董卓死了，朝政由王允主持，照理说，天下应该走向太平了。然而，事情往往不会按照人们的预期发展。前面我们曾经介绍过，王允是一个善于向生活学习的学生，然而这个学生未免太容易翘尾巴了。董卓在的时候，王允还能按捺住自己刚烈的性格，耐心周旋，小心应对，一旦董卓不在了，心头的巨石放下，再加上自恃功高，王允就渐渐开始骄横起来。
董卓被杀的时候，名士蔡邕正在王允家做客。听到消息后，不禁发出一声叹息，王允马上呵斥他道：“董卓是乱臣贼子，杀害幼主，残害忠良，你是国家重臣，世代受汉室恩禄，朝廷危难的时候，你不倒戈，董卓被除，你却替他悲痛，真是汉室的叛徒。”完成义正词严的演讲后，王允就将蔡邕收监。
蔡邕博学多才，是当时著名的学者，曾经编撰《汉史》，又作《灵帝纪》、个人列传四十二篇，虽然多数毁于战火，依然有一百多篇文章传世。蔡邕还非常精通书法，据唐代张彦远说，蔡邕的书法是神人所授，他后来传给女儿蔡文姬，蔡文姬传给钟繇，钟繇传给卫夫人，卫夫人传给王羲之，王羲之传给王献之，算来书法大家王羲之、王献之都是他的徒孙。当时董卓看中蔡邕的才华，极力拉拢，被拒绝后，便给了他两个选择，要么受命来我这里当官，要么等着灭族。蔡邕一听，哪里敢不来，于是和王允一样，在董卓手下服务。
蔡邕听到董卓死讯，发出叹息，也是人之常情，谁知这就触怒了王允。当时蔡邕正在编撰《汉史》，就向王允哀求，只要留他性命写完此书，宁愿接受脸上刺字、剁掉双脚的惩罚。士大夫和朝廷有识之士怜惜蔡邕的才华，请求王允网开一面，没想到王允严词拒绝说：“当年汉武帝没杀司马迁，结果世上多了一部谤书。如今要是留下蔡邕，不是又要多一部谤书来迷惑天子，诽谤你我吗？”皇皇《史记》，“史家之绝唱，无韵之离骚”，在王允看来居然只是一部“谤书”，人们还能说什么呢？
就这样，一代才子蔡邕就这样稀里糊涂地见了阎王。史书记载，王允曾与蔡邕在一起会谈辩论，王允常常理屈词穷，败于蔡邕，于是心中忌恨，借诛董卓之机，杀掉蔡邕以泄私怨。无论出于什么原因，杀掉蔡邕都是一个败笔，因为这就等于给城内城外曾经追随过董卓的人发出一个信号——你们的命运也和蔡邕一样。
这样一来，城内士人重臣人人自危，马日磾愤愤地说：“王允恐怕是快断子绝孙了，贤良之人是国家的命脉，制度和著作是国家的经典，斩经脉，废经典，岂是能长久的啊！”那么，城外的人反应如何呢？
董卓被杀的时候，他的部将牛辅、李傕、郭汜正在陈留等地奉命劫掠，听到长安变故，都像惊弓之鸟，慌乱失措。对待董卓余部，吕布的态度是，把他们全给杀了，以绝后患。王允倒是显示出了难得的宽容，认为他们没罪，怎能伤及无辜。然而在具体处理的时候，王允却又反复无常，先下诏赦免这些人，转而又觉得不对，追回了诏书。
一来二去，如何处理牛辅等人，诏书迟迟未定，谣言倒是先一步传到凉州，说王允要诛杀所有的凉州人。牛辅等人越想越怕，蔡邕只因一件鸡毛蒜皮的小事就被杀头，自己跟随董卓多年，焉能躲过这一劫？
正在这个时候，吕布自作主张，派李肃去诛杀董卓的女婿牛辅，牛辅自然不肯束手待毙，反戈一击，将李肃打败。但牛辅最终没能逃脱一死，被自己手下倒戈杀掉。李傕、郭汜见到这种情况，就请求王允高抬贵手，放他们一马，被王允拒绝。李傕、郭汜这时候已经吓得六神无主，准备放弃队伍，逃回老家。贾诩，这位后来大名鼎鼎的曹操的谋士给他们出主意说：“你们就这么走了，半路上一个小官就可以把你们绳之以法，不如召集军队杀上长安赌个胜负。胜了，就把持朝政，败了，再逃命不迟。”李傕等人听到这话，恍然大悟，立即纠集几千人马向长安进发。
这时候王允还没有意识到已经大难临头了，他派了两位凉州名士前去向李傕等人招安，然而言语里没有任何抚慰的意思，口口声声称呼李傕、郭汜“小兔崽子”。结果，两个使者不仅没有招安，反而投靠了李傕，临走还拉去了一批人马当见面礼。王允又派董卓旧部胡轸、徐荣前往镇压，可徐荣战死，胡轸投降。
就这样，李傕、郭汜一路招降纳叛，队伍像滚雪球一样越滚越大，本来不过几千人马，到长安城下时已经成为十万大军，将都城团团围住，这也说明王允太不得人心了。
王允、吕布这才意识到大难已至，仗着长安城池坚固，苦守几月。谁知吕布军中有人反叛，长安失守，吕布奋力拼杀也无济于事，只好匆匆逃走，临走还招呼王允同行。这时候王允倒又体现出了自己一贯的气概，谢绝说：“安邦立国，是我平生心愿，即使不能如愿，我也甘愿以身殉国。皇上年幼，还需要我扶持，灾难一来，我自己逃了，留下皇上，于心不忍。还望你此去关东，勉励关东诸公一定要心系皇上啊！”吕布只好自己逃离长安，投奔了袁术。
说完一番掷地有声的话，李傕也已兵临城下。王允被捕，与妻儿十多口人共赴黄泉，时年56岁，长安城中的兵荒马乱终于告一段落。李傕、郭汜重新任命百官，把持了朝政。
董卓覆灭后，正是要收拢人心、避免恐慌的时候，王允却白白放弃了这样的机会，先为泄私愤杀蔡邕，失去了士大夫的支持，后来对于董卓旧部是剿是抚左右摇摆不定，硬生生将李傕、郭汜逼上了造反之路。王允若能以大局为重，应对有方，长安就不会再度陷于战乱，东汉的命运也许有机会改写。王允忠于朝廷，为人刚正，都是值得肯定的，但他刚愎自用，一意孤行，做事刻板，不够灵活，终究不是驾驭乱世的人，所以虽有匡扶社稷之功，却不能跻身名臣之列。