12年6月6日，北京举行国务会议，内政总长高凌霨首先发言，高说：“总统近来对于政务，有的不经国务会议直接处理，有的则以命令方式，直接交院办理。例如制宪经费、崇文门监督任免案、任命张拱宸为军警督察长案，都是总统独断独行，这实在是违反责任内阁精神，侵越内阁职权，我个人认为，总统既然对于我辈阁员不信任，我辈只好退避贤路。”高的话讲完，交通总长吴毓麟、司法总长程克、财政总长张英华都异口同声地赞成内阁提出总辞。
总理张绍曾还没有来得及开口，高凌霨又说：“如果总理不愿意辞职，我们阁员也可以联名辞职。”吴毓麟并且大骂黎元洪不已。张绍曾这时只好很勉强地说：“要辞职还是大家一块辞职好了。”拥黎的政学系阁员农商总长李根源、教育总长彭允彝都没有发言。高凌霨乃把津、保派事先拟好的辞呈电搞拿了出来，请大家签名，这个通电全文如下：
“呈为辅弼失职，责任不明，请予罢斥事。窃于二十四日财政部收到税务处公文一件，内开借拨海关重建房屋一案，奉大总统批：出使经费月拨十三万元，国会制宪经费月拨十七万元。其修建江海关经费，即照数匀拨，财政部查照知行等因，佥以制宪为国家根本大业，本应宽筹经费，以促观成，出使经费，亦关重要，惟依法定手续，须先经由国务会议通过，方生效力，历次陈明，未蒙谅许。乃于六月二日又接府秘书厅函交由府派哈汉章往京师军警督察处复呈一件，奉手谕交院照办各等因。是日又经议决调薛笃弼为崇文门税务监督，拟具命令，副署送府，时经三日，复未蒙盖印发下。伏查民国《约法》采取责任内阁制度，故于第四十五条明定，凡大总统发布命令，须经国务员副署。又查政府组织令，国务由国务会议行之。又查《国务会议规则》第一条所列国务会议事项，第三项预算外之支出，第七项简任官之进退各等语。是借拨关款，及简任税务监督各案之必须经由国务会议议决办理，具有明文。今大总统事先出以独断，事后不纳劻勷，凡劳鼎座之分忧，实出阁员之失职。绍曾等既不蒙信任，惟有仰恳钧座立予罢斥，以明责任而重法制，不胜屏营待命之至。”
张绍曾内阁辞职通电发出后，吴敏麟和程克并劝张离开北京，以免遭遇困扰，其实拥曹派怕张又变卦恋栈，张允考虑，吴早已备妥了专车，请张立即出京，张绍曾遂于辞职当晚，偕国务院秘书长张廷谔专车赴天津。
12年6月7日，黎元洪就内阁总辞呈中指摘之点，通电辩解：
“元洪不德，负我元僚，致有总辞职之举。制宪经费，列为主因。当时国会议决，议长请求，适财长阙员，元洪曾遍约阁员，下及财次，公同筹议，始转商税司，缓筑海关，批明用途，乃获约定。不虞今日，复有后言。元洪赞助制宪，心在救国，纵责过失，犹胜阻挠，此可请邦人共鉴者也！使馆断炊，下旗归国，此何等事，而忍漠然！尔时座中讨论，变无异词；军警督察，直接元首，项城设官，躬预其议。卫戍既立，何妨裁省，阁员反对，业予新除。崇文税差，阁员力主易人，比经许诺，第以陶立并无大过，可授别官，执意不从，亦允盖印，乃电促再三，迄不送府，今犹在院，可复按也。凡斯薄物细故，既非要政，决无成心，宁承劻勷，不垂嘉纳！元洪与内长同寅推毂屡矣，张揆诸人，半托旧契，缟纻之交，砚席之好，欢若平生。特府院之间，情同骨肉，维持调护，终始不移，垂拱观成，未尝掣肘。纵复责为失检，亦仅此数端，偶摅意见，初非拘束，旋复听从，曾谓久要，而难原谅。一统未成，百废未举，阁员肯明责任，固所祷祝以求者。节关密迩，枢府偕行，中流失舵，不知所届。元洪纵不足惜，如国家何？阁员明达，宁忍恝然，已派刘次长治洲、金次长永炎赴津谢过，分劝就职，期于得请，知念特闻！”
黎同时发表通电，宣示借拨经费实情，有云：
“国会再断，《约法》荡然，混沌纠纷，久沦为无法之国。元洪痛父老身家，靡所保障，隐忍复职，冀见宪法之成。窃虑议之非难，行之维艰。督军不废，虽成犹阻，干喉焦唇，庶几悔祸，诚信未格，事与愿违，恐一旦去职，成立尚不可睹，瞻言前路，心胆俱碎，苟可促进，惟力是视。元洪忧患余生，急于求去，宪法期成不过两月，制宪以外，绝无所求，耿耿此心，可质天日。宪法果成，国之福也，众之功也，元洪何与！如其不成，宁复有国，涕泣盼望，实式图之。”
刘治洲和金永炎到天津后，见到了张绍曾，转达黎元洪诚恳挽留的意思，张绍曾满腹心事说：“这次政潮，蕴酿很久，其中原因复杂，大家都很明白，我个人能力有限，业难消弭。现在我既已辞职，当然没有复回之理，总统虽挽留我，我无法克服两个‘高’字，奈何奈何！”张绍曾所说的两个高字，一个是高凌霨，一个就是“总统问题”。
张绍曾内阁总辞职的当天，北京军警代表在旃檀寺陆军检阅使署举行会议，与会代表很愤激，大家都说：“总统有钱养活议员、政客，而我们拼命、流血、卫国、卫民的军人反而几个月不发薪水，害得我们穷得连饭都没得吃，我们非和他算帐不可。”
12年6月7日，北京驻军第九、第十一、第十三等师和步军统领、毅军、警察厅等单位代表，共500余人，身穿制服，腰佩军刀，到公府要求总统发给欠薪。黎元洪勉强在居仁堂接见他们，一肚子的冤气，狠狠地扫了他们一眼，厉声说：“你们见我做什么？是不是要逼我退位？要我走我就走。”请愿的军官们回答说：“不敢，只是因为现在没有内阁，我们找不到财政总长和国务总理，只好请求总统作主。”黎见军警官佐们态度尚称恭顺，乃答应于十天后（端节前二天）筹发军饷，军警官佐们乃退出。
8日，拥曹派雇用流氓，自称公民团，在天安门前高搭讲台，集合数百人，宣称有1万人，举行国民大会，由一个姓叶的上台发表演说，他说：“内阁总辞职，中央陷于无政府状态，主要原因是由于黎总统而起。黎总统复位，本无法律根据，现在还弄出政潮，破坏法纪，吾人为救国计，不得不请黎氏速行觉悟，即日退位，以让贤路。我们大家爱国不后人，应请同抒卓见，拯治危亡。”叶某说完，复有登台演讲者多人。接着叶某就把在天津印好的电报稿宣读一通，然后草草收场。这个“国民大会”是津、保派的智囊边守靖于7日由天津到北京组织起来的。这就是当年袁世凯、段祺瑞组织“公民团”伪造民意的再版。
北京城内外，充满了大风暴降临的气氛，政学系的李根源携行李细软搬到了府学胡同黎寓来，和总统府秘书长饶汉祥誓与黎总统同生共死。
9日上午6时，北京警察宣布罢岗。陆军检阅使冯玉祥、京畿卫戍总司令王怀庆联名分函国会和外交团，宣称他们愿尽力保护国会和外国侨民，负责维持京师治安。这一天，不少便衣警察和保安队在轮流巡逻市区。外交团召集临时会议，讨论应付当前北京紧急局势，有人主张组织一个国际委员会，协助北京政府“整理”财政，可是没有取得一致的同意。最后只通过了一项决议，就是推派外交团的领袖、葡萄牙驻华公使符礼德到东厂胡同去慰问这位孤家寡人的黎元洪。
9日，葡驻华公使符礼德代表北京外交团前往探问黎元洪，黎以一国元首身份在外国使节面前，除了说些感谢之话而外，简直不好说什么。符礼德把冯玉祥、王怀庆的联名信拿给黎看，其中有句“此系政治作用”的话。符礼德对黎表示，在外国发生了这种情况，通常就叫做政变。所以外交团愿意尽力维护黎总统的安全。
事态当然是很严重，9日这一天新华门和东厂胡同原来驻守的卫戍部队均告撤走，黎见此情况，也只好枯守东厂胡同，不好去总统府。中午黎宅对外电话也有好几处不通，显然受到监视。天安门前所谓的“国民大会”继续举行。
外交团用正式的公函通知北京外交部，对于军警罢岗表示关切，因此为了外侨安全起见，拟派洋兵巡街，这一来才让拥曹派慌了手脚，当晚7时，警察遂自动复岗。
这一天，冯玉祥、王怀庆向黎表示，可以推举颜惠庆组织内阁，并将政权交与这个内阁。黎表示组阁人选可以考虑颜惠庆，可是政权问题应由国会解决。王家襄、王正廷劝黎再向国会提出解释总统任期案，以便安全下台，饶汉祥拒绝起草这个咨文。晚间黎宅又有会议，根据冯、王意见请颜组阁，颜也参加了这个会议，表示愿跳火坑，可是当他在散会后退下来找高凌霨、吴毓麟没有找得到，便又推辞不组阁。同一天，吴佩孚的代表李倬章来到天津，代表吴表示态度，他说是吴子玉要他郑重地声明，一切活动要在轨道以内行之，不要一时冲动，让“老帅”（指曹锟）赢得千秋的骂名。吴自己决不参加这次政潮云云。
10日午饭后，又有中级军官300余人到东厂胡同黎宅索饷，由侍从武官长荫昌代为接见，荫昌说：“总统不是不关心各位的欠饷，现在正忙于组织内阁，在内阁没有产生前，军警饷项自然都无从发放。”军警代表则坚持以节关日近，非即日发放不可。纠缠到下午3时才散走。接着“公民团”在天安门前聚集千余人，还有所谓“市民请愿团”、“国民大会”代表等，手持“改造时局”、“府院勾结种种失政”、“财政无办法”、“市民饿、总统肥”、“总统不管市民”、“总统退位”等纸旗向黎邸进发，沿途散发传单，均是攻击黎的词句。到了黎宅，请见总统，黎自然不肯接见，请愿“市民”便在黎宅门外摇旗呐喊，鼓噪喧哗，黎叫人去找步军统领聂宪藩、京师警察总监薛之珩派军警来维持秩序，都置之不理，包围者到了午夜才散去。这晚黎宅电话被军警派人监视，不许接传，自来水亦被堵塞。
黎元洪坐困东厂胡同，形同囚禁，外有“恶民”包围，军警索饷，内则众叛亲离，水电断绝。黎在极端险恶情势下，迫不得已，乃急电曹锟、吴佩孚求援，电词哀恳，同时并将该电转致各省，电云：
“连日留张不获，请人组阁，皆畏不敢就。罢岗开会，全城鼎沸，谣言纷起，皆谓有政治作用。本日复有军警中下级官数百人，无故闯入住宅，借名索饷，此岂元首责任所在？又有公民请愿团、国民大会，约近千人，续来围宅。元洪依法而来，今日可依法即去，六十老人，生死不计，尚何留恋！军警等如此行为，是否必陷元洪于违法之地？两公畿辅长官，当难坐视，盼即明示！”
11日，黎元洪在私邸召集留在北京的名流举行会议，出席的有颜惠庆、顾维钧、孙宝琦、王正廷、吴景濂、王家襄、汤漪等。大家心情都很沉重，空气也很窒息。黎在席间表示，不能再蹈民国6年的覆辙，自己一走了事。自己下台没有问题，可是决不做徐世昌第二。他说：“我是依法而来，今天要走也要依法而去，不能糊里糊涂的被人赶走。”
北京的空气紧张而萧条，6月10日11日这两天，满城风雨，草木皆兵，达官贵人纷纷搬到天津，简直好像北京又是大难临头的样子。12日又有军警代表、“公民团”代表更番到黎宅示威挑战，黎的亲信、总统府秘书长饶汉祥也认为非走不可了，只是政学系的两位阁员还主张战斗到底。中午王怀庆和冯玉祥送来联名辞呈，黎还下令加以慰留，并派张怀芝退还呈文，他们都拒而不受。接着第十一、十二两师中下级军官宣布全体辞职。
黎元洪困处东厂胡同，他求援无路，于是再发一通电报给曹锟和吴佩孚，电云：
“叠电计达，本日又有军警官佐多人麇集门外，复雇流氓走卒数百人，手执驱黎退位等纸旗，围守住宅，王、冯两使联名辞职，慰留不获，元洪何难一去以谢国人，第念职权为法律所容，不容轻弃，两公畿辅长官，保定尤近在咫尺，坐视不语，恐百啄无以自解，应如何处置，仍盼示。”
12日下午3时，黎宅举行最后一次高阶层会议，决定在大势无可挽救的情势下，发表七道命令：
（一）准许张绍曾辞职；
（二）派李根源兼署国务总理；
（三）除李根源外，全体阁员准其辞职；
（四）任命金永炎为陆军总长；
（五）裁撤全国巡阅使、巡阅副使、督军、督理。全国军队均交陆军部直接管辖；
（六）声讨制造政变者；
（七）宣布自民国十四年元旦起，裁撤全国厘金。
这七道命令可以说是自说自话。对于挽救实际的政潮，丝毫没有裨益。
对黎元洪来说，政学系的李根源在这次患难局势中，始终追随，情谊甚笃。李根源是云南腾冲人，日本士官毕业，和唐继尧、赵恒惕等同期，他长了一脸大麻子，大家都呼之为李大麻子。他在政治上不是个成功人物，可是却是一位著名的风云人物。
6月13日上午，张怀芝来见黎元洪报告，据说冯玉祥向他说：“总统不应该指军警索饷为别有用心。本军欠饷达十一个月，而总统还要把持崇文门的税收，不放本军全体官兵一条生路，我们当然干不下去，只好辞职了。总统挽留我们而不解决欠饷问题，我们留下来如何对官兵交待？请向总统要求，于十二小时内发给三百万元欠饷，否则本军自由行动，本人不能负责。”
张怀芝对局势也很悲观，他认为冯玉祥、王怀庆等的态度已很明显，丝毫没有磋商的余地。
张走后，黎元洪叫秘书刘远驹来，把先一天的七道命令交印铸局发表，由于没有空白命令纸，除李根源副署外，黎在命令上签了个名。同时咨请国会撤销辞职，文云：
“本大总统去年复职之始，曾补行公文，向贵院声明辞职在案。现在国难方殷，万难卸责，特向贵院声明，将去年辞职公文撤销，即希查照。”
另有函致国会和外交团，函云：
“本大总统认为在京不能行使职权，定本日移津，特闻。”
黎还有通电宣布离京去津经过，声明本人自去年复职以来，唯一目的在于完成宪法，决无延长任期和竞选总统的用心，而此次个人自由受到侵犯，不能行使职权，有云：“曹巡阅使迫在咫尺，迭电不应，人言啧啧，岂为无因……万不得已，只得将政府移往天津，所望邦人君子，鉴谅苦衷，主持正义，俾毁法夺位之徒，绝迹吾国。……”
各项手续办理完竣，已经是下午1点20分了。黎又害怕在军警监视下不能逃出北京，便由金永炎托词到天津去迎接张绍曾回京复职，出面向路局要了一辆专车；自己则托词出席众议院提出辞职，即在美籍顾问福开森、辛博森的掩护下，偕同新任陆军总长金永炎，侍卫武官唐仲寅，秘书韩玉辰、熊少禄等十余人及卫队40余名驰赴车站，匆匆开车径趋天津。黎动身前，将大总统印信大小15颗交给他的如夫人，至东交民巷法国医院居住。
黎出京后，国务院秘书长张廷锷（直卿）马上到国务院来，找总统印信没有找到，便打长途电话，请王承斌就近促请黎把印信交出，以免北京陷于无政府状态；并请在天津的张绍曾马上上火车回北京复职国务总理，以便摄行总统职权。张绍曾于当日下午上了火车，可是甫上车就接到曹锟电报，阻止他回京，他又十分沮丧地下了火车。
黎离京的当天，6月13日下午4时，冯玉祥、王怀庆、聂宪藩、薛之珩等在京畿卫戍总司令部召开紧急会议，议决根据黎的挽留命令宣布复职，负责维持北京治安。
在保定装聋作哑的曹锟，也致电北京军警长官，令其保护国会及各国侨民，俨然已是北京城的主宰者。
在天津的直隶省长王承斌，接到北京来的长途电话，要他搜查黎元洪携走的总统印信，他乃偕同警务处长杨以德，率领大批军警乘车赶到杨村来阻劫黎的专车。这时黎的专车已先到，刚好碰上王承斌登车，杨以德则率军警监守车门。王承斌气势汹汹地走到黎的坐位前，傲然向黎说：“总统既已出京，印信还有何用处？为什么要携来天津。”黎答说印信仍在北京，并未随身携带。王即目露凶光说：“分明带了出京，为何不说老实话。”黎也忿然说：“你有何资格问我印信，我决不会把印信交给你们，看你们怎样？”王冷笑说：“总统既然不交出印信，只好请你回京了。”黎气得说不出话来，大家就僵在一块。
下午4时半，黎的专车抵达天津新火车站，黎的天津寓邸靠迫老火车站，所以他命令把专车开去老站；王承斌却命令他所带来的军警通知火车站把车头卸下来，让火车开不动，同时请黎下车到曹家花园或省长公署去休息。黎气昏了，老毛病又发作，像个泥菩萨一样，不理不睬。王承斌这时竟先下车回省长公署，车站内外有1000多名全付武装的军警围困，如临大敌，如捕江洋大盗。黎的公子黎绍基赶来新站探视乃父，竟被军警阻止。这些军人把总统当成俘虏，当成犯人，真是可恶之至。
黎困在专车上，气极了，同外界联络完全断绝，乃派美国顾问辛博森下车，密携电稿往电报局拍发，电云：“上海报馆转全国报馆鉴：元洪今日乘车来津，车抵杨村，即有直隶王省长上车监视。抵新站，王省长令摘去车头，种种威吓，已失自由，特此奉闻。”
辛博森把电报发出后，并到英美两国领事署报告黎被劫持情形。英美两领事均派其副领事到车站来问候起居，亦被军警挡阻。这一来可激怒了洋人，他们愤然说：“中国军阀如此无理横行，可以劫持总统，真是世界所无的怪事。”
黎元洪在车厢中来回踱步，举枪欲自杀，被福开森把枪夺下，枪弹已射出，没有打中要害，仅负微伤。
13日晚10时，王承斌再返天津新站来见黎元洪，索取总统印信。他对黎说，既然总统已经干不下去，又何必把持印信？这倒真是黎的老毛病，黎对总统的印信特别重视，民国6年他被张勋威胁退位时，就暗中把大印交给他的亲信丁槐秘密带去上海，躲在租界，结果冯国璋派人索取不到，发生了绑票夺印的趣事，这次黎又如法炮制，他把总统大小印信15颗，交给姨太太危氏带往东交民巷法国医院，由机要秘书瞿瀛陪同照料，黎认为只要印信不交出，总统地位就可以存在。
王承斌一年前在天津请黎复职总统时，泪随声下，极为感人，这次劫车索印，也非常激烈，和一年前恰巧是极端的对照，他表示黎如果不交出印信，就只有永远住在天津新站的专车上。黎在这样威胁下，只好软化，告诉王承斌说印信留在北京，不在自己手中，王就要黎打电话到北京去交印，黎只好派唐仲寅到车站，打长途电话到北京东交民巷法国医院找瞿瀛，要他们把印信交给国会。对方答复没有总统口谕，就不交印。唐回到车厢，黎叫唐再去打电话，说这是本人的意思。唐二次打电话，仍无结果。最后黎不得已，只好亲自下车到车站去打电话。他在军警重重保护下，和他的姨太太通了电话，他们用湖北乡音接谈，北京方面知道非交印不可，才答应照交。吴毓麟这时在省长公署听消息，听到北京方面答应交印，自己乃赶回北京收印。当晚因北京未收到印，所以王承斌等仍不许黎元洪回天津私邸，黎仍被软禁在天津新站的站长室住了一晚，王承斌则回省长公署，军警依然在新站附近戒备森严。王承斌并且在他的省长公署发出通电云：
“本日午后一点半钟接京电，黎总统以金永炎名义专车秘密出京，并未向国会辞职，印玺亦未交出，不知是何意思。承斌当即乘车迎至杨村谒见，请示印玺所在。总统语意含糊，继云在北京法国医院，由其如夫人保管。乃屡次电京，迄未允交。嗣悉总统濒行有致两院公函云：本大总统认为在京不能行使职权，已于今日移津等因。黎邸在英租界，非组织政府之地，恳请移住省公署，从容商办，徐图解决，不蒙允许，现暂驻新车站，保护之责，承斌义无旁贷。此今日经过实在情形，特此电闻，余容续布。王承斌。元。”
王承斌返省长公署后，黎就命辛博森到电报局补发一电云：
“前电计达，王省长率兵千余人，包围火车，勒迫交印，查明印在北京法国医院，逼交薛总监，尚不放行，元洪自准张揆辞职，所有命令皆被印铸局扣留未发。如有北京正式发布之命令，显系矫造，元洪不负责任。”
12年6月14日清晨，王承斌接到北京电话，张廷谔、薛之珩已经在东交民巷法国医院的黎元洪如夫人处取得印信，于是他便赶到新站来见黎，手持三通电稿，一致国会，一致国务院，一致全国，内容相同，略云：“本人因故离京，已向国会辞职，依法由国务院摄行总统职权。”逼黎签名，否则羁禁车内，永不放行。
黎元洪大印已交，无话可说，只好全数照签。王承斌直待黎元洪诸事办妥，才让黎恢复自由，驱车返寓。黎返邸后立刻发表一道通电，电云：
“本日致参众两院公函，报告在津受迫情形，其文曰：径启者，昨日元洪以连日军警借口索薪，无业流氓逼请退位，显系别有作用。情势险恶，迫不得已，暂行移赴天津，一面另行任命阁员，以维现状。而是日下午三时，行抵杨村，即有王省长承斌等坐车监视。抵天津新站，王承斌即传令摘去车头，百般要挟，数千军警密布，坚不放行。始则要求交印，迨交出后，复要求发电辞职，交院摄行，否则羁禁车内，永不放行。旋出所拟电稿，迫令签名。直至本日早四时，方得自由回宅，此在天津新站被迫情形也。窃维被强迫之意思表示，应为无效，此为通行法例。王承斌以行政长官监禁元首，强索印玺，古今中外皆所罕闻。应如何维持法统，主张正义，敬希贵会诸君，迅议办法，是为至盼等因，特电布达，希查照。”
王承斌则发出相反的通电，电云：
“查此次大总统突然来津，人心惶恐，婉劝回京，未蒙俞允，所有总统职务，当然由国务院摄行。苟无印玺，则文告无以施行，即政务陷于停滞。节关在迩，军警索饷甚亟，遽陷全国于无政府地位，前途异常危险，所有黎总统到津，对于印玺办理情形，已于元电详陈，计已达览，兹因黎总统派秘书随员到京，于本日寅刻在京法国医院将印玺取出，交由薛总监督行点收。京津地方安谧，秩序如常，请纾廑注。”
6月13日，黎出京后，留京的拥曹派阁员高凌霨等假惺惺发表一则通电，电云：
“昨夜上黎大总统一电，文曰：天津探投黎大总统钧鉴，本日钧座赴津，事前未蒙通谕，攀辕弗及。北京为政府所在地，不可一日无元首，合恳钧座即夕旋都，用慰喁望。凌霨等各位阁员，谨暂维本日行政状况，只候还旌。伏希迅示等因，合电达。”
黎元洪在天津寓邸收到这通北京来电，真是气冲斗牛，恨恨连声，即日复了一电云：
“北京高津畬、张月笙、李承梅、吴秋舫诸先生鉴：元电悉，盛意极感，执事等呈请辞职，挽留不得，已于元日上午有依法副署盖印命令发布，准免本兼各职，并特任农商总长李根源兼署国务总理，请稍息贤劳，容图良觌，特此复谢，并转沈次长为荷。”
黎元洪复电到京后，北京方面拥曹派立即采取行动。14日下午1时，高凌霨（内长）在国务院召集特别会议，列席者包括张英华（财长）、李鼎新（海长）、程克（司法）、沈瑞麟（外次）、孙多钰（交次）和陆军检阅使冯玉祥、京畿卫戍总司令王怀庆、步兵统领聂宪藩、警察总监薛之珩等。高凌霨发言，略谓黎大总统既然通电辞职，依大总统选举法之规定，应由国务院摄行职权。张总理又在天津，节关日迫，在座同仁应以国家为念，共同维持现状，勉任艰钜，同时要请财政部速行筹款，尽于端阳节前拨付各机关经费。与会人士纷纷发言，讨论结果，作出几项决议：
（一）总统辞职问题，议决由国务院通电，声明依法代行大总统职权，并用电话商请吴交长，即日前往保定接洽国务院摄政办法。（二）节关财政问题，议决由财政部负责筹款，所有军警饷项及各机关经费，均赶于节前二日发放；至京师治安，仍由各军警当局负责维持。乃由高凌霨领衔发出通电云：本日奉大总统寒电，本大总统因故离京，已向国会辞职，所有大总统职务，依法由国务院摄行，应即遵照，等因奉此。本院谨依大总统选举法第五条第二项，自本日起，摄行大总统职务，特此通告。
16日王克敏召集银行垫款100万元，决定在端午节（18日）那天发放一批欠饷。
6月20日，黎元洪从天津致函两院及外交团并通电全国，内云：
“有人假借国务院名义，擅发铣日通电，内称各节，语多谬妄。查元洪为暴力所迫，认为在北京不能自由行使职权，乃于元日离京，参众两院及公使团均经函达有案。国境以内，随地也可以行使职权，即越境出游，各国亦有先例。此次出京，何得谓为离职？《大总统选举法》第五条第二项之规定，系指大总统因故不能执行职权，副总统同时缺位时而言，所谓因故之故，当然以本身自然之故障为限。若谓胁迫元首，为法律所定因故之故，国会加以承认，是不啻奖励叛乱，开将来攘夺之恶例。至元洪由京移津，并非离职，更不得妄为援引。且前总理张绍曾、前总长顾维钧、高凌霨、张英华、李鼎新、程克、彭允彝、吴毓麟等早经辞职，经于文日由国务员李根源依法副署命令，准免本兼各职，元晨盖印，交印铸局发布在案。高凌霨等既经免职，国务员资格业已丧失，尤不容任其假借。六月十三日上午，元洪尚在北京，所发命令，手续并无缺误，国会依何法律可以追加否认？即元洪出京以后，仍为在职之大总统，所发命令，只须有国务员依法副署，自应一概有效。若夫个人文电，其无关政令者，更非国会所得干预，至六月十六日两院不根据法律私开会合会，其人数及表决，率意为之，尤为不合。元洪迟暮之年，饱经凶衅，新站之危，已拼一死以谢国人，左轮朱殷，创痕尚在，夫以空拳枵腹，孤寄白宫，谓为名则受谤多，谓为利则辞禄久，权轻于纤忽，祸重于邱山，三尺之童亦知其无所依恋，徒以依法而来，不能依法而去，使天下后世知大法之不可卒斩，正义之不可摧残，庶怙兵干纪之徒有所畏而不敢出，虽糜躯碎骨亦所甘心。国会若以元洪为有罪，秉良心以判之，依《约法》以裁之，元洪岂敢不服。若舞文弄法，附合暴力以加诸无拳无勇之元首，是国会先自绝于天下后世也。元洪虽孱，决不承认。自今以往，元洪职权，未得国会确当之解免，无论以何途径，选举继任，概为非法，特此声明。”
20日黎下令补任唐绍仪为国务总理，唐未到任前，仍由李根源代理总理。黎在天津并不能自由拍发电报，所以这些电报都派人到上海拍发。黎打算通过唐绍仪以拉拢南方，尤其是孙中山。同时和奉系、皖系合作，把国会和政府都迁到上海来。这当然是一条可行之路，当时孙中山和奉、皖两系正酝酿组织反直系的大同盟，黎现在被直系赶下了总统宝座，他当然寻求反直的各派来支持他。
李根源随黎元洪到了天津，奉派代理国务总理，有一封信给唐绍仪，正可看出黎的打算，原函如下：
“少川先生鉴：前上一函，度承惠察。总统之意。俟国会政府移至南方，即将大政交院摄行。遇有重要事宜，仍愿负责主持。至于大位问题，宜从根本上着想，不当使军人干位之事，再行发现。最好为一劳永逸之计，将总统制改为委员制，依照瑞士成法云云。闻南方政见多歧，先生主持其间，定有良策。总统嘱以此意录呈，以备参考。伏维鉴纳！总统不久即可至沪，正式组织政府。惟请我公全权主持，务乞大力先期筹备。专此敬请勋安！李根源敬启，六月二十日。
再根源素怀关于立国根本大计数事。并附呈：（一）总统选举，不专属之国会，须要各省省议会各法团共之。（二）现役军人不得当选总统，必退役二年以上，始得当选。（三）总统不得连任。（四）促进国宪，并分订省宪。（五）厉行裁兵，全国常备兵额，不得超过三十万人。（六）首都驻兵二万人，由各省区分配轮流派遣。”
黎还有一个计划，拟任命段琪瑞为讨逆军总司令兼第一路司令，张作霖为第二路司令，卢永祥为第三路司令，并以自己的同乡亲信陈宦为参谋长。可是息隐天津的段祺瑞对黎这个计划嗤之以鼻，他冷笑说，讨“逆”我不会自己讨，要你姓黎的给我命令？真是笑话。黎听说段不肯屈就，又想改任张作霖为讨逆军总司令，阎锡山和卢永祥为副司令。可是张、阎、卢都表示得很冷淡。他这次上台完全是直系捧出来的，现在被直系一脚踢下台来才想求助于人，大家对这个赤手空拳、无兵无将的空头总统，根本不屑一顾。
黎曾向银行抵借12万元，在天津成立“国会议员招待所”。这笔钱很快就用光，少数受他招待到天津的议员又纷纷回到北京去了。
黎在天津仍俨然以总统自居，他经常有公函送给外交团的领袖公使、葡萄牙公使符礼德，说这样说那样，符礼德开始还把他的公函当作一回事，随时照译照转，后来见黎的文件越来越多，而且大多是古色古香，佶屈聱牙的骈体文，而外交团的华文秘书也没有熟读《佩文韵府》，很难体会，因此符礼德便在外交团的联席会议上声明，黎的文件没有照转必要，以后都不转发了。
张绍曾看见各方攻击摄政内阁是个群龙无首的内阁，因此又想回到北京复职，但是王承斌却给他泼了一盆冷水，通电反对他复职，他只好走向黎元洪同一命运。
黎元洪在天津四处碰壁，因此决心南下，他的左右，如姚震、李思浩、陈宦等均赞成黎去上海，息隐天津的段祺瑞也表赞同。不过到上海，不能不看浙江军务督办卢永祥和淞沪护军使何丰林的态度，这两人一直未表示迎黎南下，黎觉得要等卢、何态度明朗殊不容易，决心置之不顾，乃秘密搭乘日轮长府丸，偕李根源、陈宦、庄景珂和日本医生二人南下，于9月11日（12年）抵沪，下榻法租界杜美路26号，当晚即在寓邸邀请唐绍仪、章炳麟、李根源、褚辅成、章士钊、陈宦、饶汉祥、郑万瞻、焦易堂等密商。会后发出一道通电云：
“元洪忝受国民付托，待罪公仆，德薄能鲜，致有六月十三日之祸。惟念纪纲不可不立，责任不可不尽，业于九月十一日到沪，勉从国人之后，力图靖献，谨此奉闻。”
又有致广州孙中山电云：
“（上半段与前电同）……我公昔在清季，与元洪共开草昧，休戚与共，惟望共伸正义，解决时局，海天南望，伫候教言。”
9月12日黎在寓邸招待新闻记者，发表书面谈话如下：
“余在国会未曾有正当解释任期之前，总统地位，当然存在。余在京因不能自由行使职权而移津，然天津依然为暴力所包围，乃不得不转而至沪。上海为舆论中心，政治策源地，故余来深欲征取各方意旨，并将中心所怀，报告于众，使各方公判，而求妥善解决之道。连年兵祸，国民已创深痛钜，余素主和平，寻求国是之解决，雅不欲诉诸武力。余对于总统之位，毫无恋栈之意，亦无作下届总统之野心，惟进退授受，当遵法定手续。今法纪荡然，长此混乱，国何以立？余故不惮跋涉而来沪，求各派人士之合作，以维法律而整纲纪。故余南来之宗旨，一言以蔽之曰：维持法律，整饬纪纲而已。至现在北京之摄阁，毫无法律根据，今合法内阁之总理为唐绍仪，仍有施行政事之权力，沪上之国会，为主张正义而来，彼开会时，余当出席报告，请其维持法纪而固国本。余之行动一遵民意，而以法律为根据，如有能整饬纪纲，维持法律者，余即当按法定手续以政权相授，决不迟疑恋栈也。”
中外各报对黎元洪的南下，反应并不热烈，没有当做一件大新闻，而黎的谈话也没有引起人的大兴趣，黎元洪抵沪后的第一炮完全不响。
黎元洪被直系捧上总统位子，并没有得到奉系、皖系以及国民党和西南方面的同意，他们都是反对黎上台的，所以黎在第二次总统任内，西南根本不承认黎的地位，浙江也宣言自主，在未统一前，不服从中央。所以黎的南下，他们不曾热烈欢迎，加上黎未到上海，就盛传江苏的齐燮元将与浙江的卢永祥发生军事冲突。齐是直系健将，卢是皖系的唯一实力人物，他们要冲突是极可能的。江浙两省对于战争的威胁极为敏感，所以两省的士绅如张一麐、张謇等发起《江浙和平公约》，分别请苏浙军民当局和浙沪护军使签字，以资信守。黎到上海时，这个和平公约刚好签署，其中规定：“对于两省境内保持和平，凡足以引起军事行动之政治运动，双方须避免之。”
江浙人士认为黎元洪在上海组织政府，将使和平局势受到破坏，所以张謇就去见黎，力言江浙和平关系重大，希望不要轻举妄动。意思是反对黎在上海活动。
9月13日黎在杜美路寓所召集全国性的会议，邀请广东代表汪兆铭、浙江代表邓汉祥、奉天代表杨毓珣、云南代表陈维庚、贵州代表李雁宾、四川代表费行简、赵铁桥、湖南代表钟才宏参加，商量筹组一个全国性的政府。
黎元洪以主席身份首先致词，他说：“这次南下完全是自动，因为曹锟用金钱和武力攫取总统，眼看就要成功，如果大家坐视其上台，必定惹起各省兵争，破坏和平，流祸无已。故不若用拆台方法，令其不能做总统，即可保全和平；今拆台只得一半成功，故率然南下，希望和各方通力合作，贯彻拆台宗旨。盼各方支持，拆台既竣，建设之事，则非本人所能胜任，惟望天下仁人志士共起担负。”
黎的话说完，大家没有则声。于是黎又继续说：“目前拆曹锟大选之台，即须我方先能搭台，而搭台最要在组织政府，俾能号召一切。现在已商请唐少川担任内阁责任，请各省赞成。”
各省代表由汪兆铭起立致答辞，汪说：“各省对公个人皆极仰佩，去年直系拥公上台，各省所以不一致赞成者，因法律上所见不同，且灼知直系毫无诚意，故今年六月十三日之事，早在意料之中，今公个人跋涉南来，深感公之为国宣劳。至于组织政府一事，事关重大，各代表事前毫未知情，也未有所准备，自当慎重考虑，电告本省，请示可否？然后奉复。”
汪的话讲完，各省代表一致表示同意，于是黎这次组织政府的谈话会以不了了之结束。
黎元洪在上海不得意，因为大家不仅没有把他当做总统看待，反看他为祸水。只不过收到了云南唐继尧和东北张作霖的两封书，还尊他为总统，算是差强人意。其实军人实力派仅仅以秀才人情纸一张表示拥戴，对于形同丧家之犬的黎大总统又有何用？
唐继尧给黎元洪函如下：
“大总统钧鉴：自京师告变，大驾移津，薄海人民，同深义愤。所有报载经过情形，暨奉到宣示中外各电，不胜发指。只以僻在遐方，形势阻隔，特通电各方，暂息纷争，迎驾回京，主持大政。一面准备实力，纠合同志，声讨国贼，以奠邦基。正在积极筹备，适吴君斋厚至滇，颁到手谕，并转示一切。自当擐甲誓师，恭行天讨。同时接到沪函，拟设国务院，并开联省会议执行任务。窃念强藩毁法乱纪，暗干大位，内为国民公敌，外失国际同情，此正天亡逆虏之时，诚宜别组机关，号召天下。惟年来国事纷扰，迭起旋生。议战议和，迄难解决。皆无彻底之办法，无坚确之主张，以致连岁蹉跎，迄无成效。继尧惩前毖后，以为此次戡乱之方，宜注重实际，不尚虚声，各方如能协定方略，同时并举，则天下不难定也。所有愚见，正在派员赴沪详备，谨肃芜缄。托吴君先行赍上。伏乞睿鉴！并叩崇安。云南省长唐继尧谨呈。”
张作霖给黎元洪函如下：
“大总统钧鉴：敬肃者，窃作霖自愧才力绵薄，早有归田之愿。乃以三省父老重相付托，不得不暂为维持，以尽桑梓义务，故年余以来，纯以地方自治为主，对于南北政潮，未便闻问。前者六月十三日之变，若辈威逼元首，劫夺印玺，一切非法行为，纪纲何在？人神同愤。又加杨议员振春、韩秘书玉宸奉命来奉，责以讨贼，霖虽不敏，略知春秋大义，自应即时筹备，期尽天职。旋以当时所议，群力合作各办法，接洽未熟，又因钧座南临无期，不免略有停顿。然霖救国之筹备，无日不在进行之中，决不能稍存观望，坐视国家沦亡也。鲍前总长贵卿两次来奉，霖咸以钧座复职，惩办祸首，为第一条件，讵彼一味敷衍，毫无悔祸之念。将来义师奋兴，不改初志。兹闻钧驾南临，凡我军民，曷深欣幸。赵司令杰此次南行，对于粤赣大局，颇有计议，一切详情，统由面陈。肃此。敬请崇安。张作霖谨呈。九月十四日。”
唐继尧和张作霖虽是实力派，但他们不会竭诚拥护黎元洪，他们只是不愿意直系真正成为中央力量，因为直系尤其是吴佩孚，最大的野心就是武力统一中国，也就是要消灭其他的力量，所以他们想拉拢黎元洪反直系，又不愿真的拥戴黎元洪。
黎元洪不是一个有策划和组织力量的人，若他在这时候能纠合所有反直系的力量，未始不能阻止曹锟的贿选，惜他无此能力，所以不能创造形势。
另一件令黎元洪气沮的，是在国会议员方面。就在9月13日（12年）黎招待各省代表碰壁的当天，南下的国会议员在湖北会馆召开谈话会。黎元洪以大总统身份对国会咨文，他将已准备好的两道命令函达国会，请求同意：
一、准李根源辞署阁职；
二、任命唐绍仪为国务总理。
黎同时通知议员们，准备前往报告一切。在黎看来，南下议员集会不能没有总统和内阁，否则议员集会失去了意义，这比和各省代表谈话要有利得多，他相信议员们一定欢迎他。
怎知事情的发展使黎大出意外，在议员谈话会中，国民党籍议员张继竟声色俱厉地指责黎元洪，认为他误国，依附军阀，不顾国家民族大义，只求一己利害。因此他郑重宣布，国会中如果再有文电称黎元洪为大总统，他本人坚决不予承认。现在中华民国已经没有大总统了。国会中原来设有的大总统席位，亦应立即撤去云云。
张继的挡驾，使得国会空气为之一变，议员褚辅成、黄云鹏、吴渊、谷思慎等，见情势不佳，深怕黎元洪来了之后受到难堪，同时南下议员对黎元洪并无好感，于是赶快打了电话去通知黎，请他不要来出席国会。
就在这一天，黎又遭受到第三个打击，那是淞沪护军使何丰林所出的一个布告，内云：
“为布告事，照得近来时局不靖，谣诼繁兴，沪上为华洋荟萃之区，中外观瞻所系，本使负有地方责任，早经迭次宣言，抱定保境安民宗旨，始终不渝，所冀闾阎安堵，匕鬯不惊，用慰中外商民之喁望。诚恐流言传播，摇惑人心，市虎杯蛇，为患滋大，用特剀切布告，俾众周知，倘有破坏秩序，扰乱治安之行为，无论何人，概予拿办。本使为维持地方安宁计，决不能稍示姑容，仰商民人等，各安生业，勿得轻听谣言，自相惊扰，切切此布！”
黎元洪自离湖北北上后，将近十年，虽然宦场并不得意，可也能游刃于中国第一人第二人之间。这次是他北上后，首次南下，他抱了极大希望南下，怎知却是乘兴而来，大失所望。一遇江浙人士的婉拒，二受各省代表的太极拳，三遭议员的指名攻击和不承认其总统地位，四被地方军事首长指桑骂槐地搞了一下。这四重打击，可真把黎元洪打得头昏眼花。
黎元洪因人成事，时势造英雄，可是在军阀短兵相接，总统自为的局面下，其政治生涯遂逐渐走上日暮途穷之路了。