袁世凯听说唐绍仪挂冠而去后，正要派人前去挽留，这时唐绍仪的辞呈已从天津电报局发来。唐在电报中说，自己“偶感风寒，牵动旧疾，所以赴津调治，请立即开缺，另请人选”。袁世凯见首任内阁即将垮台，脸上也很挂不住，随即便派总统府秘书长梁士诒前去天津劝驾，看事情有无转机。等梁士诒到了天津后，见唐绍仪去意已决，也只得怏怏而回。
唐绍仪的不辞而别，看起来是个偶然事件引起（即王芝祥任命书的副署问题），但实际上却隐含着权力体系构建与现实情况冲突的基础性问题，而这在很大程度上又是因为《临时约法》中不切实际的规定所引发。如果从遵守法律、遵守《临时约法》的角度出发，唐绍仪的辞职是一件值得赞扬的事情，因为他用自己的个人牺牲挽救了法律的尊严，而不至于使责任内阁制陷于袁世凯的淫威之下。但从实际情况来说，唐绍仪当时能做的也只能是辞职，作为跟随袁世凯多年的僚属，他的力量实在是无法与袁世凯抗衡。
如果从功利主义角度出发的话，唐绍仪的辞职显然是不合时宜的，因为民国初建最需要的是大局稳定，而当时唯一具有号召力的莫过于大总统袁世凯，可惜的是，唐绍仪组建的第一任内阁便以这种闹剧收场，这也实在是出人意料又不得人心的。
正因为如此，唐绍仪的辞职引起了参议院中共和党、统一党议员的强烈不满，他们纷纷发表文章责骂唐绍仪是“擅离职守、乘间潜逃”，并声称“同盟会员不宜再担任内阁总理”。面对共和党、统一党人的攻击，同盟会则对唐绍仪进行了辩解和还击，他们认为唐绍仪在这次的事件中完全是受逼而退，真正需要追究的应该是另有其人。
唐绍仪已去，内阁总理不可久悬，袁世凯只得在6月27日批准了唐绍仪的辞职，随后提名外交总长陆征祥为总理人选。最开始的时候，袁世凯并不想让陆征祥来接任总理，而是另有人选。在袁世凯还是直隶总督兼北洋大臣的时候，有两个人在政务上对他的帮助特别大，一个是唐绍仪，另一个是徐世昌，可谓“左膀右臂”。如今“左膀”闹翻了脸，袁世凯当时就想提名徐世昌来接任总理一职。
可惜的是，徐世昌当时对清朝还有感情，他宁可躲在外国的租界中做寓公，也不愿出山；而同盟会的人认为徐世昌是前清老官僚，对共和民主一窍不通，他们对此反应十分激烈，坚决反对提名徐世昌做内阁总理。
在这种情况下，袁世凯在6月29日向临时参议院提名陆征祥担任总理职务。陆征祥是上海人，他早年就读于上海广方言馆（相当于现在的外语学院），后来又进了京师同文馆学习，精通多国语言。陆征祥做过多年的驻外公使，在外交界享有盛誉，对外情也了解至深，而且还娶了个比利时太太（某将军之女）。更重要的是，陆征祥是个超然派，他不属于任何政党势力，因此容易被各方接受。在当天的投票中，临时参议院以74票通过、10票反对的表决结果高票通过了陆征祥出任总理的提案。
在陆征祥被任命为内阁总理后，同盟会本部会议鉴于唐绍仪混合内阁相互倾轧的教训，决定让内阁中的同盟会籍的国务员集体辞职，以免政党之争妨碍将来的施政。同盟会此举，一来可以成全陆征祥组建一个超然内阁，二来也表示同盟会员甘于牺牲，决不贪恋权位。但当蔡元培、宋教仁、王正廷等人派出代表向袁世凯提请辞职时，袁总统却故作挽留，以示包容。原来，袁世凯并不懂什么政党内阁、超然内阁，不过希望延揽天下英才为我所用，如果大家都辞职，反是拆他的墙脚，显得他没有威信。因此，袁世凯挽留的态度还是很诚恳的，他还不想这么快就与同盟会决裂。
但同盟会对此却不以为然，他们认为陆征祥内阁也就是个过渡内阁，因为过段时间后参议院需要重新选举（由临时参议院变成正式国会），届时由胜出的政党进行组阁，内阁中全是一党，岂不更方便？当时同盟会中持这种想法的人不少，宋教仁便是其中最坚决的。
为了表示辞职的决心，蔡元培等人写信给新任内阁总理陆征祥，称同盟会国务员在7月14日后不再到部办公，同盟会员也不再参加新的内阁。在同盟会员去意已决的情况下，袁世凯于7月14日签署命令批准了蔡元培等人的辞职，同一天被免职的还有交通总长施肇基（交通总长原是唐绍仪兼任，后由唐绍仪的亲戚施肇基出任，这次自然是与唐绍仪同进退）及财政总长熊希龄，而工商总长陈其美一直没有上任，自然也被免职。当然，内务总长赵秉钧、陆军总长段祺瑞及其海军总长刘冠雄这三人却仍旧巍然不动。
至于新总理陆征祥，他开始并不是袁世凯的最佳人选，只是因为徐世昌不肯出山也不能通过，这才被袁世凯推到了前台。陆征祥常年在国外办外交，外交是把好手，但他对于内政却是一窍不通，因此他对组阁也缺乏信心，好在袁总统答应帮他物色新的内阁总长人选，陆征祥这才答应出任总理职务。
尽管同盟会声明不再参加新内阁，但袁世凯不知是真的爱才如命还是故意挑拨同盟会内部的关系，他非得提名同盟会员孙毓筠、胡瑛及沈秉堃为教育、农林、工商三部总长。孙毓筠、胡瑛及沈秉堃三人均为老同盟会员，孙毓筠担任过安徽都督，胡瑛担任过烟台都督，沈秉堃则担任过广西都督。不过，他们到北京就任参议员后，政治表现稳健，与袁世凯相处甚恰，因而得到提名。
对此，同盟会方面非常生气，宋教仁指责袁世凯这是在“逼奸”，并要求袁世凯尊重别党决议。袁世凯自然不知道什么别党不别党，他只管搞他的人才内阁。后来，因为共和党对胡瑛有异议，因而袁世凯用王人文替换了胡瑛，最后提出的新内阁成员名单如下：
财政总长周自齐、交通总长胡惟德、司法总长章宗祥、农林总长王人文、工商总长沈秉坤、教育总长孙毓筠。
7月18日，陆征祥前往临时参议院发表施政演说，同时也提请参议院批准新的内阁人选。由于陆征祥常年在外国办理外务，之前又是高票通过，很多参议员都很想一睹其风采，因此对他的演说极其期待。
等陆征祥翩然进入参议院后，众参议员们都拍着巴掌表示欢迎，会场气氛很是热烈。可惜的是，陆总理擅长外语却不擅国语（大概是工作关系），加上又是个说着吴侬软语的上海人，而且说话声音太轻，很多议员都听不太清。等到大家竖起耳朵要倾听期待已久的一番宏论时，陆总理却尽说些鸡毛蒜皮的小事，真真是应了“盛名之下、其实难副”的那句古谚，让众议员好生扫兴。
你猜陆总理说些什么？他说的不是什么国家大政方针，也不是什么激动人心的计划战略，而是说了一番轱辘话，淡得如白开水一般：“兄弟我第一次来贵院，十分之荣幸。鄙人二十年来一直在外国，二十年间，第一次回国仅三个月；第二次回国还是在前年，呆了有十一个月。回来之后，和外界交往也少，鄙人又不愿吃花酒，不愿恭维官场，亲戚也抱怨我不肯引用己人，不肯借钱，因而在交际场中颇为冷淡。如今以一个不愿吃花酒、不愿恭维官场、不肯引用己人、不肯借钱的人来办一番大事业，鄙人实在是诚惶诚恐。如今有了国务总理，断不可无国务员，若国务员没有才干，单靠着一个总理，也断断不能成事。譬如人家过生日，也须先开列菜单，挑选可口的菜蔬，何况是重大的国务员呢。”
陆征祥的演讲内容大大出乎议员们的意料之外，他们本以为新总理会有一番高论，帮助新政府渡过当前的危机，不料却是一番极其琐碎的发言。听到这里，众议员面面相觑，非但没有一点掌声，反而在台下私自议论起来，弄得台上的陆总理极为尴尬，也无意继续演说下去，只得将新提名的国务议员名单交给议长，自己却提前告退——也没人送他。
等到陆征祥走后，众议员不免抱怨起来，说：“民国初立，本希望来个有才干的总理方能兴利除弊，要是这一位来做总理的话，恐怕没有什么指望了。”在这种情绪之下，等到议长公布新内阁人选名单，议员们一股脑儿全投了反对票，六位候选人无一通过。
在听说新人选全被否决后，陆征祥干脆躲进医院装病，并以“无组织内阁之能力”提出辞职，连兼任的外交总长一职也要一并辞掉（不肯留恋官位，倒也值得尊敬）。袁世凯得知后颇为诧异：这些议员们前几天还高票通过了陆征祥的总理提名，今天却又将提名的内阁新成员给全部否决，这变化也未免太快了吧！
要说起来，中国人过惯了太平日子，突然搞起了民主，没有经验情有可原，乱搞一气也实属正常。就说那些年轻气盛的参议员吧，这些人的年龄大都是三四十岁，他们大都是按照西方的教科书来行使权力，却无意中造成了立法权和行政权的冲突，而中国的传统是没有立法权的。
作为一个新诞生的共和国家，在传统的皇权缺位的情况下，不为人知的立法权导致新内阁的难产，这使得当时的局势更为扑朔迷离，也更加的不稳定。因此，当临时参议院否决新内阁人选的消息传出后，一些党派团体和舆论都纷纷发表看法，批评临时参议院不顾实情，过于意气用事，导致了这场政治危机。
但话说回来，参议员们其实也没有错，他们中的大多数人并非是出于私心，而是希望能够组建一个合格、健全、有力的政府内阁，如果他们苟且迁就，到时成立一个无能之政府，亡国丧邦，又如何对全体国民交代呢？当然，也有很多人认为，在当时局势混乱的情况下，有政府胜于无政府，这次的组阁风波应该由临时参议院完全负责。
如果是在西方国家，内阁难产这种政治危机也算不得什么大事，但中国当时是初试民主，又是共和新立，危机才显得极为敏感而迫切。作为大总统的袁世凯，自然要对此事件负责，而受到舆论压力的临时参议院也主动派出代表到总统府与袁世凯协商解决办法。这倒是个好现象，那些参议员们虽然很年轻，但毕竟是很诚恳并且真心想把国家建设好的。
袁世凯混迹官场三十余年，多年修炼的权术已经是炉火纯青，他一方面要维护大总统的威信，另一方面又要使得临时参议院就范，这就不得不使用软硬结合的手段了。7月21日，袁世凯在总统府宴请全体参议员，以加强双方的沟通。当天虽然下着瓢泼大雨，但参加宴会的参议员仍旧达到60多人（接近临时参议院人数的三分之二），而袁世凯表现也很谦恭，他一早就到各个休息室同参议员们握手寒暄，彼此闲谈，形象极为亲和。
晚上六点半，众参议员来到宴会大厅后，袁世凯便首先发表了一通演说，无外乎是当前的内政外交、金融财政，却比陆征祥说得入情入理、娓娓动听（何不让袁世凯兼任内阁总理算了），听得众议员也是频频点头。
袁世凯演说完毕，参议院副议长汤化龙代表全体参议员发言，表示参议院愿意诚心诚意的扶助大总统稳定局势，建设国家。袁世凯随后又对众议员鞠躬表示感谢，并希望大家不要忘记今天说过的话。众议员也集体鞠躬回礼，现场气氛极为融洽。
与场内的和谐气氛形成鲜明对比的是，北京的军警界高级军官却在场外召开大会，到会人士个个义愤填膺，正义凛然的斥责参议员们毫无政治责任感，置国家于无政府状态，并声称再这么“无政府”下去，他们就要“被迫”出来维持局面。会后，军警代表们又炮制出一份攻击临时参议院的电文，遍发黎元洪副总统、各省都督、各军队、各党派团体及其各家报馆，他们甚至气势汹汹的威胁说：“由于临时参议院阻扰新政府的成立，导致外国借款的谈判无法进行；如果再不发军饷，届时军队哗变，可别怪我们不客气！”
自从上次北京兵变以来，军队干政已经是第二次，后来更是发展成常态，成为民国难以医治的痼疾（是谁打开了潘多拉盒子？是袁世凯还是北洋将领，抑或是起义新军？）。在这些军人的挑动下，各省都督、议会和报馆也纷纷指责临时参议院，声讨的电文雪花般飘来，堆起来足足有一尺多高。
在舆论的斥骂下，临时参议员们反倒成了过街老鼠，落到人人喊打的地步。最过分的是，北京甚至出现匿名的传单，悬赏十万大洋取议长吴景濂等人的狗命；更有署名为“健公十人团”的某团体给临时参议院送了103份信（参议员人人有份），警告参议员们要是再胡搞的话，届时给每个人奉送十枚炸弹，好生享用。
对于北京军警的恶劣行径，南京民军的主要将领则在第一军军长柏文蔚的领衔下，向袁世凯提出了强烈的抗议，并要求社会各界特别是军人尊重国家的立法机关。柏文蔚等人指出，一旦军队构成压迫议会的先例，民国未来的政治必将后患无穷（这倒是明智之言）。
袁世凯接到这份抗议电报后见好就收，随后便通电军界各级军官，禁止他们再发出如此无聊的传单，并命令内务部和陆军部对此事进行调查（结果当然是口头警告，不了了之）。在舆论有利的情况下，袁世凯迅速提出第二份内阁人选的新名单，如下：
财政总长周学熙、司法总长许世英、教育总长范源濂、农林总长陈振先、交通总长朱启钤、工商总长蒋作宾。
袁世凯这次提出的名单，除了蒋作宾为同盟会员外，其他均是袁世凯的夹袋中人。由于同盟会已经决议不参加新的内阁，蒋作宾随后便表示不能出任，请求请选贤能。事实上，袁世凯并非是不知道同盟会的决议，但他仍旧坚持提名蒋作宾为工商总长的人选，似乎要以此打击同盟会的政党内阁政策并提升自己的威信。
7月25日，临时参议院再次开会讨论内阁新人选，总理陆征祥没有出席这天的会议，而是委派了陆军总长段祺瑞前来说明提名理由。段祺瑞倒是没有废话，但他一身戎装，雄赳赳、气昂昂的走进会场，让参议员们感到十分的不自在。在段祺瑞说完离场后，参议员们也陷入了矛盾：要是迫于军警和舆论压力屈服的话，议会将丧失存在的价值；可要是继续坚持给陆征祥内阁投反对票的话，可能会继续受到威胁。在现实和理想信念之间，参议员们也实在是左右为难。
经商议后，临时参议院决定以新人选需要“资格审核”为名推迟投票，并希望袁世凯发布禁止军人干政的公告，以表示参议院并非在压力下进行国事讨论。对于参议员们的心思，袁世凯自然是心知肚明，当晚他就安排了一个军警界与各党派参议员的茶话会，让各方相互交流，彼此沟通，以促成明日的投票。不仅如此，在投票的当天上午，袁世凯又公开发布禁止军人干政的电报，算是给参议员们留足了面子。
随后的投票过程自然就波澜不惊了，除了工商总长蒋作宾因为票数不足而未能通过外，其他五位总长均顺利过关。蒋作宾的被否决，一来是同盟会参议员按照其政党决议所为，二来也是临时参议院挽回面子之举——他们毕竟没有完全屈服于袁世凯和外界的压力。
在蒋作宾被否决后，袁世凯随后又提名同盟会员刘揆一为工商总长人选，似乎不打开同盟会的缺口决不善罢甘休。最后，袁世凯的努力得到了回报，刘揆一决定接受这个职务并声明退出同盟会，袁世凯这一次终于又笑到了最后。
至此，组阁危机在袁世凯的运作和各方的妥协下宣告化解，陆征祥内阁在名义上得以成立。之所以说“名义上成立”，因为总理陆征祥考虑到自己已不被参议院所信任，于是他干脆称病不出，也不到部处理政务。在这种情况下，袁世凯只好让内务总长赵秉钧暂时代理总理职务。