从低调悲观开始，却以高调乐观结束，1939年蒋介石的内心画出的是这样一条略有波动的上升曲线。
1938年底，广州、武汉的失守，长沙大火及国民党副总裁汪精卫离开重庆出走越南河内，给人们的心理留下了深深的阴影。正面作战的中国野战军战斗力严重损耗，只是这种损耗远不如1937年底那般严重。就战争的大局而言，中国抗战已经出现了转好的迹象。
第一是苏联的支持仍然很坚定，不仅有武器、作战志愿人员的输送，而且还派来了许多军事顾问。
第二是共产党的军队开始在敌后扎下了根，致使日军深感占领区的“治安”大成问题，这就使日军继续向前进攻有了后顾之忧。共产党军队的壮大对国民党开始是喜，稍后是忧喜参半。但从1939年开始，随着八路军逸出山西向整个华北平原展开，蒋介石等的感受已经是忧大于喜了。国、共两党合作中的隐患，两年以后通过皖南事变而为全世界所知晓。
第三是在顶住日军长时间的进攻以后，对日军的恐惧减少。所以从南岳会议开始，蒋介石就认为中国军队已开始进入了转守为攻的时期。国民政府军事委员会判断，国际形势对中国日趋有利，“各友邦援助物资益见积极，而英、美、法对倭之联合制裁则更日见具体化”。因而军事委员会先后指示各战区抽调部分兵力发动1939年的夏季攻势和秋季攻势。这种有限度的主动出击的战略指导是武汉弃守前未曾见过的。在这方面，毛泽东比蒋介石冷静得多，在《论持久战》中，毛泽东已经明白无误地预见到武汉失守以后，战争将进入漫长而艰苦的相持阶段。
攻占广州、武汉以后，日军失去了方向感，它也得考虑苏联等国的军力。兵力不足、供应线过长是它的软肋。尽管日军还可以用重拳挥击中国残破的军队，但权衡利弊，它决定还是稳妥地打持久战了。它先巩固占领地，同时在武汉留下一支精锐的野战军不断进攻正面战场上的中国军队，实行反消耗作战。而决定打持久战就已经落入了中国的步调。
于是，抗日战争的战略防御阶段结束，相持阶段开始，战争双方的战线相对稳定，战事已经从平原作战转变为山地丘陵地带作战。
日本战略的调整，给了重庆方面喘息的机会。国民政府军事统帅部在南岳、西安等地召开军事会议，在会议上提出游击战重于正规战、政治重于军事、敌后方重于前方、训练重于作战等。国民政府决定将全国三分之一兵力配置于游击区域，还在敌后设立了苏鲁与冀察两个战区，司令长官分别是鹿钟麟与于学忠，大批部队重新进入敌后作战。
蒋介石在沦陷区与战区均将共产党军队、地方军队及非嫡系部队配置于前方，一方面借以削弱日军战斗力，一方面则保持效忠于他的嫡系部队对共产党军队、地方军队及非嫡系部队的实力优势。
其后，国民政府统帅部同时抓紧整训部队，培育新的有生力量，将正面战场上的部队化成小单位行动，不断发动有限攻势。从春季攻势开始，经历夏季、秋季攻势，而达到冬季攻势的高潮。
这一年，共产党的方针是明确的，就是继续向华北和华中渗透和发展，“东进”是这一年的主旋律。第一一五师在罗荣桓的带领下挺进山东，八路军已经成功地从荒凉的内陆踏上了富庶的沿海土地。经过1938、1939年两年的快速布点做眼，中共敌后武装在中国北部的根基已经奠定，而在华中地区也建立起了基础。
1938年11月，日本近卫首相发表第二次近卫声明，宣布以日、“满”、华三国合作建立“东亚新秩序”，公开表明不再尊重列强在华权益。日本全面侵华渐渐引起英美等国的不安。1938年12月，美国宣布给中国2500万美元的信贷借款。随后，英国也对华提供550万英镑的援助，这些援助对中国的抗战来说虽然只是杯水车薪，但鼓舞了中国民众抗战的信心，表明中国以顽强的战斗逐渐赢得了美、英等国的尊重与支持。
1939年6月，日本正式封锁天津英国租界，搜查所有进出租界的人员，侮辱英国男女侨民，干扰他们的商业活动。英国政府对日本的挑衅感到愤怒，但面对强大的对手，却可耻地采用了以牺牲中国为代价的对日绥靖政策，7月间与日本签订了《有田一克莱琪协定》，承认日本侵略中国的合法性，要求英国在华人员不要做任何有损于日本军队的行动。中国舆论将这个协定称为另一个慕尼黑协定，受到国、共两党的共同抨击。
1939年秋，第一次长沙会战以日军撤退回原防而告终。蒋介石及统帅部的幕僚们为此而滋生了一种乐观情绪，以为日军已丧失了实施大规模进攻的能力。中国第二期军队整训工作则大体完成，部队实力得到恢复和增强。还有一个重要因素支撑了这种乐观情绪，因为第二次世界大战已经爆发，1939年9月1日，德国进攻波兰，挑起了第二次世界大战。3日，波兰的盟国英国与法国正式对德国宣战，欧洲陷于全面战争状态。反法西斯阵营与法西斯阵营之间已是界限分明，中国的抗战已与欧洲的战事连接起来，因此，中国应乘此绝好机会组织大规模的反攻，“企图夺回重要据点，树立最后胜利之根基”。但是煞费苦心组织的冬季攻势有声势而少实质性的战绩，这次规模很大的进攻战役反而暴露了国民政府军队的固有缺点：缺乏战略战术配合，各处进攻力量分散，成效有限。虽然有昆仑关大捷，但紧跟着就发生宾阳的惨败。当发现延伸到1940年初的冬季攻势效果不彰以后，蒋介石对他的军队进攻能力已经无法再抱有幻想。这也是1940年以后，正面战场开始变得有些沉寂的重要原因。
不过，值得一提的是，中国的经济在1939年运行良好，因为战争和日军的封锁，一直在中国倾销的外国商品无法进入，这难得的机会大大刺激了后方的工业生产，手工业更是大行其道。这年的粮食也是个丰收年，平稳的经济和物价有力地支撑了战争。