一连丢了那么多地方，清廷的形势危急。吴三桂下一个目标会是哪里？康熙帝判断，广西地接云南、贵州，形同一体。吴三桂要打的必是此地无疑。
朝廷下令“抚蛮将军”孙延龄，坚守广西。此人虽品性不好，但朝廷对其恩宠有加，料想吴三桂也出不了更高的价。况且这孙延龄虽无藩王之名，却也如同地方军阀一般，他应该不愿屈居吴三桂之下。
康熙十三年二月二十一日，朝廷给孙延龄、都统线国安、巡抚马雄镇、提督马雄等广西军政要员发出指示：“保固粤西，唯你们是赖。今大兵已抵武昌，倘贼犯武冈（湖南武冈）、宝庆（湖南邵阳），你们即率所部官兵，进剿叛军之后，大兵迎击于前。量此逆丑，自可克期扑灭。你们身在地方，必有确见，要同心协力，谋定而后行动，以副朕倚任之至意。事平之后，自将帅以至卒伍，朝廷都不吝重赏。凡有机密军情，可报告给宁南靖寇大将军勒尔锦。”
康熙帝原本的设想是，广西清军偷袭吴三桂大军后路，而清援军则正面攻击，形成夹击之势，将吴军主力歼灭于湖、粤之间。但老辣的吴三桂却撇下武冈、宝庆等地，直奔沅州、常德一线，而清军增援也迟迟没到，康熙帝的战略构想未能实现。
这还不是最要命的，让康熙帝万万没想到是，二月二十七日，孙延龄竟然叛清，投了吴三桂。
孙延龄也是辽东人，其父孙龙原为孔有德手下的小官吏，后随孔有德降清。孔有德南下，留镇广西，其父也升为将领。后孔有德将自己的独生女儿孔四贞许配给延龄，不过此时孔小姐尚年幼，所以他们暂时未成婚。再后来，孔有德死在了桂林，孙延龄的父亲也战死。清廷特给予恤典，孙延龄袭了他父亲二等男爵之位，另加一等云骑尉，而孔小姐则得到朝廷赏银万两，每年俸禄视同郡王待遇。孔小姐长大后，便与孙延龄完了婚。康熙五年五月，康熙帝任命孙延龄为镇守广西将军，统辖孔有德旧部，驻守桂林。
孙延龄是典型的小人得志，在自己的地盘上，骄狂的很。凡本省武官任免，他都擅自做主。康熙十一年九月，御史马大任弹劾他随意任免武官。兵部奉康熙帝的意思驳斥了马大任的参劾（应该是为顾全大局）。而孙延龄反过来，却请旨要求严斥马大任。康熙十二年七月，他的部下都统王永年、副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等人上疏举报：其贪污公款、纵容部下残害百姓、昼闭城门、乡民不敢入城等罪状。举报材料送到了广西总督金光祖手上，他据实上奏。
康熙帝派兵部侍郎勒德洪前去审理此案。这时，御使鞠珣乘机进言，说孙出身微贱，又属外姓，享有已故定南王孔有德的待遇，不知感恩图报，却胆敢为非作歹，委任其兄孙延基总管属下兵事，军心未服，已引起“讦告纷纷”。他请求将孙延龄调回北京，其属下兵士，或令归属八旗，或仍令驻守广西，另派一将官统辖。
康熙帝考虑到孙延龄已为王永年所揭发，现已派人前往桂林调查，应等待其调查结果，然后再议。
勒德洪到了桂林，很快查清王永年等举报的事情，大都属实。康熙帝再三考虑，没有对孙延龄治罪，只是警告一番了事。
经过此事，孙延龄和王永年是彻底翻了脸。吴三桂反清后，曾给孙延龄一封亲笔信，希望他能与自己共举大事。对于自己的胡作非为，为何没有受到惩处，其原因，孙延龄是很清楚的。他料定，若等天下大定，朝廷必然还是会对其下手。所以和吴三桂合作，也许是一种更好的选择。
细究起来，孙延龄与吴三桂还算是亲戚。孔有德当年曾与吴三桂联姻，将女儿孔四贞许配给吴三桂的次子。但其次子未成年就夭折了，吴三桂便认了孔四贞为干女儿。后来这位干女儿下嫁给了孙延龄，而孙自然也就成了吴三桂的干女婿。
除此之外，孙延龄归顺吴三桂还有一个重要原因：他深知自己能这么受清廷及吴三桂待见，完全是自己手上有人有地盘，若这些都没有了，他就等于是个屁。而眼前，如果不归顺吴三桂，吴三桂大军必然要攻打他。自己的能耐自己清楚，他不是吴三桂的对手。大战之后，就算能保住命，逃回北京，清廷也不会给他什么好果子吃。既然如此，那还不如跟着吴三桂干算了！康熙十三年二月，孙延龄宣布叛清归吴。
二月二十八日这天，孙延龄假称开会，把所有将领都骗到府中。装模作样开完会，当将领们陆续离开时，孙延龄布置在府中的伏兵突然杀了出来。他的仇人王永年，第一个被杀。而副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等三十余人随后也全部被歼。紧接着，孙延龄派兵包围了广西巡抚马雄镇衙署，将马雄镇全家围在里面。
马雄镇知情况不妙，让家人化装趁乱逃了出去，向朝廷报信。
孙延龄随即接到吴三桂要他攻打平乐等地的命令。
两广总督金光祖闻讯，派人火速进京报告。康熙帝下旨平叛，并悬赏孙延龄的部下，但凡有能将其擒斩者，优加爵赏，或以兵马城池纳款者，论功叙禄，或力有不逮，能自拔来归者，亦免罪收用。同时为了显示朝廷的宽厚，与孙有瓜葛者，无论是在京城，还是直隶各省，概不株连。
孙延龄叛清后，曾要求广西提督马雄从叛。这马雄虽然并不忠于清，但他历来看不起孙延龄这种靠裙带关系上位的人，所以他们之间的关系一直不好。孙延龄见马雄不听话，很是恼怒，发兵攻打柳州，却被击败。这马雄虽然打了胜仗，但他知道广西毕竟是孙的地盘，时间长了，估计也撑不下去，于是他赶忙联系吴三桂，要求归顺。第一次有人主动请降，吴三桂很高兴，他封马雄为“怀宁公”。广西都统线国安，很快也步其后尘降吴。
这时福建的靖南王耿精忠已反，向江西展开了进攻，而吴三桂在湖南督战，与清军激战正酣，没有多余兵力进入广西。所以此时的广西，仍然是孙延龄说了算。他自称“安远大将军”，向广西平乐、梧州等各处发布命令，起兵反清。他收编了万羊山一带的土匪，派人前去整编，把他们分成五镇，每镇兵士两千人，纵容他们劫掠附近各县邑。他又自封为“安远王”。吴三桂给广西各州府颁发印信，授其党羽傅奇栋为广西巡抚，李迎春为布政使，程可则为按察使。
由于孙延龄及马雄、线国安等相继降吴，广西文武官员大都也归顺。有趣的是，虽然如今换了老板，在同一面旗帜下，孙延龄与马雄仍然一如既往，互相攻击。康熙十年十一月初，孙调兵前去征剿马雄，结果又被打败。
他们的内讧让老板吴三桂很恼火，也很担心。他多次调解两人的矛盾，却未有明显效果。吴三桂在湖南大战，很希望孙延龄能助一臂之力。但孙延龄“以部众不从”为由，多次拒绝。次数一多，吴三桂起了疑心，密令严密监视此人动向。
孙延龄是靠岳丈上的位，所以在家很怕老婆。孔四贞作为女性，对外面的事不大了解。她觉得自己的父亲在清朝是亲王，很受朝廷恩宠，一家人也享尽荣华富贵。所以对于老公叛清，她一直是反对的。
吴三桂手下，有一位“信胜将军”，名叫傅弘烈。此人虽在吴营，心却在清廷。他与孙延龄私交甚好，在他的鼓动，及夫人枕边风的作用下，孙延龄开始变得有些摇摆起来。
傅弘烈密书朝廷，称如果能赐敕赦免孙延龄罪，封孔四贞为郡主，他有信心说服孙延龄，从而摆平广西的事。
吴三桂在京城的眼线不是吃干饭的，孙延龄反复之事，很快被吴三桂得知。他让孙子吴世琮前往桂林，明里是来调解孙延龄与马雄之间的矛盾，暗中却是要试探孙。若孙仍然不愿为吴三桂效力，那就果断除掉。吴世琮率军到了桂林，在城外安营扎寨，派人请孙延龄前来议事。孙延龄见是吴三桂的亲孙子，所以没有多心（暗杀的任务危险，一般不会让孙子干）。至于在城外，他估计是马雄怕他，所以不敢进城。想到这里，他还挺得意的。
在城外他见到吴世琮，但未见到马雄，吴世琮解释说，吴三桂更看重他，所以先让自己来征求一下他的意见。这话让孙觉得很有面子。两人谈了一会儿他和马雄的事，后来话题又转到要孙出兵一事上，孙照样找理由推脱，至此吴世琮也下定了除去孙的主意。谈完事，孙延龄告辞。刚出营门，便被兵士从背后一剑刺穿前胸，孙当即倒地身亡。
吴三桂与孔有德之间有交情，孔四贞又是个女流之辈，所以吴家并不打算难为她。吴世琮对她也很客气，不准部下伤害他。此后孔小姐及亲属都被护送到昆明妥善安置。吴三桂派大将李成栋留守桂林，而孙延龄的部属仍由孔有德旧部统辖。
烽烟四起，康熙帝是焦头烂额。一个又一个他未曾料到的人，都反叛于他。相对其他地方，福建方面应该还算平静。但康熙十三年三月，杭州将军图喇上奏：耿精忠踞福建反叛，福建总督范承谟被幽禁、福建巡抚刘秉政从叛。
耿精忠是耿藩的第三代王，他是耿仲明的长孙，耿继茂的长子。他于顺治十一年留京入侍，顺治帝把他大哥肃亲王豪格的女儿许配给他，封为硕额驸。康熙二年，耿继茂上奏朝廷，请求让耿精忠回福建学习军事。康熙十年，耿继茂因病奏请朝廷让耿精忠代理藩事，朝廷允准。耿继茂去世后，耿精忠袭了靖南王爵位。康熙十二年，耿精忠出于各种原因，虽不是自愿，但也向朝廷上奏，请求撤藩回辽东。三桂起兵后，康熙帝停撤平南与靖南两藩，命他仍留镇福建。
吴三桂一起兵，便马上派人前往福州，联络耿精忠，希望耿藩与他一同起兵。对于撤藩，耿精忠同样很不爽，但谋反是大事，当时的形势还不明朗，对于吴三桂的拉拢，他一时还拿不定主意，所以没有马上答应吴三桂。只是承诺，自己绝对不会发兵攻打吴。四个月后，形势发生了根本改变，吴军是芝麻开花节节高。这时候，耿必须要表态，不做吴三桂的朋友，那就是他的敌人。最终他决定，起兵反清。
在左翼总兵曾养性、右翼总兵江元勋、参领白显忠、徐万耀、王世瑜、王振邦、蒋得等人的支持下，康熙十三年三月十五日，耿精忠在福州宣布反清。
福建的主要官员都是耿家的嫡系，对于这些人的忠诚度，耿精忠并不担心。但福建总督范承谟的态度，他并没有把握。范承谟是范文程的次子，据说范文程是宋代名臣范仲淹的后代。对于范文程，有人说他是一代名臣，也有人说他是铁杆汉奸，不过他在清朝那边的资历确实是蛮深的，他应该是第一代为清（后金）效力的汉人知识分子。
范承谟于顺治九年中进士，初任庶吉士，升至秘书院学士。康熙七年，出任浙江巡抚，康熙十一年十月被提升为福建总督。福建总督原驻漳州，后因为将要撤藩，奉旨移驻福州。
吴三桂叛清后，范承谟怀疑耿精忠也有异心，于是奏请朝廷，要到沿海地区巡历，以便脱身。一旦情况有变，也可及时征调兵马。不过这事还没批下来，耿精忠就反了。
三月十五日早晨，耿精忠派人到范承谟的衙署请他前去商议事情。来人说：“王守制数月（指耿精忠的父亲去世，他守孝日未满），未亲理军务，今有海寇游荡，乘云南多事，萌发窥我之心，讹言四起，众情深惑。王今新接到固守地方的命令，不敢以私心废弃公事，愿与诸公会商护内防外之策。因为丧服未释，不便亲来就教，敬遣下员促驾前来。”不一会儿，福建巡抚刘秉政来约他同行。刘属汉军正红旗，初为直隶鸡泽县知县，顺治九年授云南道监察御史。此后升迁很快，到顺治十六年已升至宁夏巡抚，康熙五年补福建巡抚。
这个刘秉政是耿精忠的人，只不过外人还不知晓。此次耿精忠因担心范承谟不肯来，就让刘秉政来约他，以消除范承谟的戒心。
到了耿精忠哪里，耿倒也痛快，说自己反了，你老范怎么说，是跟我一起干，还是怎么的？
老范是忠于大清的，他毫不含糊，开口便骂，把耿精忠十八代祖宗都骂了出来。耿精忠被气得手都在发抖，他命人把其押下去，关在一间土室内。范承谟绝食十天，却没有死。耿精忠派巡抚刘秉政前来劝降，没想到饿了十天的范承谟却还有把子力气，趁刘秉政不备，竟勾了其一脚，刘立刻扑倒在地，摔得不轻。范承谟大笑：“逆贼本该死，我先夺其魄！”刘秉政没办法只得先回。耿精忠又派人问他：“听说你曾与杭州的水月和尚交游，还记得他曾给你写过什么话吗？”范承谟斥责说：“我家世代尊奉孔孟，忠孝大节，岂是死生所能夺！即使水月作过预言，也必以忠孝劝人，岂肯妄言祸福？你回去告诉你的主子，善自为计，不要取灭族之祸。”耿精忠恼羞成怒，索性将范家五十余口人全部抓了起来。
耿精忠自称“总统天下兵马上将军”，蓄发易衣冠，改穿明朝服饰。私铸钱，名曰“裕民通宝”。他大封从叛的将领，封曾养性、白显忠、江元勋为将军，所属佐领黄国瑞、林芳孙、廖廷云、李似桂，护卫夏季旺、吕应计，长史陈仪、陈斌等一大批官员，都分授都督、总兵官等职。
耿精忠反了，清廷一时也拿他没办法，只得先削其王爵，发通告致讨，并悬赏及承诺：有能擒斩耿精忠，投献军前者，优加爵赏，或以兵马城池纳款者，论功叙录，或力有不逮，自拔来归者，亦免罪收用，其原系所属之人，现为直隶各省文武官员者，概从宽宥，虽有父子兄弟在福建者亦不株连。
对阵的两大集团，都很重视统战工作。吴三桂集团，对于清廷在地方的高级官员，一般能不杀的就不杀，劝其归顺。只要肯降，往往都是高官厚禄。而清廷对吴氏集团的政策，也是把为首者和手下一般官员、士卒区分开来，称这些人为被迫“从逆”。对这些人采取既打击、又招降的两手策略，恩威并施。
即使对于叛乱头子，康熙帝也加以区分对待。吴三桂为主，叛乱也因他而起，所以对于他，清廷是坚决予以打击，连他在京的儿子孙子也一并处死。而对于耿精忠，朝廷一面派“定南将军”希尔根统率大军由江西、“平南将军”赖塔由浙江、“平寇将军”根特巴图鲁由广东等三路进剿。一面又说：其必系一时无知，堕人狡计，与吴三桂不同，故将吴三桂子孙正法，耿在京诸弟，照旧宽容，所属官兵并未加罪。而实际情况是，耿精忠的两个弟弟耿昭忠、耿聚忠已被囚禁，其属下官员都被挂了起来，不再有任何实权。唯一的区别是，吴三桂的子孙被杀，而耿家的两个兄弟暂时还活着（能活多久，就难说了）。
康熙帝对耿精忠采取了招抚与镇压的两手策略，一面派使臣去福建招抚，一面派大军征讨。耿并不吃软的，他把清廷派去的使臣扣押。战事吃紧，清廷的兵力不足，只得调取北部边境的宣府、山海关等处兵马增援。
耿精忠与吴三桂有约定：双方配合作战，他主攻邻近的江西、浙江两省。并跟广东潮州总兵刘进忠联络，令其煽乱广东、广西，派人渡海，联络台湾郑氏，进攻大陆，承诺福建南部沿海均归郑氏。同时他还不忘联系琉球王国，索取军需，以为外援。他还未出兵，已向所属府州县和外省发出起兵檄文，福建全省邻近浙江、江西、广东等省地方军政官员纷纷响应。
耿精忠的加入，等于是为吴三桂开辟了东线第二战场，战略形势变得对清廷更为不利。到康熙十四年初，耿军已占据了大半个浙江。
此时台湾，郑成功已去世，掌权的是他的儿子郑经。虽然一直坚持明朝年号，号称反攻大陆，恢复大明，但因实力有限，内心也只盼望着能坚守台湾便好。
耿精忠约郑经反攻大陆，对于郑氏集团来说，这是件好事，他们倒也没那么大胃口，但清廷内乱对台湾却是极其有利的，这样可以少了许多军事上的压力，并且占据大陆沿海地区，可以建立台湾的战略缓冲地带。
台湾方面派大将冯国轩率上万人马，从福建沿海登陆，一下子便占领了漳州、海澄（海龙）、同安、绍安、泉州及建宁等处。有大小船一百余只，驻洛阳桥附近，招兵买马，号召当地青壮男入伍。
但耿、郑联盟，仅维系了数月。一方面耿精忠以盟主自居，向郑经发号施令，封郑经为“大将军”，并派人送去敕印（在他心中明朝已亡，台湾郑氏与他一样同为地方军阀）。而在郑经心中，自己仍然是大明堂堂的延平君王。
进据漳浦、海澄的郑经部队贴出布告，在声讨清朝窃据中原的一段文字之后，先赞吴三桂“隐忍滇黔，生聚训练，三十余年如一日，合千万姓为一家，静候天时，暗奉嗣主（指朱氏后裔），孤忠可鉴，大义不磨”。布告又说，吴三桂遣官“密令本将军致札郑、耿二王，共举义师，扶嗣主，戮（努）力王室，恢复神州，中兴之业已成”。但紧接话锋一转，指责耿精忠自三月十五日“建旗之后”，颁发指令“俱称敕旨”，皆用皇家专用的黄绫，“从不遵大明正统”。他既然“已无旧主之念”，怎能服万姓之心！因此，“不旬月间，上下解体”。布告称颂“郑王”本与他为“兄弟之国”，能“克全名节”，是一般人难以做到的。他虽处海外孤岛，而不剃发，“尊王朔”，“老存继主”，可谓“忠孝凛然”。我们本愿与耿王“屈体联合”，“齐驱并驾”，不料耿王“妄自尊大”，把我等视为“附庸”，“僭窃尊号”，已可见其人之心！布告中还提到，他们只“遵照吴王原檄布，中兴大义，惟郑王为盟主，复我大明三百余年之基业，澄清东南之半壁”。布告要求他们所占领的各地文武官员士绅百姓要“同思水木本源，共作王家柱石”。
军事上，反清集团打得非常顺利，但各个派系各有各的打算，这也就埋下了危机的伏笔，给清廷留下了机会。
从布告上看，台湾郑氏似乎并不了解吴三桂的底，但其实吴三桂虽然打着复明的口号，但同时也露骨地表露出建立自己政权的想法，这一点郑氏应该很清楚。他们也未必真心想恢复大明，只不过出于面子及实际利益考虑，在反清集团中，不愿受其他政权节制。至于为何尊吴贬耿，那是因为目前他们与耿氏有利益纠葛，而吴三桂与他们并无直接矛盾，所以才弄出了这么一个幌子。
耿精忠大概也看出了些端倪，虽然此前清廷很想拿下台湾，但眼下局势所迫，很可能会和郑氏达成某种幕后交易，在这种情况下，不排除郑氏会与清军联手夹击耿氏。
他向吴三桂求助，吴就派礼曹钱点到福建，为两家调解。台湾郑氏，无论是政治还是军事诉求，与吴、耿两家都不一致，他们的利益仅在于台湾及围绕着台湾的大陆沿海地区。所以对于这样的调解，他们没多大兴趣。郑经的大将刘国轩公开扬言称：“吾家在海外数十年，称奉明号，今吴号‘周’，耿称‘甲寅’。所以，我带兵来是要攻你们两家的。如你们归正奉明号，我不难进镇江，上南京，否则你们两家都是我的敌国！”钱点一听这话，傻了眼。原本他是来调解耿、郑两家矛盾的，现在才听出，其实郑跟吴也根本不是一路的。没办法，话不投机半句多，他只得无功而返。这边耿、郑军事同盟瓦解，那边清军加紧了对耿精忠的进攻。康熙十三年七月以后，清军在江西、浙江的战场形势发生转变，不但连连顶住了耿部的进攻，还反攻取得一些胜利。
得到这些喜讯，康熙帝长时以来紧锁的眉头终于舒展开来，他批示：“比闻恢复婺源，良可嘉悦。尔等兵单，进克饶州，尤宜加意。”在夺取婺源时，清军又在江西与安徽交界的彭泽县大败耿军，“奋勇登城”，一举攻克。二十日，清军由婺源进取饶州，经乐平县，乘机恢复，进至鄱阳云吉峰下。大破叛军，逼饶州城下，叛军弃城逃，遁入鄱阳湖中。饶州复归清军。
此时清军虽然取得了不少胜利，但还不能过于乐观，因为战略形势未发生根本扭转。将领们上报的战况，往往是报喜不报忧。其真实情况是，双方应当是势均力敌，互有胜败，谁都无法吃掉对方。
耿精忠在与清军的多次交战中，消耗很大，他又不像吴三桂与台湾郑氏那样有强有力的后勤保障，只得向琉球寻求军需物资及火器方面的支持。琉球盛产硫磺，这是制造火药所不可缺少的原料。当时战场上，虽然冷兵器仍占主导地位，但火器已逐步开始普及。拥有精良的火器，越来越成为胜利的重要因素。
康熙十五年，耿精忠派特使到达琉球，他很有派头地写道：
总统兵马上将军令谕：予惟军兴之际，需用惟繁，内附之邦素称外海之名封，早识中华之大义，翊戴原无异视，尊攘谅有同心。予建义三年，提师四出，天南半壁，尽入版图，极北九边，尚烦绥靖。兹特差员前诣王国，采办硫磺，以佐军需，所望悉心指导，俾其趂候早归，庶藩屏兼资，而折冲有赖。他时入贡，伫待风帆，指日加封，游膺天眷。故谕。丙辰年五月十八日。
耿精忠并没有署吴三桂的周王年号，而以干支纪年。这表明他并不承认吴三桂的领导地位。反清的队伍谁都不服谁，仿佛又回到南明时期。