努尔哈赤率领满军攻取了抚顺、清河后，于万历四十七年正月，又亲自率领大军征讨叶赫，拿下了大小屯寨二十多个。叶赫一向最得明廷的支持，便马上把消息给报了上去。明廷原来听说抚顺、清河沦陷，已经派兵部左侍郎杨镐为辽东经略，起用了山海关总兵杜松和大将李如柏等大举讨伐努尔哈赤。如今又接到叶赫的来报，便按捺不住，催促杨镐等进兵，并又调取了福建、浙江、陕西、四川、甘肃等省兵力，齐集在辽阳，期望以重兵把努尔哈赤消灭在赫图阿拉，挽回曾经败亡的耻辱。
杨镐住在沈阳，命令众将分四路进攻：左翼北路，总兵马林，自开原出靖安堡攻其北；左翼中路，总兵杜松，出抚顺攻其西；右翼中路，总兵李如柏，从清河、鸦鹘关攻其南；右翼南路，总兵刘铤，从宽甸出凉马佃攻其东南。四路军兵八万八千余人（号称47万）长驱直进，气势不可抵挡。其中总兵杜松是个十分轻敌的人，他不听文臣劝谏，打起仗来靠的是一身的莽夫之勇。他带了三万人马，出抚顺关，把大营驻扎在萨尔浒山上，自己则率领一万人去攻打界藩山。
界藩山上，早有后金骑兵四百、筑城夫役一万五千人等候。两军在吉林崖交战，明军四面围攻，却没有得手。努尔哈赤亲自率领的大军这时直奔杜松一路明军而来。
努尔哈赤在得知明军分四路进击时，立即采用了李永芳“凭你一路来，我只一路去”的建议，将八旗兵的全部主力六万余人集中到了杜松一支明军的方向。
努尔哈赤到了界藩山东，把部队停了下来。他朝山上看了看，界藩山守军和明军的拼杀声听得很清晰。他回头对代善和皇太极说道：“明军现在正在和我界藩山守军战斗，你二人带领一万五千兵力前去支援，争取在最短的时间内把明军全部消灭掉。”
代善和皇太极二人领了军命，率领部队冲入了界藩山。
努尔哈赤马上又率领剩下的四万五千余人，浩浩荡荡地朝萨尔浒大营冲去。
杜松带走的是一部分善于拼杀的精兵，而此时留守在萨尔浒的明军全靠枪、炮等火器防御，大将也都跟着杜松去攻打界藩山了，只剩下监军张铨和一些偏将和末将。
天色已近傍晚，大片的乌云从天边涌了过来，昏暗得几乎咫尺的距离都看不见。张铨慌忙召集所有士兵聚集在一起，命令他们点着火炬守山迎战来敌。努尔哈赤心中大喜，命令所有士兵悄悄前进，借着柳林躲避火器，直逼明军。可怜那些手里拿着火炬、守着枪炮的明军，还没反应过来，就被满军突袭剿灭。这一战打得很快，拿下了萨尔浒山的大营。
努尔哈赤没有停歇，迅速又合兵返回吉林崖援助。
杜松在吉林崖山腰与后金骑兵、夫役打得正激烈，渡过浑河上山来杀的代善和皇太极也赶了过来，冲到杜松的后方，形成了夹击趋势。杜松大惊失色，看到自己完全被困在山腰上，前后都有满军，左右则是山崖和山壁，却没有一条空着的道路撤兵了，不禁悲从心起。
“萨尔浒已经被攻破了，你们还是投降吧！”这时山下突然有人大喊。喊声过后，努尔哈赤带领六旗大军杀气腾腾地冲了过来。
接到大营的败报，又见满军三股力量全都聚合过来，明军士兵不禁锐气大挫。杜松一把撤下了战甲，光着膀子朝身后的将士们大喊道：“给我杀出去！”结果还没走出多远，就被代善手下的一员将领一箭射在了脖子上，当场身亡。杜松和王宣、赵梦麟等将官全部阵亡，剩下的部卒更是横尸遍野，血流成河。只有为数不多的明军逃出了包围圈，狂奔了二十里，到舒钦山时天色已黑，才止住脚步。
解决了明军左翼中路的第二天，努尔哈赤立即向开原马林一路发起进攻。马林见杜松大败，急忙转攻为守，形成了一个“牛头阵”。马林亲自率军驻扎在崖边，依靠着山结成了一个方阵，又命令士兵连挖了三层战壕，壕外排列骑兵，骑兵外围又布下枪炮，壕内则布列精兵；副将潘宗颜在飞芬山扎营，杜松后部龚念遂在斡珲鄂结营，两营相距数里，呈犄角形。马林爱好诗文，擅长吟诗作对，但在战场拼杀运用战计上却很平庸。他自以为“牛头阵”既能互相救援，又能以战车和战壕阻截满军骑兵的攻势，以炮铳和火箭制伏满军的弓箭。但是他消极防御，兵力分散，鼎足成阵，形成了被动挨打的局面，给努尔哈赤提供了可乘之机。
尽管努尔哈赤有多于敌军三倍的兵力，却没有分兵围攻明军的三个营，而是集中兵力，先砍了“牛头阵”的一个犄角，即龚念遂的营地。参将龚念遂和率领精兵的步骑，在枪炮的掩护下，进行严密防守。努尔哈赤攻打龚念遂营，也没有四面包围，而是亲自率领一千精骑，朝着防守最为薄弱的一面猛冲，攻打进去，推倒战车，突破了一个缺口。八旗兵像洪水一般从缺口涌进龚念遂营，骑兵一字地向前冲，踩着死人和活人，冲突、砍削、狂奔、蹂躏。龚念遂营大败。努尔哈赤在斡珲鄂得胜之后，急忙掉转兵力前往尚间崖。
尚间崖的马林营防守严密，努尔哈赤决定以占据山的优势，朝敌军下面冲。当他看见马林营内与壕外兵力会合，马上命令道：“停止进攻上山，所有骑兵下马应敌。”他派遣两名贝勒率兵开始冲进马林营。明军见满兵来袭，开始发鸟枪、放巨炮，但是他们的武器还没怎么施展下去，满军已到，明军顿时阵脚大乱。两军开始用短兵肉搏，骑兵倒了一大片。满军受伤的也不在少数，满将扬古力手臂上受了伤，他撕下衣服把伤口裹住，随即率领一百余兵力向马林处攻去。正在激战中的马林惊恐万分，慌忙带了兵马先行撤退。
马林把大部分兵力撤走后，副将麻延立即被满军杀死，少数逃跑，剩余的全军覆没。
努尔哈赤在攻下马林营后，随即又马不停蹄地率军朝飞芬山潘宗颜营进发。
飞芬山潘宗颜据山扎营，在阵前排列了很多战车作为防御用，配合火器、督军在内部坚守。努尔哈赤吩咐八旗兵力，命令一半重甲兵力持刀枪在前，轻甲兵和弓箭兵尾随在后面；然后又命令另一半兵力包围飞芬山，让步兵冒死向前猛冲。
潘宗颜大呼道：“全军给我壮起胆子迎战！我们居高临下，善于发放火器，战胜满军不难！”冲上来的满军果真死伤无数，但是后者依然是勇猛异常，朝山上猛冲。潘宗颜眼看支持不住，八旗大军几乎都压了过来。两军混战、周旋、厮杀、肉搏，炮兵迎步兵、铁骑冲炮兵；战场上蜿蜒动荡，血肉横飞。马林的另一支犄角也被砍了下来，潘宗颜营终于溃败。
这时叶赫率领兵力前来支援，闻听明军被打败的消息后，又纷纷赶回营地。
其实在此之前，有人劝杨镐说，马林是个莽夫，从不听取文臣的建议，希望明军能够换别的将领当此重任。杨镐不听，结果马林终于兵败。
努尔哈赤打败抚顺路杜松军和开原路马林军后，马上又接到了侦察兵带来消息，明军总兵刘铤由宽甸已经进发到董鄂路，总兵李如柏也由清河进入到虎拦路。努尔哈赤先安排了下一步的预战措施，然后命令一支军队向南部进发，防御清河路李如柏的军队。他亲自率领主力部队朝东进发，在明军必经之路上设伏，等待刘铤军到来。
刘铤是明朝中与杜松齐名的勇将，受命之后，刚出宽甸，天气突然大变，士兵们被风刮得睁不开眼睛，山谷虽然不远，看起来却是遥遥不可及，士兵的装备武器都很不完善，没有大炮火枪等重型武器，又因为地形不熟悉，遇到粮草不济的问题，所以三天之后才到浑河，浑河距离毛牛寨还有六十里。而这时候刘铤根本还不知道杜松和马林部战败的消息。在这段行军中，他们遭遇了不少小股满军。刘铤在攻克了十余座城寨后“军势大振”，但是他们没有想到却中了努尔哈赤的诱兵之计。
努尔哈赤对自己大军说道：“和刘铤明战，我们占不了便宜，所以我决定，派出一支精兵，将刘铤等军引诱到拉阿河、加哈和河分水岭处的老道沟岭，这个地形有利于设伏。只要刘铤大军一踏入这片领域，就会陷入我们的埋伏之中。”
刘铤大军一直追击撤退的满军到阿布达里冈，这里地形复杂，易于设防。刘铤大军刚一到，就陷入了努尔哈赤设在阿布达里冈的埋伏当中。
努尔哈赤将一部分兵力埋伏在阿布达里冈的山间丛林里，另一部分兵力潜伏在冈的南谷。刘铤杀得正起劲，努尔哈赤的兵力在明军的尾部开始进攻；代善率领四部骑兵，在冈的峡口前面的旷野进行正面突袭；又派了投降的汉人装备成杜松军卒的模样，劝刘铤投降。
努尔哈赤用刚缴获的杜松军中的大炮，点燃“传报”。此时刘铤正在阿布达里冈的进途中，忽然听见了几声震天的炮响，以为西路的杜松军士已经到了。刘铤这人有些急功近利，怕杜松得了头功，急忙又催促军队火速进军。
由于阿布达里冈一带峰峦重叠，路程艰难行进，马不能列，兵不成伍，刘铤随后命令说道：“不要蜂拥朝前挤在一块儿，分成一列。”
刘铤的部队刚进发到阿布达里冈的半道上，隐蔽在山顶上的、丛林中的、溪谷下的满军伏兵四起，将刘铤部队拦腰折断，齐集兵力攻击明军的尾部。这时，皇太极也率领一支火枪兵冲向山上，那阵势犹如洪水泛滥一般，朝明军猛冲过来。
满军里应外合，山谷布满伏兵，刘铤奋力战了数十回合，终于力竭败亡。
阿布达里冈的刘铤军失败之后，代善等移师富察，进击监军康应乾统领的刘铤余部。
在后金与明朝决定雌雄的萨尔浒之战中，以金军的胜利和明军的溃败而告结束。这次战役，明军损失重大，文武将吏死亡三百一十余员，军丁死亡四万五千八百七十余人，阵失马、骡、驼共两万八千六百余匹。明军在萨尔浒之战中所以失败，固然有政治腐败、军事废弛、将帅不和、指挥失算的原因，但是最主要的还是努尔哈赤战争策略的运用。面对四面合围的敌军，他没有分兵四处截击，而是集中优势兵力各个击破，就像李永芳所说的“凭你几路来，我只一路去”。