郑氏投降清朝，这一年在日本为天和三年，第五代将军德川纲吉在位。在此以前，台湾郑氏、清廷，乃至于平南王尚氏、靖南王耿氏，各家商船络绎不绝地航向日本，在幕府的管制下，相互间从未产生过矛盾冲突。不过自从1661年清朝顺治皇帝为了封锁郑氏台湾，下达“迁界令”禁止船舶下海以后，来自清朝及下属各藩的赴日贸易船数量大为减少，中国商船的总数从每年五六十艘下降到十艘左右。
等到康熙皇帝降伏郑氏，收取台湾以后，废除了“迁界令”，颁布“展海令”，中国赴日贸易船数量激增，清康熙二十四年（公元1685年）竟然达到八十五艘之多。面对这种情况，江户幕府害怕金银外流，对中国商船加以严格限制，规定每年的贸易定额为六千贯，够数就不再做买卖。然而即便如此，中国商船的数量仍长期维持在七八十艘左右，长崎港繁华无比，成为幕府的一个重要收入来源。
对于来航的中国船，江户幕府设置了书物目利、书物改役等官职，委派相关人员严格审查，不得使有害书籍传入日本。那么，什么是幕府认定的有害书籍呢？最主要的不外乎两种：一，兵法书；二，宣扬天主教教义的书。
且说元禄八年（公元1695年）三月十六日，长崎立山奉行八十岛武兵卫下令给大通事（翻译官）林道荣、小通事林金右卫门，指出本年的第十六号南京来船所携带的书籍，经书物改役检查含有违禁内容，必须严加审问，详细汇报。林道荣等人急忙搜检船只，果然找到了命令中提到的《帝京景物略》一书，于是将商船封锁起来，严禁船员登岸，同时将审讯的结果上呈立山奉行所和西奉行所，再由奉行所复查后，于四月十日快马送去江户。
那么，《帝京景物略》究竟是本什么书呢？其实那只是一本过时了的北京城旅游指南而已，由遂安人方逢年及其弟子写成，最早出版于明朝崇祯八年（公元1635年）。这样一本书，为什么会变成禁书呢？原来此书的第四卷和第五卷中提到了北京城内的天主教堂和天主教士利玛窦的坟墓……
几位通事和奉行认为此书虽然含有天主教内容，但并未宣扬教义，因此不必严禁，然而江户城中的老中户田忠政、土屋政直等人却对此结论大不以为然。他们认定，虽然唐船（指中国船）船员都已经通过了“踏绘”，证明不是天主教徒，携带《帝京景物略》确实是出于无意，但此书既然含有违禁内容，就必须加以严惩。老中们下令在中国船员面前将禁书焚毁，并且禁止书籍主人和唐船的船头再来日本，所载货物也不许交易，即刻将其遣返回国。
从这件小事上，其实就可看出江户幕府的锁国政策是多么严格，同时也是多么荒诞了。