马新贻遇刺后，江宁将军魁玉用六百里飞驿紧急驰奏朝廷。奏折送到北京后，十五岁的同治皇帝看了大惊失色，深感骇异，将这一事件比喻为“武元衡盗起身旁”。
武元衡，字伯苍。缑氏（今河南偃师东南）人。武则天曾侄孙，清雅俊逸如鹤，有唐朝第一美男之称。曾任西川节度使，与名妓薛涛交好。薛涛所得“女校书”的称号，就是他向朝廷奏请所得。唐宪宗时任宰相，因力主削藩，遭藩镇忌恨。元和十年（815）六月初三早朝时，为藩镇派遣的刺客暗杀，号称“唐朝第一惊天大案”。次日，清廷连发了四道谕旨：第一，命魁玉督同司道各官赶紧严讯，务得确情，尽法惩办；第二，曾国藩著调补两江总督，未到任以前著魁玉暂行兼署；第三，密旨安徽巡抚英翰加强长江防务和地方治安；第四，著魁玉督饬司道各官，设法熬审，务将因何行刺缘由及有无主使之人一一审出，据实奏闻。
雍正七年（1729），雍正皇帝在设立军机处的同时，还建立了“廷寄”制度。“廷寄”与“明发”相对应。所谓“明发”，是指皇帝的谕旨由军机处代起草后，先经过内阁，次及于部院，层层下发，无须保密，称为“明发”。而对于需要保密的谕旨，则不经过内阁，由军机处本处密封后，直接交给兵部捷报处，用寄信的形式发出，直达收件人，称为“廷寄”（又称“寄信”）。“廷寄”的内容一般均为机密要事，下发时，根据缓急程度，分为日行三百里、四百里、五百里、六百里，及六百里加快几种。凡给经略大将军、钦差大臣、参赞大臣、都统、副都统、办事领队大臣、总督、巡抚、学政的叫“军机大臣字寄”，凡给盐政、关差、布政使、按察使的，叫“军机大臣传谕”。字寄、传谕封口处盖有军机处的印信，封函的表面均注明“某处某官开拆”，只许受命者本人拆阅，不许别人代拆。“廷寄”制度的建立，减少了很多中间环节，加强了中央和地方的联系，大大加快了办事速度；同时，也使得皇帝摆脱了内阁的约束，使皇帝的意志可以毫无阻碍地直达地方。因一件事一天之内连发四道谕旨催办，这在清朝的历史上是十分罕见的。四道谕旨的口气越来越严厉，可见清廷一开始就意识到此案非同一般，怀疑张文祥背后另有主谋。
四道谕旨中，最值得关注的是第二道——重新命曾国藩回任两江总督，这是恭亲王奕？的意思。第三道给安徽巡抚英翰的密旨也不容忽视。英翰是满人，不属于湘军一系，而且他本人与马新贻交好，可以说，是目前朝廷在两江唯一信得过的实权人物。秘密交代英翰加强防务，实际上就是预防兵变。可见从一开始，湘军就已经被朝廷放到了怀疑的天平上，现在就要看曾国藩的反应了。
对于曾国藩，执掌大权的慈禧太后和恭亲王奕？都对他没有任何好感。曾国藩之掌握兵权，得力于咸丰朝御前大臣肃顺的倚重和推荐。尤其是后来曾国藩得到梦寐以求的两江总督，全仗肃顺的居间运作。说肃顺对曾国藩有莫大的知遇之恩，一点也不为过。
恭亲王奕？一向与肃顺不和。奕？为咸丰皇弟，才干过人，差点被道光皇帝立为皇储，所以一直被兄长猜忌。咸丰登上皇位后不久，勒令奕？退出军机处，改由肃顺取而代之。咸丰皇帝重用肃顺，明显有牵制奕？的意思。奕？与肃顺从此成为冤家对头。咸丰皇帝病死于承德避暑山庄后，六岁的儿子载淳即位，是为同治皇帝。以肃顺为首的八名“赞襄政务王大臣”受遗诏辅弼幼主，掌管朝政。奕？在皇族宗室中名望最尊，竟然无缘于辅政大臣之列，由此势必要与肃顺等人展开一场权力之争。
而慈禧太后与肃顺的恩怨，则更加是你死我活的局面。昔日汉武帝临死前担心“主少母壮，女主干政”，处死了太子刘弗陵的生母钩弋夫人，肃顺曾经以此故事游说咸丰皇帝除掉载淳生母懿贵妃，也就是后来的慈禧太后。咸丰皇帝一时心软，未能下手。后来慈禧太后知道究竟后，恨肃顺入骨，务必除之而后快。
而肃顺之前曾大力整顿吏治，惩办贪官，得罪的人不计其数。戊午科场案中，力主将主考官、大学士柏葰斩首；又弹劾户部宝钞处与官票所官吏和不法商人因缘为奸，交通舞弊，籍没官吏、商人数十家。他为人刚硬，办事不讲情面，加上恃宠而骄，目中无人，引起不少王公大臣的嫉恨。这些人为了自己的利益，争相投奔到恭亲王奕？或是慈禧太后门下。其中，就包括手握重兵的蒙古亲王僧格林沁和兵部侍郎胜保。
咸丰皇帝临死前虽然将朝政交给肃顺等八名辅政大臣，但为了防止重新出现清朝初年权臣鳌拜欺君专权的情况，又分授私章“御赏”和“同道堂”给皇后钮祜禄氏和懿贵妃那拉氏（实际上是给了小皇帝载淳，但由懿贵妃掌管），即后来的慈安和慈禧太后。这两枚私章作为皇权的象征，代表了至高无上的权力，凡下达诏谕，必须有二章为印讫。由此杜绝了权臣专政，却也撕开了后宫女人干政的口子。慈禧太后时年二十五岁，没有年轻守寡的悲痛，反而野心勃勃，不甘心朝政大权落于肃顺等人之手。刚好此时御史董元醇上疏，以皇帝年幼为理由，请求由皇太后暂时权理朝政。慈禧太后也一心想效法古人，垂帘听政，遂联合慈安太后，努力与肃顺八大臣及恭亲王奕？争权。董元醇上奏的第二天，慈禧太后召见肃顺八大臣，要求他们照董元醇所奏传旨实行。肃顺等“勃然抗论”，并声称自己“系赞襄皇上，不能听太后之命”。双方争论激烈，吓得同治小皇帝啼哭不止，以致“遗溺后衣”。这便是清朝著名的“垂帘之争”。最后，肃顺等以祖制无垂帘之礼为理由，驳回了董元醇的建议。但慈禧太后并未善罢甘休，开始在朝中寻找新的联盟力量。
就在慈禧太后、肃顺八大臣以及恭亲王奕？三方明争暗斗、形成三足鼎立之势时，肃顺心腹幕僚王闿运写信给曾国藩，劝他与肃顺联手，率湘军入北京，阻止慈禧太后的垂帘听政。曾国藩表面对这封信没有作出回应，但内心未必没有大起波澜。
就在这个时候，慈禧太后主动联合恭亲王奕？，在北京发动了辛酉政变，抢先逮捕以肃顺为首的八名顾命大臣。慈禧太后本想以贪污罪置肃顺于死地，不过抄家时才发现肃顺各处家产加起来不到二十万，连恭亲王奕？的十五分之一都不到，最后不得不定了个“假传圣旨”的罪名。八名顾命大臣中，肃顺处刑最重，被立即押赴菜市口斩首，怡亲王载垣和郑亲王端华被迫自尽，其余人则被革职。咸丰十一年（1861）十一月初一，慈禧太后与慈安太后在养心殿正式垂帘听政。由于慈安太后性情“和易少思虑”，不愿多问朝政，朝廷大权遂落入慈禧太后一人之手。自此，这个少年丧父、青年丧夫的女人正式登上了中国的历史舞台。在之后长达四十七年的政治生涯中，她还将经历中年丧子、晚年丧国的不幸。
墙倒众人推，肃顺败亡后，僧格林沁趁机将第二次鸦片战争期间天津的败绩诿过于肃顺。曾国藩对此十分不满，慨叹说：“天下无真是非。”以他阴冷虚矫的性格，加上为人之谨慎，出此言语十分罕见，可见他对肃顺并非如传说中那样没有任何感情。
咸丰十年（1860），英法两国政府为了在中国掠夺更多的特权，开始积极筹备侵华战争。当年春天，英法两军陆续开到中国。六月中旬，英法联军舰队两次在天津大沽口外集结。当时，清朝负责天津一带防务的为科尔沁亲王僧格林沁。僧格林沁将全部重兵布置在大沽，在北塘一带只埋设了一些地雷，没有布置任何防务。此情况被先期到达渤海湾刺探清军情的俄使伊格纳切夫得知后，密报给英法联军。于是英法联军决定自北塘登陆，再抄袭大沽炮台后路。六月十五日，英法联军顺利登陆北塘，没有遇到任何抵抗，大沽炮台立即陷于腹背受敌的境地。七月初三，英法联军开始进攻大沽口。镇守北岸炮台的清直隶提督乐善率守台将士顽强抵抗后，全部壮烈殉国，北炮台最终陷落。驻守南炮台的僧格林沁见大势已去，率部撤往天津。直隶总督恒福在英军的威胁下，将南炮台及全部军火物资拱手交给英法联军，自己也逃回天津。僧格林沁撤回天津后，认为天津“较之大沽，不啻天渊”，更难扼守，于是将天津炮台大炮拆下，连夜运回北京，小炮及绿营官兵则撤至通州。此举相当于将天津拱手让给了英法联军。七月初八日，英法联军入驻天津，因与清廷谈判无结果，又继续向北京逼进。咸丰皇帝一面派人与英法联军议和，一面令僧格林沁在河西务一带防堵。谈判破裂的当日，僧格林沁兵败，通州失陷，英法联军继续向西推进。八月初八，咸丰皇帝自圆明园逃往热河。八月二十一日，英法联军抵达北京城下，负责防卫的僧格林沁不战自溃，退往西郊圆明园。英法联军尾追不舍，于次日占领圆明园。在进行大肆抢掠后，侵略者放火焚烧了这座世界名园。慈禧太后垂帘听政后，不遗余力地铲除肃顺党羽，对肃顺一手扶持的曾国藩自然也没有什么好印象，不过当时湘军势大，清廷又需依赖湘军剿灭太平天国，是以慈禧一直对曾国藩和颜悦色，除了示好笼络外，别无他法可想。
慈禧太后派人抄肃顺的家时，发现了一个大箱子，里面装的是全国各地官员与肃顺的往来书信，各省督、抚、将军、都统等地方政要无不在其中，却偏偏没有曾国藩的。之前肃顺当权时，幕府中有著名的“湖南六子”，其中的王闿运更是与曾国藩交情匪浅。而肃顺“平日与座客谈论，常心折曾文正公（曾国藩）之识量”。这样一个被肃顺经常挂在嘴边的人，却没有一封往来的书信，这是相当可惊可怖的，若非深谋远虑、心机深沉之人，绝难做到。虽然曾国藩由此摆脱了与肃顺的党朋瓜葛嫌疑，但其心计与远见，无疑更让慈禧太后耿耿于怀、坐立不安。后来慈禧太后调曾国藩到直隶、派马新贻到两江，表现得迫不及待，就是不安的明证。
除此之外，清朝自立国以来，便严格防止汉人掌握实权。后来虽然不得已重用曾国藩等汉人官员，清朝显贵心底深处却依旧是汉人只可利用、不可重用，只可使用、不可信用的观点。尤其是对坐大一方的曾国藩，其人有野心独步天下的谣言不绝于耳，怎么能令慈禧太后睡得安稳？正因为她费尽了心机，好不容易才将曾国藩这条潜龙从两江的深海中捞出，搁置到了直隶的浅滩上，但现在又要重新放龙入深海，这又是什么道理？
马新贻遇刺的消息传到北京时，慈禧太后刚刚丧母，正处于悲痛之中，身体也不是很好，政事由恭亲王奕？处理。奕？与慈禧当时正处在面和心不和的时期，他也知道马新贻是慈禧心腹，负有追查太平天国宝藏的秘密使命，因而不敢多说马新贻一案，只是提议让曾国藩回任两江总督。
慈禧太后姓叶赫那拉氏，小名兰儿，最初以秀女身份入选进宫。她父亲长年在南方为官，那拉氏自幼随父亲生长在南方，擅长唱南方小曲，由此得到咸丰皇帝宠幸。咸丰五年（1855），时为懿嫔的那拉氏“遇喜”（即怀孕），咸丰皇帝欣喜若狂，破例下旨允许那拉氏之母入宫。那拉氏之母入宫照看孕中之女开了清代宫廷先例，后来更被写进《钦定宫中现行则例》中《遇喜》一条：“内庭位有生母者，许进内照顾。”以奕？的才干和眼光，自然一眼就看出了事情的关键——他知道被裁湘军流落在两江，多有不法之事，而马新贻赴任两江后认真办事，得罪了一大批湘系的人。马新贻之遇刺，湘军决计脱不了干系。以两江眼下的局面，只有曾国藩回任，才能镇抚得住。
当时曾国藩正在天津处理教案，对洋人卑躬屈膝，杀害中国无辜良民取媚外国，身败名裂，被国人称为“卖国贼”，已经到了千夫所指、众口唾骂的地步。就连一向以出了曾国藩为傲的湖南同乡也将京师虎坊桥长郡会馆、教子胡同湖南会馆等处由曾国藩所题的匾额砸烂焚毁，把凡有“曾国藩”之名者尽数刮掉，以此来表示对其人卖国的鄙夷和唾弃。
自咸丰十年（1860）《北京条约》签订后，法国天主教传教士在天津望海楼设立了教堂。这种靠侵略强行进入的外来事物，在很长时间内都为有良知的中国人所抵制。尤其是教堂长期以来不断强占民田，拐骗人口，声名很差，更加引发了民众的怨恨。同治九年（1870）五月，设置在教堂附近的育婴堂突然离奇死了三四十名婴孩，教堂偷偷外运尸体时被民众发现，引发了轩然大波。与此同时，天津不断有用迷药拐骗幼童的事情发生，传说与教堂有关。五月二十一日，拐骗犯武兰珍在用下有迷药的红薯糖诱骗幼童时，被民众当场抓获。武兰珍被扭送到天津知府衙门，知府张光藻本不想问案，但见民众群情激奋，不敢不接，只好当众讯问武兰珍及一干证人。武兰珍供出了迷药来自天主教民王三，所拐骗的幼童均交给了育婴堂，王三付给报酬洋银五元。又有亲眼看见死婴尸体的证人说尸体胸膛尽开，心肝俱无，眼珠也被挖去。张光藻怀疑有人借机煽动民心，造谣闹事，但还是同意去找洋人对证。随后，天津知府张光藻与天津道周家勋联名向法国育婴堂发出照会，让他们交出罪犯王三，但是遭到了拒绝。五月二十三日，张光藻、周家勋带着武兰珍和人证来到育婴堂对质。结果，育婴堂里没有王三这个人，武兰珍在法国传教士及教民的指责下也说不出所以然来。张光藻和周家勋只好当场向法国人赔礼道歉，讪讪而退。官府退走后，民众依旧愤愤不平，与教士发生了口角，继而演变成互殴。法国领事馆离教堂不远，领事丰大业（Victor Fontanier Henri）闻讯后勃然大怒，立即要求三口通商大臣崇厚派兵镇压。崇厚不愿意事态扩大，装模作样地派了几名官弁应付了事。丰大业十分不满，带着秘书西蒙（Simon）闯入崇厚的衙门，向崇厚开枪恫吓，幸好没有射中。回去的路上，丰大业刚好遇上闻讯赶来的天津知县刘杰一行。暴怒下的丰大业二话不说，拔枪就射，结果打死了刘杰的随从高升。周围的民众怒不可遏，一拥而上，当场将丰大业及西蒙打死，接着鸣锣聚众，焚毁法国教堂、育婴堂、领事署及英、美教堂，先后打死二十名外国人。这就是天津教案。事件发生后，法、英、美、俄、德、比、西等七国联衔向清廷提出抗议，并调集军舰到天津、烟台一带，进行战争威胁。清廷先是派直隶总督曾国藩赴天津“查办”，又改派李鸿章会同办理。曾国藩、李鸿章判处中国民众二十人死刑，缓刑四人，二十五人充军，天津知府张光藻、知县刘杰也被革职遣戍，向外国赔款白银四十九万两，并派崇厚为钦差大臣赴法国赔礼道歉。其实，曾国藩之前主持平定太平天国时，就曾在日记中相继记载了其处理洋务时的主张：“此前英法联军进入北京，不伤毁我宗庙社稷，眼下在上海、宁波等处帮助我大清王朝攻打太平军和捻军。二者皆有德于我。中国不宜忘其大德而计较小怨。”在他看来，英法联军打入北京烧杀抢掠，仅仅因为没有推翻清廷，就是大德。而一系列丧权辱国不平等条约的签订，不过是小怨而已。
在这样的思想原则指导下，曾国藩与外国人打交道时腰杆子就没直过，天津教案只不过是他主张的一个小小体现而已。不幸的是，国人终于在这次教案中看清了他的嘴脸，他本人靠平定太平天国积累起来的声名，最终在这次教案中毁于一旦。
更令曾国藩忧心的是，天津教案其实是因谣言和起哄产生的暴力冲突，之所以闹得一发不可收拾，是因为有直隶提督陈国瑞在其中挑拨离间、造谣生事，因而这件事还不仅仅是中国与法国之间的外交纠纷这么简单。陈国瑞当时正受醇亲王奕（道光皇帝第七子，光绪皇帝生父，福晋为慈禧亲妹）宠信，风头极劲。台湾著名史学家吴相湘（湖南常德人，于2007年病逝于美国，享年九十五岁）在其著作《晚清宫廷实纪》中指出：天津教案实为醇亲王奕指使与曾国藩素有积怨的陈国瑞所为。自蒙古亲王僧格林沁为捻军杀死后，八旗子弟自动集中在醇亲王周围，意图恢复昔日八旗劲师雄风，与湘军、淮军抗衡。醇亲王甚至还与僧格林沁的儿子布颜纳谟诂结成了儿女亲家。醇亲王策划天津教案的主要目的，就是要打击曾国藩（直隶总督兼任北洋大臣，须常驻天津办理洋务）。而醇亲王背后的支持者，自然就是他的妻姐慈禧太后。
陈国瑞，湖北应城人。少年时曾被太平军掳为童子军，后改投湘军将领黄开榜，被黄收为义子，因骁勇善战、性嗜杀，成为轰动一时的勇将。陈国瑞有一句名言说：“战要战得稳，追要追得狠，退要退得紧。”后加入僧格林沁部，极得信任，与僧王情若父子。僧格林沁被捻军杀死后，身负重伤的陈国瑞本已侥幸逃脱，闻讯后又冒死潜回，找到僧格林沁的尸体背上，昼伏夜行，七天后才回到军营，在当时传为佳话，因而“僧战死，从将多获罪，国瑞以骁勇独留军”（吴相湘：《近代名人小传》）。不过陈国瑞为人桀骜不驯，喜鸦片，好美色，加上自恃功高，自僧格林沁外，罕听节制，且不约束部下，时常与友军争夺军饷枪械，与曾国藩、李鸿章、左宗棠等人多有冲突，因而总被这些重臣刻意压制。后来他出钱助修黄鹤楼，拟一对联道：“黄鹤飞来复飞去，白云可杀不可留。”时人均不解“白云”之意。陈国瑞自己解释说：“君未读唐诗乎？‘总为浮云能蔽日，长安不见使人愁。’浮云比安禄山，非其可杀者乎？”（清王之春：《椒生随笔》）有一种说法，陈国瑞笔下的“白云”即是指曾国藩，以致一度传出他酒后持剑追杀曾国藩的故事。事见清人吴光耀所著《华峰庚戌文钞》。吴光耀为湖北人，与陈国瑞同乡，曾在四川为官。《华峰庚戌文钞》主要是记载同治、光绪年间名将轶事，对曾国藩等湘人多有责言，而为鄂人鸣不平。就在同治八年（1869）的七月，也就是刺马案发生整整一年前，慈禧太后亲信太监安德海奉差出京，到处招摇滋事，被山东巡抚丁宝桢逮捕后就地正法。这件事，毫无疑问是朝中另一主事者恭亲王奕？针对慈禧太后所为。安德海事件在一定程度上昭显了慈禧太后在朝中的孤立。自那以后，这位秀女出身的太后开始全力扶持自己的妹夫醇亲王奕，意在与恭亲王和汉人重臣抗衡。有了慈禧太后的庇护，醇亲王为所欲为；有了醇亲王的支持，陈国瑞也敢在直隶境内兴风作浪。后来法国人查清天津教案跟陈国瑞有关后，要求曾国藩交出陈国瑞，态度坚决而强硬。而曾国藩明明痛恨陈国瑞这种人，却因为深知其背后有人，不敢得罪不说，反过来还要在洋人面前全力斡旋维护，真是哑巴吃黄连，有苦说不出。
正因为天津教案有着种种错综复杂的背景，从一开始，曾国藩就知道这案子不但是针对他，还要他本人来背这个黑锅。内外交困下，如同多年前战败于太平天国、几欲投水自杀时一样，曾国藩再一次有了强烈的挫败感，沮丧地说：“内疚神明，外惭清议。”据说正好到了“耳顺之年”的他已经做好了死的准备，甚至催促儿子赶紧为自己准备棺材。而在天津教案后不久就发生了刺马案，这显然不是巧合，二案即使没有直接联系，也必然有连带关系。
马新贻被刺的消息就在曾国藩最焦头烂额的时候传到了天津，他的第一反应是大吃一惊。平心而论，曾国藩确实不喜欢马新贻，但毕竟大清总督在光天化日之下遇刺身亡是前所未有的事。以他在枪林弹雨中度过的十几年，以他经历的种种官场黑幕，他深知此案绝非一般凶杀案件。其中的玄机是什么？背后又有什么阴谋？为什么朝廷偏要他处理这等棘手之案？
马新贻的死亡带给曾国藩的苦恼比以往任何时候都更为强烈。连续几天，他夜不能寐，成天阴沉着脸，许多时间都是一言不发地呆坐。思前想后，曾国藩决定不趟这摊浑水。于是提笔上书，以身体有病为由，拒绝回任两江总督。清廷的答复很快回来了——曾国藩必须赴两江之任，直隶总督由李鸿章接任。很简单，很干脆，没有任何选择的余地。
李鸿章也在这个时候写信来安慰曾国藩，其中尤其提到了刺马一案，说：“谷山（马新贻的字）近事奇绝，亦向来所无。”毫不迟疑地表达了对马新贻在光天化日之下遇刺的震惊。但紧接着又立即说：“两江地大物博，断非师门莫办。”一方面是劝曾国藩赶紧回任两江总督，另一方面也是交底，表明自己对两江绝无染指之心。这两句话紧连在一起，实在耐人寻味。
不过安慰归安慰，精明的李鸿章并不想真正去帮助恩师曾国藩解决烦恼，他甚至在这个时候玩起了“痞子腔”（安徽话，意为耍流氓手段）。曾国藩因处理天津教案不当正备受天下人唾骂，李鸿章担心自己卷入其中后也会受到时论的谴责，因此在到达直隶边境后便借口肝病复发停了下来，一面写信给曾国藩，表示支持曾“拿犯”，另一方面又公开表示要等恩师将天津教案“凶犯”议罪正法后再到天津接任，以免“初政即犯众恶”，意欲等曾国藩收拾好天津教案的乱摊子后再说。昔日曾国藩曾对李瀚章（李鸿章亲兄长，曾国藩亲信）评价李鸿章说：“青出于蓝而胜于蓝。”显然，此时的李鸿章在玩弄手段方面确实已经超过了他的老师。曾国藩虽然失望，却也无奈，只好将处理天津教案的结果定拟上奏，自己背了黑锅。
但曾国藩也是老奸巨猾之辈，他虽然被迫接任了两江总督，但却故意拖延时间，正好以等待李鸿章来天津交接为由，迟迟不动身南下。一直到九月二十三日，他才动身离开天津，不过也不是南下两江，而是前往北京。显然，曾国藩此举旨在刺探朝廷对马新贻被刺一案的态度。
九月二十五日，曾国藩到达北京。次日早朝时，同治皇帝和两宫太后在养心殿召见曾国藩。皇帝和慈安太后都没有说话，只有慈禧太后问了几句关于身体和病情的话，无关痛痒。正当曾国藩纳闷之时，慈禧太后终于提到了马新贻，问道：“马新贻这事岂不甚奇？”曾国藩诚惶诚恐地回答道：“此事甚奇。”慈禧太后沉默了一会儿，又说：“马新贻办事甚好。”曾国藩回答说：“他办事和平精细。”本来以为还有下文，不料慈禧太后突然挥了挥手，叫他跪安退出。
九月二十七日，慈禧太后又在养心殿召见曾国藩。曾国藩竖起耳朵也没有听到“马新贻”三个字，慈禧太后只是问到他何时启程前往两江，隐隐有催促之意。但曾国藩依旧模棱两可，逗留于京师，迟迟不肯动身。
十月初六，终于有军机大臣前来传旨，催促曾国藩赴江南任。十月初九，曾国藩递折请训，传宣召见，奏对十数语。出乎他意料的是，慈禧太后再未提起任何与刺马案相关的话头。
此时，距离马新贻被刺已经有两个多月。与最初朝廷一日发四道谕旨追查马新贻案形成鲜明对照的是，朝廷突然表现出异乎寻常的冷漠，再未有催曾国藩办理马新贻案的谕旨。曾国藩先后在天津和北京逗留盘桓，有意拖延时间，朝廷也没有丝毫催促，任其耽搁。似乎曾国藩在试探朝廷态度的同时，朝廷也在试探他的反应。
曾国藩在朝中四处刺探，始终感到朝廷似乎对马案并不关心。这实在是令人费解，马新贻作为慈禧太后心腹被派往两江，却莫名其妙地死在当地，朝廷明明该大加追索报复，却为何没有要将案子查到水落石出的意思？不过，既然朝廷是这样的态度，他曾国藩也不会自找麻烦，非要去追查到底，而是马马虎虎过去就行了。但明里对朝廷可以这样敷衍了事，暗里对他自己还需有个交代，他个人实在是很好奇，到底是什么人能在戒备森严的校场将封疆大吏一刀杀死。思考了很久后，他给驻扎在江宁的心腹彭玉麟写了封信，让他先秘密查访事实真相。
曾国藩在京师时，刚好赶上他本人的六十大寿。一时间极为热闹，同治皇帝亲笔御书“勋高柱石”匾额一面、御书福寿字各一，慈禧太后御赐蟒袍、如意等贺礼，荣耀无比；军机处在法源寺设盛宴为曾国藩祝寿；湖南同乡则在湖南会馆为他祝寿。
觥筹交错之中，醺醺然之际，曾国藩似乎又回到了昔日幕下宾客如云的日子，回到了昔日从太平天国手中夺回南京的时候——那个时刻，是他一生中最鼎盛最辉煌的时刻，写有“曾”字的旗帜飘扬于大江南北。连一向出言谨慎的他也得意得忘了形，高兴地说：“长江两岸，无一处不张鄙人的旗帜。”
他又想起了那个他为之欣赏又为之惋惜的忠王李秀成。此人确是个人才啊，太平天国中无人能及。据说曾经有不少太平军将领力劝李秀成自立，取代天王洪秀全，但李秀成勃然大怒，还写了两首诗抒发胸臆：举觞对客且挥毫，逐鹿中原亦自豪。
湖上明月青箬笠，帐中霜冷赫连刀。
英雄自古披肝胆，志士何尝惜羽毛。
我欲乘风归去也，卿云横亘斗牛高。
鼙鼓轩轩动未休，关心楚尾与吴头。
岂知剑气升腾后，犹是胡尘扰攘秋。
万里江山多作垒，百年身世独登楼。
匹夫自有兴亡责，肯把功名付水流。
如此有慷慨气概的一个人，也算有情有义的英雄人物，可惜偏偏加入了太平军。当初南京克复，李秀成被俘，曾国荃用刀子割其臂肉、股肉，也未能使其降服。最后还是他曾国藩出面劝说，李秀成这才俯首，并于囚笼中写下万言《自述》，对他曾国藩极尽吹捧之能事，那可是令他极有成就感的一件事。也正是在那个时候，不少人劝他曾国藩自立为帝，于南京城头易帜，他不是没有动过心，可当他再一次读李秀成的《自述》时，他恍然明白了，这也许正是李秀成所期待的——他率湘军揭竿而起，与清廷对抗。无论谁胜谁负，都是间接给太平天国报了仇呀。
因而，当他的心腹爱将彭玉麟将劝进的书信转交给他之时，他立即将书信一口吞下，不悦地说：“雪琴（彭玉麟的字）如此试我，其心可诛。”最终令他遽然而醒的是李秀成，而并非旁人。“匹夫自有兴亡责，肯把功名付水流”，说得真好啊。
一切都远去了，李秀成早已经被他杀了，他早已经过了知天命的年龄，再无能力行非常之事，可朝廷为什么还是对他放心不下呢？这次调他回任两江总督，是不是朝廷已经怀疑到湘军的头上？他的这次回任，到底是祸是福？
曾国藩六十大寿之后，当年十月十五日，曾国藩终于离京起程南下，闰十月二十日才抵达江宁。此时，离马新贻被刺已经五个月之久。