袁断气时，除了接受顾命的四位大臣外，其他在北京的袁系要人虽都闻讯赶至，却未参加讨论继承人会议。金匮石屋名单揭晓后，四位顾命大臣就讨论继承人问题，一致请徐表示意见。
徐东海是著名的水晶狐狸，他说：“现在南方独立，收拾时局是一件极其艰难的工作，依我的愚见，根据《约法》，应推副总统继任。”他和袁临终前口气一样，没有划分《约法》的新旧，然而这不是他神志不清，而是他高明之处。金匮石屋的第一名是黎，根据新《约法》，黎也是第一名；如果依照旧《约法》，副总统升补总统也是黎，所以《约法》不论新旧，黎都有资格继承总统，这是法理方面。至于形势上，袁死前一团槽的局面，袁死后如何善其后呢？拥黎来过渡，护国军方面会同意的，也避免使北洋派居于炉火之上，黎有声望却没有实力，又是北洋派的政治俘虏，利用他为北洋派服务，对北洋派来说，是个最好的打算。
徐虽是北洋系的重臣，可是在北京，北洋实权都是抓在段祺瑞手中，徐又怕段有总统自为之意，怕自己的主张堵塞了段想做总统的出路，因此徐望了段一眼，补充说：“这只是我个人的意见，究竟怎么办，还是取决于总理吧！”大家不约而同地望着段，等他开口，然而他却沉默不则声，屋子里一片寂静，只听见后院的哭泣声。这样挨了一刻钟，才听到段极其简单地说了一句话：“很好，我和相国的意见一致。”这话说完，局面才算定了。
袁停尸在居仁堂前的春藕斋，徐、段等下令分别通知各部总长和袁有特殊关系的人，不多时，到了20多人，曹汝霖提议先向灵前祭奠一下，于是设了香烛祭品，各人向袁的遗体先行三鞠躬礼。在行礼的人群中，段看见了张国淦，马上抓了他的手说：“乾若，随我来，我们去看副总统去。”张国淦字乾若，湖北人，他是袁系中代表袁和黎联系的人。段拉住张上了自己的汽车，只对司机说了一句话：“东厂胡同。”由春藕斋到黎寓居的东厂胡同途中，段一言不发，脸部表情凝重，使张如坠五里雾中，他未参加刚才的四巨头会议，也不知道袁断气前所说“约法”两字，更不知道金匮石屋的名单，所以他摸不清楚段拖了他去看黎元洪的真意何在？
段的心情很复杂，所以他像哑巴一样不开口。凭心而论，他最瞧不起黎。在逊清末年，他的官爵比黎高得多了，在北洋系中他也是袁以下数一数二的人物，如今袁死后却要他举北洋系拥护黎为总统，内心实在太想不通，然而形势比人还强，当前形势，又非拥黎不可，所以他表情非常凝重。
段祺瑞和张国淦的车子驰抵东厂胡同黎寓的门口，张抢先进入内院向黎报告：“总理来了。”接着又仓皇又喘着气说：“总统过去了。”
黎已知袁逝世，这时听说段来了，便赶着跑了出来，两人在黎客厅中的一幕，非常戏剧性，客厅内摆着长方形的楠木桌子，黎走入客厅像个木偶似地坐在主位上，段、张分坐两边，段向黎三鞠躬，黎也欠身答礼，段不开口，黎也不出声，张更不敢讲话了。这幕哑巴戏做了40分钟，段站起身来向黎半鞠躬告退，黎茫然站起身来送客。段临走时向张交代说：“副总统方面的事，请你招呼！”张这才抢着问：“国务院方面的事呢？”段答：“有我。”一面说一面跨上了汽车，车子就开动了。
6日下午袁的遗令公布的同时，国务院发表了一则公报：
“袁大总统于本日上午十时四十分以尿毒病薨逝，停柩居仁堂，业经遗令遵依《约法》第廿九条宣告以副总统代行中华民国之职权。”
6月6日这一天在北京城内是紧张而混乱的。这天午夜，黎的湖北同乡陆军次长蒋作宾来了一个电话给黎：“外边情形很不好。”黎听到没了主意，不知外边出了什么岔子。老实说北洋军人究竟会怎样变，谁也难预料，这时最重要的问题是继承人问题，黎想来想去非常不安，他把张国淦找来，要他打一个电话问段一下。张拨通了段的电话，那边接电话的是段的副官，他说：“总理没有工夫听电话。”黎站在电话机旁很焦躁，催张说：“你说有要紧的事。”张如此说了，副官跑去报告段，等了一忽儿，那边回答说：“如果是要紧事，总理说请你当面来谈谈。”黎赶快对张说：“去，去，你快点去告诉他，我不要做总统。”张驱车到了国务院，径奔总理办公室，这时虽已午夜，国务院却灯火辉煌，尤其是总理办公室挤满了人，都是些带鸡毛帚、穿军服的高级武人。段忙得喘不过气来，一眼看见了张，就撇开包围他的人，把张拉到另外一间小屋子里。张说：“副总统要我过来问问这边情形。”段面色坚定而傲慢地说：“我姓段的主张姓黎的干，我说了就不改变，不管有什么天大事情，我姓段的可以一力承担，与姓黎的不相干。”张想多知道一点情况，还没有来得及开口，只见段捏着拳头在桌子上一击，狠狠地说：“他要管，就让他管。”他是谁呢？张为之茫然。段说完这句话，又匆匆忙忙地回到那个挤得水泄不通的总理办公室去了。
张国淦由国务院赶回东厂胡同黎寓，黎正急得像热锅蚂蚁一样，张把段很坚决的支持黎做总统的话讲了出来，却没有讲后半段。黎仍觉得这局面不佳，他对张说：“乾若，这情形不妙，我们姑且在沙发上躺一夜吧！”这时，黎身边只有一个副官唐冰如。
第二天一早，黎又促张到国务院，这才知道昨天晚上发生的事，原来那些帽子上有鸡毛帚子和身穿军服的北洋系高级军官一齐包围了段，他们要举徐世昌或段祺瑞为总统，他们坚决反对北洋系以外的人，尤其是南方人为总统。幸而段的态度很坚定，才把一天风云吹散。
段见到张后，就把已经拟好的通电给张看，张看见电稿上这样写着：“黎公优柔寡断，群小包围。东海（指徐世昌）颇孚人望，但《约法》规定大总统出缺时，应由副总统继任。”段这个电报当然是安抚北洋系的，然而张国淦对段说：“这何苦来呢！做人情就索性做到底，总统都奉送了，何必让受人情的人不痛快呢。”段想了一会，乃提起笔删去这一段难听的话。
张国淦在袁、段一方面看来，是联黎的一条线索，而在黎看起来，却又是联袁或段的一条线索，他屡有求去之意，双方都苦苦留他。他曾经批评冯国璋“不左不右”，而他周旋于黎与北洋派领袖之间，却有是左右做人难。
6月7日，黎在东厂胡同私宅举行就职典礼。黎就职当天颁下三令：
第一令云：“元洪于本月七日就大总统任，自维德薄，良用兢兢。惟有遵守法律，巩固共和，造成法治之国。官吏士庶，尚其共体兹意，协力同心，匡所不逮，有厚望焉！”
第二令云：“现在时局颠危，本大总统骤膺重任，凡百政务，端资佐理，所有京外文武官吏，应仍旧供职，共济时艰，勿得稍存诿卸。此令！”
第三令云：“民国肇兴，由于辛亥之役，前大总统赞成共和，奠定大局，苦心擘划，昕夕勤劳，天不假年，遘疾长逝。追怀首绩，薄海同悲。本大总统患难周旋，尤深痛怆。所有丧葬典礼，应由国务院转饬办理人员参酌中外典章，详加拟议，务极优隆，用副国家崇德报功之至意！”
黎元洪虽然做了总统，可是他没有实际力量，既非北洋系，又不是真正的国民党，在北洋诸帅看来，黎不值得受他们拥戴；在国民党人看来，黎在二次革命后背叛国民党，投靠袁以自保，不是真正革命党人。可是也有他的优良条件，他与人无争，出名的好好先生，做人方面他占了这个便宜，同时他又是现任副总统，继任总统近水楼台，水到渠成。
黎就职后，又恢复辛亥年被选为鄂军大都督一样，对任何问题都没有决定权力，只在公文上签字盖章，成为段与北洋系一个政治傀儡。
黎虽然就了职，一个问题却引起了争论，便是《约法》有两个，是新《约法》呢？还是旧《约法》？旧《约法》是民国元年的，新《约法》是民国3年的。
西南军务院抚军长唐继尧于6月10日通电提出四大条件：
（一）请黎大总统即日宣言恢复民国元年公布之《临时约法》；
（二）请召集民国二年解散之国会，依法补选副总统，及要求同意任命国务员，组织正式国务院；
（三）请惩办帝制祸首杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛、朱启钤、段芝贵、周自齐、梁士诒、张镇芳、雷震春、袁乃宽等十三人；
（四）请下令召集军事特别会议，由各省都督或将军各派代表在上海开会，议决一切善后军事问题。
西南军务院副抚军长岑春煊亦宣称这四个条件是护国军方面一致主张，如北京方面同意接受，抚军院当立即撤销。唐、岑的通电发出后，在上海的唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则联名通电呼应。国会议员谷钟秀、孙洪伊等则在上海登报召集议员自行集会，以拥护法统，维持新《约法》为奋斗的目标。
段祺瑞不赞成恢复旧《约法》，6月22日他通电各省，内云：
“黄陂继任，元首得人。半月以来，举国上下所龂龂致辩争者，《约法》而已。然就《约法》而论，多人主张遵行元年《约法》。政府初无成见。但此项办法，多愿命令宣布，以期迅捷，政府则期期以为未可。盖命令变更法律，为各派法理所不容，贸然行之，后患不可胜言；是以迟徊审顾，未敢附和也。
或谓三年《约法》，不得以法律论，虽以命令废之，而无足议，此不可也！三年《约法》，履行已久，历经依据，以为行政之准，一语抹杀，则中国一切法令，皆将因而动摇，不惟国际条约关系自重，不容不再三审慎，而内国公债以及法庭判决，将无不可一翻前案，加之何其可也？
或又谓三年《约法》出自约法会议；约法会议出自政治会议，与议人士皆政府命令所派，与民议不同，故此时以命令复行元年《约法》，只为命令变更命令，不得以变更法律论，此又不可也。三年《约法》，所以不餍人望者，谓其起法之本，根于命令耳！而何以元年《约法》，独不嫌以命令复之乎？且三年《约法》之为世诟病，佥以其创法之始，不合法理，邻于纵恣自为耳！然尚经几许咨诹，几许转折，然后始议修改。而今兹所望于政府者，奈何欲其毅然一令，以复修改以前之法律乎？此事既一误于前，今又何可再误于后？知其不可而尤而效之，诚不知其可也。如谓法律不妨以命令复也，则亦不妨以命令废矣！今日命令复之，明日命令废之，将等法律为何物？且甲氏命令复之，乙氏又何不可命令废之？可施之于约法者，又何不可施之于宪法？如是则元首每有更代，法律随为转移，人民将何所遵循乎？
或谓国人之于元年《约法》，愿见之诚，几不终日，故以命令宣布为速。抑知法律争良否，不争迟速，法而良也，稍迟何害？法不良也，则愈速恐愈无以系天下之心，天下将蜂起而议其后矣！纵令人切望治，退无后言，犹不能不虑后世争乱之源，或且舞法为奸，授我以资为先例，是千秋万世，犹为国史增一汗痕，决非政府所敢出也。总之，复行元年《约法》，政府初无成见，所审度者，复行之办法耳！诸君子有何良策，尚祈无吝教言，俾资考镜。”
唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则致电驳复，词意坚决，略谓：
“如此次我大总统依法继任，政府对内对外，迭经声明，所依何法？非根据元年《约法》规定程序所衍生之大总统选举法耶？使三年《约法》而为法也，一法不容二存，则被该法所废止之《大总统选举法》，定当非法，云何能依？果尔，则何不于六月九日，开所谓石室金匮以别求元首？夫我总统正位，而国内外共仰为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成为法也。又如我公今所长之机关为国务院，国务院者，元年《约法》上之机关，三年《约法》所未尝有也。三年《约法》若为法，元年《约法》定非法，公所长之院何由成立？今发布院令而中外共许为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成法也。揆诸法理如彼，征诸事实如此，则三年《约法》之非法，确成铁案。”
北洋系方面既然不愿恢复旧《约法》，所以拟议仿照约法会议，来修订一个新约法，议会纷纭，莫衷一是。
6月25日，上海海军突宣布独立，驻沪海军总司令李鼎新、第一舰队司令林葆怿、练习舰队司令曾兆麟发表联合宣言，因拥护旧《约法》而宣告独立，电曰：
“自辛亥举义，海上将士，拥护共和，天下共见。癸丑之役，以民国初基，不堪动摇，遂决定拥护中央。然保守共和之至诚，仍后先一辙，想亦天下所共谅。洎乎帝制发生，滇南首义，筹安黑幕，一朝揭破，天下咸晓，然于所谓民意者，皆由伪造，所谓推戴者，皆由势迫。人心愤激，全国扰，南北相持，解决无日。战祸迫于眉睫，国家濒于危亡。海上诸将士，佥以丁此奇变，不宜拘守常法，徒博服从美名，无补于大局，当与护国军军务院联络一致行动，冀挽危局。正在进行，袁氏已殒。今黎大总统虽已就职，北京政府仍根据袁氏擅改之《约法》，以遗令宣布，又岂能取信天下，餍服人心？其为帝党从中挟持，不问可知，我大总统陷于孤立，不克自由发表意见，即此可以类推。是则大难未已，后患方殷。今率海军将士于六月二十五日加入护国军，以拥护今大总统，保障共和为目的，非俟恢复元年《约法》，国会开会，正式内阁成立后，北京海军部之命令，断不承受。誓为一劳永逸之图，勿贻姑息养奸之祸，庶几海内一家，相接以诚，相守以法，共循正轨而臻治安矣。”
上海海军的独立，使段感到事态严重和自身陷于孤立。当时中国海军共有三个舰队，第一舰队是海军的主力。这次公然独立，不仅严重地威胁北洋系势力下沿海各省区，同时还可以帮助护国军运兵北上。
段祺瑞这才了解问题严重，乃不再坚持要行新《约法》，同时由于林长民、张国淦的奔走，乃于6月29日由黎元洪正式申令，仍遵行民国元年公布之《临时约法》，申令如下：“共和国体，首重民意。民意所壹，厥惟宪法。宪法之成，专待国会。我中华民国国会自三年一月十日停止以后，时越两载，迄未召复，以致开国五年宪法未定，大本不立，庶政无由进行。亟应召集国会，速定宪法，以协民志而固国本。宪法未定以前，仍遵行中华民国元年三月十一日公布之《临时约法》，至宪法成立为止。其二年十月五日宣布之《大总统选举法》，系宪法之一部，应仍有效。”
又申令：“依据《临时约法》第五十三条，续行召集国会，定本年八月一日起，继续开会。所有关于袁氏时期之立法院、国民会议各法令，应即撤销，并裁撤参政院，特任段祺瑞为国务院总理及各部总长。”于是争议不决的法统问题，遂告一段落。
7月14日，黎元洪下令惩治帝制祸首杨度、孙毓筠、顾鳌、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可等八人，余悉从宽免。西南军务院以所提条件，大致均孚愿望，遂于同日由唐继尧、岑春煊、梁启超、刘显世、陆荣廷、陈炳焜、吕公望、蔡锷、李烈钧、戴戡、刘存厚、罗佩金、李鼎新等联合通电撤销，声明国家一切政务，静听元首、政府和国会主持。
洪宪垮台，袁世凯去世，梁启超和蔡锷这师生二人便成为当时人望。黎元洪做了光杆总统后，极望能拉拢护国方面的力量，倚为支援，于是有人向黎建议，礼聘梁启超为总统府秘书长，如梁北上，以梁当时的人望和西南护国军方面的实力，足以牵制段祺瑞。黎颇以为然，遂于7月1日致电梁启超，电云：
“屡承来训，虑远思深，谋国之心，家居弥笃。泰山北斗，景仰为劳。亦每知读礼之时，不敢以阁员相浼，然万端待理，棼如乱丝，辱以庸才，丁兹危局，设使旧鼎覆餗，沦胥以灭，既负人民望治之心，亦违先生救时之愿，窃不自揣，欲以本府秘书长相屈，既无嫌乎夺情，且可资乎论道。先生模楷人伦，万流仰镜，倘肯垂念邦国，当不忍金玉尔音。敢布寸心，拥彗俟命。”
梁启超是聪明人。何尝不知道这是吃力不讨好的工作，所以婉辞复谢。黎元洪随后复数次致书遣人邀梁入京，赞襄一切，并命公府收支处自7月份起月赠津贴2000元，其致梁函略云：
“自违尘教，裘葛载更。岭树江云，迢迢千里，虽鳞鸿多便，邮电常通，而仰企之怀，未足罄其万一也。徐君佛苏到京，询悉素履安和，旅祺清适，欣慰不可言喻。国家多故，祸变相寻，赖执事奔走提倡之功，与夫调护斡旋之力，幸得由剥而复，转危为安。元洪不才，亦获随诸君子后，共荷钜艰，凡百措施，均资指导，嘉猷伟略，薄海同钦，此固民国无疆之休，非仅私幸已也！现在国会将开，人心粗定，而茫茫前途，来日大难，一切建设问题，非得宏才卓识如执事者，从容坐论，随事谘商，长夜冥行，其何能淑？前曾奉上一电，敬迓高轩，适执事俨然在忧服之中，哀毁已甚，未便固请，然引伫足音，寸阴若岁，自夏徂秋，虚席以待者，亦既三阅月矣！屈指读礼之期，行满百日，为国夺情，万民所望，睹此危局，宁忍恝然。伏乞台从北来，克日命驾，慰我饥渴，示我周行，九顿以请，幸毋遐弃，鉴此微忱。”
民国5年双十节，黎元洪以共和重建，特发表大批授勋令，以为酬庸之典。首授孙中山大勋位；蔡锷、唐继尧、陆荣廷、梁启超、黄兴、岑春煊6人以勋一位；段祺瑞、王士珍、冯国璋3人以一等大绶宝光嘉禾章。这些勋章，颁赠得太多，如西南首义反帝制派之将领及北洋帝制派之拥有兵权者，甚至逊清皇室之世续、载涛、绍英等，亦均获得。遂使鱼龙混杂，有勋章如雨之势。