当开平上下欢庆忽必烈称汗时，远在漠北和林的阿里不哥的心情却与这早春的寒风一样料峭。那些拥护者们叫嚷着，谩骂着，无法接受这个既成的事实。于是，他们也紧随忽必烈之后，在蒙哥皇后兀鲁忽乃妃子、蒙哥的儿子玉龙答失、察合台孙阿鲁忽等人的拥戴支持下，阿里不哥在和林召集西北诸王的库里台大会，宣布为大汗，控制了蒙古本部和察哈台、窝阔台兀鲁思（封地）。漠北的草原上，出现了两个太阳，一对亲兄弟间的厮杀慢慢拉开了序幕。
然而，忽必烈的策略、思维和组织管理能力要比自己的这个四弟更胜一筹。他未雨绸缪，在大战来临前，就积极采取措施，千方百计稳固自己，瓦解对方。
在开平忽必烈大汗行营，紧张的研讨一刻也没有停止过。忽必烈知道，按成吉思汗的法律，这次仓促的选举是非正式的。按传统，库里台大会应该在蒙古草原召开，会前应召集成吉思汗的四个兀鲁思的代表们出席。自己的汗位来得不是那么光明正大，自己的弟弟绝不会善罢甘休。于是，继位之后，忽必烈马上着手做好应变准备工作。
宫殿内，喜庆的布置还没有来得及撤下，空气就变得紧张起来，各部首领及各级指挥官济济一堂，共同研究着大元下一步的走向。
郝经说：“陛下，皇帝登基，理应诏告天下，让天下黎民欢庆，让率土之滨拥戴。而今，我大元帝国应速派出使者，走马四方，把陛下承天运大事尽快让陛下子民知晓。特别是漠北和林，更应派出庞大的使团，向阿里不哥王子说明此事，防止小人谗陷，导万民于水火。”
忽必烈早有此打算，自己的亲兄弟，能不动干戈最好，毕竟一奶同胞，血浓于水呀！
因此，忽必烈立刻准奏，即刻组织了一支一百多人的豪华贵族代表团出使和林，这支代表团由多位宗亲王爷和异密（大臣）组成，他们身份高贵，能言善辩。临行前，忽必烈亲自召见了他们，并语重心长地嘱咐他们说道：“和林之行，光荣而艰险，一定要想办法劝说我的亲弟弟，你们的四王爷，向他阐明既然哥哥已经登基，都是自家人，一母所生，一奶同胞，何必要斤斤计较呢？哥哥当了大汗，自然就有弟弟的份子，当哥哥的怎能会亏待小弟弟呢？只要他拥戴、支持哥哥为蒙古国的大汗，他想要什么哥哥都答应！”
郝经的用意很明显，他要引诱阿里不哥把理输给忽必烈。
结果，暴躁的阿里不哥上当了，他不但不听忽必烈的苦口婆心的劝说，还愤怒地把这一百多名特使都关进了牢笼，后来还不解恨，为表示决绝，又把这些特使全部杀了。他的这种过分的做法，在黄金家族的许多部落看来，他显得极端、暴躁和无礼，因而许多部落转而投向了忽必烈这边，甚至有被杀的宗亲部落毫不犹豫地站在了反对阿里不哥的前沿。
接着，阿里不哥派出了两路人马，气势汹汹地向燕京杀来，首先挑起了战争。
工于心计的忽必烈却恰好相反，他不厌其烦地派使者到每一个部落，千方百计赢得他们的支持，证明自己是名正言顺的蒙古大汗，以求得更多人的拥戴。尽管路途遥远，但他依然派出使者到钦察汗国，对钦察汗说：“忽必烈秉性仁和，为当之无愧的人君。钦察汗国向来与托雷家族关系亲密，我们大汗是不会忘记的！”同时转告他们说，忽必烈大汗也承认钦察汗国的存在，“长子西征”中拔都占领的领土，理应是钦察汗国无可辩驳的国土，蒙古帝国将一并承认；蒙古帝国将致力于同钦察汗国的经贸发展，友好通商，互相往来。同时送上大量的金帛，以金钱和领土赢取他们的支持和拥戴。
对于弟弟旭烈兀治下的伊尔汗国，忽必烈也以同样的方式赢得了他们的支持。旭烈兀与忽必烈关系向来不错，此时的旭烈兀，正领军发动第三次西征。旭烈兀当时已攻克巴格达，先后攻占美索不达米亚北部诸城，以及大马士革等。接到忽必烈在开平即大汗位，并且和阿里不哥发生了汗位之争的消息后，他决定不再赴和林，而是留在波斯。就是采用这种方法，忽必烈初步分化、瓦解了阿里不哥的阵线，再加上阿里不哥骄傲自大、蛮横暴躁，让各部落没有好感，所以当他的使者再去告知阿里不哥称汗时，诸王们坚决抵制。旭烈兀和别儿哥则二话没说，就把他的使者赶出门去……
政治上赢得先机后，忽必烈没有停止备战的脚步。深谙用兵之道的忽必烈知道，打仗，其实拼的是经济。谁能有一个稳固的后方，谁就能源源不断地获得钱粮，谁就能在战争中走得更远。况且，阿里不哥控制着整个草原最为精锐的部队，加上蒙哥的大部兵马，实际上他掌握的是草原部落军事力量的百分之七八十。如此庞大的力量，如果没有充足的钱粮做后盾，他的理想只能是梦想，他的梦想最后会褪色为幻想。因此，他接受了刘秉忠、姚枢等人的建议，在中央设置中书省，提拔王文统担任行中书省平章政事，主管中原汉地政务，改革赋税制度，“除旧弊﹐立新政”，为了战争积蓄了充足的钱粮。
为了更有效地控制地方，忽必烈听取了刘秉忠、姚枢、郝经等的建议，设置了行省，由中央政府直接向各地派遣亲信和能臣，着手打造一个稳固的后方。他首先派出才能出众、办事认真的赵壁、董文炳为燕京路宣抚使，帮他巩固漠南，确保这块物阜人和的根据地不受侵犯。同时，征调七千多人的怯薛军驻扎燕京，又调集史天泽等带兵驻扎邢州，拱卫都城，确保中央政府的安全；派遣临事镇定、处理问题果断的廉希宪、商挺出镇关中，任京兆、四川道宣抚使，运筹帷幄，平定关陇，稳定大西南；派遣张启元为西京宣抚使，控制并稳定关中地区，确保阿里不哥大军不能侵袭中原。……在牢牢地掌握了这些重要的地区后，还向益都、济南、河南、平阳、太原、真定、京兆、东平等路派置官吏，鼓励农桑，兴修水利，屯田种粮，发展农业生产，尽快医治战争创伤。为避免两线作战，忽必烈还派出谋臣郝经为翰林侍读学士，赐佩金虎符、充国信大使，携国书出使南宋，“告登宝位，布弭兵息民”，促使南宋议和。（郝经出使南宋，被贾似道秘密关押达十六年之久，但他对忽必烈的忠心始终不改，被称为南宋“苏武”，一时传为佳话。）
他把吐番地区仍然交给他最信任的八思巴。
现在，忽必烈是要人有人，要钱粮有钱粮，战争的条件已经成熟，随时都可以征讨不听话的阿里不哥。而且，这一系列的措施，也让更多的人清楚地认识到，只有忽必烈才能统治这个庞大的帝国，而脾气暴躁、毫无章法的阿里不哥，怎堪胜任泱泱中华的伟大皇上！
此时的忽必烈已经占据了天时、地利和人和，但忽必烈仍旧彻夜难眠，为什么呢？因为陆续传回的信报说，唯有六盘山及川陕一带的浑都海部，仍是阿里不哥的忠实支持者。大战前，能事先平定该部，这样才会更有胜算。
于是，忽必烈密令川陕宣抚使，一定要在与阿里不哥正面交锋前，设法瓦解阿里不哥的阵线，消灭敢于违背自己、追随阿里不哥的浑都海部。接到命令后，廉希宪和商挺矫诏在京兆捕杀支持阿里不哥的刘太平和霍鲁海，在成都捕杀明里火者，在青居诛杀乞台不花，这样釜底抽薪，孤立了浑都海。浑都海一看不好，企图向阿里不哥靠拢，结果被打败，全军覆没。忽必烈干净利落地稳定了西南地区，失去了浑都海的支持，阿里不哥未出师先折翅，力量几乎失去了一半。
此时，忽必烈以汉地丰富的人力、物力为依托，决定出兵讨伐这个不听话的弟弟，于是爆发了两个“汗”的战争。