清初，黄河泛滥决堤十分频繁。顺治年间大的决口达十五次，康熙元年至十六年，黄河大的决口竟达六十七次之多，农民处在水深火热之中，被迫背井离乡，流离失所，被洪水淹死者更是不计其数。虽然清朝在一定程度上做了补救，但是效果不佳。康熙时，清朝处于政治的平稳期，朝廷开始把目光投向治水问题上，准备花大精力、物资、人力把黄河问题彻底解决。康熙自继位后，就把平三藩、治黄河作为两大必做之事，扫平三藩后，治理黄河马上就成了康熙首要面对的问题。他决定派个有能力的人去治水，经过筛选，康熙认为礼部尚书靳辅是最为合适的人选。
靳辅接到皇上的任命后，刚开始心中是一阵惊慌，对于这个任务，朝中百官无人敢接。前任河道总督就是因为治水没有成效，被罢了官，差点被砍了头。水火无情，想治住它岂是这么容易的。随后，他又觉得自己太过于担心了，前任河道总督之所以治水没有成效，大部分原因在于他没有完全投入到治水中去，可以说没有把深受其害的老百姓放在心中，这样的官能治好水患么？想到这里，他心里便坦然了，对于皇上的任命甚至有些感激，为百姓做事情不正是自己当官时的座右铭么？
康熙十六年三月，康熙任命靳辅为河道总督，离京城到宿迁河工署就任。途经邯郸时，靳辅结交了一个名叫陈潢的人，两人一见如故。靳辅见陈潢谈吐不凡，马上就觉得遇到了一个有才之人，便说道：“不瞒你说，我是奉了圣上之命去宿迁河工署担任河道总督之职，如不嫌弃请随我一同到宿迁去治水。”
陈潢很高兴，立刻接受了靳辅的邀请。到了宿迁，靳辅没有停歇，直接到了黄河患处进行考察。因为刚下过一场大雨，先前河道总督派人修建的拦坝已经摇摇欲坠，随时都有可能出现决口。看来自己刚一接手，就遇上难题了。靳辅和陈潢在河堤上站了一会儿，才回到住处。
两人经过研究，最后得出的结论是先从调查、考察开始。为了掌握情况，他们用了两个多月的时间，沿着河干上下行了千里，对河患区进行了实地考察。他们认真听取各方面的意见，广泛求教当地的农民、工匠、役夫，只要是对治河有帮助的意见，靳辅便把它记在本子上。经过这一趟长途跋涉，他们的收获不小。回来后，又对历代治河经验进行了一番研究，终于从中找出一个治河方案来。
靳辅决定采用明代治河官潘季驯的治河理论，在它的基础上增添了新的举措，弥补了其中的不足之处。河堤要筑起来，加速水的流动，以水攻沙，将沙子冲到海域。这只是实施中的一个方法，为了避免加速水流后堤坝的牢固性被破坏，靳辅又准备在河的两边二里的地方修筑第二堤。两人商量了一晚上，最后把方法统一起来，提出了一个将河道、运道视为一体，进行综合治理的方案，写了一份奏书《经理河工八疏》呈现给康熙。康熙随即表示同意靳辅的治河方案，并且强调说道：“朝中有不少大臣反对方案，但朕相信你的方案。朕实在找不出方案的一丝缺陷来，我希望爱卿能够以身作则，按照方案上的部署一步一步来。朕拨银二百五十万两，限期三年内完成。”
方案得到通过，这对靳辅来说无疑是一件好事。但是时间实在是过于紧迫，三年之内能完成这么大的工程么？陈潢说道：“我还真有些担心，这三年时间能完成这浩大的工程么？咱们虽然有了计划，但计划也需要时间去实施。我感觉三年时间不充裕，咱们还是提前做好心理准备吧。”
陈潢的话确实让靳辅心中起了一层波澜，想想自己以前的生活，就不必这样担心，难道自己走错了么？农民们正处在水深火热之中，可能自己努努力，他们就能平安地生活下去，一家老小在一个桌子上吃饭。皇上既然肯把这么重要的任务交给自己，就是对自己的充分信任。想到这里，他突然觉得自己走得并没有错，相反先前那些担心倒显得多余了。
有了这样的信念，靳辅开始把所有精力放在治河上来。他们和河工们同吃同住，甚至跟河工们一起劳动，身临一线的指挥，效率果真很高。河工们大多是当地的老百姓，看到靳辅这样一个大官也和自己一样奋斗在治河现场，心中很感动，出的劲也更足了。夏季河道附近的蚊子很多，晚上睡帐篷的人们几乎都是在拍蚊子的声音中睡着的。有一次，靳辅背了一天的土，晚上倒在帐篷里就睡着了，陈潢有事找他，掀开帘子一看，不禁脸色大变。他看见靳辅露出的腿上，密密麻麻趴着上百只花腿蚊子。陈潢急忙把蚊子赶跑了，喊醒了靳辅，问道：“大人，你不觉得难受么？”
靳辅一时没听明白陈潢说得“难受”是什么意思，便问道：“‘难受’什么？”
陈潢用手指了指他的腿，说道：“我刚进来的时候，你腿上趴了上百只蚊子，在吸食你的血，你就不觉得难受么？”
靳辅这才注意到自己的腿，大疙瘩一个紧挨着一个，奇痒难忍。“下次如果看到，就别喊醒我，睡着了没感觉。你这么一喊，我今晚怕是睡不成了，明天还怎么工作？”靳辅说道。
陈潢笑着回答道：“我要是不喊你，就这花腿蚊子叮一晚上，两个大人恐怕都不够蚊子咬的。”
靳辅工作在堤坝上，考察在河堤上，和农民们在一起时，他很热忱，也很虚心，只要有道理，靳辅就会虚心接受。他和自己部下谈论一些事情时也是一样。靳辅和陈潢谈话时，两人有共同点就一拍即合，如果出现分歧马上争个面红耳赤，但这并不影响两人之间的关系，也不影响眼下要做的事。
三年期限很快就到了，工程大部分完成，但是导黄河入海工程在三年期限内没有完成。康熙二十年，后补布政使崔维雅奏《河防刍议》和《两河治略》，对靳辅所主持的治河工程采取了一概否定的态度，并提出了二十四个问题质问靳辅。
这二十四个问题，让靳辅心中憋了一肚子气。这算什么问题？与农民攀谈就是不务正业，玩忽职守了？靳辅心中觉得好笑。他答辩道：“臣自认为自己已经尽力了，如问题上所说，我和农民交谈是为了了解治水之法，和玩忽职守无法扯在一起，上述问题多数是硬塞进去的。”
康熙皱眉说道：“那么限期没有完工该如何解释？”
靳辅说道：“前任河道总督把水治得比不治还要严重，臣在调整过程中也需要时间，其次是部署计划方案需要时间，后者动工实施就更需要时间了，如此浩大的工程如果想没有纰漏地把它做好，三年时间是远远不够的。如果臣把治水作为搪塞来做的话，两年时间就够了，如让民安，就必须谨慎地把它做好，这样臣才对得起自己的良心，对得起皇上对臣的信任，对得起天下的所有百姓。”
康熙被靳辅的话给打动了，他仔细推敲其意，没有一句话不站在“理”字上。于是，他站起来说道：“听爱卿刚才一言，朕心中也是感慨万千。朕便再给你时间，如今三年未见黄河大的决口，可见爱卿治水也有实效，放手去做吧，朕支持你做下去。”
靳辅领命返回宿迁。
康熙二十三年到二十七年，靳辅主持的治河工程已由下游转向中游，此地是洪涝的多发区，靳辅在此下了很大工夫。他修筑了很多减水坝，河身狭窄的地方是堤坝承受水势压力最大的地方。为了减少该处堤坝的压力，靳辅就在该处开渠引水，调节水量，然后再把引出来的水引到河面较宽的正河道，从而避免了水急冲垮堤坝的危险。
治水如火如荼地进行着，而在清朝统治集团中，关于如何治理黄河突然产生了分歧意见。以于成龙为首的一些大臣，主张另一种治河方案；而此时靳辅治水正在关键时期，他和陈潢等人坚持自己的做法。双方各执己见，争论不休。康熙便想了一个折中的办法，任命靳辅督理黄河堤岸，任命于成龙管理下河事务。这样一来，靳辅所做的工程就让给了于成龙。但是治河的分歧并没有因此而告终，相反愈演愈烈，最后演变成统治集团内部的政治矛盾和斗争，很快靳辅成了这场斗争的牺牲品。
康熙二十七年三月，康熙把靳辅革职，将陈潢入狱。后来康熙南巡时，眼见黄河堤岸修筑坚固，又闻听江南等不少地方的农民都在称赞前任总督堤岸治水如何有能耐。康熙便觉后悔，当初自己不该听信谗言，革了靳辅的职，实在是鲁莽之举。
康熙三十一年，他重新任命靳辅为河道总督，但靳辅在当年就在任所里逝世了。在靳辅去世以后的三十年里，靳辅的续任者于成龙等人基本上还是遵守了靳辅的治河方针。
自此之后，黄河之水在近三十年的时间内没有出现过一次重大的决口事件，这和康熙的用人有关，但更主要的还是靳辅的努力。他的实事求是的做事态度、事必躬亲的原则，使得他在治理黄河水上取得了很大的成就。他的这种态度不光使他掌握了第一手资料，从而为制定出合理有效的治理方案奠定了基础，而且在方案实施的过程中，也正是由于自己亲临工地跟河工一起吃住的精神感动了周围的百姓。大家齐心协力，使得合理的方案得到了很好的实施。为官者能有这样的精神和态度，于古于今都不失为一位受人敬重的好官。如果不是由于各种政治上的因素导致靳辅革职下狱的话，他还能取得更大的成就。