甚至在洪武十三年的胡惟庸大案中，功臣们也被刻意回护。
胡惟庸是安徽定远人，李善长的老乡，他于龙凤二年（公元1356年）才投奔朱元璋，不过由于才干过人兼善于钻营，升迁极快。洪武六年，被朱元璋提拔为右丞相，洪武十年更进为左丞相，成为一人之下、万人之上的角色。
能力出众的人，往往毛病也出众。胡惟庸的火箭式窜升是因为他有能力，他的最终败落，也是因为他太有能力。胡惟庸这个人，性格和朱元璋很像：“为人雄爽有大略，而阴刻险鸷，众多畏之。”他和朱元璋一样，喜揽权，爱专断，做事大刀阔斧，不避锋芒：“生杀黜陟，或不奏径行。内外诸司上封事，必先取阅。”
性格相似的人容易相克，更何况君权与相权的冲突历来是中国高层政治中一直难以处理的难题。胡惟庸案从本质上来说，是朱元璋调整君权与相权关系的必然结果。胡惟庸因为没能处理好与皇帝权力分配的关系，过于飞扬跋扈，引发了对权力异常敏感的朱元璋取消丞相制的念头，也给自己惹来了杀身之祸。洪武十三年，朱元璋以“谋反”的罪名，兴起大狱。
胡惟庸案的处理手法也是非常残酷的。曾任朱元璋帐前黄旗先锋的俞本，在永乐初年撰写的《纪事录》中，对胡惟庸党案是这样记述的：
是年（洪武十三年）……左丞相胡惟庸、右大夫陈宁，擅权坏法，俱伏诛于玄津桥，掘坑丈余，埋其尸，次日复出之，支解于市，纵犬食之。录其家资，以妻子分配军士，子弟悉斩之……上以应天府所属上元、江宁二县之民与胡惟庸为党，将男妇长幼悉屠之。
也就是说，把胡惟庸押至玄津桥斩首，埋入一个丈余深的大坑，第二天又感觉不解恨，命人将尸体挖出，在众目睽睽之下肢解，然后纵犬食之。财产则全部没收入官，妻妾分配给军士，男性后代则全部斩首。与胡惟庸关系亲密的大批官员也被处死。甚至朱元璋因为上元、江宁两县百姓与胡惟庸关系密切，居然将这两县之人，不分男女老幼，全部杀光。其凶残超出了正常人的想象，然而，对于案中牵涉的功臣，他却网开一面：以善长及陆仲亨等皆初起时腹心股肱，置不问。（《朱元璋系年要录》）胡惟庸与李善长关系十分密切。“素与太师李善长相结，以兄女妻其从子佑，自是势益炽”。胡惟庸的最初发迹，就是因为李善长的推荐。所以他对李善长感激不尽，“因相往来”，把李善长作为自己向上爬的阶梯和保护伞。他不仅将自己的侄女嫁给李善长侄子李佑，还极力帮助李善长打击非淮西籍大臣。
陆仲亨、费聚等人也是胡惟庸为了培植势力而极力拉拢的对象。吉安侯陆仲亨自陕西归，擅乘驿传，受到朱元璋的怒责。平凉侯费聚，曾经受命到苏州抚绥军民。“聚不任事，唯嗜酒色。召还，责往西北招降达达，无功，上亦责之。”这两个人都因惧怕处罚，而投靠到胡惟庸门下以求庇护。他们与胡惟庸的亲密关系，朱元璋心里十分清楚，但是在公布胡惟庸的罪状时，他只含糊地说到胡惟庸有结党之嫌，并没有牵及这三位功臣。他宣布的罪状是：“窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸欺之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，谋危社稷。”
非但如此，在胡惟庸被杀后，朱元璋进一步扩大与开国武将的联姻关系，“因结肺腑”，稳定功臣们的情绪。他亲自决定，聘中山王徐达次女为代王妃、三女为安王妃，信国公汤和长女与次女为鲁王妃，安陆侯吴复之女与宁河王邓愈之女为齐王妃，前军都督佥事于显之女为潭王妃，靖海侯吴忠之女为湘王妃，永昌侯蓝玉之女为蜀王妃，颍国公傅友德之女为晋世子妃，并将汝宁公主嫁给吉安侯陆仲亨之子陆贤，福清公主嫁给风翔侯张龙之子张麟，寿春公主嫁给颍国公傅友德之子傅忠，南康公主嫁给东川侯胡海之子胡观，永嘉公主嫁给武定侯郭英之子郭镇。