南北和会除了地点、人数、名称问题难以解决外，还有两个实际难题，一个是陕西省停战问题，一个是段祺瑞主持的参战军的存废问题。
关于陕西问题要从陈树藩说起，陈树藩是陕西安康人，在陕西军中当下级军官，一步一步地爬到旅长地位。民国5年乘各地讨袁，陕西革命党人胡景翼发难活捉陕西将军陆建章长子陆承武，逐陆建章出关，陈树藩乃乘机率军由大荔驰至三原，组织陕西护国军，自称总司令，进入西安，综管省政，向段祺瑞递门生帖，5年10月正式升为中将，取得督军地位，变成了皖系附庸军阀之一。
陈在陕西驱逐了省长李根源，俨然关中之王，克扣军饷，横征暴敛，勒种鸦片，声色自娱。由于他的胡作非为，陕人无不切齿。6年10月耿直以警备军在省城举义讨陈，巷战两昼夜，失败走蒲城，死城下。郭坚亦在蒲城自立。11月胡景翼所部营长张义安举兵三原，击败陈树藩部下曾继贤、严锡龙军，进迫西安。7年1月胡景翼在三原成立陕西靖国军。陈树藩打长途电话给胡说：“你不要把对付陆建章的手段对付我，你是认错人了。陆建章年过五十，腰缠千万。六年前我是一个穷学生，现在仍是一个穷军人，谁反对我，我就和谁拚命。”
陈虽大言不惭，可是陕西反陈的民军遍地皆是，曹世瑛率部自陕北来。卢占魁率蒙古骑兵数千人占榆城。高峻则占领白水、韩城及沿河诸县。樊钟秀则率河南民军战于省南，袭击潼关。张义安围省城，陈树藩伪称求和，张乃撤退至鄠县，陈树藩大军至，张义安措手不及战死，郑宝珊、董振五以余众退渭北。陈树藩乃向北京及邻省河南乞援。段祺瑞命河南镇嵩军统领刘镇华援陕，即以刘为陕西省长。
7年6月，陕西靖国军公请在上海办报的革命元勋于右任回陕主持西北革命大计。于乃偕王玉堂取道山西渡黄河，向北经宜川、延长而抵三原，就任陕西靖国军总司令，以张钫为副司令，井勿幕为总指挥，下辖郭坚、樊钟秀、曹世瑛、胡景翼、高峻、卢占魁等六路。惠又光一旅则屯渭北省西。
10月中旬靖国军誓师讨陈，先渡渭水。渭南守将姜宏谋与胡景翼原有私交，即开城迎降，胡单骑入城接洽收编，不料乃是诈降，当场将胡扣留，并解往西安。
陈树藩颇懂政治，他不杀胡，却要胁胡写信给他的部下投降，胡也答应写信，但他在信中使用暗号，表示自己决不投降陈树藩，于是胡的部下便推举支队长岳维峻代理司令。陈树藩派员赴胡部招抚，又派第三旅旅长李天佐到板桥，均被靖国军击毙。
7年11月下旬，靖国军总指挥井勿幕受于右任命迎叶荃军于西路，会商共同作战方略，归途经凤翔到兴平防地，陈树藩使民军内奸李栋材伪造郭坚的函件，邀井到兴平南仁村开会，井不疑有他，于11月21日轻骑前往，遂中计被杀，李栋材把井的首级带到西安去报功。
于右任令四路军副司令田玉洁裹帛为首，将井的遗体葬于泾阳。于有哭井勿幕诗：“十日才归先轸元，英雄遗憾复何言。渡河有恨收群贼，殉国无名哭九原。秋兴诗存难和韵，南仁村远莫招魂。还期破敌收功日，特起邱山拟宋园。”
陕西靖国军先后受到胡景翼和井勿幕两事的挫折，但仍继续有开展，南北和会召开时，陕西靖国军的六路军在陕西全境奄有广大的地盘。其分布是：第一路司令郭坚驻防乾县、武功、岐山、扶风、眉县。第二路司令樊钟秀驻防盩厔。第三路司令曹世瑛驻防交口、高陵、三原、乾城、洛川。第四路代司令岳维峻驻防泾阳、三原、富平。第五路司令高峻驻防郃阳、澄城、关山、兴市。第六路司令卢占魁驻防三原、高陵、同安、耀县。还有云南督军唐继尧所属川滇靖国军也进入平利、兴安、镇巴、紫阳一带。而陈树藩所保有的地盘，一天比一天小。
就和会来说，南北两军的主要战场在湖南，陕西不算是重要战场。可是因为湖南战场发生了变化，段祺瑞便想在陕西开僻第二战场，借以继续南北战争。所以在和谈进行前，他调遣大批北军投入陕西战场，以图在短期内消灭陕西民军。他称陕西靖国军为土匪，不承认为南军，并把陕西的军事行动说成是剿匪，以示与南北战争无关。
段派赴陕的军队是奉军许兰州部，和会召开时，又调第四混成旅张元部开入陕西，并令甘肃督军张广建出兵长武、邠县，与驻防凤县的陕南镇守使管金聚（兵力有一混成旅），以及由四川逃到汉中的刘存厚（兵力约有两师），合力进攻靖国军。这一来陕西境内的北军与靖国军双方兵力共达20万人，因此陕西全省成为一座满目皆兵的大军营。
和会召开前，南北双方都曾下过停战令，约束双方军队各守原防，一切问题留待和会处理。但是段祺瑞却要了一个花样，提出所谓南北两军占领区应当维持战争发生前的状态，这就是说，陕、闽、鄂西南三个地区内的南军都是在战争时期发展起来的，这些地区都应当退还北方。他又进一步提出所谓剿匪问题，诬蔑陕、闽、鄂三省南军为土匪，剿匪不是打南军，剿匪区域不应当划在停战区域内。
由于北方提出剿匪问题，南北双方于是又展开了“匪”与非“匪”的笔战。北方把郭坚、樊钟秀、卢占魁等都说成是土匪。南方质问说，难道于右任也算是土匪吗？北方承认于右任不是土匪，劝他快快离开匪巢。南方又质问说：“难道陈树藩所收编的王飞虎、白翎子、徐志毛等都不是土匪吗？”
南方议和代表到上海后，提出条件，要求全面停战包括陕西在内。李纯提出五项建议：（一）停战区域包括陕、闽、鄂三省。（二）北方援陕、援闽军队均停止前进。（三）双方议和总代表共同派员到陕西监视停战。（四）陕、闽、鄂三省由双方将领划定停战区。（五）双方在划定区域内剿匪卫民。
除了陕西停战问题外，还有一个是参战军问题。第一次世界大战已经结束，参战问题已不存在。可是段系的人已把参战督办改为边防督办，参战军改为边防军。同时把参战借款提用来编组边防军。徐树铮出长西北边防筹备处。
边防军成立了四个师，由傅良佐、曲同丰、陈文运、马良为师长。这是段对北洋军失望后，欲以新军来统一全国的第一步。西南方面在和谈前即提出撤消参战督办，停止参战借款，废止中日军事协定，解散参战军等问题。不过西南方面也知道，如果要北方履行这些条件，徐世昌是无能为力的，这样一来岂不是把问题更搞糟了。所以这些问题便不作先决条件而作为议题交付和会讨论。
中国派遣代表出席巴黎和会的人选问题也是南北双方争端之一，这也是对政府的权力问题之一。北京政府指定以陆徵祥为代表团团长，顾维钧、王正廷、施肇基、魏宸组为代表。这个代表团名单中只有王正廷一人是西南方面的，因此西南方面要求加派伍朝枢和王宠惠二人为代表。
前面曾提到北方议和总代表人选问题。本来徐世昌主张由李纯担任，皖系全力反对，梁士诒也被安福系反对，段想要王揖唐担任，王是安福系首领，西南护法就是反对安福国会，王揖唐自然不是一个适当人选，徐乃宣称王是众议院议长，与梁士诒是参议院议长同样不适宜于担任议和总代表。最后徐接受了梁士诒的意见，梁北返前在香港曾和唐绍仪见过面，唐表示朱启钤是个适当人选。徐乃提朱为总代表。王揖唐和朱启钤都是徐世昌的拜门学生，王后来变成段的私党，而朱则是旧交通系，所以和徐仍保持良好关系。
西南对于朱启钤为北方总代表，也有不满的声浪，非常国会中约有100名议员联名通电指责北方增兵陕、闽两省，缺乏和谈诚意。同时认为朱启钤是安福国会的副议长，又是洪宪王朝的帝制犯，因此反对。
南北双方既然在和谈前意见分岐而不能调和，因此和谈的进度非常迟缓。这时，五国公使在北京接触频繁，准备向南北双方提出措词严厉的第二次劝告。这个消息传出后，使段和主战派大感不安，南北的主和力量大为增加，议和问题才得急转直下。