黎元洪接任总统后遇到了第一个麻烦，那就是接任的法律依据是1912年制定的《临时约法》呢，还是1914年袁世凯时期的约法？
在6月6日的国务院通电中，段祺瑞称“副总统黎元洪代行中华民国大总统之职务”，所谓“代行”，依据便是袁氏约法，其中规定“大总统因故去职或者不能视事时，副总统代行大总统职权”，但期限只有三天，不能继任。
在袁世凯死后，段祺瑞自命为北洋系的接班人，他当然不希望将袁世凯一踩到底，因为对袁世凯过多的打压贬斥反会损害自己的合法性，此所谓“投鼠忌器”是也。为了表示自己继承的是袁世凯北洋系的衣钵，老段在必要的时候还得将袁世凯的牌子扛出来为自己树威，这也是他坚持袁氏约法的原因所在。
对于老段的说法，南方护国军方面当然不能接受。他们认为，袁世凯帝制自为，早已丧失了合法性，袁世凯制定的约法，也是其称帝的一个工具，断断不能成为黎元洪接任总统的依据。因此，黎元洪继任总统应该是按照民初的《临时约法》继任，而不是什么“代行”。
护国军方面对段祺瑞说法的驳斥，聚集在上海的两百多原国会议员也纷纷表示赞同，他们发表联名通电，要求以《临时约法》和1913年国会制定的《大总统选举法》继任前总统袁世凯的任期至民国七年十月止（即1918年10月）。国会议员们之所以坚决要求按《临时约法》来处理总统继任问题，其中还有一个重要原因是：如果按袁氏约法，第一届国会的恢复将遥遥无期；而要按《临时约法》，被袁世凯解散的第一届国会将重新恢复，议员们可以再次行使他们的权力。
由此可以看出，所谓接任总统的法律依据，从小里说，是关系到黎元洪、段祺瑞及议员们切身利益问题；往大里说，这可是关系到民国未来政治走向的大问题。
处于风口浪尖上的黎元洪，此刻却支吾其词，两边都不敢得罪，也不敢轻易表态。从感情上来说，黎元洪愿意接受南方的说法，因为按《临时约法》的规定，他可以名正言顺的继任总统，而且任期有两年有余；如果要按袁氏约法的话，他只有三天的代行期，虽然他已经成为事实上的大总统，但难保实权在握的段祺瑞中途会不会变卦。在北洋系的包围下，黎元洪也不好公开响应南方的意见，只能装聋作哑，静观其变，以换取段祺瑞的支持。
在各方的压力下，段祺瑞却并不想把这个问题搞得太清楚，他一会说黎元洪接任总统是“代行”，一会又说是“继任”，再不然就用一个中性的词，“接任”，以图蒙混过关。但老段越是心虚，南方就越是揪住不放，各种质疑、质问乃至抗议的通电如同雪花般的飘到了国务院，非要把两个约法的事情问个明白不可。
事实上，不论是民初的《临时约法》也好，后来的袁氏约法也罢，老段其实都不喜欢。因为按民初的约法，虽然大总统的权力是虚、总理的权力是实，但国会的权力太大了，总统和总理都要受到国会的严格监督和极大限制；而按照袁氏约法，总统的权力又太大，总理不过是总统的执行人角色。
由此，老段提出一个自己的解决方案，那就是仿照民初临时参议院的召集办法，由各省各派三名代表赴京组成“修正约法委员会”，以制定一个新的约法发布执行。对此，无论是南方护国军方面还是上海的议员们，都纷纷表示反对。要知道，南方护国军争的正统地位，而议员们要的是恢复国会，老段抛出的这个什么“修正约法委员会”，不痛不痒，完全没有考虑到这些人的用意和利益，他们如何肯轻易答应。
不要说南方护国军和议员们不答应，就是北洋系内部也不以为然，譬如和老段同样老资格的冯国璋就不甚赞成，他的代表与南方互通声气，明里暗里的拆老段的台。正当各方为此事争执得不可开交的时候，一个意外的事件打破了僵局，这就是海军的介入。
当年6月25日，驻沪海军司令李鼎新、第一舰队司令林葆怿、练习舰队司令曾兆麟发布联合宣言，宣布独立，并要求按照民初约法召开国会。由于当时的中国海军分为第一舰队、第二舰队和练习舰队，而其主要力量又在第一舰队，第二舰队仅仅是一些巡防长江的小型炮舰，因此这次事件等于是整个海军都倒向了南方。
由于淞沪一带是冯国璋的地盘，他害怕海军在他的背后捣乱，于是向段祺瑞施加压力，要求迅速解决约法问题。在南方步步紧逼而北洋内部又出现裂痕的情况下，老段也只好做出重大退让，在四天后以总统令的方式宣布遵行《临时约法》，并续行召集国会。
由此，袁世凯死后的第一场风波终于平息了下来，而唐继尧也随后代表南方护国军通电全国，宣布取消军务院，南北军事对立也宣告结束。
在宣布遵行《临时约法》后，黎元洪再次以总统令的形式重新任命段祺瑞为国务总理并委托其组阁，由此，继袁世凯之后的新一届民国政府也就算是正式运作起来了。6月30日，段祺瑞提交了内阁名单：外交唐绍仪、内务许世英、财政陈锦涛、司法张耀曾、教育孙洪伊、农商张国淦、交通汪大燮、海军程璧光，至于陆军总长，还是老段自兼……不论是因为军事上的自负还是出于控制实权的考虑，老段对于陆军总长的这个位置，一向就是当仁不让。
对于老段的这个组阁安排，黎元洪照单全收，两人配合默契，相处也还算融洽。即便是黎元洪稍稍提出点自己的意见，老段也能做出调整，以示尊重，譬如后来张国淦、汪大燮请辞不就，内阁成员便改由许世英任交通总长、孙洪伊任内务总长、范源濂任教育总长、谷钟秀任农商总长，而外长唐绍仪一直未能就任，后由伍廷芳出任。
段祺瑞的新班子搭配了南北双方的人马，颇有团结统一的意味，但明眼人一看就知道，黎、段体制的一大特点是“黎虚段实”，虽然南方这套班子里占有几个名额，但实权仍旧掌握在以段祺瑞为首的北洋系手中。至于总统黎元洪，他也极力在南北间斡旋，调和彼此间的矛盾，力图新一届政府能够正常运作。在各方努力下，新班子虽然谈不上万象更新，倒也心领神会，各尽其责。
在一团和气的后面，南北分歧依然存在。在新班子成立不久，南方便提出要惩办帝制祸首，并提交了一份十三人的大名单。看到这里，读者也许会觉得奇怪，要说起推动袁世凯称帝的祸首，林林总总应不下几十人，其中还不乏目前盘踞各省的督军们，但为何只有十三人呢？
这个名单是有玄机的。在这十三人中，最早鼓吹帝制的筹安会六君子（杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛），这些手无寸铁的文人们，自然是毫无悬念的上榜。另外，就是在袁世凯复辟中闹得最厉害的“洪宪七凶”，即梁士诒、朱启钤、段芝贵、周自齐、张镇芳、雷震春、袁乃宽七人，合起来正好是“十三太保”。至于其他人，要不就是手握实权不好得罪，要不就是小虾米，姑且放过。
对于惩办帝制祸首，老段开始并不同意，毕竟“十三太保”中的一些人都是老朋友，自己刚一上台就拿老朋友开刀，未免不太厚道，于是他主张将帝制派和原先在二次革命时缉拿的革命党人一并特赦，大家就算玩笑一场，岂不皆大欢喜？
对于老段试图和稀泥的态度，南方极不满意，而黎元洪此时正被南方遥尊为领袖，自然得站出来坚持一下，以表示对原则的尊重。考虑到黎元洪及其背后的南方势力，老段也只好稍做让步，在经过多次的协商和交易之后，最后拟定了八位祸首名单，即：杨度、孙毓筠、梁士诒、朱启钤、周自齐、顾鳌（前法制局长）、夏寿田（内史，草拟帝制文电者）、薛大可（《亚西亚报》经理，帝制鼓吹者），人称“八大金刚”。
这个八人新名单剔除了北洋系的几个老朋友，又把几个摇笔杆子的文人给加入了进去，更是显得不伦不类。最妙的是，还没有等惩办命令下发，这些人早已得知消息并窜出京门，逃之夭夭去也。唯独前法制局长顾鳌动作慢了一点，结果在乘车出京的时候被抓到，但最后也是不了了之。
惩办帝制祸首是黎元洪和段祺瑞的第一次分歧，也是两人斗法的开始。说句实话，老段是不太看得起黎元洪的。在他的眼里，黎元洪算什么呢？一个弃海上岸的败军之将？一个半路出家的新军将领？要知道，老段乃是陆军科班出身，又曾到德国留学，而黎元洪原本是学习海军的，即便他到日本访学过三次，但日本又怎能和当时世界第一的德国陆军比呢？这日本原本就是从德国那里学来的嘛。
所以，在老段的心目中，全中国就他最懂军事，他最正宗，其他人根本不在话下（别说黎元洪，就算是王士珍、冯国璋又如何？哼哼）。
老段有这个资本啊！武昌起义的时候，黎元洪不过是个小小的协统（旅长），而段祺瑞早在几年前就做过北洋六镇的统制了。当清廷调段祺瑞去镇压武昌起义的时候，正担任江南提督的老段随即被委为湖广总督，那级别比黎元洪高了去了。再说了，当时南北两军交战，北洋军把武昌的革命军打得那个叫落花流水，你黎元洪本是败军之将，虽说时来运转，侥幸坐上了总统之位，但岂敢在我老段面前抖威风？何况在民国后，当时在武昌做副总统的黎元洪还是被老段半请半逼的弄到北京，这就让老段更看不起黎元洪了。
老段出身于一个军人家庭，其祖父段佩早年因镇压捻军有功而官居淮军统领，他与刘铭传、张树声、周盛波、周盛传等人既是同乡，又同隶属于李鸿章的淮军体系之下。段祺瑞于1865年出生于安徽六安县太平集北的段家老宅，其父亲段从文倒是人如其名（兴许是段佩的安排），他未曾征战沙场而是一直耕读在家。段祺瑞5岁的时候，父亲段从文在合肥买下百亩良田，随后举家搬迁，因此段祺瑞又被人称为“段合肥”。
段祺瑞小时候主要受到祖父的影响，他在7岁的时候便被祖父段佩接到自己在宿迁的兵营，由此耳濡目染了军旅生活。尽管祖父给段祺瑞找了私塾让他念书，但小时候的段祺瑞却最喜欢舞刀弄棍，看书也只爱看排兵布阵、奇门遁甲之类的兵书（难怪袁世凯赏识他）。在那段日子里，作为小少爷的段祺瑞过得还是很惬意的。
但是，段祺瑞的好日子在14岁的时候嘎然而止，因为他的祖父段佩在宿迁驻地突然亡故。失去了庇护的小段在军营中无以托身，只得将祖父的灵柩扶送回合肥老家安葬。不久，小段又只身一人步行两千多里，在风尘仆仆数十天后，终于赶到山东威海投奔了堂叔段从德，并在他的手下做了一名小兵。这一年，段祺瑞才16岁。
不幸接踵而至。就在段祺瑞来到威海的第二年，其父段从文在赶到威海看望儿子后，在回家途中被盗贼所害（离家不过三十里地），盘缠掳掠一空，年仅39岁。噩耗传到威海后，段祺瑞请假奔丧而未获得批准。八个月后，段祺瑞的母亲因为哀痛过度，也不幸亡故。一年之内，父母双亡，段祺瑞这次才被批准回家奔丧。
家庭的变故和养家糊口的重担，使得段祺瑞心事重重，愁眉不展。作为普通一兵，段祺瑞是看不到生活的希望的。不过，时来运转的是，李鸿章在1885年创立了天津武备学堂并拟从淮军中招收学员。段祺瑞听说这一消息后喜出望外，他决心要抓住这改变命运的绝好机会，于是立刻报名应征并考试中名列前茅，最终被选入炮兵科学习。
天津武备学堂是中国近代历史上第一所陆军学堂，当时聘请了一些德国军事教官，所学习的军事课程和武器也都是来自德国。在两年的学习期间，段祺瑞学习了天文地理、格致军器、测绘算法、炮台营垒、行军布阵等新式课程，另外也兼修了经史子集等中国传统学问。1887年，段祺瑞以“最优等”的成绩从学堂毕业，成为首批学员中的佼佼者。
毕业后的段祺瑞并没有直接下连队带兵，而是先派到旅顺监修炮台。1888年冬，李鸿章请求朝廷选派军事学员前往德国留学，段祺瑞再次被选中。1889年春，在督学荫昌的带领下（荫昌是满人，之前曾在德国学习军事），段祺瑞随同商德全等五个校友远赴德国深造。
到德国后，段祺瑞等人进入柏林军事学校学习。在其他人已经学成回国后，段祺瑞被指派前往克虏伯兵工厂实习，以熟悉并学习世界最先进火炮的制造和使用技术。直到1890年底，25岁的段祺瑞才返回国内，在进入北洋军械局不久，又调入威海随营学堂充当教习。
可惜的是，当时的清军对这些军校毕业生不甚重视，他们中的大多数人都是被委以教习之类的闲职，而没能进入军营中做带兵官。当时的军界风气，那些行伍出身的旧派军官大都看不起军校毕业生，他们认为这些娃娃兵没有实际作战经验，不能委以重任，即便段祺瑞这样留洋回来的优秀军官，也屡屡遭到这些旧军官的排挤。
直到甲午战争，段祺瑞等人的机会才最终到来。由于湘淮旧军在战争中的拙劣表现，清廷决定按西式兵法编练一支新军，这就是后来袁世凯的“小站练兵”。由于军事人才极度匮乏，袁世凯随后请当时任天津武备学堂总办的荫昌推荐人才，而段祺瑞便成为其中的幸运儿。
袁世凯的新建陆军是一支拥有步兵、骑兵、炮兵、工程兵等多兵种的新式部队，其中炮兵就有近两千人。段祺瑞加入新建陆军后被委任为炮队统带，并得到袁世凯的极大重视。当时段祺瑞带的这支炮队有速射炮、重炮等六十门，战马近五百匹，这也是中国近代历史上第一支正规化的炮兵部队，段祺瑞也可以说的中国第一任炮兵司令（火炮是近代战争之王！）。
在跟随袁世凯编练新军的过程中，段祺瑞不但亲自带兵，而且还陆续担任随营学堂的教习或总办，由此形成的师生关系又派生出自己的势力，这对后来的军阀割据形势产生了重大影响，这是后话（冯国璋也是如此）。
据称，袁世凯对直接掌握兵权的段祺瑞也不甚放心。最开始的时候，段祺瑞是北洋第三镇的统制，等到他把第三镇弄得像模像样的时候，袁世凯便将他改调第四镇担任统制，紧接着又调往第六镇。袁世凯最初的目的，是防止段祺瑞在某个部队中呆的时间过长，以至于培养自己的亲信，但将段祺瑞调来调去的结果却是让北洋六镇中的半数人马成了老段的部下。由此，段祺瑞成为在北洋军中仅次于袁世凯的第一人，也可以称得上是北洋军的副统帅了。
随着袁世凯势力的不断扩大，段祺瑞、王士珍、冯国璋等人也是步步升迁，北洋系在清末政局中已经初现端倪。尽管袁世凯在1908年被摄政王载沣赶回老家，但段祺瑞等人仍旧手握重兵，并与袁世凯暗通来往，这也是袁世凯再度出山的最大本钱。
在武昌起义后，身在前线督战的段祺瑞在袁世凯的授意下发出逼宫的通电，最终促成清帝退位。攫取了政权的袁世凯，当然也没有亏待立下大功的段祺瑞，在内阁成员屡屡更换的情况下，唯独段祺瑞的陆军总长职位巍然不动。民国初年的段祺瑞，对袁世凯也确实是忠心耿耿，言听计从，加上段祺瑞又续娶了袁世凯的义女，两人的关系可谓是十分融洽。
直到后来，袁世凯突然萌生称帝野心，两人关系随之急转直下。段祺瑞因为领衔发出逼宫通电，无论如何也不能接受再出一个皇帝……哪怕是袁世凯也不行。
你想啊，如果是共和体制，等袁世凯死了，段祺瑞也是有机会做总统的，但要是袁世凯搞“家天下”，那就一点机会都没有了；再说了，段祺瑞之前反对帝制，如今又拥护袁世凯称帝，自己算个什么东西？在多次苦谏议之后，段祺瑞见袁世凯已经无法回心转意，只好称病不出，两人关系就此闹僵。
由于多年的恩遇和亲眷关系，段祺瑞并没有公开站出来反对袁世凯称帝，而只是自己躲起来生闷气。直到1916年护国战争爆发后，袁世凯陷入到众叛亲离的境地，只好再次把段祺瑞找出来帮忙。可惜的是，此时的老袁已经去日不多，在临终前，袁世凯将国事托付给段祺瑞，老段也就自命为北洋系的接班人了。
由此，袁世凯闹了半天帝制，死后非但没有被追究责任，反而被待以“国葬”的大礼，这不能不说是段祺瑞的功劳。就算是袁世凯的长子袁克定，这位在闹帝制时与老段形同水火的“太子爷”，也多次向老段致谢并诚心诚意的说：“这事多亏了总理！”
袁世凯的时代结束了，出任国务总理的段祺瑞也就此登上了权力的顶峰，接管了中央政府的全部军政大权。不过有一点，老段是不甚情愿的，那就是非北洋系的黎元洪还是依法接任了大总统。好在这位名义上的国家元首手中并无一兵一卒，他要想和老段及其盘根错节的北洋系相争，恐怕难度大了点。