元朝灭亡后，整个蒙古族势力逐渐衰竭，蒙古内部之间经常发生争夺吞并战。康熙九年，噶尔丹从西藏赶回当时蒙古势力最强的噶尔部，打着为同母异父的哥哥僧格报仇的旗号，跟其他部族大战，得胜后成为噶尔部的首领。在成为噶尔部的首领后，噶尔丹的政治野心逐渐暴露出来，开始朝着统一蒙古，再逐步向中原推进而行动。清政府多次警告，并派兵进行镇压，都没有结果，相反更助长了噶尔丹的野心。他知道清朝是他实现计划的最大障碍，为了与清朝对抗，他投靠了沙皇俄国。康熙二十九年，噶尔丹率兵侵入科尔沁草原等地进行抢掠，直接威胁到清朝对内蒙古的统治。康熙闻讯后马上调兵遣将，亲自率领大军亲征噶尔丹，大败噶尔丹军，但噶尔丹却逃脱了。
噶尔丹在大败后，开始对清朝很是帖服，他恳求清朝给予经济上的援助，愿意归属清朝。康熙信了噶尔丹的话，随即赠送银钱千两救济噶尔部众。但是噶尔丹出尔反尔，收到清朝的拨银后马上改变了立场，既不准备投降，也不甘心失败。康熙三十一年，他上书清廷，索要内蒙古等地区。康熙大怒，决定再次率兵亲征噶尔丹。对于这次的作战部署，康熙有了新的安排。他想到，噶尔丹本性阴险狡诈，跟他用谈判招降的法子肯定行不通，只有一举将其部全部歼灭，才能稳住当前的局势。于是，他决定兵分三路，征剿噶尔丹。
康熙三十五年五月初，清军中路和西路大军在克鲁伦河会合，东路军队也快到了。康熙很高兴，马上写了一封信派人送往噶尔丹部，信中说道：“如今朕已经派三路大军亲征到克鲁伦河的土喇，为了避免生灵涂炭，减少不必要的伤亡，朕再劝你一次，如果还执迷不悟，要坚持下去，就别怪朕出兵剿灭尔等。”
噶尔丹根本就没料到清军会派兵过来，更没想到康熙会亲征。当接到康熙派人送来的信后，不禁大惊失色。慌忙之际，他马上给康熙回了一封信，说先前自己所犯的罪过真是不容宽恕，如今接到皇上的信，愿意接受投降，归附清朝……这其实是噶尔丹的一个缓兵之计，他趁着康熙等待消息的时间，暗中传令所部丢弃帐篷等物资逃跑。
噶尔丹这时在心里盘算，清军这次的阵势不容小视，自己跑得再快再急，最后也会被追上，得想个办法。这时有副将告诉噶尔丹：“咱们走得太仓促，有一半粮草全都丢弃在营中了。不过，目前咱们的粮草还能坚持些时日，到沙俄应该没问题。”
这话让噶尔丹心里生出了一个主意，他并没有告诉副将要去沙俄，副将怎么会认定自己要去呢？事实或许证明自己除了投靠沙俄，似乎已经没有别的办法了，清军应该也会这样想吧。我偏不去沙俄，把兵力朝西行，然后迂回向南，让清军扑个空。
这时三路大军已经会合，康熙看着噶尔丹的回信，心中不禁疑云丛生。噶尔丹怎么会这么轻易地就投降了，实在是有些离谱，不像他的作风。待又派人过去核实才发现，噶尔丹已经率部众悄悄逃跑了。自噶尔丹假意投降过一次后，康熙在心里就已不再轻信他了，噶尔丹的阴险狡诈程度超出一般人的想象。康熙觉得噶尔丹这次逃跑不是单纯意义上的逃跑，如果把三路大军集中起来追剿的话，很有可能会扑个空。噶尔丹既然跑，自然有他的跑法，他不会一直沿着路线朝北跑。康熙想起了曾经看过的一本书，书中所讲，有个偷盗的人被官兵追赶，偷盗的人跑到一个岔路口的时候，突然心生一计，把袖子扯下来一截挂在了一条道旁的树枝上，自己却跑向了另一条道。官兵追到岔路口上后，发现挂在树枝上的布条，就认为盗贼肯定是沿着这条道跑了，便追了过去。把这个故事结合到如今的战事上，恐怕再适合不过了，噶尔丹不会沿着路线朝北撤，那么就剩下东西两个方向了，东面是高不可攀的群山，他肯定不会走那条路，那么就有可能走西线，然后迂回绕到自己的身后去。想到这里，康熙心里立刻闪出了一个计谋，他决定让其中一路兵力绕行到西线堵截噶尔丹部众，自己率两路兵力在沿着路线向北追。
一千名轻骑在小道上疾驰，马蹄踏起的泥泞，如同下了一场泥雨一般，“淅淅刷刷”配合着马蹄声朝小路前方滚去。
“噶尔丹这家伙真不能跟他来好的，这家伙是个硬骨头，心眼却狡诈得厉害。”将军萨布素狠狠地说道。
康熙摇头说道：“看来这场战争是避免不了了。噶尔丹心实在是太高了，高得离谱，朕这次就要灭灭他的心高，让他彻底尝尝失败的滋味。”
萨布素说道：“皇上说得对，噶尔丹这次确实不能再放过了。”
轻骑连奔了五日，眼看就要捕到噶尔丹的“影子”，却因粮草不足被迫停了下来。康熙随即改变了作战方针，由先锋军、满洲火器营兵及亲随护军组成一支精锐队伍，由内大臣马思喀率领，每人带足二十日口粮急速追赶，后续部队紧跟其后。
五月三十日，负责绕行堵截噶尔丹的费扬古率西路大军行到昭莫多时，派去前方的探哨兵快马加鞭地跑回来报告说道：“前方发现噶尔丹部队。”
这句话让费扬古心中激动了好一阵，噶尔丹原本以为清军会咬着尾巴从后面追，趁机想迂回过来，跑到清军的后面。这是多么狡诈的计谋啊，但是被皇上给算准了，真是天助我大清要灭噶尔丹。
费扬古想到，以自己目前的兵力跟噶尔丹相拼胜算不大，打胜了还行，打败了或者打个相当都会打草惊蛇，把先前的部署完全打乱。想到这里，费扬古心中忽生一计，他派出一队先锋人马引诱噶尔丹军向东撤，这样正好和皇上派去的精锐部队顶上头。等他们打起来的时候，自己再率重兵过去，皇上应该很快就会到，到时候全军集中，肯定能把噶尔丹军队剿灭。
百十来名精骑朝噶尔丹部冲去。
噶尔丹刚甩下一把冷汗，心想，清军这次肯定中计了。谁知身后突然听到一阵杂乱的马蹄声，接着百十来名骑兵冲杀了过来。噶尔丹身子一震，命令部队做好应战准备。他认为或许精骑背后还有大部队，可是等了好半天，也没见精骑身后出现一个兵影子。噶尔丹放下心来，命令道：“这是满军的散兵，给我杀！”
霎时间，噶尔丹部的骑兵迎了过来，步兵手持弓箭紧跟在后面。清军的骑兵目的本来就不是来战的，打了几个照面，清军骑兵佯装败退，朝东撤去。如果按原路撤，噶尔丹肯定会怀疑，费扬古可算是摸透噶尔丹的心了。果然噶尔丹命令道：“追，务必把逃跑的清兵给我拿下，杀一个、抓一个都有大赏。”
一个逃，一个追，双方的距离保持均衡。渐渐地，清军骑兵的马力快透支了，速度慢了下来。噶尔丹大喜，催促士兵抓住这个机会，一举把清军这股小分队给灭了。
突然在清军骑兵的前方出现了一队人马，正是康熙派来追剿的那支精锐。清军骑兵几乎全都喘了口粗气，随即把马头掉转过来。这下轮到噶尔丹瞪眼了，清军骑兵这是要干什么？是因为自己跑不动了，做最后的挣扎么？这个想法在他心里只一闪，就随着清军骑兵身后的大队人马破灭了。
“中计了，撤兵！”他喊道。
他哪里知道，就在他身后，费扬古已经悄悄率兵追了上来，噶尔丹才撤了不到半里，就和费古扬的部队碰头了。两军开始厮杀，清军的精锐部队在这时也赶了上来，顿时把噶尔丹的所有出路给封死了。噶尔丹最终都没明白自己是怎么成为清军的笼中鸟的，他带兵奋力厮杀。由于没有做好充足的准备，噶尔丹的士兵多数还处在迷茫状态，就看着左一路清军、右一路清军变戏法似的冒了出来，才拉开弓弩，身上就已中了数箭。
终于噶尔丹冒死冲出一道豁口，率领残余部队朝特勒尔济山口奔逃。清军所有兵力此时已经全部会合在一块儿了，康熙策马奔了过来，喊道：“战况如何？”
费古扬说道：“噶尔丹部众大败，歼敌三千余人，其余的朝特勒尔济山口逃跑了。”
康熙顿时皱眉说道：“怎么又跑了？追，不能让噶尔丹再跑了。”他命令道。
清军乘胜追击三十余里地，直追到特勒尔济山口，又生擒了数百人，并缴获牛羊、帐篷、器械上千。不过，噶尔丹还是带着数名部下跑了。康熙闻讯大喜，决定班师回京，命令费古扬驻守在科图，招降噶尔丹残部，如果招降不成就地剿灭，再也不能留下祸根了。
噶尔丹虽然侥幸逃脱了，但势力却不能和先前相比较了。噶尔丹西逃后，沿途又集结了部下五千多人，再次征讨内蒙古。费古扬追着噶尔丹打，噶尔丹一直都停不下来进行军务整顿和作战部署，噶尔丹被逼上了绝路，不少部下投靠了清军。康熙三十六年，噶尔丹得病死去。噶尔丹的侄儿丹济拉等携带噶尔丹的尸体以及噶尔丹的女儿钟齐海，率领三百部众投降清朝。至此，康熙根除噶尔丹集团的目的已经完全达到，驻守清军在五月十六日凯旋。