王辅臣被搞定了，耿精忠却还在蹦跶。他的思路是占领江西，跟吴三桂在湖南的大军连成一片，继而占领浙江，控制东南沿海地区，在长江下游地区，与吴三桂所占据的长江中游，成犄角之势。
如果耿精忠的部队进入江西、浙江，与吴三桂会师，将会使清军处于极其被动的地位。康熙帝命清军死守各战略要地，一定要挡住耿军，使之不得入江浙。
算起来，耿精忠自康熙十三年三月起兵叛清，至年底，已连续攻占江浙二十余城。清军援兵陆续赶到，分占南昌、杭州、衢州、吉安、袁州、九江、金华、广信、饶州、建昌、萍乡等各战略要地。双方围绕着这些据点，展开拼死争夺，均是伤亡惨重。清军虽未能阻止耿军进入江浙，却减缓了其猛烈的攻势，使之最终未能进入湖南。吴三桂虽占领了联结江西与湖南的萍乡、吉安等要地，但始终无法与耿军会师。
康熙十四年，耿军与清军的交战愈演愈烈。年前，康熙帝已命康亲王杰书、将军希尔根分别由浙江、江西作速进剿闽境，命平南王尚可喜派部队克复潮州后，即发兵救援困守在漳浦的海澄公黄芳度。黄被台湾郑经的军队打得毫无还手之力。
大陆已经够乱的了，要是台湾郑氏再掺和进来，那就更麻烦了。而要不让郑氏在大陆立足，就需要尽快平定福建。
清军开始进行反攻，除了解决福建，还要收复江浙失地。
江西吉安就像一块肥肉，馋得耿精忠直流口水，他一直没有放弃占有的打算。该郡万安县（今仍名），是“赣南水陆咽喉之地，贼寇出没靡常”。康熙十四年正月，清军先在这里给了叛军一顿痛击，而后双方不断展开拉锯战。
在此期间，浙江战场，双方也是打得难分难解。
江西的局势，虽有反复，但从五月下旬开始，清军逐步取得优势。
但敢于造反的，从来就没有省油的灯。清军攻克建昌后，本欲扫荡盘踞在建昌附近的叛军，于六月二十五日攻取石峡（建昌东，靠近福建省）。但因天气炎热，人困马乏，加上一连取得的胜利，让他们大意起来，以致中了耿军埋伏。全军损失惨重，只得退回新城。福建方面，清廷的海澄公黄芳度，仍坚守城池，台湾郑氏大军已猛攻一月有余。康熙十四年十一月二十日城破，黄芳度全家遇害，漳州也被郑军攻占。
清军虽不断有损失，但从整个战局来看，对他们还是比较有利的。战局有利，康熙帝的胃口也被吊了起来。他想彻底解决掉福建，以便早日与吴三桂决战。他试着向耿精忠发出了招抚的信息。康熙十四年八月二十三日，兵部报告：安亲王岳乐已遵圣旨，曾派陈廉前往福建再次劝告耿精忠接受朝廷招抚。
此一时，彼一时，耿被打疼了，也学得乖巧，这次他不但没有扣留使者，还送了银两和衣服，放其回来。并捎话说：我原本就是被总督范承谟逼反，并非真心要和朝廷作对，此番我愿意归顺，只是我的部下们，还很有顾虑，怕被追究，在清朝，我已是王爷，地位无以复加，我还有什么不满的，还有什么要追求的。范总督我并没有杀他，就是要留着他，来日见到皇上，与他当面对质。兵部分析耿精忠的话，认为“回答言语，并无悖谬之词，似有悔罪之心”。因此建议，继续招抚，可让其弟耿聚忠捧奉皇帝敕谕发往浙江康亲王杰书处，再商酌派人转送福建，重申朝廷已宽免其弟耿聚忠、耿昭忠及族中官员，一切亲属及耿精忠属下官兵之罪，向耿精忠“明白晓谕招抚”，促其投诚。看了兵部的报告，康熙帝当天就批复“依议速行”。
次日，康熙帝向耿精忠颁发一道敕谕。诏书由耿精忠之弟耿聚忠带往浙江。耿聚忠到了杭州，与杰书商定后，亲自去见耿精忠。不料行至衢州，耿精忠却拒不接纳。
耿精忠不傻，朝廷的过于宽厚与心急，反倒让他生疑。他虽屡受打击，但还未到山穷水尽之时，所以他还要再观望观望。
对于耿精忠的态度，康熙帝还是有思想准备的，平叛从来就不是一朝一夕的事。拒绝招抚，他就继续派援军，增强福建清军的实力。
在清军的不断打击下，耿军日子越来越难过，为了补充给养，他们甚至开始劫掠老百姓。一个政权的基础便是百姓，做这等欺负百姓，伤天害理之事，只能加快自己的垮台。如此乱象，耿集团内部不少人士，也开始做好为自己留退路的打算。总兵张存率八千人马，驻扎顺昌，开始不听调遣。总兵罗元生统兵固守，邵武总兵彭世勋等按兵不动。他们已暗通清军，表示愿作内应。
康熙十五年（1676年）二月，傅喇塔誓师黄岩向温州进军，一路所向披靡。到达温州地区时，遭到曾养性的顽强抵抗。他凭江固守，竟然撑了数月。
康熙帝命李之芳部固守衢州、金华，傅喇塔继续进攻温州、处州。康亲王杰书从金华移师衢州，进攻福建。
计划虽好，但还得有人执行。领兵的皇室贵胄，畏首畏尾，迟迟不动。此时清军已发起长、岳之战，突然，吴三桂派大将高得捷出醴陵，进江西，经萍乡，一举攻陷吉安。这可不得了，吉安是通向湖南的咽喉，也是通南康、赣州水路要道，此地一失，直接影响清军在福建的行动。简亲王被迫撤往广信，专力攻吉安。康熙帝大为震惊，严厉斥责江西方面的各统兵将帅。
康熙十五年六月六日，耿精忠叔父耿继善焚毁营盘，从建昌、新城撤走。康熙帝估计，耿精忠应该是被台湾郑氏所迫，我军宜乘机前进。他命令大将军杰书，贝子傅喇塔、赖塔，江西总督李之芳等“速剿闽寇，酌量招抚，勿坐失事机”。
康熙帝估计的没错，郑经与耿精忠内讧，郑索性直接派兵攻打耿军。耿腹背受敌，大败。老婆孩子，还有金银财宝全都丢了，只带了少数亲兵逃往邵武。
郑军一路夺取了漳州、泉州、汀州、邵武诸府。康熙帝觉得这是一个好时机，趁着“狗咬狗，一嘴毛”，清军应当大举进兵。
七月，康亲王杰书、总督李之芳、赖塔等部清军，会师衢州，决定彻底解决福建问题。
耿军大将马九玉等率数万兵马，守在衢州府江西岸，建营寨于九龙山。另分万人由大将林福等统率，扎营于衢州南，衢江（今港山江）右岸的大溪滩，为马九玉部押运粮饷。
衢州位于衢江右岸，顺流而下可通金华，溯流而上可通仙霞关。此为通福建的要道，从衢州到仙霞很近，进军福建这是一条捷径。耿精忠大军集结于此，便是为全力阻击清军入闽，并计划夺取衢州，以绝后患。
清军盘算着先断耿军饷道，这样可以动摇其军心，削其优势。八月十五日，赖塔等率满汉大军乘夜突袭，直扑耿军后勤中心大溪滩。耿军没有防备，仓促间迎战，未作有力抵抗。清军夺得大溪滩，乘胜攻取了大溪滩附近的江山县城。马九玉得知情况，料想也无坚守可能，只得撤退。途中遭清军副都统胡图部追杀，耿军狼狈不已，清军一举收复常山县。
虽连遭重创，但马九玉还未丧失斗志。他洞察清军有夺仙霞关入闽的意图，遂率残部绕道赶赴仙霞关，企图依险阻击清军。不过清军赶在他们前面到达仙霞关，二十日双方遭遇，最终马九玉仅携三十余骑逃出。守关的耿军参将金应虎，被迫献关迎降。清军长驱直入，攻入福建，一路上顾不得歇息，于二十三日，攻克浦城（今仍名）。
该县的石塘是由浙江进入福建的要道，耿精忠派都尉连登云以重兵防守。清军士气正旺，连破耿军九营，打开了这条通道。
清军于九月三日夺取建阳县城（今仍名），杀至建宁，耿军已弃城而逃。
与此同时，留守江西的安亲王岳乐属下，大将希尔根击败耿精忠属下白显忠部，夺取了建昌、饶州。“江宁将军”额楚收复广信，白显忠降清。
耿精忠一面遭受着清军无情的打击，一边背后还被台湾郑军插上了一把无义的刀子。耿精忠已到穷途末路，似乎只有投降一条路可走。投降不是为了寻死，而是为了谋生。可是怎样才能活下去呢？
他跟清廷讲，自己是被总督范承谟逼反的，所以他留着范的性命，以便一起去皇帝那里对质。这自然是鬼话，作秀而已。范承谟若活着，就是对他的威胁。只要皇帝见了范就什么都清楚了，要是范死了，兴许他还有忽悠的机会。
康熙十五年九月三十日，耿精忠派心腹前往关押范承谟处，逼其自杀。范的死很有讲究，要是他杀，耿精忠难逃杀人灭口之嫌。耿知范是个聪明人，未必会成全他，所以之前已嘱托心腹，若对方不肯就范，你便除之，但一定要做成自杀状。范承谟熬了几年，终于还是被害。一起遇害的还有属下嵇永仁、王龙光、沈天成，及弟范承谱。最后连看守他们的隶卒，也一并秘密处死。然后，将尸首焚烧，余烬骸骨丢到野外，不留任何痕迹。
康亲王杰书抵达建阳时，根据康熙帝的指示，再次给耿精忠发去一封招降信。
这封信就像一阵及时雨，按理说不该再讨价还价，但耿却立即答复说：“自愿归诚，恐部众不从，致兹变患，望赐明诏，许赦罪立功，以慰众心，乃可率属降。”
耿已没什么资本再提条件，康亲王多次被康熙帝训斥，他也不愿冒险再给耿氏苟延残喘的机会。于是没有理睬，命大军继续向福州进发。经建宁府，于九月底抵延平（今南平市），守城的大将耿继美献城投降。没有了这一屏障，福州已是一座孤城。这下耿精忠慌了手脚，急派官员刘蕴祥赶赴延平，献上“总统将军”印。接着，派他的儿子耿显祚同被扣留的前使臣周襄绪、陈嘉猷一起前往迎接康亲王来福州。十月一日，康亲王派官侍读学士尹泰携，携带康熙帝的赦免诏书，先一步到达福州宣示，接受耿氏的投降。
十月四日，耿精忠率文武官员出福州城外，迎接康亲王杰书与诸将入城，献上所属官兵册籍。
耿精忠投降的奏报，很快送达京城，康熙帝大喜过望。为稳定人心，他作出决定：耿精忠仍保留靖南王爵，率所属部众，随大军征剿台湾郑氏，图功赎罪。原藩下官员与所属两镇标下武弁仍留原任，兵丁有愿归农的，可到原籍安插。
眼见耿精忠也降了，其他叛军将领知大势已去，纷纷放弃抵抗。固守温州的大将曾养性“势迫无所归”，只好献城降清。十二月，自温州率部至福州。广东原潮州总兵刘进忠、碣石总兵苗之秀，也随之投降。康熙帝命他们仍留任原职，另加授刘进忠为“征逆将军”。江西、浙江叛军残部，没了后援，也相继请降。两省逐渐稳定了下来。
鉴于沿海一些城镇还被台湾的郑军占据，清军发起进攻，于康熙十六年正月收复兴化城。二月初，攻克泉州。郑军放弃漳州、海澄等城，撤回台湾。清军收复了漳州等十个县城。
康熙帝与吴三桂，两位时代最强音的牛人，即将迎来世纪大PK的时刻！