永历帝逃啊逃，逃啊逃，总算是没落到清军手里。不过在他即将进入缅甸境内时还是遇上麻烦，守边关的缅军因没上头的命令，不敢贸然放这一干人等进入。
黔国公沐天波祖上世代镇守云南，云贵各土司远至缅甸，无人不知，无人不敬重，他自告奋勇前往缅方进行交涉。缅方官员一见是大明黔国公驾到，无不下马跪拜迎接。如此落魄之时还有这等场面，沐天波心头好不热腾。不过等他把此行目的说明，那些缅方官员的态度就变得暧昧起来，直说这么大的事自己做不了主，得请示自己的国王。等待之时虽然缅方好食好饮招待着，但沐天波心中已有不祥预感，此番缅甸之行必为不顺利，甚至会引起一场风波。
左等右等，缅甸国王的意思终于传了过来，那就是永历方面必须所有人员解除武装方能进入缅甸地界。听罢此消息，沐天波怒不可遏，摔掉茶碗，大声呵斥缅方官员，称其竟敢如此对待天朝，对待君父，实为大不赦之罪。靠着沐氏家族历代树立起的余威，靠着缅甸这属国多少年来延续的对宗主国的敬畏，沐天波这一吼，还真把这些缅甸官员震住了。这些官员一再解释，这些都是自己国王的意思，他们只是奉命行事罢了。沐天波知道与这些人纠缠也没什么意思，他恶狠狠地瞪了一眼众缅甸官员，说道：“你们都在这等着！”便扬长而去。
沐天波将此行的过程向永历帝汇报，他以为永历及众臣一定与他一样愤怒，此时的南明残余军队虽远不足以与清军抗衡，但对付缅甸这样的弹丸小国还是绰绰有余的。沐天波的意思是，如果缅甸方面坚持这样无理，不如干脆就把缅甸拿下，这样也好使南明政权在此立足，休养生息，以图东山再起，北伐复国。谁知窝囊的永历和那些大臣们也许真的是被血腥的战争吓破了胆，此时只求苟且偷生，早日安生地进入缅甸，以免落入清军魔爪。虽然沐天波一再陈述，双方的军力对比，足以打赢，让永历帝在缅甸站稳脚跟，但永历及群臣，还是很顽固地坚持，同意缅甸方面的要求，并迂腐地称：大明多少年来厚待缅甸，此次缅方的要求应该是没有什么恶意，既然是到人家地盘上来做客，带着武器总不是太好。完全忽视了明朝是缅甸的宗主国，皇帝到此完全是天经地义，缅甸方应该诚惶诚恐，根本没资格提任何要求。
沐天波欲哭无泪，回营后仰天哀叹，我大明君臣竟到了如此地步，怕是真的要完了。
永历帝一干人等，凡有弓、刀、盔甲、器械等，都从身上解下，丢至关前，多如“山积”，然后进入缅甸境内。
二月二十九日，永历帝一行到达蛮莫，缅方当地官员前来迎接，礼仪周到，态度谦恭。这让永历帝很是满意，他对群臣说，你们看，缅方确实没有恶意，我们解除武装进来还是对的嘛。他们由蛮莫继续前行，三月初二到达大金沙江，缅甸国王仅派四条船来迎接。因为船太少，永历帝只得选了六百四十六人，命他们各自买船，走小河，其余九百余人，马九百四十余匹，由陆路前进。三月十八，永历乘船到达井梗暂驻，缅甸民众仰慕龙仪，纷纷前来参拜，这让缅甸国王很是不爽，担心明朝皇帝在此坐大，将自己取而代之，于是发兵袭击。永历方面伤亡不少，剩下的一些人被缅方分到各寨，当奴隶使用。这些大明的权贵们此时才如梦方醒，但为时已晚，为不受此等羞辱，总兵姜承德、通政司朱蕴金、内使江国泰等人自缢于树上而死。那些还活着的人，资财都被抢劫一空，只得在江上漂泊，被暹罗（泰国）人发现，愿招他们去暹罗。以明宗室岷王之子为首的八十余人，便投到暹罗去了。
缅甸国王出于种种原因，不敢杀害永历帝，但决定将其控制起来。五月四日，缅方派两只“龙舟”，吹打鼓乐，前来井梗“迎接”永历，缅方把永历和他的所有随从人员都安置在一起，建草房十大间，外面“编竹为城”，作为永历的宫垣。其他将吏“自备竹木”建房，为其栖身之所。每天派百余名士卒“更番护守”。
永历帝悲惨的流亡生活正式开始了。开始，缅方还供应食物，没过多久，供应日渐减少，因而度日十分艰难。此时永历帝又患了腿疮，旦夕呻吟，焦思万虑，愁肠百转，一筹莫展。然而，随从文武诸臣多毫无廉耻，日以酣歌，纵博为乐。缅民前来贸易，文武官员短衣跣足，混在缅甸的妇女中间，席地坐谈，呼卢纵酒，毫无顾忌，大失体统。永历派各官每夜轮流巡更，他们便各找知己伙聚，张灯高饮，彻夜歌号。中秋之夕，大学士马吉翔、司礼监李国泰到王维恭处饮酒，命带来的艺人唱戏。此艺人虽未受过孔孟之教育，却懂得些事理，他哭着说：“皇上近在咫尺，王体违和，此何等时候，还欲行乐，我虽是小人，不敢从命。”王维恭不禁大怒，拿起竹杖拷打这位艺人。哭喊声惊动了永历，他传旨禁止，王维恭才终止行凶。又有蒲缨与太监杨国明开场赌博，永历十分生气，命卫士捣毁赌场，但他的旨意却无任何人执行，众臣争赌如故。
以马吉翔为首的一伙人，继续把持流亡政权的朝政。九月间，缅甸国王提供新收获的稻谷，永历帝指示，分给生活困难的人，马吉翔却占为己有，私自分给与自己亲近的人。诸臣纷纷不平。总兵邓凯大声斥责：“时势至此，还敢蒙蔽皇上，升斗之惠，不给从官，良心何在？”马吉翔恼怒，命他的人将邓凯“掀跌阶下”，将脚摔坏，差点摔死！马吉翔专权，坑害良善，不一而足。永历小朝廷逃出故国，流亡缅甸，已是国破家亡，身在异域，尚醉生梦死，党争伐异，真是腐败到了何等地步！缅甸一些老成官员私下也感叹：“天朝大臣如此嬉戏无度，天下安得不亡！”
李定国磨盘山败战后，没有赶上永历帝一行，他找到在木邦的白文选，对他说：“主上入缅，敕汉兵入关。我若深入，恐生不测，万一北兵（指清兵）有警，此地无险要可御，莫若妥择边境，屯集作后图。”但白文选觉得永历帝此时左右无重兵，欲前往护卫。李定国未能说服白文宣，最后他率部从孟艮抵猛缅驻扎，招集流散各处的溃众，声势稍振。
李定国走后，白文选率军进入缅甸，寻找永历。兵临阿瓦城，距永历所在地仅六十里。缅甸王大为惊慌，派人通知永历：“汉兵四集，请下令阻止。”永历帝召集众臣商议对策，总兵邓凯、行人任国玺自告奋勇要求前往与白文宣联络，大学士马吉翔专权，害怕白文选来后，自己的位置不保，极力阻止，暗中向缅方通气，称：“此二人无家，去则不还矣！”于是缅方不放这二人前行，白文选因无法得到永历帝的确切信息，最终只得退兵。
无耻的人继续卑鄙着，知廉耻的有所思。
黔国公沐天波、绥宁伯蒲缨、总兵王启隆聚在一起商议如何摆脱目前这种困境。因现在大学士马吉翔是“当权派”，任何行动都需要他的首肯才能实施，沐天波等人虽对此人的行径很是不齿，但顾全大局还是把他请了来。沐天波提出，到户腊、孟艮等处，找李定国，由其出兵接应，必能离开缅甸。马吉翔怕到了李定国那儿，自己大权旁落，所以坚决反对离开缅甸，竟无耻地讲：“如此，我不复与官家事，诸公为计可耳！”沐天波三人听了这话，只得摇头苦笑，这次会议也无果而终。
过了一段时间，李定国派咸阳侯祁三升率部前来迎请永历帝出缅，缅方要求永历帝出面劝阻这些明军离境。一些大臣上奏永历帝：称这次正是脱离困境的大好时机，应好好利用。但马吉翔等无耻之极，竟派锦衣卫丁绸鼎、考功司杨生芳前往祁三升处假传圣旨：“朕已航闽，将军善自为计。”祁三升以为永历帝真的已前往福建，只得下令退兵。马吉翔怕李定国、白文选等不死心，再次派人来缅甸打探永历帝下落，竟丧心病狂地给守备关隘的官员下了一道命令：今后凡有来打听圣上消息者，格杀勿论。
李定国、白文选始终没有放弃寻找永历帝的下落。他们通过种种途径得知，永历并没有前往福建，而是仍滞留在缅甸境内，于是不断派人渗透进来，向永历帝传递消息，希望能尽快迎请皇上回国。顺治十七年七月，白文选率兵攻入缅甸，至阿瓦城下，迎请永历帝。缅甸国王大为惊慌，严词要求永历帝予以制止。永历帝及大部分君臣大概是觉得回国继续抗清斗争实在是太危险，不如还是待在缅甸境内安全，竟然同意了缅方的要求。永历帝下旨命白文选火速退出缅甸，白文选打死都不能相信，堂堂大明君王竟会做出如此决定，于是下令攻城，坚决迎请。很快城破在即，缅甸方为拖延时间，承诺三天后放永历君臣离缅。白文选倒也不是没考虑到这是缅方的缓兵之计，但是他又心想，此番攻城缅方已知明军迎请永历帝的决心，这缅甸国小兵弱，且强留永历帝也没什么益处，再加上为防强行破城，缅方加害永历君臣，白文选最终答应退兵十里等候。三天后缅方不守承诺，白文选大怒，下令再次攻城，但此次缅方已加强防守，且从四处调来援兵，以致明军不但未能破城，且伤亡较大。白文选在城下泣泪遥叩永历帝，后率军痛心而去。
白文选不愧是条汉子，他始终未放弃迎请永历帝回国的决心。顺治十八年（永历十五年，1661年）初，他与李定国约定再次攻缅。此时李定国已攻取孟艮，又召集庆国公贺九仪及其部众万人，军威大震。白文选自木邦的南甸发兵，途中与李定国会师，他们决心此次无论如何一定要救出永历帝。他们首先收买缅甸官员，给永历帝送去密信，信中说：“臣等兵不敢深入者，激则生内变也。谕令扈从出关方为上策，何诸臣泄泄不以为意也！”永历帝见这两员大将如此忠心，终为所动，回信表达了想回国的意向，并对两将及其部下表示慰问。此时白文选部与永历居住地仅六七十里，他决定赶造浮桥，以迎永历帝，但浮桥刚造好便被缅军发现，缅军将箭头点上火，射入桥上，将浮桥焚毁。白文选见已暴露，便果断挥师出击。缅军集结大量兵力，号称十五万，迎战明军于锡箔江。缅军拥有巨象千余头，兼有枪炮，横阵二十里，鸣鼓震天，呐喊进战。而明军全部兵力不及缅军的十分之一，武器也只有长刀、手槊、白棓而已。但明军从将帅到士卒毫无畏惧，舍生忘死，只进不退，一鼓作气大败缅军，歼敌数万人。明军渡过锡箔江，临大金沙江，准备渡江攻击阿瓦城。
李定国向缅方发出最后通牒，要求对方允许他们借道觐见永历，并提供象马粮草等。缅方断然拒绝，据险设炮，并将大量渡船烧毁，企图使明军无法渡江。这明朝原本就处在封建时代高度发达的阶段，明军中不乏能工巧匠，李定国将这些人组织起来开始建造船只。缅军则以主力正面牵制明军，又派出奇兵偷袭造船明军，将已造好的船只全部烧毁。此时明军面临困境，一时无法渡江，且粮草严重断绝，士卒疲惫不堪，病死者众，已开始出现疾病流行的兆头。最后坚持了一个多月，只得暂时撤兵。李定国部退至亦渺赖下，暂作休整，白文选部则退回到锡箔江据守。
愚蠢的人终究要为自己的愚蠢付出代价。
吴三桂在云南已经决定要入境缅甸彻底消灭流亡的永历政权，这次的决定依然和吴三桂自己的切身利益有关。清政府在平定云南后，越来越感到将大量军队留守，财政上是个巨大的负担。据户部统计，云南一省每年的俸饷银高达九百余万两，而在此期间整个朝廷每年的“课银”也不过在两百六十万两左右，也就是说以清廷三年的“课银”总收入也抵不上云南一年的军费开销。而此时其他各省也是等米下锅，粮饷紧的很，若是继续下去，这朝廷就该破产了。权衡之下，清廷终于下定决心，顺治十七年，将在云南的满洲八旗部队撤回京师，五万绿旗兵拟裁去两万。
对于吴三桂的部队，户部在奏疏中称：“云南平西王下官甲一万名、绿旗兵及投诚兵（包括归降的南明军与农民军）共六万名。”顺治帝下旨：“国家要务，关系重大。”要议政王贝勒大臣会议“速奏”。
无论对于哪个军事统帅，尤其是吴三桂这样完全靠军队生存的土皇帝，裁军绝对是件掏心窝子的痛事。他向朝廷申辩：“边疆未宁，兵力难减，宜如旧时。”吴三桂倒也没有夸张情况，此时李定国、白文选部都还未被消灭，一直在中缅边境活动。永历帝虽然待在缅甸实为被软禁，但他作为一个帝国的象征，却始终是面旗帜，这面旗帜会一直激励各路反清力量。吴三桂的心腹、副都统杨珅建议：以消灭永历帝为理由，好让朝廷此次的裁军计划无法实施。于是吴三桂在顺治十七年四月二十二日上奏朝廷，陈述反对裁军的理由。
出征缅甸绝非小事，顺治帝看了吴三桂的奏折，出于慎重，命议政王贝勒、大臣及户部、兵部“速议”，拿出意见来。七天后，也就是四月三十日，议政王大臣及户部、兵部将他们的建议上报顺治帝：“平西王吴三桂疏言，永历在缅，伪王李定国借以蛊惑人心，相应进剿，其现在云南满洲官兵，听该藩与各都统商酌率往。至于兵马钱粮，所需甚多，不惜措处维艰，亦万难即运至滇。目前应用草料，敕该藩设法措办，务使兵民两利。再查户部拨给云南十七年八分兵饷银三百三十万两，已经催解，其已解到者，听该藩支给进征兵丁，其未解到者，仍严饬各督抚星夜解往，以为接济。”
做臣子的基本上都是聪明人，天无二日，国无二君，他们很明白顺治帝是很想彻底解决永历政权的，所以在他们仔细测算入缅作战的各项开销，觉得朝廷可以承受后，便明确表示赞成入缅进剿永历政权。同时他们也给出了很专业的意见：此番大战最大的问题便是兵马钱粮不能满足吴三桂所需要的数目，但可首先责成吴三桂“设法措办”，再由户部调拨大量饷银，作为接济。
顺治帝下定决心，派大军入缅进剿，以彻底解决永历之遗患。
不过吴三桂却给了顺治帝一个意外，他上奏说，贵州方面传来情报，贵州水西（黔西）土司安坤久蓄异谋，最近听说杀牲畜祭鬼，将为不轨。马乃土司酋长龙吉兆兄弟，私受李定国伪敕，修造武器，逆行已彰。乌撒土司安重圣亦居心叵测。吴三桂准备先发制人，乘其未动，早为剿平，以清肘腋之患，以此来伸国威者也。
说那些土司要造反，到目前为止其实还仅仅停留在吴三桂的推测上，真正能摆得上桌面的证据还没有。只是这些土司老爷倒霉，他吴三桂需要边境上出事，所以这帮老爷也就“被造反了”！
对付几支土司武装对于吴三桂大军来说本是小菜一碟，不过最终历经七十余日才破其寨，看来土司们还是有些战斗力的。
马乃土司的领地被清廷改名为普安县，设知县一名，分设土司巡检，准令世袭。
顺治十八年（明永历十五年，1661年）正月初七日，这位叫福临，当了十八年皇帝，但没有福气，只活到二十四岁的清帝死了。有人说他进了天堂，也有人说他下了地狱。但有一点很肯定，无论是南明永历帝还是大清亲王吴三桂都不会感到难过，他们有的只会是思索，思索未来会有何改变。
国不可一日无君，顺治死后，他的第三个儿子玄烨即位。这位八岁的小朋友也就是以后与本文主人公吴三桂有着千丝万缕、刻骨铭心、爱恨情仇关系的康熙帝。
这世间自古以来便有神童，据说康熙也是。不过八岁的神童可以作诗，如骆宾王般传承后世，但绝无力统治一个皇朝，流芳百世，千秋万代。这一点他的短命父亲在生前便想得很明白，遵照顺治帝遗嘱，康熙即位后，以索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四人为辅政大臣。
虽说不难过，不过有些戏还是得演的，一个堂堂的亲王，皇帝死了不去哭两嗓子显然是说不过去的。对于这种行为，史学家们往往习惯性地称之为哭陵。吴三桂深知人生如戏，戏如人生，变化莫测，他很担心，此番前往哭陵，清廷就此把他留下。为防万一，此番进京他带着重兵随行，并在自己到京前，让先头部队驻扎在京城外围。康熙帝即位其实并不是十分顺利，他还是有些有力的竞争者的。也许是担心吴三桂的这支劲旅被对手利用，也许是朝廷中高明者已看出吴三桂的担忧，总而言之，朝廷很合时宜地下达命令，以边疆军务繁忙，吴三桂责任重大，不便长久离开为由，让吴三桂不必进京，在京城外“搭厂设祭”。吴三桂欣然遵命，在顺治帝灵前，哭拜一场，完成了礼仪所规定的祭祀活动，随即提兵返回云南。
新皇帝即位了，做臣子的总得献上点见面礼。吴三桂决定彻底消灭永历，以此作为最好的礼物献上。出征前，吴三桂向南甸、陇川、千崖盏、达车里等云南各土司颁发朝廷敕印，命他们协助清军进剿永历。同时，他向缅甸发出通牒，告知清军出师之日，命缅方主动将永历帝押解到猛卯交给清军。
顺治十八年正月，吴三桂派遣大将何进忠、沈应时、马宁等率军出腾越，经陇川，于三月至猛卯。不过缅甸方面并没有带来他们很想得到的永历帝。
说实话这缅甸统治者在这一历史时期的所作所为真的很奇怪，一方面他们很不把永历帝当回事，弄得这位皇帝在当地的旅居生活很是清苦，另一方面无论是对于南明还是清廷方面索要永历帝的要求又都置之不理。缅方究竟想干什么呢？难道那永历帝真的是食之无味，弃之可惜的鸡肋吗？
是不是鸡肋，暂且不提，但永历帝这两年对于缅甸来说真的是颗烫手的大山芋。因李定国、白文选向缅方索回永历帝不成，双方曾多次爆发战争，战火殃及众多百姓。大臣们不满地表示：国王迎入永历帝，给国家带来的不是利益与荣光，而是祸害与灾难。平心而论，这些大臣的看法还是蛮客观的。不过缅甸国王却很嘴硬，坚称自己只迎皇帝不迎贼，贼祸乱我，皇帝不祸乱我，要大臣们不要小肚鸡肠。
大臣们见国王不听劝告，一方面担心真的有一天李定国破了都城，后果不堪设想。另一方面又担心，永历帝在缅甸，估计清军也不会善罢甘休，打起来又是一场大灾难。这次吴三桂给缅甸下达通牒，多数大臣主张，不如就应了吴三桂，把永历帝交出去算了。那李定国和白文选要自己的皇帝就让他们找清军拼命去好了。并且现在清军兵强马壮，与他们合作，也好取得保护，以后再也不必与李定国、白文选血战啦。缅甸国王一如既往，顽固的很，说：“因人之危而为之利，不义；且彼兵至也，天之所立，中土（中国）之所戴，我不能助，而反之害，是逆天也。逆天不祥，不如且全之任彼后图。”听到国王这番言论，众大臣只得一声叹息。
为了加强首都的防御，缅甸国王的弟弟莽猛白此时正好带着五万精锐之师前来。这莽猛白人如其名，胆大心狠，早就对国王宝座垂涎三尺，只是一直苦于没有机会，这次在首都，他看到众大臣与国王已是离心离德，便抓准时机发动了宫廷政变。他命人把自己的国王兄弟绑起来，囚在箯舆之中，抛入江中溺毙，然后自立为王，并立即派使节前往猛卯迎接清军。不过由于和李定国交战，道路不畅，这一路走得十分缓慢，使节赶到时，已经是一年一度的瘴气弥漫季节，非常不利于用兵。何进忠等只好引军回师，上奏：俟霜降瘴气消失，再大举进兵。
没抓到永历帝，吴三桂很是不甘心，他派刚投降的永历御前总兵马宝秘密潜回缅甸，向缅甸新国王表示：“只要缅方能把永历帝交出，那么富贵可以立至！”缅王见这笔买卖很合算，很爽快地便答应了。
缅王派人将马宝送到永历处，马宝一见永历便跪下，痛哭流涕地表示自己能找到陛下是如何的不易，是如何的激动，发誓效忠永历，至死不渝。永历帝见自己在如此的环境下，还有旧臣前来投奔，自是十分的感动，没有任何怀疑。
七月十六日，缅王派使节来迎永历身边的一些大臣们过河议事。因为一直有传闻，吴三桂和缅甸新国王达成了某种秘密协议，所以大臣们对缅王的这次邀请，很有戒心，纷纷婉言辞谢。过了两天，缅王又派来使节，称：“此行无他意，我王顾虑诸位心不善，特请饮咒水（即盟誓），然后让你们自便贸易，以资生计。否则，我国怎能长久地供奉你们食物？”众大臣商量，沐天波觉得此事蹊跷，觉得还是不去为妙。而马吉翔、李国泰认为：“蛮俗敬鬼重盟誓，若是坚持不去，恐怕大家撕破脸皮不是太好，且对方这次把话已经说的很重，若是真和缅方对着干，恐怕以后很难在此立足，所以最好还是去一趟。”听了这么一说，众臣也觉得此番看来是非去一趟不可。沐天波见大家意见如此，也就不再说什么。十九日，马吉翔、李国泰带领四十余人，随同缅甸使节过河，身居重要职位的臣子中只有都督同知邓凯因被马吉翔摔坏脚，行动不便，没有一同前往。
中午，马吉翔一行人等到达，缅王很是客气，说了一大堆冠冕堂皇暖人心的套话，后又设宴盛情款待。酒桌上缅甸大臣频频敬酒，席间更有歌舞助兴，这些寡了很久的永历的臣子们好不高兴，使劲吃，使劲喝，更不忘不断地恭维缅甸新国王，这些人盘算着这新国王还蛮好说话，和他搞好关系，这以后的日子就好过了。
可悲啊！就在这些没出息的人还做着黄粱美梦时，突然一下子出现众多全副武装的缅军。遭此突变，众大臣呆若木鸡，毫无反抗之力，逐一被杀。只有沐天波不愧是军人出身，到哪都不放松警惕，面对此危境，虽知已无生还可能，但仍从容不迫，大吼一声奋起，抽出藏在袖中的锤，一边大声呵斥缅王下流无耻，一边奋力厮杀，连续击杀缅军十余人，最终寡不敌众，遇害身亡。
在河的那边，大臣们走后没多久，永历的住处便被缅军包围。缅军将领高喊：“你们诸臣都出来饮咒水，有不出者，乱枪攒刺！”留下的臣子没有办法，全部都出来，随后被杀害。永历帝知道末日到了，为避免受辱，准备与皇后一同自缢。邓凯在旁劝道：“到了此时，我君臣为社稷而亡也是应该，但太后年高，皇上若是不在了，她老人家又该怎么办呢？陛下再等一等，也许还有转机。”听闻此话，永历也就不再自杀。
缅军闯进永历住所，凡是见到像点样的东西就抢，皇室女眷及诸臣妻女纷纷上吊自杀，被杀与自杀的有十八人，仅剩永历与宫眷二十五人，都聚到一小屋中，此时已不知所措。就在这时一名“通事”（翻译）领一名缅甸官员来护守，声称：“不可伤害皇上和沐国公！”沐国公指的就是沐天波。沐氏镇守云南两百多年，与缅甸多有往来，缅方多年来对该家族也很是敬重。要说缅甸国王与大臣不认识永历帝的其他臣属有可能，但不认识沐天波绝无可能，沐天波随同大臣们一起过河，席间又被杀，缅方对此自是十分清楚，此时他们的做法只不过是在演戏罢了。
在永历帝的住所及附近，到处是尸体，缅方要求永历及幸存者搬到沐天波处居住，清点人数，此时只剩下三百四十余人，这三百来人号啕大哭，凄凉悲惨之声一直传到两里外。
受此打击，永历帝一病不起。因为吴三桂的要求说得很明白，要的不是永历的尸首，而是活人。缅王怕不好交差，忙命人将永历的住所重新修理，打扫干净，然后把永历和女眷迎接进去，送来衣服、被褥等生活必需品，向他解释道：“我小邦主子，实无伤害诸臣之心，只因各营士卒杀戮村民，引起村民怨恨，所以才对诸臣采取行动，不过泄其怨，请勿怪罪小邦。”永历帝苦笑不语，不住摇头。
除了永历之外，剩下的人中生病的也很多。对于这些人的死活，缅方根本没兴趣，因无医治，很多人病死，有些走不动路，但还没咽气的，也被缅方扔入江中。为了活命很多人逃跑，但在半途中，多被缅方抓获处死，光史书上有记载的便有岷王朱蕴生、姜世德、马九功、潘世荣、危存礼、向鼎忠、温如珍、刘九皋等。
顺治十八年九月，秋天到了，天气开始逐渐凉爽起来，瘴气也已消退。吴三桂调动满、汉、土司兵及降卒七万五千人，加上炊事及汲水勤杂人员，共十万人，准备进军缅甸，带回永历帝。原本已经和缅甸国王谈好，带回永历帝是水到渠成之事，不需要如此兴师动众，但吴三桂考虑到带回永历帝事关重大，为防反清力量半路劫杀及其他变故，还是小心为好，并且动静搞大点，可以让清廷误以为边境地区还很不太平，这样有利于提高自己的分量。
大军由大理（今仍名）、腾越（云南腾冲）出境，分两路进军：吴三桂与征西将军爱星阿率五万人马出南甸（云南梁河）、陇川（云南陇川）、猛卯（云南瑞丽）；总兵马宁、王辅臣、马宝率军两万，出姚关（云南姚关），计划两路大军在缅甸木邦会师。
在十万清军进入缅甸之时，李定国与白文选之间则产生了裂痕。之前，二人屡次合力攻缅，索要永历。最后一次是在八月间，二人兵马共同渡江攻缅，却未有收获，只得先撤往洞武。撤退时李定国部在前，白文选部紧随其后。白文选的部将张国用、赵德胜因贺九仪之死而对李定国很是怨恨。
这怨恨产生于李定国驻孟艮之时，贺九仪率部从南宁前来与李定国部会合。但贺九仪的妻子还留在云南，后被吴三桂俘获，责令其妻写劝降信。贺九仪念及亲情，有些动摇，此事被李定国得知，邀请贺九仪前来赴宴，席间派人将其捆住，用棍棒活活打死。张国用、赵德胜与贺九仪素来交好，二人觉得贺九仪也是因亲情才有所动摇，且并未有实际行动反叛，李定国即使有所顾虑，最多解除其兵权便是，采取如此手段，令贺九仪死前都未得个痛快，未免过于残忍。二人商量日后跟着李定国绝不会有好下场，准备有机会便带着部队离开。这次撤军途中他们反复劝说白文选，说李定国残忍不仁，跟着他，难保哪天不落得个跟贺九仪一样的下场。白文选最终被这二人说动，遂带着队伍向北撤去。李定国发现后，忙派自己的儿子李嗣兴前往拦截。双方虎视眈眈，一场火并眼看着就要发生。李定国见白文选铁了心要走，若是强拦，打起来，双方都将损失惨重，谁也得不到便宜，不得不长叹道：“罢了，罢了，当年与我同事者，有数十人，如今都已不在了，只剩下我与文选兄弟。我何忍心再相残杀！人各有志，既然他主意已定，我也就不强留了。”
一场火并总算避免，李定国带着自己的队伍撤往九龙江，后到景线。
白文选离开李定国后，一方面不忍心背弃大明，一方面对前途感到极其茫然，不知该率部前往何处安顿。当北行至锡波江时，得知清军会师木邦，遂派副将冯国恩率轻骑前往打探军情。但这些人被吴三桂部发现，并被擒获。这些人原本内心就不坚定，被俘后很快便向吴三桂透露了军情。吴三桂当即决定，派前锋精骑追击白文选部。长途奔袭三百里后，到达江边，白文选部此时已毁掉浮桥，撤往茶山（高黎贡山南段之山，今属缅甸）。吴三桂担心白文选部断木邦后路，急下令全军编筏渡江，由冯国恩为向导，他与爱星阿率主力直奔缅甸都城，命马宁、祁三升、马惟兴、沈应时、高起龙等将分道追击白文选部。
十一月二十五日，马宁等急行军数日后，追到猛卯（距锡波江约八百余里），追上了白文选部，经反复劝降，白文选见已无退路，无奈之下率官员五百人、士卒三千余人、家眷七千余人，马三千余匹、象十二头归降。白文选归降后，清廷为笼络人心，表明本朝宽宏大量，既往不咎，将其安排入汉军正白旗，康熙元年（1662年）十一月，封其为承恩公。
十二月初一，吴三桂大军进至旧晚坡。此地位于阿瓦城东六十里。原本已经谈好只要把永历帝交出就行，现在一下子冒出这么多清军，缅甸国王大跌眼镜，以为自己哪里不小心把清廷给得罪了，慌忙派出宰相锡真前往清军大营交涉。吴三桂说明此番率大军入缅的原因，缅方这才松了一口气。不过对于如此众多清军的出现他们还是很有顾虑，于是以避免双方军队发生摩擦为由向吴三桂提出请求，希望清军能退到锡坡。吴三桂明白缅方的意思，倒也爽快，同意军队后撤。
吴三桂现在离自己是如此之近，永历帝很清楚地明白这位前明旧臣此行的目的。
永历帝现在可算是他人生最悲惨的时候了，自己的性命休矣，太后又重病。他把都督同知邓凯召到跟前，无比伤感地说：“太后病重，不知她老人家是否能挺过这一关，若是挺不过去，不知最后还能否魂归故里。”说到这里不禁泪流满面。顿了顿，他又说：“白文选、马宝都是忠臣，这些年真是辛苦他们啦，我一直也未给他们封王，真是有负于他们的忠心啊，滇、黔两地的百姓也受我等的连累，苦了这许多年，我对不住大家啊。”
唉，做皇帝的想得就是多，都到了这份儿上了，还不忘发表一番闪光的言论。只可惜他首先想到的还是那些所谓的“中兴之臣”，其次才轮到老百姓，他不知道此时他口中的两位忠臣都已降了清。悲哀啊！
十二月初二，天色刚暗，突然有两名缅甸官员来到永历帝的住处，称：“晋王李定国派人来迎接陛下，我们现在就护送您过去。”接着缅方随从人员就上前，不由分说把永历帝连同坐椅径直往外抬去。见此情形，永历帝心中明白，这哪是什么李定国派人来接他，分明是缅方要把他交给清军。此时明白的不仅仅是永历帝自己，太后及他的后妃等众人都知道末日来临了，无不放声大哭，好不凄凉。太后马氏以下，皇后王氏、太子朱慈亘、公主、宫女十四人、太监七人，被害文武诸臣妻妾子女百余人，不约而同地随永历之后，缓缓而行。走了约有一百多米，忽见三顶轿子迎面而来，缅方官员让永历帝、太后及皇后上轿，其余人等随轿子而行。走了快五里路，到了一河岸边，早已有船在等候，永历帝一行登上船，船即刻驶出。河面上一片漆黑，伸手不见五指。过了一些时候，隐隐约约看到一点模糊的灯光，永历帝猜测怕是要到岸了。可能是怕搁浅，船并未靠岸，船上的缅方官员朝着岸上挥手吆喝，岸上随即有一人脱去靴袜，涉水攀上永历帝所在的船只。冲着永历帝磕了一个头，背上他就走。永历帝不免有些奇怪，便问此人姓名，此人轻声说：“臣是平西王前锋高得捷，因是非常时刻，还望陛下恕罪。”永历帝叹了口气，像是在询问，又像是在自言自语：“是吴三桂！他果真来了。”
二更过后，来到一营寨。看士卒穿戴，分明是清军营寨。今天发生的这一切，都是吴三桂与缅方事先协商好的，这一路上由高得捷、官国泰、盛有功、徐伯率兵在暗中监视。
入得中军大帐，永历帝居中央坦然坐下。众官员及将领依明朝礼节跪拜。不一会儿，吴三桂进入，他先是对着永历帝从上到下仔细端详了一番，而后行长揖礼，但并不跪拜。永历帝眯着眼睛问：“来者何人？”吴三桂嘴巴动了动，像是要说什么，但终究没有出声。永历帝略微提高声音再问，不知怎的，吴三桂竟下意识地跪了下来，行君臣之礼，但还是没说话。此时永历帝忽然厉声道：“来者究竟何人，为何见了君父如此这般？”吴三桂终于开口，表明自己的身份。听得吴三桂报上名来，永历帝仰天大笑，众人皆惊。稍许永历帝又语重心长地问道：“今亦已矣！朕本北人，欲还见十二陵而死，尔能任之乎？”吴三桂忙回答：“能。”永历帝平静地闭上眼睛，对着吴三桂挥了挥手。吴三桂想起来，但不知怎的，一向身体壮实的他，此刻却怎么也起不来了，左右连忙上前搀扶，而他则面如死灰，汗流浃背。
三日，清军将永历帝一行带至旧晚坡。四日，邓凯跪拜永历，称：“今日事至此，皇上当行一烈，使老臣得其死所。”永历帝说：“我明白你的意思，我做君上的自杀殉国，你做臣子的也好跟着尽忠。但现在太后还在，我不能扔下她不管，且洪某（指洪承畴）、吴某（指吴三桂）世受我家恩，未必毒及我母子。”
永历帝有此幻想倒也不奇怪，因为这一路上，他还是颇受优待的。永历随从，无论大小官员、男女，都给配有马匹乘用。给永历用餐，都用金碗，他和太后及皇后都给鲜服铺盖，内宫宫女及妻妾都各给一套衣服。
十二月十日，吴三桂下令从缅甸班师。次年即康熙元年（1662年）三月十三日，吴三桂率着大军带着永历帝回到昆明。吴三桂把永历帝安置在世恩坊原明崇信伯李本高宅内。
抓到永历帝可是件天大的事，吴三桂很快便以自己和爱星阿的名义向朝廷上报此事。
此番永历帝落到吴三桂手上，使得吴三桂的分量与威望与日俱增。而吴三桂对永历帝也很是优待，软禁中的永历帝头戴“马鬃瓦楞帽”，身着“纯绢大袖袍”，腰系“黄丝带”，“举止有度”。这位三十八岁的末代君王身形魁伟，相貌堂堂，加上受到如此优待，此时仍不失帝王的气度。他总是非常平静，常常端坐不动，无论是谁来送饭或是探望，都无动于衷，一概不问。负责看管他的将领向吴三桂报告说：“此真皇帝！”吴三桂因上一次受到这位故主的谴责，从此再无勇气相见。曾做过永历朝户部尚书的龚彝置办了酒肴，准备进献永历，负责看管的将领不允许。龚彝厉声呵道：“他为吾君，我为其臣。君臣之义，南北相同，我只求见一面，为何阻我？”如此大义凛然之语不能不让人有所动，经请示吴三桂后，他被准许进入。龚彝把酒肴摆好，请永历出来，向他行跪拜礼后，恭恭敬敬把酒端上。永历帝触景生情，痛哭不已，而龚彝也伏在地上痛哭流涕。永历帝原本是并不喜欢饮酒的，但此次还是强饮了三爵（盛酒的容器）。龚彝再拜不止，突然从地上一跃而起，以头撞地，肝脑涂地。永历帝先是大惊，继而伏到龚彝身上，悲痛欲绝。
抓到永历帝之后，众将领提议应将永历速速押往北京，但吴三桂认为从昆明至北京路途遥远，谁也不敢保证路上能万无一失，万一反清力量半道将永历劫走，这之前付出的那么多努力就白费了。他主张就地处决永历帝。
上奏清廷后，很快便有了回复，同意吴三桂的意见。
这清廷其实还是很想笼络人心的，对于被俘或是投降的明朝宗室，并不是所有的都杀，有的甚至还得到了优待。具体什么人能活，什么人得死，标准很简单：凡是那些没啥本事又没啥影响力的，统统好吃好喝的供养起来，做做政治花瓶。而那些有影响力特别是影响巨大的一律处死。当然清廷还是很注意形象的，他们杀人从来都显得很有理。清廷对永历帝的评价是，此人反对和平、煽动造反，危害社会，对人民与国家有着极大危害，其罪当诛，不可宽恕。
永历帝的政权坚持了很多年，影响大，牌子响，很多人都认他。不仅仅是汉人的军事力量，就是一些满人也惦记上了他。看到这里很多人可能会感到奇怪，清政权原本就是满人建立的，满人都应该死心塌地地为它服务才对，怎么会有人惦记上了永历帝呢？其实这也没什么奇怪的，大家不要忘了，就连清朝的开国皇帝努尔哈赤当年都是替明朝打工的，努尔哈赤受了明朝的官职，所以从理论上来说，他是一位明朝官军的军官，他的部队自然也就是大明国防军的重要组成部分，虽然实际上满人的武装仍保留着很大的独立性。当时满人内部有多个部族和各种势力，这些人与努尔哈赤一样原本都是替明朝皇帝打工的，大家平起平坐，地位都一样，但后来爱新觉罗氏一家坐大，从努尔哈赤起，成了所有满人的统治者，对此一部分满人欣然接受，而同时也有一部分满人是相当不满的。既然当年效忠的是明朝皇帝，那现在再象征性地效忠一下又有何不可呢？血浓于水确实是句非常暖人心的话，但政治与权力是极为现实的，大家同一民族又怎么样？在利益面前这些都是微不足道的。汉人为了自己的利益，像吴三桂一样打自己同胞的多了去了，满人又有何不可？实用主义者在哪个民族中都不缺。
这次永历被抓后，清军中有一甲喇章京军官觉得这是一个好时机，他暗中联络其他一些“志同道合”的满人，准备劫走永历，前往陕西，以永历为招牌，“拉大旗做虎皮”联络各地反清力量，希望打造出一片自己的独立王国。无奈他们行动前不慎走漏消息，吴三桂、爱星阿果断处置，迅速逮捕了密谋起事的十一人，并以极为残酷的磔刑处死。事情虽然得到平息，但此次问题竟然出自内部，这不能不让吴三桂、爱星阿大为震惊，他们决定早日结果了永历帝，以防再生祸患。
杀一个落在自己手上的阶下囚那是再容易不过的，但是怎么个杀法就有讲究了。若是杀一个草民，那杀人者不用费什么脑筋，爱怎么弄死就怎么弄死。虽然并非自己所愿，永历帝临死之前还是沾了一点自己作为知名人士在这世上的最后一点光。他不能随随便便就死，他的死法需要满足高深的政治需要，那是要载入史册的，得经得起历史的考验。笔者相信当年要杀他的人心里就是这么想的。吴三桂等几个重量级人物对于怎么杀永历帝那可是绞尽了脑汁。
杀人准备会上，吴三桂第一个“放炮”，这炮是够响的，当时爱星阿或是出于尊重或是有其他用意，首先征求吴三桂的意见。吴三桂眼都不眨，开口就是一句：“骈首！”（指其头为多余无用之物，意即斩首）这倒让爱星阿吃了一惊，他没想到吴三桂这么狠，怎么说你吴氏父子也给大明的江山打过多年的工，人家老板也从来没亏待过你，虽说今时不同往日，但也没必要这么狠。爱星阿明确表示不赞同吴三桂的意见，他说：“永历尝为中国之君，今若斩首，未免太惨，仍当赐以自尽，始为得体。”吴三桂喝了口茶道：“反正都是杀，何必那么麻烦呢！”安南将军卓罗是个直性子，实在看不下去，厉声说道：“一死而已，他也曾当过皇帝，应当全其首领，何必用斩！”
古往今来，死刑一般分为斩首、磔死、毒死、勒死、自缢等。斩首是对犯有死罪的人最常见的处决方式，以中国人的传统心理来讲，死无全尸，身首异处，实为国人大忌。我们这样一个有着几千年封建统治史的国家，人与人之间向来不平等，这种不平等无时无刻不体现在社会的各个角落与方面，就连死刑的方式也不例外，老百姓若是被判了死罪，基本上那就是砍头，如果不砍头那就是要凌迟，更遭罪。而一些重要的特殊人物若被判死，则可由皇帝法外施恩，改为自缢，或饮毒酒等方式，全其尸首，免受刀斧之苦，可谓是一种莫大的恩典。
爱星阿、卓罗等满人觉得永历虽是本朝的头号敌人，必须被消灭，但此人毕竟做过皇帝，有着广泛的影响力，没必要让他死得过于悲惨，这样也可以对广大汉人少些刺激，有利于他们安心当顺民。而吴三桂也未必是真想做的那么绝，此人是公认的“实用主义大师”，他现在的老板要他杀了过去老板的继任者，他照办就行。只不过，综合各方面考虑他都得摆出一副狠毒的嘴脸，对过去的主子越是恶毒凶悍，也就越表现出对新主子的无限忠诚。当两位满人将领坚持不采取斩首的方式时，他也就顺水推舟，表示同意。
康熙元年（1662年）四月二十五日，永历帝的大限到了，天无二日，国无二君的日子终于近了。上午十时，吴三桂亲自部署对永历帝行刑，他派纛章京吴国贵率亲兵前往永历帝被囚禁之处，将永历帝和太子，还有皇室王维恭之子抬出门首小庙中，吴国贵命人拿出弓弦，准备行刑。永历帝无比的平静，闭着眼睛一言不发，犹如一座雕像，太子虽才十二岁，但也毫无惧色，不住地大骂吴三桂：“黠贼！我朝何负于你？我父子何负于你？乃至此耶！”吴国贵命杨珅、夏国相用弓弦把永历父子和王维恭之子逐个勒死。永历帝终年三十八岁。永历帝父子遇难处，原称篦子坡，后因永历帝之死，百姓将其改称为“逼死坡”。处决完永历帝等三人，吴三桂命昆明县知县聂联甲亲运薪木至城北门外，将他们的遗体火化，并将尸灰四处抛撒在野外。
永历帝被处死时，滇人如丧考妣，罢市哀恸。各街市民假称丁艰丧服，半皆缟素。据史书记载，当时风霾突地，屋瓦俱飞，霹雳三震，大雨倾注，空中有黑气如龙，蜿蜒而逝，军民无不悲悼。
二十八日，吴三桂派人押送永历帝太后、皇后与宫人等前往北京。在途中，这些人不愿苟活，皆自杀。
笔者查了一下资料，据说永历帝的口碑还是不错的。史书上称其长得一表人才，气度非凡，生活也较为朴素，不饮酒，无声色犬马之好，喜闻和谈论忠义事，对母亲也很是孝敬。不过个人的能力上面还是欠缺了些，但这并不能全怪他自己，从小生活于王府深宅之中，未有历练，临危受命，自是难以力挽狂澜。所以他遇难时，才有如此多百姓为之动容。
灭了永历，吴三桂的身价自然水涨船高。康熙元年五月十一日，康熙亲自提出给吴三桂晋封亲王，命礼部准备“应行事宜”。
清朝拉拢汉人给其卖命还是很有一套的，从建国伊始，就有一项执行得很好的政策，那就是有功必有赏，并且对于封赏从不吝啬。从明朝那边投过来的人，皆照原级录用，一有勋劳，即升级加官，如平步青云。重赏之下必是勇夫辈出，大概是觉得值，有了奔头，那些从前在明朝阵营得过且过的将领们，现如今换了新东家，仿佛重新投胎做人一般，在军事上都有不俗的战绩，最后消灭明朝这个汉人政治实体的主要力量就是这些前明军将领的队伍。真是应了那句老话，一头猛虎率领的一群绵羊绝对胜过一头绵羊带领的一群狮子。而与之相比，明朝统治者则吝啬许多，自从开国皇帝朱元璋灭了那些帮他打天下的老家伙后，这明朝就一直恪守坚持不封异性王的原则。在最危难的时候，为了哄吴三桂进京勤王，竟然只封了一个“平西伯”的爵位，真是小家子气十足，难怪没人愿意为其卖命。按清朝规定，只有宗室积大功者才能得亲王爵位，而吴三桂是得此爵位的第一个汉人，整个清朝历史上也只有他和后来的尚可喜两人得到这个爵位。统治者是最精于算计的，从来不白给什么，所以在此我们也就不难体会吴三桂对清朝开国所做的巨大贡献。
康熙元年六月三十日，康熙正式向吴三桂颁发晋封亲王的金册、金宝。金册详载吴三桂降清后所建立的功勋。