明军在抚顺等多处战败后，明廷更为焦急，他们没有想到努尔哈赤率领的满军竟然一连攻取了这么多城，阵亡的将士更是不计其数，长久下去将会受到更大的威胁。于是明廷下了狠心，急忙向辽东调兵遣将，但是辽东现在的兵力已经捉襟见肘，无法再分兵支援了。正在明廷为这事焦头烂额的时候，努尔哈赤却提出跟明朝言和，并保证说马上退兵回赫图阿拉，而实际上加紧内部训练，寻找战机。
清河，位于四山之中，东有鸦鹘关（今辽宁新宾西南三道关）屏障，为建州进入辽东腹地的战略要冲。明经略杨镐出关前曾吩咐邹储贤道：“如果满军来袭，一定要利用清河的复杂地形，寻找一个利于防守战斗的好区域为作战基地。”随后，他又吩咐道：“光靠地形也不行，我命令你在四个月的时间内在有利地形修筑战事堡垒，以做迎敌之用，千万不要把兵力集中在城中，束手待毙！”
在随后的几天内，邹储贤汇集了城中所有将士和人民，在清河城附近修筑了军用工事，工事中设有火炮、枪、铅子、铁蛋、滚木等。决定等满军兵到时，设伏实施阻击。
万历四十六年七月二十日，努尔哈赤率领兵将出赫图阿拉，向清河进发，当天就围困了鸦鹘关。邹储贤得到满兵入了清河的消息，心中大骇，急忙调集了兵力回到了清河城。放弃了刚修筑好的工事。他认为在任何地方打，不管设伏还是围攻都对自己不利，唯有回到城中才能攻守兼备，才能与满军抗衡下去。而他这样的做法，却正好违背了杨镐先前给他的守城计划。
二十一日，努尔哈赤冲破鸦鹘关，来到了清河城外，发起进攻。
城上守军顽强抵抗，连放火炮、滚木和石头。先前攻过去的满军顿时被打得七零八落，努尔哈赤下令退兵。
努尔哈赤在鸦鹘关附近扎营，这时已到深夜，天上的星辰如点点星火般忽闪忽亮。而在此时努尔哈赤看来，却显得异常诡异。他在营外走了一圈，心中升起了一丝疑惑，为什么明军不在此设伏呢？同时心里也产生了一丝侥幸。他找了一块石头坐在上面，思索清河城到底该怎么破，关键是怎么把城门给破了，只要把城门破了，大军冲进城内，明军必定大败。
“大汗今天怎么这么有雅兴，跑到这里来欣赏星辰来了？”来人是李永芳，努尔哈赤把自己的一个孙女许配给了他。
努尔哈赤叹了口气，说道：“每到此时我心里就有一股气憋在心里，想释放也释放不了，难受啊。”
李永芳笑着说道：“大汗这是心病，只要心病解了，那股气也就溜出去了。”
“你有什么法子么？”努尔哈赤突然问道。
李永芳说道：“我在明朝也曾为官，对清河守城将邹储贤有些了解。这个人不善用兵，只凭自己的好恶去做事，在朝时得罪过不少人。”
努尔哈赤一愣说道：“你跟我说这些有什么用。”
李永芳笑着说道：“大汗还是没听明白，邹储贤这个人很独断，不管大事、小事都要自己拿主意。有探子回报说，杨镐曾经提供给他一个计谋，他却没用，率领所有士兵又退守到清河城了。这样一来，对我们来说是极其有利的。”
“能讲得明白些么？”努尔哈赤还是有些不解。
李永芳说道：“两兵交战，必有伤亡。自从撤兵回来，我心里就冒出一个计谋来。强攻清河城肯定行不通，但是我们可以采取另一种方法，就是挖城墙其中的一角，从城下通城内，但是这样做，就必须要牺牲一部分士兵来做掩护，转移敌军的注意力。我可在恰当的时机站出来，劝降邹储贤。行的话，我们则就避免了这一战；不行的话，我们就只好用那个法子了。”
努尔哈赤沉默了片刻，突然说道：“此计甚妙，劝降邹储贤我觉得有点不可能，不过可以试试。刚才听你说挖城墙其中的一角倒是一个非常好的办法，兵分两路，一路正面和明军交锋，转移明军的注意力，另一路悄悄绕到城墙的一角挖隧道。等明军反应过来的时候，我们的士兵已经通过隧道进入城中了。”
次日，努尔哈赤率领大军来到清河城外叫阵。守城见昨日败下阵的满军又来挑衅，便大骂道：“手下败将，还有脸面再回来！依我看，你们还是留下一条命，解散各自回家吧。”
听说满军又来攻城，邹储贤立刻惊叫道：“给我守住，拼命给我杀，千万别让他们冲进城来。”
邹储贤来到城上朝下一看，密密麻麻地站满了满军，心里一时有些慌乱。这时李永芳从满军的人群里挤了出来，仰面朝城上喊道：“城上站着的可是邹储贤，邹将军？”
邹储贤一时没有寻到喊自己名字的人，便回应道：“是谁在喊本官？”
李永芳又上前了几步说道：“你我曾经在朝中为官数载，倒把我给忘了不成？”
邹储贤看清了李永芳，脸色骤然变了，骂道：“你这个叛国的家伙，不找个地方结束你的残生，跑这里来干什么？”
李永芳说道：“一同为官的时候，朝政腐败到了何等地步，你也不是不知道，如今有了能安定苍生的新主人，我为什么还要愚忠即将灭亡掉的朝廷呢？我今天来见你，是想劝你悔改，不要把一身的才智谋略用在没用的地方。如果你现在投降，也可以像我一样，既能享尽荣华富贵，亦能施展本事造福于民，何乐而不为呢？”
“呸！你说这话，竟都不脸红。”邹储贤气得满脸通红，抓起一支箭朝李永芳射了过去。幸好李永芳身上穿了特质的盔甲，才没有受伤。
这其实是李永芳设下的声东击西的策略，城中全军这会儿早已都聚集到城前，严密防守。而努尔哈赤就在他们谈话的当儿，派了一支身强力壮的精兵绕到了城后。他们有的用铁铲，有的用镐朝城墙角猛挖，用了大约两个时辰的时间，城墙终于被挖通了。而这时，城门前的战斗刚刚开始。
努尔哈赤放了一声号炮，满兵们便纷纷开始朝城后转移。城上指挥作战的邹储贤大为不解，还以为满军又要撤兵。正在诧异间，一个士兵满脸惊恐地跑过来喊道：“将军不好了！城后被满军挖出一条通道来，大批满军已经冲进城来了。”
邹储贤身子顿时一歪，差点倒了。他回头对士兵说道：“赶快……赶快……把兵力转移到城后，千万不要让满军杀进来。”
城前守城的士兵调走了大半，只留下一小部分。满军见守军大都撤离了城前，心里估计时机已经差不多了，就冒着箭雨火弹，每人手里夹着战死杀场的士兵尸体，堆积到城跟前，摞起了几排“人梯”，满军踏着“人梯”登上了城。守城士兵见状，纷纷逃跑，跑得慢的大都被满军乱刀砍死。
努尔哈赤命令所有士兵大喊，只要投降，绝对不杀。但是明军却没一个投降的，仿佛被灌了迷魂汤一般，只要有口气，就想杀下去。
清河城顿时一片混乱，哭喊叫杀的声音盖过兵器的撞击声。明军已经无法抵抗满军的强大攻势，明军士兵伤的伤、逃的逃、投降的投降。邹储贤见势，心知再战下去自己连抽身的机会都没有了，便带领一部分残兵想冲出城去。眼看就要冲出城门，却被一名满军士兵用箭射下马，被随后奔逃的明军士兵踩死了。自此，清河一战，满军得胜，守城明军大败。
攻坚战自古以来就是一件让人头疼的事情，进攻的一方大都要付出沉重的代价，更何况这次的城墙上还有杀伤力极大的火炮。一向攻无不克的满军初次攻城失利也完全在情理之中。既然此路不通，那就要换一种方法来想问题。李永芳能够想出挖地道的方法来不失一种减少伤亡的办法。所谓作战计谋，有时并非需要心思周密地计划，才能实施。就像清河之战挖隧道之法，坚固的城墙下其实是松软的泥土，在明军看来他们的失败很突然，而对满军来说得胜其实在挖通隧道一刻起就已经掌控在自己手中了。