北京政府除了维护曹、章、陆三个亲日派而外，更进一步下令全国学校即日复课，令云：
“国家设置学校，慎定学程，固将造就人才，储为异日之用。在校各生，惟当以殚精学业，为唯一之天职，内政外交，各有专责，越俎而代，则必治丝而益棼。譬一家然，使在塾子弟，咸操家政，未有能理者也。前者北京大学等校学生聚众游行，酿成纵火伤人之举，政府以青年学子，激于意气，多方启导，冀其感悟，直至举动逾轨，构成非法行为，不能不听诸法律之裁制，而政府咎其暴行，悯其蒙昧，固犹是爱惜诸生意也。在诸生日言青岛问题，多所误会，业经另令详切宣示，俾释群疑。诸生为爱国计，当求其有利国家者，若徒公开演说，嫉视外人，既损邻交，何裨国计？况值邦家多难，群情纷扰，甚有挟过激之见，为骇俗之资，虽凌蔑法纪，破坏国家而不恤，潮流所激，必至举国骚然，无所托命，神州奥区，坐召陆沉。以爱国始，以祸国终，彼时蒿目颠危，虽追悔始谋之不臧，嗟何及矣！诸生奔走负笈，亦为求学计耳，一时血气之偏，至以罢课为要挟之具。抑知学业良窳，为毕生事业所基，虚废居诸，适成自误。况在校各生，类多勤勉向学，以少数学生之憧扰，致使失时废业，其痛心嫉首，又将何如？国家为储才计，务在范围曲成，用宏作育，兹以大义，正告诸生。于学校则当守规程，于国家则当循法律。学校规程之设，未尝因人而异，国家法律之设，亦惟依罪科罚，不容枉法徇人。政府虽重爱诸生，何能偭弃法规，以相容隐？诸生劬业有年，不乏洞明律学之士，诚为权衡事宜，内返良知，其将何以自解？在京着责成教育部，在外责成省长暨教育厅，督饬各校职员，约束诸生，即日一律上课，毋得借端旷废，致荒本业，其联合会、义勇队等项名目，尤应切实查禁。纠众滋事，扰及公安者，仍依前令办理。政府于诸生期许之重，凡兹再三申谕，固期有所鉴戒，勉为成材。其各砥砺濯磨，毋负谆谆诰诫之急！此令。”
学生们不但未被这道命令吓倒，反而更加坚定。北京学生决定从6月3日起发动一波一波的演讲队，在通衢大街上，堂堂皇皇地举行演讲。准备让军警来逮捕。如果第一天的演讲学生全数被捕，则第二天用加倍的学生去街头演讲，如果第二天亦全数被捕，则第三天更加一倍。
北京中等以上的学生有25000人，他们一致决定支持这个行动，大家效法田横五百义士，众志成城，紧紧地团结在一块。
6月3日北京学生按照预定计划，分作50余组出发演讲。这使军警当局大出意外。段芝贵急忙宣布戒严，派马队协同军警分途驱散演讲学生，并捕去学生178人。警察厅的看守所收容不下，只得解往北大法科看守。被捕学生不给饮食，不许亲友探视。军警当局并且派出大批武装军警占领北大，设帐宿营，并在周围地区架设大炮，禁止行人通过。
学生按照计划，于6月4日用加倍的人数继续街头演讲，军警也不示弱，继续大规模逮捕，当天被捕的，约有700余人，北大法科也无法容纳了，临时又借用北大理科作为临时监狱的扩充部分。
学生们不仅不逃避被捕，其他未被捕的反而自动前往法科的临时监狱，要求入狱。军警们以为他们来劫狱，当然阻止他们入内，遂在门外发生打斗，结果有三名学生被打伤。
北京基督教教友目睹学生的英勇行为，因此自动停止了宗教宣传，参加学生行列作爱国宣传。中国有史以来，女学生没有在街头游行宣传的，现在女学生也参加了。
6月5日，五千多位学生，背着包袱出发，沿途市民热烈致敬，无数的市民受了感召，自动参加游行行列。结果，学生们也不在街头演讲了，他们唱着歌，呼口号直奔北大法科。这时看守法科的军警也不敢对他们采取行动，而关在法科内的学生们则纷纷爬到窗子上眺望，于是法科内外呼应，声震街市，此起彼伏，军警们相顾失色。
在这最紧张动人的时候，政府突然下令撤走北大的军警，无条件把被拘的学生释放，军警们奉到命令，如临大赦，立刻撤退。可是被关在北大的学生们不但拒绝出狱，反而自动组织门警代替撤走的军警，自己把自己拘禁。一些学生捉到了七名行动蹒跚的警察，夺取了他们的两具篷帐，他们把这些东西作为政府摧残教育，蹂躏人权的证据。他们派人到警察厅索取食粮，警察只得乖乖地送去一批食物接济他们。
6月5日这天，学生总算扬眉吐气了，他们公然站在警察厅门前或者军警密集的地方大声进行演讲，军警们呆若木鸡，不敢干涉。
这一天北京政府派傅岳蔡为教育部次长，以代替辞职引退的袁希涛。傅次长奉命于危难之际，他陪着笑脸向学生保证，今后教育部将负责处理学潮问题，军警不会再过问了。
6月6日北京政府派胡仁源代理北大校长，胡因学生反对，不敢到任。
北京学潮扩大后，蔓延到上海，上海学校最多，学生爱国也不后人，并且为了支援北京，立即召集会议，发表宣言：
“呜呼！事变纷乘，外侮日亟，正国民同心戮力之时，而事与愿违，吾人日夕之所呼吁，终于无毫发之效，前途瞻望，实用痛心，本会同人，谨再披肝沥胆，以危苦之词，求国人之听。自外交警信传来，北京学生，适当先觉之任，士气一振，奸佞寒心，义声所播，咸知奋发。而政府横加罪戾，是已失吾人之望，乃以咎及教育负责之人，致傅、蔡诸公，纷纷引去。夫段祺瑞、徐树铮、曹汝霖、陆京舆、章宗祥等，迭与日人借债订约，辱国丧权，凭假外援，营植私利，逆迹昭著，中外共瞻，全国国民，皆有欲得甘心之意。政府于人民之所恶，则必百计保全，于人民之所欲，则且一网打尽。更屡颁文告，严惩学生，并集会演说刊布文字，公民所有之自由，亦加剥削，是政府不欲国民有一分觉悟，国势有一分进步也。爱国者科罪，而卖国者称功，诚不知公理良心之安在？争乱频年，民曰劳止，政府犹不从事于根本之改革，肃清武人势力，建设永久和平，反借口于枝叶细故，以求人之见谅。继此纷争，国于何有？此皆最近之事实，足以令人恐惧危疑，不知死所者。政府既受吾民之付托，当使政治与民意相符，若一意孤行，以国家为孤注，吾民何罪？当从为奴隶。呜呼国人，幸垂听焉。共和国家之事，人民当负其责，方今时机迫切，非独强邻乘机谋我，即素怀亲善之邦，亦无不切齿愤恨。以吾内政之昏乱，我纵甘心，人将不忍，生死存亡，近在眉睫，岂可再蹈故习，依违容忍。慕稳健之虚名，速沦胥之实祸？夫政府之与人民，譬犹兄弟骨肉，兄弟有过，危及国家，固尝知无不言，言无不尽，终不见听，虽奋臂与斗，亦所不辞。何则？切肤之痛在身，有所不暇计也。吾人求学，将以致用，若使吾人之明知祸机之迫不及待，而曰姑俟吾学业既毕，徐以远者大者，贡献于国家，非独失近世教育之精神，即国家亦何贵有此学子？吾人幸得读书问道，不敢自弃责任。谨自五月二十六日始，一致罢课，期全国国民，闻而兴起，以要求政府惩办国贼为唯一斗志。政治肃清，然后国基强固，转危为安，庶几在此。同人虽出重大之代价，心实甘之。所冀政府彻底觉悟，幡然改图，全国同胞，亦各奋公诚，同匡危难，中国前途，实利赖之。同人不敏，请任前驱，戮力同心，还期继起。”
上海商会为了配合学生，遂发动罢市，6月5日南市各商肆先行罢市，法租界商家亦照样闭市，公共租界继之，英租界的永安、先施两公司亦宣布罢市。到了下午，整个上海大小商店都关门闭户，只有学生在街头散发传单，巡捕在街上往来巡视。商店门外都悬挂白旗，上书：“万众一心，同声呼吁，力抗汉奸，唤醒政府。”
上海是全国最大的都市，中外所瞩目，自从上海商人发起罢市后，罢市的浪潮由上海波及江浙两省，随后又波及天津、安庆、芜湖、厦门、九江、济南、武汉等城市。
随着商人罢市后，工人也发动罢工。首先是上海南市华商电车工人，随后商务印书馆、锦华纱厂、祥生铁厂、沪宁、沪杭两路和纺织、金属、运输、市政各部门的工人纷纷响应，罢工人数达六七万之多。再后京奉路唐山、京汉路长辛店的铁路工人以及长江轮船的码头工人都纷纷响应。
于是，上海成立了“商工学报各界联合会”，由五四到六三，这个爱国运动从北京到上海，以上海为中心变成了全国性的运动。
上海的学运重心是在复旦大学和东吴大学，这两个大学和在北京的北大一样，是发号施令的领导团体。但有一段密闻为外间所不知道的，促成这个事件却由上海《民国日报》，原来五四示威事件爆发后，电报当晚到达上海各报，编辑先生都是编好付印了事，可是《民国日报》的叶楚侩、朱宗良、邵力子等却觉得这是了不起的爱国运动。立刻派人把北京原电送到复旦大学，学生们看了这则电报，莫不义奋填膺，于是天刚亮就敲钟集合全校寄宿生，把北京电报当众宣读，全体立即决定要响应北京的壮举，先罢课再联合其他学校。
上海学联是设在静安寺路51号，成立后有一个民生女校也参加，当时女学生参加学运实在是很新鲜的，所以极被各方重视。不过民生女校只派了一位代表，这位代表是个教师，名叫汪吟蘋，他是位男老师，右手六个指头，在学联会中发言很多，因此报纸上时常刊载他的名字。由于他的名字像个女人，又代表女校，外界便以为他是位窈窕淑女，让许多男士颇增遐想，他接到许多求婚信后，为之哑然失笑，只好一一作答，告诉求婚者自己是个男人。这位汪先生后来搞了一个时期交易所，失败后又参加创办中国第一家电影公司——明星影业公司。
由于上海学生罢课、商人罢市、工人罢工，因此上海的军事当局宣布戒严，并派警察分途逼迫商人开市，商人们虽然勉强开门，警察一去立即关门。上海租界当局禁止市民悬旗、散发传单、结队游行，并劝导租界内商店开市营业。可是市民们亦阳奉阴违。
徐世昌一派认为对付学潮不该过激，应该把拒绝出狱的那些学生劝导出去，以缓和全国人民日益增加的不满情绪。6月7日徐世昌派总统府参议曾彝进偕教育总司长二人前往北大法科慰问拒绝出狱的学生。这位钦差大臣说尽了一切好话，可是学生都置之不理。
6月7日，北京各界在中央公园举行国民大会，提出取销密约、惩办国贼、维持教育、提倡国货、促进和局等条件，军警们虽在会场附近警戒，却没有进行干涉。
全国的示威运动集中在“罢免国贼”问题上，也就是说北京政府如果不将亲日派的曹汝霖、章宗祥、陆宗舆免职，则事态不可避免一定会扩大。可是在北京政府方面又有投鼠忌器之苦，因为段祺瑞要维护这三人。至于徐世昌也不能说与这三人完全没有关系，徐当选总统的经济来源，就是靠顺济、高徐两路的借款。
“罢免国贼”问题不能解决，8日北京中等以上学校学生议决，从10日起，仿照申包胥哭秦庭故事，直接向总统府请愿。不达目的，誓不罢休。由于有这新计划，所以北京学联便变更策略，当天派人迎接法科被捕同学全部出狱，以便参加新的眼泪请愿。在北大法科出“狱”的学生们排着队伍前进，沿途受到市民热烈的欢迎。
上海的三罢（罢课、罢市、罢工）使到驻军首长卢永祥也有庚电（8日）请求北京政府罢免曹、章、陆以安时局。卢永祥是皖系，竟有此言论，表示时局的严重性。这还不打紧，接着北京总商会也宣称如果不罢免曹、章、陆，则北京也要罢市，北京是政府所在地，如果真的罢市成何体统。
因此，北京政府遂于10日上午批准曹汝霖辞去交通总长，并将这道命令分途传达北京学联和总商会，一方面阻止学生真的包围总统府，一方面阻止商会罢市。然而各方面对此仍表不满，因此北京政府不得已又在10日下午补发两道命令，批准驻日公使章宗祥、币制局长陆宗舆辞职。
曹汝霖和陆宗舆是曾经递过辞呈的，可是章宗祥却从没请辞过。徐世昌为了缓和全国性的反政府运动，所以要曹、章、陆下台，但却不好意思下令免他们的职，所以一律用辞职照准方式。可是章宗祥未递过辞呈，如何照准呢？不得已才赶派专人到达医院中找章宗祥，请他在病榻把已写好的辞呈盖章，章宗祥起初不肯，经不起来人的劝告，气嘟嘟地盖了章。这一来安福系的人大为不满，认为徐世昌不该“卖友”，逼迫自己人辞职，纷纷责备老徐太不够朋友。
北京政府虽然表示了让步，可是并不能满足各方的希望，第一、北京政府不用罢免而用准予辞职，显见有意维护；第二、交通总长曹汝霖去职，却由安福系分子曾毓隽代理部务，是换汤不换药。