如果说前往安条克的征途残酷无情，那从安条克到耶路撒冷的路程就相当舒适了。叙利亚满是渴望独立的土耳其埃米尔，他们对阻挡入侵的军队没有什么兴趣，反而愿意给十字军付钱以免被攻击，甚至还为十字军南下提供协助。
东征者就这样好整以暇地穿过了叙利亚西部，沿途收获了大量金钱和补给。最戏剧性的一幕出现了。当地某个埃米尔自恃堡垒坚固，拒绝向十字军臣服。尽管大部分亲王只想继续前进，但当上了总司令的雷蒙德信心满满，他认为堡垒的地理位置很重要，不能让它留在后方。此时彼得·巴塞洛缪又出现了，他声称圣安德鲁、圣彼得和耶稣基督同时显圣，要求人们听从雷蒙德的指示。
彼得的权威性已经不复当初了。这一次，有些贵族公开提出了质疑，并引发了激烈的辩论，有人明确怀疑圣枪的真实与否。彼得见状失去了理智，他愤怒地要求让火焰证明自己的身份。耶稣受难日当天，人们点燃了两大堆原木，围成一团，只留了一条狭窄的通路。彼得身着皈依者的白色服装，高高举起圣枪，跃入了火焰之中。然而一秒之后，他站了起来，全身被严重烧伤。要不是某个旁观者抓住了他的束腰，把他拉了出来，他就要当场倒毙在火焰之中。接下来的12天里，他痛苦地哀号，最终死于伤口感染。72
几周后，法蒂玛王朝哈里发73的信使转移了军队的注意力。他误判了十字军的动机，提议双方联合起来对付土耳其人。十字军忽略了提议，并于5月底进入了法蒂玛王朝的领土。
出现在圣地的东征者吓坏了哈里发，却让当地的基督徒欢欣鼓舞。军队抵达村庄以马忤斯（Emmaus）时，伯利恒的代表恳请他们帮助居民摆脱伊斯兰教的控制。博希蒙德的外甥坦克雷德还留在军中，他立刻派了一小支部队攻占了那里。
伯利恒的居民列队欢迎兴高采烈的十字军，并把他们引到附近的教堂，在那里举行了一场感恩弥撒。耶稣基督的诞生地重新回到了基督徒手中，这让十字军坚信，下一个就是耶路撒冷了。当夜的月食仿佛进一步证实了他们的推测，仿佛伊斯兰教的新月很快就要黯淡无光了。
第二天上午，十字军登上了他们称为“喜悦之山”（mount of joy）的山丘，看到了他们一年多来长途跋涉的目的地。热浪之中，耶路撒冷长长的城墙清晰可见。
许多十字军战士只看了圣城一眼，就被泪水模糊了视线。他们经受住了种种极端环境的考验，跨越酷热的沙漠，横穿积雪的隘口，一路跋涉3 000英里（约合4 828千米）。面对严重的饥饿和水荒，他们通过喝尿和饮血挺了过来。疾病让他们虚弱，敌人让他们疲倦，内斗让他们烦扰，但他们的信念不曾磨灭。如今，只剩下最后的难关了——攻克这座城池。
这说起来容易，做起来难。和之前的安条克一样，耶路撒冷太大了，十字军剩下的部队无法完全包围它，而且围城的时间也不够了，法蒂玛王朝正在集结增援部队。城市的管理者不仅储备了充足的食物，还吸取了安条克的教训，把基督徒全部驱逐出城74。这次没有变节者帮十字军打开城门了。最后，守军还赶走了所有的牛羊，在城外的绝大部分水井里下了毒，十字军不得不从17英里（约合27千米）外的约旦河运水。唯一可行的选择就是速战速决占领城市。
不幸的是，他们的第一次攻势被轻而易举地化解了。十字军缺乏真正的攻城工具，而哈德良皇帝在公元2世纪建造的城墙太厚重了，单靠突击无法攻破。这次失败是苦涩的，因为在前一天，橄榄山（Mount of Olives）上的一位老隐士告诉他们，只要信念够强，他们将攻无不克。现在看起来，支撑他们一路来到这里的信念还不够。
然而奇迹又一次拯救了他们。6艘英格兰和意大利的船只忽然出现在了附近一个荒废的港口，上面有食物和建造攻城工具所必需的铁质零件。穆斯林迅速派了舰队去封锁港口，但十字军已经把物资全部搬走了，营地里一片欢欣鼓舞。光秃秃的犹太山地（Judaean Hills）上没什么树，建造器械的木材不足，于是十字军又派出搜集队去寻找各种材料。最后，坦克雷德在撒马利亚（Samaria）找到了足够的木材，士兵们又花了大半个月，把它们拉回了42英里（约合68千米）之外的耶路撒冷营地。
在炎热的夏天，这项工作既沉闷又折磨。随着6月渐渐过去，领导者的脾气也逐渐火暴起来。把旗帜留在伯利恒圣诞教堂（Church of the Nativity）的坦克雷德坚称城镇和教堂都是他的。其他亲王对此激烈反对，他们认为这样的圣地不可能只为某一个人所有。
在耶路撒冷的控制权问题上，争论更加激烈。亲王们认为，他们当中的某一个人届时应该成为国王，但这个人究竟是谁，显然不可能达成共识。神职人员和军队则反对国王这个概念，因为没有任何基督徒有权在王中之王生活过的城市加冕。
到了7月初，领导者的纠纷、持续不断的危险和枯燥乏味的工作，让很多人的斗志消磨殆尽。终点就近在眼前，逃跑本是不可想象的，但现在又有士兵试图沿着海岸寻找返回欧洲的船只。情况实在糟糕，又需要神明的介入了。
7月6日，一名神父声称阿希马尔的灵魂在梦里找到了他。这位饱受尊敬的主教让亲王们停止争吵，称胜利触手可及。按照主教的指引，他们需要斋戒，并赤足绕着耶路撒冷走一圈。如果忏悔之心足够真诚，城市就将在9天之内陷落。于是亲王们立刻下令全军绝食3天。
7月8日星期五，城墙上的穆斯林守军惊讶地发现十字军组成单列纵队，开始进军了。神职人员捧着圣物，后面跟着亲王、骑兵和步兵，最后是非战斗人员。75所有人都赤着脚，身着简朴的朝圣者服装，城墙上的大声嘲笑也被他们刻意忽略。
绕城一周后，十字军的领导者来到橄榄山，隐士彼得在这里展开了一次慷慨激昂的布道。他的演说天赋丝毫没有因为连年远征而减弱，与当年煽动法国农民时一样令人热血沸腾。所有的亲王都深受感动，尤其是雷蒙德和坦克雷德，他们发誓要为了东征抛开成见，倾力合作。
之后的5天中，十字军有条不紊地做着最后的准备。两座强大的攻城塔开始了收尾工作，大量土块被尽可能运到了靠近城墙的位置。7月14日，总攻开始了。
亲王们一致决定，两座攻城塔由雷蒙德和戈弗雷分别指挥。两人各花了一天时间，试图让塔楼就位。雷蒙德的那座率先靠近，但守军的激烈抵抗让它无法搭上城墙。戈弗雷的那座在15日清晨搭上了城墙，但是士兵也无法前进一步。
现在双方都开始了殊死一搏。十字军的人数已经不足1.5万，还不到当初抵达小亚细亚时的一半。为了推动攻城塔，骑士们不得不暴露在守军的弓箭、落石和希腊火76之下。士兵伤亡惨重，战死的人数高达四分之一。如果再不拿下城池，所有的希望就要破灭了。
7月15日中午，在戈弗雷的攻城塔上，两位佛兰德斯骑士成功翻越了耶路撒冷的壁垒。坦克雷德紧随其后，77并在城头杀出了一片空地。十字军立刻架起了云梯，骑士们奋勇爬了上来。穆斯林守军有些犹豫，因为还有一些抵抗的时间，但随后大门打开了，所有军队都涌进了城里。
接下来发生的事情很难评价。可以肯定的是，城里没有什么抵抗。双方都知道征服者有权杀戮。但在中世纪，投降的人一般都能活下来，而抵抗的会被杀死。伊斯兰教和基督教的军队当日便遵循了这一原则。接下来就是常见的野蛮场景：成年男子被推下城墙，砍掉头颅，其他人则被乱箭射死，或是推进城里随处可见的大火之中。
一片混乱之中，指望有人维持秩序是不现实的。坦克雷德是第一个登上圣殿山的东征者。在他劫掠圆顶清真寺时，一些穆斯林幸存者躲在了附近的阿克萨清真寺（al-Aqsa mosque）避难。为了靠这群人勒索丰厚的赎金，诺曼人没有加害他们，还把自己的旗帜给他们作为庇护的标志。不过在狂热的气氛下，这没有任何用处。第二天上午，一群东征者闯了进来，杀掉了所有人。
杀戮还在接下来的两天里继续，城中的贵重物品、建筑和食物被陆续瓜分。尸体则随处弃置。由于正是盛夏，尸体很快开始腐烂，整座城市弥漫着浓重的尸臭味。基督徒为了夸大胜果，在记叙时借鉴了《圣经》的语言。随军的编年史作者阿吉莱尔的雷蒙德（Raymond of Aguilers）在描写他前往圣殿山的景象时，便化用了《启示录》的描述：血从街上涌来，高到马的嚼环。78
虽然此举完全违背了十字军声称的基督教原则，但按照当时残酷的标准，屠杀平民也是他们的惯例。身处异国，物资紧缺，人员不足，敌援将至，这样的做法甚至称得上一种理智的选择。然而，尽管关于暴行有许多骇人听闻的说法，有一些还出自十字军之口，但他们似乎没有做过一些传闻中的事情。
逃走的居民数量应该有不少。十字军的数量不足以包围城市，所以东边和西边的城墙都未设防。耶路撒冷的堡垒守军意识到城市已被攻破，就向雷蒙德投降了，之后被押送到附近的阿斯卡隆（Ascalon）。另一些人付出了昂贵的赎金，或是被迫交出传家宝以换取自由。
士兵们采取了很多办法来迅速致富。距离十字军进城的地点最近的犹太人居住地被洗劫一空。不过拉比只要交钱就可以赎回被掠走的《摩西五经》。那些看起来很富有的居民，无论人种和信仰，都需要交出大笔赎金才能确保自身安全。
这次事件造成的死者究竟有多少，我们现在已经无从得知。在同期希伯来人的记载中，死亡人数约为3 000，与常见的对屠杀的描述大相径庭。无论如何，耶路撒冷的占领充满了传奇性，各种传闻迅速扩散开来。基督徒想把它美化成诸神指引下的胜利，让杀戮正当化。在他们的记载里，引用了《圣经》中多处对邪恶之徒施以折磨和惩罚的描述。
对基督徒而言，攻占耶路撒冷是惊天动地的大事件，但穆斯林其实没有予以太大重视。伊斯兰教关于洗劫事件的首份记载在近50年后才出现，其中含糊不清的说法表明当时的伤亡率并不高。79不过在本次东征之后的下一代穆斯林眼里，“法兰克人”乃是未开化的野蛮人，洗劫耶路撒冷则成了他们残暴的终极明证。自那以后，相关描述就越来越暴力。当时，十字军焚毁了耶路撒冷的犹太教堂，不过按照现今通行的说法，他们在点火之前还搜捕了400名犹太人锁在教堂里。80到了13世纪，按照那时的记载，穆斯林在此役中的死亡人数已经多达7万，而城内的犹太人则被屠杀殆尽。
那些将洗劫耶路撒冷视为十字军伪善象征的现代人，往往会不加鉴别地相信这些描述。不过无论如何，以当时的标准来看，十字军在攻占耶路撒冷后的做法并没有显得特别残忍。81
穆斯林和犹太人的社区也没有消失。第二年就有犹太旅行者在规模虽小却生机勃勃的犹太人聚集地撰写见闻。穆斯林的人口有所减少，但之后的记载说他们被全部杀光，则是在信口雌黄。实际上，他们还被安排了工作。街上的尸体是严重的卫生隐患，十字军派他们去把尸体拖出城外。
接下来还有两项重要工作。首先是讨论怎么处置耶路撒冷；另一项更加迫切，是弄清怎么解决前来增援的埃及军队。
从某种程度上说，第一个问题的答案是解决第二个问题的前提。在制定整体战略、强化防御设施、下达各项命令方面，一位可靠的人选要比一个委员会高效得多。麻烦在于，大家无法在人选上达成共识。
决定谁没有资格要容易许多。背信弃义的拜占庭皇帝显然不行——甚至雷蒙德都承认了这一点，小贵族也可以排除在外。教皇似乎是恰当的人选，圣城应当由教会管理。但乌尔班二世离得太远了，他的代表阿希马尔又因病逝世。82东征者又从当地的东正教徒中寻找，但他们当中地位最高的耶路撒冷牧首却在城破前几天的放逐途中死去了。
现在没时间等待罗马的指示或新牧首的选举了。埃及军队还有3周就要到了，需要立刻组织防御。十字军成立了紧急委员会，亲王们决定把王冠授予他们当中最富有、最强大的那位——图卢兹伯爵雷蒙德。
这是一个可靠的选择。雷蒙德见证了夺取耶路撒冷的全过程，又以虔诚著称。他已经控制了城内的堡垒，而博希蒙德已经在安条克证明，违抗他的意志十分困难。此外，尽管雷蒙德过于傲慢，在亲王当中人缘不好，但作为一名活力十足、骁勇善战的斗士，他是无可指摘、饱受敬重的。
雷蒙德即将迎来生涯的巅峰时刻，这次胜利让之前的所有屈辱都不值一提。他下定决心要好好享受这个过程。他认为亲王们会坚持这个决定，所以虔诚地拒绝了，称自己不愿在耶稣基督受难之地戴上金冠。这个谦虚的回答得到了大家的一致赞叹，但令他惊骇的是，委员会没有坚持，而是转而询问布永的戈弗雷。戈弗雷就很聪明，他同样拒绝了王冠，但是答应掌管城市。
某些方面来看，这个选择有些奇怪。戈弗雷从未向教会展现出特别的热忱，相反，还曾经积极反对过教皇。83不过他很受士兵欢迎，攻城塔也是在他的指挥下搭上了城墙，让占领耶路撒冷成为可能。在穆斯林援军将近，又一次无情的围城即将展开之际，勇敢的戈弗雷可以维持士兵的斗志与忠诚度。
戈弗雷的头衔名称很重要，因为他想要维持接受任命时的观点，即他只是暂时代替目前悬而未决的精神领袖来管理城市。他一开始选择的头衔是“元首”（Princeps），后来确定为“圣墓守护者”。
不管戈弗雷自称什么，他的首要任务就是处理好与雷蒙德的关系。局势变成这个样子，雷蒙德的气愤可想而知。盛怒之下，雷蒙德拒绝承认戈弗雷，也不肯交出堡垒的控制权。这严重威胁了十字军对耶路撒冷的控制。如果不能掌管城市的军事要塞，戈弗雷的威信就要大打折扣。其他贵族恳求雷蒙德，他们解释称，面对即将来临的敌军，当下需要同仇敌忾。但伯爵不为所动。他觉得自己被欺骗了，要求一名独立的法官倾听他的控诉。在其他东征者的努力劝说下，雷蒙德所能做出的最大让步，就是把堡垒的控制权转交给一名主教，直到教会成立委员会来审理这一案件。
事实证明，甚至连这点儿让步也属于失策。一转头，主教就把堡垒交给了戈弗雷。雷蒙德被这一做法惊得目瞪口呆。他得出的结论是所有人都在耍他，于是召集了自己的所有部队，离开了耶路撒冷。让戈弗雷和其他阴谋家吞下胜利的果实，然后噎死吧。
实际上，雷蒙德前脚刚走，法蒂玛王朝的使者后脚就进了城。哈里发在信件中严厉谴责了基督徒进攻耶路撒冷的行为，勒令他们离开巴勒斯坦。而由维齐尔带领的强大部队很快就将抵达。看起来，新生的耶路撒冷王国就要被扼杀在摇篮之中了。
戈弗雷迅速采取了行动。耶路撒冷的防御工事相当完备，但十字军的数量不足，支撑不了太久。他派出了使者，加急向所有可能的盟友求救，乞求他们的支援——其中就包括雷蒙德。
信使找到雷蒙德时，他的情绪还不错。为了兑现在安条克许下的一个诺言，他带领部队去了约旦河，在河水中沐浴。随后，他撤到杰里科（Jericho），在那里三心二意地做着返回欧洲的准备。求援的消息是他翘首以盼的，也让他心满意足——不过他矜持地表示自己要先确认一下危险程度。
实际上，这次拖延与十字军配合得天衣无缝。由于物资有限，兵力不足，无法组织起有效的防守，戈弗雷决定弃城而出，在野外与法蒂玛王朝军对垒。仅有极少数士兵留下来和隐士彼得一起，带着全城余下的人为胜利祈祷。雷蒙德在侦察兵确认危险属实之后，率领部队于8月10日与十字军会合。全军向东南方向挺近了40英里（约合64千米），抵达了埃及军的驻地阿斯卡隆港口。第二天黎明时分，他们发动了进攻。
这完全出乎埃及军的意料。他们以为十字军会躲在耶路撒冷瑟瑟发抖，因此根本没有派出侦察部队。大部分士兵还在帐篷里睡觉。战斗只持续了几分钟，埃及士兵或是在床上被砍死，或是在海里被淹死，或是在乱军中被践踏而死。
此役的战利品异常丰厚。维齐尔设法逃进了阿斯卡隆的堡垒，免于一死，但他的财产全部落入了十字军手中。更重要的是，埃及人还随军赶着羊群。这些羊，连带着战马、驮畜和驮畜背着的物资，都被十字军一网打尽。
只有一件事让这次胜利不够圆满。阿斯卡隆的堡垒守军听说了雷蒙德的高风亮节，表示愿意投降，但只臣服于这位图卢兹伯爵。这个要求让戈弗雷想起了安条克的经历，于是他拒绝了。就这样，雷蒙德又遭受了一次毫无必要的羞辱。他率队离开，并带走了大部分贵族。在接下来的50年里，阿斯卡隆依旧由穆斯林控制，成了耶路撒冷王国领土上的一根倒刺。
阿斯卡隆的战斗很短暂，但这次胜利的重要性堪称本次东征之最。它有效地削弱了附近唯一可以威胁耶路撒冷的势力，确保了十字军国家的存续。虽然有巨大的困难和可怕的障碍，但第一次十字军东征取得了毋庸置疑的成功。在当时的人看来，它戏剧性地证明了信仰的力量。然而讽刺的是，东征的策划者永远无法得知这次胜利了。十字军终于进入耶路撒冷的时候，乌尔班二世正躺在罗马，奄奄一息。1099年7月29日，也就是耶路撒冷陷落两周后，他合上了双眼，没能坚持到捷报传来。