妖书案结案的时候已是第二年的四月。
事情也果如陈矩的经验：遇上实在难以侦破而又非破不可的案子，便弄一个身分不高、影响力小、最不会引起舆论关注的替死鬼，当他是“真凶”。
妖书案由于万历皇帝再三的降旨，务要拿获真凶，承办的厂卫承受不了压力，也就昧下了良心。
一个名叫皦生光的秀才成为无辜的冤魂，做了替死鬼——
原先，东厂在十一月间缉获了一名被人检举的可疑男子，名叫缴生彩；什么证据也没有，但是，一用刑，就能有口供。
缴生彩供称自己什么事也没做，之所以被人检举，也许与其兄皦生光有关，因为皦生光是顺天府的秀才，常与刻书的作坊往来。
这便是“与刊刻有关”的口供——
于是，厂卫立刻出动人马，搜捕皦生光，连同妻妾、儿子一起捉入东厂问案。
但是，问了半天，问不出个所以然来；索性又去捕了与皦生光有来往的刻书作坊的人来。
审问到了刻字匠徐承惠，徐承惠搜尽枯肠的把历年来皦生光曾交给他刻字的文稿逐一的想遍，逐一的列出，但是，其中并没有任何有关妖书的只字片言。
原本如获至宝的捕到了“真凶”，一群人兴奋了好些天，这下，又被有如冷水泼头的徐承惠供词给弄得心里全凉了。
而万历皇帝还不停的派人来催逼尽速破案——
锦衣卫左都督王之桢实在吃逼不过了，索性主动来找陈矩商量。
但是，在开口之前，他就认定了皦生光是真凶；因此，他在寒暄完毕之后，第一句话就是以愤愤的语气怒声的说：“这个刁民，真是可恶！打断了腿都不肯说实话，真气死人了！”
陈矩还以他温和的言语：“气坏了自己，犯不上啊！慢慢来，总能问出实情来的！”
然而，王之桢的基本态度与他不同，兀自用力的摇着头说：“慢不得啊，这刁民抵死不招，日子拖久了，他没事，咱们可要让万岁爷下旨论罪了！”
这也是实情，陈矩无话可说了；而王之桢却进一步的说道：“我就是特地找你商量这事的——得弄个什么法子，让这个刁民招供；要不呢，跟别的几位打点打点，不管他招不招，就是这样结案了吧？”
他的意思很明白，无论皦生光招或不招，供词由厂卫替他写了，按上手印就算数；唯一要“打点”的是刑部会审的官员。
“这会子，还不知道万岁爷要派什么人来，总不过是府部九卿科道吧，大约没有什么不成的！”
陈矩一听，心中先是一声暗叱：“你明里说来找我商量，其实，不是把什么都想定了吗？商量是假，要我照你的主张办才是真！”
但是，他也不想同王之桢伤了表面上的和气，索性故意做出一副沉吟的样子：“唔——此事，得仔细合计合计！”
王之桢哈哈一笑道：“还有什么好合计的呢？早点结了这个案子，大家好回家睡觉去！”
陈矩沉着脸说：“要结案，总得证据齐全——这会子，别说皦生光抵死不招，便是旁人的供词，也不足以定罪，更何况证据不足——”
王之桢又是一笑：“要证据齐全，又不是什么难事！”
陈矩当然明白，伪造一些证据，实在是易如反掌的事，但是却不敢苟同，便索性不说话了，闷着声让王之桢继续往下说。
王之桢与他本无嫌隙，不过些微的意见不同，根本也没放在心上；但是，王之桢也明白，陈矩无论是在职位或是在万历皇帝面前的份量都要比他重些——陈矩目前以司礼监秉笔太监兼任提督东厂太监，于太监来说，已是“位极人臣”了，自己在口头上还是让着他一点的好。
于是，脸上扮起了一副笑容：“无论如何，厂卫这边，总是以陈司礼马首是瞻啊，您怎么说，大家就怎么办！”
这句好话一说，果然，陈矩的神色就缓下来，但是，他仍然沉吟着说：“据咱看，这皦生光是冤的！”
但是，话说出口后，自己立刻有点后悔，索性转移话头向王之桢说：“倒是有那么一句话在暗地里传来传去，说是沈阁老拿出大笔银子，要皦生光诬攀郭侍郎？”
他本意是换个重点，却不料王之桢一听就大惊失色，立刻附在他耳边低声的说：“怎么您不知道哇，叫皇太子给挡了回去了！我听得人说，皇太子派人传了话到内阁，说是乞容了郭侍郎——有了这话，即便沈阁老一个人想干下去，也没有人肯当帮手了！”
一席话听得陈矩心中怦怦的跳，却也提醒了陈矩，自己也受过托，要维护郭正域——两个人衡量起来，他当然挑郭正域。于是，他点头。
第二天，王之桢就迳自向万历皇帝报告，一口咬定皦生光是真凶。几天后，万历皇帝裁示会审皦生光——这不过是程序而已。
皦生光早已不堪刑求而承认了所有的罪名，但是，颇有骨气的他却不诬攀他人，只说所有的事都是他一人所为，包括撰文、刻印、乃至一夜之间散发了几万本。
供词实在可笑——会审的官员们莫不心中窃笑：“一夜之间散发了几万本书，每家门口放一本——这人如果真的做得到，就是神仙了！”
但是，没有一个人把这话说出口来——在表面上，每一名会审的官员都扮出正直廉明的嘴脸，说几句仁义道德的话，然后作下一个结论，写成奏疏，上报给万历皇帝：“皦生光前作妖诗，继播妖书，罪证甚确，自认无词——”
功德圆满了。
接下来，皦生光被按照一定的程序送三法司，由三法司拟定应处之刑——四月中旬，刑部尚书萧大亨将此案作了完整的汇整，写成万言的奏疏，上报给万历皇帝。
在龙床上，听着太监们诵读完这么一篇冗长的奏疏，才到一半，万历皇帝的心中就开始感到了烦；但是，他并不糊涂，全文听完，他立刻作了指示：“论斩太轻，着改为凌迟处死，家属发配边疆充军！”
这便是他为妖书案所说的最后一句话了，案子总算了结了，对天下臣民也好交代了，拖了这么久，他早就不耐烦了。
一会儿之后他就沉沉睡去了，陪伴着他的只有福寿膏的香气，没有人知道他的心里在想些什么，当然也就没有人知道他的心是否感受到了一些非常特别的力量在迅速的增长，这包括了塞外的蒙古、女真，乃至于大明国土中远离京师的一些读书人——