事实证明，吕惠卿是被诬陷的。
对于吕惠卿出卖王安石一案，最早提出质疑的是陆游的祖父陆佃。哲宗初年，陆佃由吏部调任礼部，以侍郎的身份参加《神宗实录》的编撰。写到这段历史时，检讨官黄庭坚主张按照当时监察官员弹劾吕惠卿的奏折表述，陆佃却认为不能只听一面之词，必须找到证据，核对事实。
黄庭坚说：按侍郎的主张做，岂非谄媚？
陆佃则说：照检讨的意思写，便是诽谤。
两人争执不下，陆佃便上了一道奏折，请求垂帘听政的太皇太后下令将宫廷收藏的有关文件发下，看看当年吕惠卿上缴的王安石书信中究竟有没有“勿令上知”的字样。
档案调出，搜检的结果是没有。
后来的正史却依然认定有。对此，李焘的《续资治通鉴长编》解释说：陆佃是王安石的学生，他的话怎么能信？
这种逻辑十分可笑。郑侠也是王安石的学生，他的话怎么就信？何况陆佃与王安石虽有师生关系，对于老师的改革却是存疑的，至少态度比较客观。他曾经对王安石说：新法不能说不好，实行的结果却是扰民，比如青苗法就是。
王安石大吃一惊，问：怎么会这样？
陆佃说：因为老师听不得不同意见。
王安石大笑：我岂是固执己见的人？
陆佃答：当然。但是外面都这么说。
于是，王安石不再让他参政议政，只让他做学问。
事实上陆佃的学问非常好。他对此案的重新审视，便正体现了治学的严谨，甚至有“重证据，不重口供”和“疑罪从无”的法治精神。否则，他有什么必要为“欺师灭祖”的吕惠卿辩诬？相比之下，罔顾事实的人不该脸红吗？
没错，吕惠卿上缴的书信不止一封，不可能每封信里都有“勿令上知”的字样。但是陆佃的奏折说得很清楚，调出档案的目的就是要查明这一事实。那么请问，宫中为什么要扣住关键证据不发？太皇太后可是反对变法，既不喜欢王安石也不喜欢吕惠卿的。说那封信丢了就更不通。如此重要的证据，怎么会遗失，又怎么可以遗失？难道有贼？
结论只有一个：王安石根本就没写过那样的信，吕惠卿也没有出卖他。反目为仇是真的，恶毒攻击也是真的，但那是自卫反击，最多防卫过当，因为先下毒手的不是他。
那么，先出手的是谁？
王安石的儿子王雱（读如乓）。
说来王雱也是才子，甚至神童，却又是病人。他的心理恐怕是不健康的。据说，这位公子曾在父亲与程颢讨论如何推行新法时冲出来大放厥词：只要把韩琦和富弼的脑袋砍下来挂在大街上，新法自然盛行。此事虽被证伪，但要说王雱胆大妄为，王安石教子无方，则大约不诬。
王雱对吕惠卿，也确实恨到了骨头里。原因可能是他们父子重返京师时，就听说了吕惠卿的种种忘恩负义。按照正史的描述，此人在担任参知政事之后就背叛了王安石，千方百计阻挠王安石复出。这种叛徒，当然人见人恨。
可惜此事查无实据，正史也只留下“凡可以害王氏者无不为”一句空话，什么细节都没有。唯一能够拿出来说说的，是他曾经想借余姚县主簿李逢谋反案大做文章，但同样没有细节。司马光的记载中只字不提，李焘也不采信。
那么，吕惠卿究竟干过那些坏事没有？
没有，证据是熙宁八年六月神宗与王安石的谈话。皇帝告诉王安石：吕惠卿对爱卿很有意见呢！他说以前爱卿被人污蔑，他极力辩诬。现在他被诬，爱卿却一言不发。朕只好为卿再三解释。他又疑神疑鬼，怀疑有人挑拨离间。
王安石的回答是：臣不知道谁要陷害吕惠卿，也许他是疑心生暗鬼吧！不过，惠卿兄弟确实得罪了一些人，有些事也做过分了。臣劝他们不要树敌，他们不听。
这就很清楚。如果吕惠卿当真对不起王安石，他怎么会有委屈？更何况，李逢案发生时，吕惠卿担任参知政事还没多少时间。就算他想做宰相，也不到时候吧？他的政治资本既然是变法，还得依靠王安石的影响力吧？这个时候就去把王安石搞臭，犯得着、划得来吗？
吕惠卿没有那么傻。
神宗的话，也分明是在为闹误会的好朋友做调解。
但是到了七月，吕惠卿却先是请病假，然后又几次三番提出辞职。皇帝当然不批准，还让王安石和另一位副宰相王珪去慰问。神宗说：什么事情都没有，为什么要辞职？
吕惠卿答：没有别的原因，力不胜任而已。
宋神宗说：天下事又不要你一人负责，何必呢？
吕惠卿答：臣确实能力有限。当年受命，只因安石外放朝中缺人，这才勉为其难。现在他已经回到相位，臣也早就该离开中枢，到地方上去报答陛下的知遇之恩。
宋神宗说：安石复位，正该协力，为什么要走？
吕惠卿答：因为臣碍手碍脚。陛下圣明，应该看得出他跟以前不一样了，动不动就请病假。诚如陛下所言，王安石必须觉得事有可为才肯复出。复出而不作为，那就一定是有不如意的地方。不如意，只因为臣在政府。臣以为，朝廷事可以无臣，却不可以没有他。这就是臣辞职的原因。
宋神宗说：安石必不忌讳爱卿。
吕惠卿答：当然不。但，如果陛下专心专意只听王安石一个人的，天下大治指日可待。臣在朝中于事无补，反倒横生枝节，实在是于公于私都有不利。实话实说，臣也不知道臣参知的政事，究竟是陛下的，还是王安石的？
谁都听得出，这口气只是酸溜溜，而非恶狠狠。
不过到九月份吕惠卿再次辞职时，跟王安石之间就不但有政见分歧，也有个人恩怨了。尽管皇帝一再声明，关于他的流言蜚语并不来自王安石，吕惠卿还是说，王安石和王雱父子已被小人包围，自己危在旦夕，只能选择离开。
可惜，这里仍然没有吕惠卿陷害王安石的行迹。
然而散布和听信流言蜚语，却并不需要讲证据，也不需要讲逻辑，只需要有情绪。以王雱的性格，自然也不会像陆佃那样去求证。那好，你不仁，就休怪我不义。对于吕惠卿这种恩将仇报的小人，王雱认为不必手软。
吕惠卿在华亭买地一案由此兴起。
这同样是疑案。证据是熙宁九年六月初七神宗明确告诉王安石，御史中丞邓绾（读如晚）报告，已经查明吕惠卿借钱买地一事不实。要知道，这个邓绾可是王安石的人，弹劾吕惠卿的也正是他。如果连他都说没有证据，恐怕此事根本就子虚乌有。就连最早弹劾吕惠卿的御史蔡承禧，后来也承认华亭案查无实据，只不过他称作“偶尔网漏”而已。
王安石却认为，邓绾只是没有找到证据罢了，不等于举报不实，应该再派人查。王雱更是迫不及待，这才有了前面所说违法乱纪的事，也才逼得吕惠卿跟王安石翻脸。这恐怕就不能说是吕惠卿背叛，只能说是王雱坑爹了吧？
于是，当六月初七神宗出示吕惠卿奏折时，王安石也如五雷轰顶，只能如实报告做手脚的事自己并不知情。不过当他得知这是儿子干的蠢事时，其恼怒也可想而知。弄巧成拙的王雱愧对父亲，更是急火攻心，终于一病不起。
当月二十五日，王雱病故，时年三十三岁。
战友反目，爱子去世，谁能承受这双重的打击？王安石恐怕也不例外。但他还是又坚持了四个月，然后才在这年的十月二十三日离开相位和京师，再也没有回来。