苻坚的叛徒们一个个原形毕露，关中地区也被他们占领得差不多了。鲜卑人慕容冲、慕容泓，羌人姚苌，都是些对前秦氐兵毫不留情的人物。
慕容冲在蒲坂不敌前秦大将窦冲，带着鲜卑骑兵投了慕容泓，而姚苌毕竟忌惮苻坚威名，也积极与鲜卑人通和。慕容泓的兵力达到十几万，重新恢复了士气，他便派了个使者给苻坚一封信，叫苻坚把慕容暐送来，他就即刻退兵回关东，燕秦两家可以做个好邻居。
苻坚大怒，把慕容暐叫来，发泄积压在胸中多日的怒火：“我让你的兄弟们做上将、纳言，哪个不是好差事，这和回家有啥两样？为什么偏要乘我之危，如此猖狂起来！慕容垂作乱于关东，慕容泓、慕容冲又在关内起兵。慕容泓的书信在此，你要走，我资助你走。你的这些宗族，可谓人面兽心，哪里能以国士之礼相待？”
慕容暐又是叩头，又是流泪，苻坚心一软，说：“你的忠心，我懂了，都是三个竖子的错，不是你的事。”恢复了他的职位，待之如初。
懦弱的慕容暐这次也使起阴毒手段，苻坚叫他写信招降慕容垂以及慕容泓兄弟，他却写密信给慕容泓，叫他好好开展反秦复燕活动，又给他们三人授了职位，一旦自己有所不测，他就可以称帝。
慕容泓拿到这封信感到真是奇货可居，这不明摆着是“先帝遗诏”嘛，我还有什么好犹豫的？于是改元燕兴，挺兵杀向长安。
复燕尚未成功，鲜卑人自己先出了乱子。慕容泓阵中好些人本在慕容冲手下谋事，如今受不了慕容泓苛刻的军法，觉得慕容泓得了好处未必于己有利，便合谋杀了慕容泓，推举慕容冲为皇太弟，统领关中燕军。
慕容冲不过是个二十来岁的年轻人，只因长得好看（《晋书》说他“有龙阳之资”），当年深受苻坚喜爱，进了苻坚宫中。王猛多次劝谏苻坚，苻坚才把他派到外地为官。长安城内就有歌谣唱道：“凤凰凤凰止阿房。”苻坚以为是吉祥之征，还专门在阿房城里种了几十万株梧桐和竹子等待凤凰。而那句谶谣的真正含义就是暗指慕容冲将来的反叛。慕容冲的鲜卑军在阿房城大败刚刚从洛阳城退回关中助战的苻晖的军队，接着又在灞上击败苻坚派来阻击的三万秦兵，入据阿房城。慕容冲小字凤凰，终于应验了十年之前的谶言。
长安城遭受慕容冲的逼围，危在旦夕。如前所说，苻坚意识到根本不能把慕容兄弟们看做什么国士，但为时已晚。
唯有慕容垂还给苻坚专门写封信，向他陈述自己在关东起兵的原因，最后摆出一副担心的架子说：“我现在进兵包围邺城，苻丕不明时势，关门死守，还不时出来向我军挑战，我只怕乱箭哪天不小心就射中他，伤了陛下的心，您不如把他召回关中，我们也好‘皆大欢喜’一场。”
苻坚不甘心放弃关东最后一块领地，回复慕容垂说：“我对你这么好，你却叛我。你年纪这么大了（慕容垂当时已年过六十），还要背个‘反贼’的名号，该伤心哀痛的是你才对。我只可惜苻丕年少没经验，在邺城这样的地方与你相遇，恐怕不是你的对手！”这是两位英雄的最后一次对白。慕容垂看了回信也没话说，只好继续规划他的攻邺大计。
后燕军队在关东地区到处受降，守备洛阳的苻晖又自动弃城而走，现在只剩下苻丕的邺城还在苟延残喘。慕容垂知道邺城是燕国的旧都，不拿下来难以服众，于是把大部兵马放在邺城附近，重点攻打城池。苻丕搞的城防工事的确完备，燕军花了好大的劲仅攻下外城，秦军又退保中城继续防御。
战事从这一年（公元384年）的正月持续到七月，几乎没有什么进展。这时燕军内部的矛盾暴露了出来，丁零人翟斌不愿受慕容垂的节制，渐有贰心。慕容宝、慕容德等人都劝慕容垂先下手为强，除掉翟斌兄弟。慕容垂则认为现在是招揽天下人才的时候，杀了翟斌会失天下人心，又说翟斌“骄则速败，岂能为患？”反而对翟斌更好。（慕容垂对付翟斌，拿出郑庄公的那套手段，坐视其毙，这种“杀人手法”，有时反倒让人不寒而栗。试观《左传》“郑庄公克段于鄢”一段，“刀光剑影，尽在言谈之间”。）
翟斌乃是有勇无谋之人，自然得寸进尺，又让手下的丁零人向慕容垂要求封他为尚书令，被慕容垂拒绝。反复无常的翟斌派密使与苻丕相通，准备决堤放水灌入城内。慕容垂早有所料，获取了翟斌和苻丕暗谋的证据后，捕杀了翟斌和他的兄弟翟檀、翟敏。
翟斌的侄子翟真在这场内讧中捡了条命，深夜带着丁零人逃往邯郸，随后又杀回邺城，想和苻丕来个里应外合，却被慕容宝、慕容隆的军队打败，退回邯郸。慕容垂本想乘丁零人立足未稳，将其消灭，派出慕容楷、慕容绍袭击邯郸，翟真逃往中山（今河北定州），燕军一路北追，在下邑赶上翟真，慕容楷不听慕容农的劝告，中了丁零人的埋伏，打了败仗。翟真在中山安顿下来，成为骚扰慕容垂后方的另一支割据势力。
慕容垂围攻邺城大半年，一无收获，又增加了丁零这个不安定因素。他知道苻丕绝无投降的道理，决定放弃猛攻，屯兵新城，同时给邺城留了条西进入关的退路，盼望有个好结局。
邺城中囤积的粮草已经消耗殆尽，但苻丕不领慕容垂的情，坚持要与邺城共存亡，然而随着时间的推移，城中的精兵已成羸兵，眼看挺不下去了。这时从南方传来消息，东晋的北伐军已经渡过黄河。
原来淝水之战东晋侥幸取胜后，谢安奏请孝武帝乘此良机干涉北方战场，开拓中原的国土。东晋方面派出谢玄伐秦，前秦守兵军无斗志，后燕的势力又来不及到达河南地区。谢玄等人攻克彭城，连续占领衮州、青州等地，在不到半年的时间里收复了黄河以南的大片失地，晋军前进势如破竹，与邺城内外苦斗不止的秦燕军队形成了鲜明对比。
邺城中的守将们得到了晋军的消息，苻丕手下的汉人杨膺等人怂恿苻丕向东晋求援。苻丕本还不肯，但秦军在黎阳与东晋前锋刘牢之的交战中打了败仗，无奈之下，苻丕终于很不情愿地给谢玄写信，希望用邺城换取东晋的粮草，杨膺等人则买通了送信的参军焦逵，密谋献上城池。谢玄收到密信，决定增援邺城，一面派刘牢之、滕恬之率领两万北府兵前往邺城助战，一面从水陆两路向邺城输送粮食。
慕容垂打退几路作乱的丁零军队，回头发现得援兵相助的苻丕还在死守邺城，十分气愤，又出兵包围了邺城。
与此同时，刘牢之的军队也来到了邺城之下。晋军和燕军初战不胜，但北府兵的战斗力很快显示了出来，晋军在第二场接触战中取胜，一下子就打退了后燕在邺城外设下的包围。燕兵全军北逃，刘牢之得势不饶人，也不向苻丕打个招呼，就紧追不舍。疲惫的秦军只好跟在后面，可速度却差了一大截。
晋军士气正旺，后燕军队连战连败，好像要一溃千里了。慕容垂对形势看得明白，他说：“秦、晋两军刚刚合兵，该是相互依靠的时候，他们一损俱损，一荣俱荣。现在他们一前一后到来，正好可以各个击破。”
刘牢之急行军二百里，到了五桥泽（河名）时一头撞上了后燕军队丢在这里的辎重，晋军争相抢夺，中了慕容垂的妙计，燕军突然向晋军杀奔过来，晋军来不及摆开阵势，已被燕军斩首几千。慕容德和慕容隆带兵堵在河上的五丈桥头，断了刘牢之的退路，幸好刘牢之骑得一匹好马，纵身跃过河涧，才得以单骑逃回邺城。
（北府兵以“百胜之师”的名声，在淝水之战中立下头功，却在小小的五桥泽头栽了跟斗，刘牢之骁勇无比，也差点没了性命，也不知道这胜负之间是否真有命运的安排。反正慕容垂对付东晋的北伐军的确是有一套，二十年前搞倒了一个桓温，二十年后又弄惨了谢玄、刘牢之。南朝从此再不敢有“非分之想”，以后的北伐也几乎再没跨过黄河半步。）