关于刺马一案，张之万、魁玉、曾国藩、郑敦谨四位大员反复公开强调说：“毫无确供。”既然没有准确的口供，为什么明知不应为而为之，一定要用一篇漏洞百出的口供给张文祥定罪呢？
之前慈禧太后对张之万和魁玉的奏结大加训斥，十分不满，等看到曾国藩几乎相同的奏结后，她终于明白了，刺马案不可能再弄清了，这口气必须得咽下去。她将不得不接受这一事实，以及稀里糊涂的审案结果。在慈禧太后的首肯下，朝廷终于发出了谕旨，正式肯定曾国藩、郑敦谨的奏结，以“张文祥潜通海盗图谋报复”定案。这份漏洞百出的奏结最终成为官方认可的定谳，现存于台北故宫博物院。
同治十年（1871）二月十五日，曾国藩奉旨监斩，在江宁小营刑场将张文祥凌迟处死，并摘心致祭。马新贻四弟马新祐为了增加张文祥的痛苦，特命刽子手用钩子钩肉，钩一下割一下，从上午九点到下午四点才割完。在残酷的处刑过程中，张文祥始终未出一言，视死如归，颇有英雄气概。他的名字却在史籍中被刻意改为“张汶祥”，“文”字加水，表示其江洋大盗的身份，有蔑视他的意思。
受到牵连的还有不少人。张文祥的儿子张长福时年十二岁，也受到牵连，被阉割后发往新疆为奴。其女张宝珍、张秀珍因许嫁已定，并不知情，各归本夫。督标中军副将喻吉三因疏于防护，被革去提督衔，降二级调用。把总唐得金等人均因失职罪名被斥革。
马新贻被运回山东菏泽老家安葬。对于他的身后事，朝廷也极尽隆重之能事——同治皇帝亲赐祭文、碑文；谥“端敏”；恩加太子太保，入贤良祠，以总督阵亡例议恤；在江宁、安庆、杭州、海塘、菏泽等地为其建造专祠，春秋官为之致祭。其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。如此生荣死哀，实为晚清督抚中前所未有的待遇。但无论如何，随着马毓桢扶柩离开，马氏在两江再没有任何势力。
随后，曾国藩具折奏请为已故督臣马新贻于本籍建祠，奏折中称赞马新贻“家世谨厚，矜式乡闾。生平践履笃实，亦自卓然可传”。曾国藩为人谨慎，从不轻易褒贬人，对一个从来就没喜欢过的人，突然出这番赞语，实在叫人起疑。因为他和他的湘军是刺马案中唯一的受益者，因此也一度被怀疑是刺杀马新贻的主谋。
空前绝后、轰动一时的刺马案以张文祥一人之死落下了帷幕，但流言反而愈演愈烈。朝野议论纷纷，均说刺马一案必定别有隐情，不能公宣于众。从始至终参加会审的孙衣言为马新贻写了一篇神道碑铭，里面写道：“贼悍且狡，非酷刑不能得实。而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚憨为公力争，亦岂独为公一人也哉！”公然指责结案太过草率，背后隐情尚未查清。
孙衣言碑铭一出，舆论大哗。然而，即使是慈禧太后，此刻也无力回天。审案已经长达八个月之久，前后介入审讯的官员多达五十余位，依旧是最初模棱两可的结果，再追查下去，局面实在难以预料。只有息事宁人，才是最好的选择。
最令人玩味的是刑部尚书郑敦谨的行为。他在张文祥未明正典刑之前，已经决意离开江宁，明显表示出对定谳结果的不满。曾国藩赠送他二百两白银作为路费，以曾之为人，这已经是很慷慨了，还特意声明这银子出自廉薪。不料郑敦谨一点都不念旧情，分文不取，银子全部退回。倒是随行的两名郎中伊勒通阿、颜士璋每人各自收了一百两银子。郑敦谨离开江宁之时，曾国藩率众地方官员到江边相送。从来喜怒不形于色的郑敦谨一改常态，愤然登船，头也不回地扬帆而去，只留给江宁人一个萧然而苍凉的背影。
离开江宁后，郑敦谨的心绪并非就此平复下来，心头百般复杂滋味，又是痛心，又是惭愧，又是不甘。他到达清江浦后，会见了新任漕运总督张兆栋，便刻意停留了几日。不久，张文祥被凌迟处死的消息传来。郑敦谨勃然变色，声称自己得了重病，要立即回老家长沙去养病，不能回京，只打发两名郎中代他回京交旨，并代他辞官。
郑敦谨是以钦差大臣的身份出京，按照清制，不回京师交旨要重重治罪。两名郎中极力劝阻，却丝毫不得要领。追问郑敦谨辞官的原因，他只答了八个字：“外惭清议，内疚神明。”这句话，正是当日曾国藩处理天津教案不当、招致朝野唾骂之时有感而发的话。
当日，郑敦谨不计后果，坚持坐船回了长沙。他本是带着雄心壮志和朝野上下的殷殷期望而来，然而形势始终比人强，尽管他有“铁面无私”的美誉，却最终不得不无奈地屈服在形势下，唯一能做到的，便是满腔愤懑地离去。郑敦谨历有名绩，《清史稿》对此评论说：“江宁之狱，论者多谓未尽得其情，敦谨未复命，遽解官以去，其亦有所未慊于衷欤？”（《清史稿卷四百二十一》）
慈禧太后知道郑敦谨离开后一度十分恼怒，自己派出去的人，只有去的，没有回来的，马新贻是一个，郑敦谨又是一个，这还像什么话。还是恭亲王奕？代为圆场，慈禧太后这才没有追究郑敦谨的责任。此后，郑敦谨始终不再出仕为官，孤灯衾影中，只剩下绵绵不尽的自惭与叹息，直至最后终老于乡里。
郑敦谨的两个随员回到北京后，结局也令人困惑。满郎中伊勒通阿奉旨回乡，“给全俸”颐养余年；汉郎中颜士璋则被外放到兰州做替补知府，不久即回籍赋闲。
颜士璋回到老家后，写了一本《南行日记》，记述了跟随郑敦谨赴江宁审案的全部过程。他的曾孙颜牧皋曾经看过这本日记，说其中白纸黑字地写着：“刺马案与湘军有关……刺马案背后有大人物主使。”
当时也有不少人认为刺马案肯定与湘军有关。曾任江苏巡抚、湖广总督的郭柏荫对孙子郭公铎说：“张文祥行刺有幕后怂恿者，应是这一类人物，最初有意制造流言的，也是他们。”二话如出一辙——马新贻表面死于流浪汉张文祥之手，其实是死于湘军之嚣张气势。
对于马新贻被刺的原因，李鸿章曾感叹说：“若七年秋不妄更动（指同治七年马新贻上任两江总督一事），或谷山（马新贻字）僻在海滨（马新贻原任闽浙总督），竟免斯厄。每读负乘致寇之语，不禁瞿然。江介伏莽最多，非极威重，不足销无形之隐匿也。”（《李文忠公全书》）大概的意思是说，马新贻接了本不该属于他的两江总督位置，这就是他必须死的原因。可谓一语道破了天机。
而一度被怀疑是刺马案最大主谋的曾国藩则稳坐两江总督宝座，直到两年后死去。两江总督宝座从此长期掌握在湘军一系手中，其他人丝毫不敢染指问津。尽管曾国藩及其继任者最终并未割据分权，但“重地方、轻中央”政治局面的形成已经不可避免。
自太平天国兴起，朝政大权逐渐落入汉人重臣之手，清廷的权威极大地被弱化。能令这些汉族重臣在朝中立身保命的并非所谓的盖世奇功，而是其手中直接或间接掌控的庞大的地方军事力量，曾国藩如此，李鸿章也是如此。湘军和淮军的出现确实挽救了岌岌可危的清王朝，令其统治多苟延残喘了几十年，但湘军、淮军首脑人物也借此进入了中央要津，开始左右政局，由此开近、现代军阀割据的源头。直到民国初，割据中国的军阀无不与湘军有着千丝万缕的渊源关系。
无论马新贻被刺案有何重大背景来历，案发后的审讯调查过程和结局却充分彰显了中央皇权日益衰弱、政令不及地方的无可奈何。从始至终，刺马案的本质不过是清朝中央集权和地方军事集团的较量，而最后还是以朝廷的公开退让而告终。
但慈禧太后也不是没有丝毫的报复行为。最初郑敦谨到达江宁主持审理刺马案，有人赶来暗示他，万一张文祥胡乱指认湘军将领该怎么处理，其中特别提到了长江水师提督黄翼升。黄翼升的水师军纪极坏，但有曾国藩的庇护，一直安然无事。曾国藩死在两江总督任上后，慈禧太后急不可待地拿黄翼升开刀。不过这次她学乖了，没有派出什么心腹股肱之臣，而是选派了另一湘军将领彭玉麟出马，以湘制湘。
彭玉麟幼年曾与亲戚之女梅姑有白头之约，但后来梅姑被父母逼迫另嫁他人，梅姑为此殉情而死。彭玉麟痛不欲生，此后虽然仕途显赫，但一有闲暇，便要画梅花。“无补时艰深愧我，一腔心事托梅花”。即使在戎马倥偬之时也是如此，表示无忘梅姑。这个习惯保持了一生，到死之时，他一共画了十万多幅梅花图。
彭玉麟为人颇有正义感。跟郑敦谨一样，有“铁面无私”之称。他奉旨巡视水师，发现长江水师确实问题严重，首当其冲的就是提督黄翼升。黄翼升自知曾国藩一死，靠山已倒，只好以伤病为名，主动上疏请求辞职。上谕不久即到，严厉斥责黄翼升，准其革职，黄翼升从此失意于官场。直到光绪十八年（1892），慈禧太后归政于光绪皇帝，黄翼升才由光绪重新起用为长江水师提督，不久便死于任上。此刻，清朝灭亡的脚步已经越来越近了。