噶尔丹在西藏求学时非常刻苦，深得班禅博克多的欣赏，班禅圆寂后，噶尔丹跟随达赖学习，不仅学佛法，也学武功。这些学习无疑培养了他强悍的意志力。
清朝具有雄才大略的皇帝很多，但唯一称得上大帝的只有康熙。康熙一生不仅在文治方面有声有色，在武功方面也做出了骄人的成绩。康熙一生，指挥和经历的战争实在太多了，真正做到了运筹帷幄之中决胜千里之外。
唯一让康熙没有坐在帷幄之中的是一个叫噶尔丹的人，因为他，康熙三次御驾亲征。想想当年，对付吴三桂的时候，康熙都没有亲自出马。这个噶尔丹究竟是何方神圣，居然让康熙接连三次不远万里到草原上征讨？
1644年，清军入关，定都北京。也就是在这一年，天山脚下蒙古的一个部落里，诞生了一个婴儿，这个婴儿就是噶尔丹。
从努尔哈赤时代起，满洲跟蒙古就是世代姻亲的关系。清朝的成功也离不开蒙古人的支持，但是在康熙时，准噶尔部的首领噶尔丹逐渐崛起。噶尔丹就像一条贪吃蛇，陆续吞掉其他一些蒙古部落，发育得越来越壮硕。
噶尔丹是首领巴图尔珲台吉的第六个儿子，据说他从小就是个转世活佛，所以在他十三岁的时候，送到西藏去学习。
噶尔丹在西藏求学时非常刻苦，深得班禅博克多的欣赏，班禅圆寂后，噶尔丹跟随达赖学习，不仅学佛法，也学武功。这些学习无疑培养了他强悍的意志力。
康熙四年，噶尔丹的父亲去世，哥哥僧格继位。康熙九年，发生了内乱。在内乱中，噶尔丹的哥哥僧格被同父异母的兄弟车臣和叔叔干掉。听到这个消息，噶尔丹召集哥哥逃散的士卒，在阿尔泰平原打败敌人。回来后，噶尔丹杀掉车臣，囚禁叔父，击杀堂兄弟巴哈班第，一举夺取政权。
康熙十一年（1672年），噶尔丹脱掉僧衣，自称台吉，正式当上准噶尔部的首领。后来的事实证明，噶尔丹是一个军事强人，康熙十六年（1677年），他发动了一系列的军事行动，统一了卫拉特各部。同年，五世达赖授予噶尔丹“丹津博硕克汗”，噶尔丹大有当年努尔哈赤的雄风。
噶尔丹的欲望是没有止境的，他不会到此为止。接着，他又用了两年的时间，征服了天山南麓的回疆，结束了叶尔羌汗国一百六十年的统治。
噶尔丹的征战就像是一道冲击波，在大草原上引起了巨大的震荡。草原英雄噶尔丹很快就引起了康熙的重视，康熙得到情报：“噶尔丹攻克了回疆的萨马下汗、哈萨克、布鲁特、叶尔钦、哈斯哈尔、塞拉姆、吐鲁番、哈密等国，攻下的城池有一千两百多座。简直就像当年的成吉思汗。”
康熙眉头深皱，他很清楚，噶尔丹的一系列军事行动，最终的目的就是统一蒙古，达到与清廷对抗的目的，然后效法当年的蒙古和满洲，夺取中原神器。
“决不能允许这样的事情发生。”康熙对自己说。
康熙毕竟不是崇祯，所以我们不用担心历史重演。
统一西蒙古后，噶尔丹策马直指东蒙古。他将自己的大本营从伊犁迁到东面的阿尔泰山，所有的一切都预示着一场巨大的军事风暴即将来临，带来这个噩梦的人就是噶尔丹。
对于噶尔丹，康熙仍然按照自己的套路出牌，首先伸出温柔慈祥的手，抚摸噶尔丹的头：“孩子，别闹了，都是一家人。”
对于康熙的安抚，噶尔丹表面上臣服，但是丝毫没有放松扩充势力。噶尔丹也是一面稳住清廷，一面攻城略地，壮大自己。噶尔丹会按时向清廷纳贡，后来达赖给噶尔丹加上大汗的头衔，康熙本不愿意接受噶尔丹的贡物，因为接受就意味着承认对方是汗。但为了大局的稳定，康熙还是接受了。
跟清廷搞好关系后，噶尔丹想攻打西河套蒙古，在打之前他们先试探康熙的意思。康熙非常明确地说：“西河套蒙古属于卫拉特内部事情，跟你完全没有关系。”
噶尔丹虽然对西河套垂涎三尺，但还是忍住了，没有攻取，兵锋越过西河套，向漠北蒙古冲去。
漠北蒙古又称喀尔喀，这里有三个大的部落，土谢图、车臣、札萨克图，在三个部落中，土谢图部落的势力又是最大的。
噶尔丹很早就把土谢图锁定为自己的目标，但由于土谢图汗跟其他部落联合起来，噶尔丹不敢贸然动手。后来，土谢图汗和札萨克图汗发生纠纷。札萨克图汗成衮死后，儿子沙喇继位。为了调解两个部落之间的纠纷，康熙派遣理藩院尚书阿喇尼带领札萨克图汗沙喇到库伦和土谢图汗察珲多尔济会盟。达赖则派出使者噶尔旦西勒图出面调解。多尔济本人没有参加这次会盟，让弟弟哲布尊丹巴呼图克图代替自己。这个人非常强硬，在会盟中要求跟噶尔旦西勒图平起平坐，并且拒绝交还札萨克的逃众。
这次会盟的失败给噶尔丹带来了机会，他借此斥责多尔济的弟弟不尊重达赖的使者，挑拨沙喇和多尔济的关系，扬言只要沙喇攻打多尔济，自己就派兵支持。沙喇听信了噶尔丹的话，派兵攻打多尔济，没想到途中被多尔济派人击杀。多尔济联合女婿罗卜一起对付噶尔丹，并杀害噶尔丹的弟弟。
噶尔丹终于找到了开战的机会，他以喀尔喀不尊重达赖和枉杀自己的弟弟为借口，对漠北蒙古进行了大扫荡。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹率领三万大军翻越杭爱山，在特穆尔一带击败土谢图汗多尔济的儿子噶尔旦台吉。紧接着，噶尔丹让弟弟罕都阿拉布坦进攻额尔德尼召，击败了哲布尊。随后，噶尔丹亲自率军越过土拉河，东取克鲁伦河的车臣汗牧地，然后班师回到土拉河畔。土谢图汗察珲多尔济联合喀尔喀三部落的兵力，倾巢而出，同噶尔丹展开了生死决战。大战三日，尘土蔽天，喀尔喀那边全军崩溃，几十万人纷纷南逃。
喀尔喀的溃败引起了各方势力的关注，沙俄首先抓住机会，看到喀尔喀部落走投无路，决定诱降。喀尔喀的一些上层领导人也主张投奔沙俄，在这个重要的时刻，哲布尊丹巴呼图克图提出了反对意见：“俄罗斯素来不信佛，不仅语言和服装和我们不同，风俗也和我们完全不一样，投奔他们实在不是长久之计，不如我们投奔清朝皇帝吧！”
哲布尊的意见一出来，得到了大多数人的赞同。土谢图汗于是让哲布尊带领两万人投奔康熙，对此，康熙非常重视，让理藩院尚书阿喇尼前去慰问，将他们安置在归化城、张家口、独石口一带，给他们粮食，给他们牲口、金银还有茶布，并让他们在科尔沁水草地一带游牧。
一连串的胜利让噶尔丹自我膨胀起来，他觉得自己现在是草原上了不得的人物了，康熙不敢不买自己的账。他甚至向康熙写了一封信：“如果喀尔喀等人投奔天朝，希望皇帝能够拒绝他们，或者抓起来交给我，我一定会好好报答皇帝陛下的。”
康熙对噶尔丹的回复是：“朕统治宇内，把大家都看成同胞，一视同仁，希望各族人民能共享太平，没有离乱之苦。希望阁下能和喀尔喀人民和睦相处，不要再滋生矛盾了。”
康熙要求噶尔丹归还喀尔喀的土地，噶尔丹当然不会听从，否则他辛辛苦苦流血流汗是为了什么。
对于野心勃勃的噶尔丹来说，这还只是一个开始……
漠北蒙古丧失，漠南蒙古就成为抵御噶尔丹的重要屏障。
在决战之前，康熙依然按照自己的套路先招抚噶尔丹，他屡次派遣大臣对噶尔丹做思想工作，收效甚微。他又要求达赖喇嘛派出一个有名望的喇嘛和清廷大臣一起劝说噶尔丹以和为贵。
噶尔丹在礼节上对清廷使者优待有加，表现得特别恭顺老实，并声明自己也是大中华家族的人，自己就是皇帝的臣民。一方面态度极好，另一方面任何实际行动都不采取，恭顺层次仅停留在言语上，这正是康熙的老祖宗努尔哈赤当年玩的把戏。
经过长年的征战，噶尔丹手下已经有几十万大军了，实力是外交的本钱。噶尔丹仗着自己势大力强，公然拒绝康熙的建议，他对使臣说：“我若与土谢图汗讲和，那我弟弟的命，谁来赔偿？我一定会灭掉喀尔喀的，抓住哲布尊。”
噶尔丹已经得到西藏达赖的支持，他进一步谋求沙皇的支持，噶尔丹几乎每年都要派人进入俄国，希望跟俄国建立军事同盟，并得到俄国的枪炮资助。俄国方面也是来者不拒，只要有甜头的事情都干。
尼布楚条约签订的第二年，噶尔丹就让使者带着信去见戈洛文，希望戈洛文能够出兵协同作战。戈洛文则保证俄国军队会用实际行动支持，对此，康熙保持了高度的警惕。他一方面谋求和平途径解决问题，另一方面命令亲王福全对噶尔丹准备南下的大军进行抵御。八月，康熙又命自己的舅舅侍卫内大臣佟国维、领侍卫内大臣费扬古、理藩院尚书阿喇尼监视噶尔丹的动向，同时，康熙还命令蒙古各部落集结，随时听候调遣。
康熙二十九年（1690年）五月，噶尔丹带兵四万，沿着克鲁伦河下游行军，渡过乌尔扎河，扬言借兵俄罗斯，一同灭掉喀尔喀。康熙立即致书俄国沙皇，质问道：“噶尔丹扬言和你们会兵，共同入侵喀尔喀。喀尔喀已经归顺了我大清，如果误信了谣言，这可是违背誓言重新开启兵祸了，希望你们尽快停止这种可能导致两国纷争的行动。”
上次两次雅克萨之战的惨败，让沙皇对康熙始终心存畏惧。收到康熙的警告，沙皇最终只好收敛，不敢出兵。
噶尔丹是一个猛人，没有沙皇赞助，也绝不会放弃军事计划的。六月，噶尔丹沿着格尔格河进军，来到乌尔会河畔。理藩院尚书阿喇尼带着军队紧紧跟随噶尔丹，阿喇尼的任务是监视噶尔丹，康熙一再叮嘱阿喇尼千万不要和噶尔丹正面冲突，等各路兵马聚集以后再前后夹击。
不过，阿喇尼没有遵守康熙的指示，后续部队还没到来之时，他就向噶尔丹发动了进攻。阿喇尼派遣了两百个蒙古武士偷袭了敌人的前锋部队，然后派五百个喀尔喀人骚扰敌人护送牲口和辎重的队伍。看到敌人的牲口和辎重，蒙古军和喀尔喀军争先恐后地抢夺，军纪一片混乱。看到部队一片混乱，阿喇尼下令撤军，可惜部队已经混乱，不听使唤。噶尔丹立即将部队分成两翼，布阵等待敌人。阿喇尼派遣清军进攻，噶尔丹让部队齐发火器。清军惊恐之下，连连败退。
接着，噶尔丹兵分两路夹击清军，清军溃不成军。阿喇尼擅自出战让康熙很愤怒，革去他的议政头衔，并降四级。
七月，噶尔丹挺军深入乌珠穆沁。康熙明白，必须重拳出击了，他命令哥哥福全为抚远大将军，儿子胤禔为副将军，从古北口出发；和硕恭亲王常宁为安北大将军，和硕简亲王雅布、多罗信郡王鄂札为副将军，从喜峰口出发；康熙自己，则率领中路军，亲自征讨噶尔丹。
康熙这次是铁了心要将噶尔丹一网打尽，为了一举摧毁噶尔丹，康熙屡次派使者去噶尔丹那里，扬言要和谈，实际是为了麻痹噶尔丹。
康熙的舅舅佟国维率领先锋部队，康熙对他说：“先遣部队到达前线后，如果噶尔丹准备逃跑，你们一定要全力追击；如果噶尔丹前来迎敌，千万要稳住，不要主动跟他们硬拼。”
佟国维问：“那我们应该怎么办呢？”
康熙说：“你可以告诉噶尔丹，圣上特派遣和硕裕亲王和皇子前来，和你和谈，申明礼法，从此以后，结盟友好。”
康熙还让人送给噶尔丹牛羊，噶尔丹也派人到清军大营里，一再表示愿意和清廷修好，秋毫无犯。与此同时，噶尔丹强烈要求清廷交还土谢图汗和哲布尊等人，声称只要清廷做到了，自己马上撤军。
七月底，噶尔丹大军深入离北京只有七百里的乌兰布通，由此可见，噶尔丹根本不把康熙放在眼里。清廷抚远大将军福全赶到时，噶尔丹已经占据了有利地形——依林沮水，噶尔丹创造了一个非常有意思的阵形。他让成千上万的骆驼趴在地上，背上放着箱垛子，垛子上盖着湿润的毡毯，士兵们躲在箱垛子后面射箭，这个阵型号称“驼城”。
清军隔河列阵，彻底占据了先进武器的优势，他们用炮火疯狂地轰击对面的驼城，顿时炮火齐发，响声震天，战况激烈，从下午一直打到晚上，驼城被轰得七零八落，清军骑兵和步兵同时出击，将敌人的营垒全部攻破，但清军也付出了惨重的代价，康熙的舅舅佟国纲就在这场战役中中枪身亡。
由于夜晚已来临，清军不得不收兵。
晚上，噶尔丹的使者济隆带着七十多人来讲和，竭力为噶尔丹开脱，济隆说：“这事也不能完全怪噶尔丹，喀尔喀几个部落的人也不太厚道，他们的部下无知，抢了我们的牲口。我们的汗不过是一个小头目，怎么敢在大清皇帝面前嚣张。只不过他仇视土谢图汗和哲布尊，才犯了错误，现在他已经不想索回土谢图汗和哲布尊了。”
连夜，噶尔丹还派人送来一封亲笔信，表示：“现在蒙皇帝示好，以后不敢再犯喀尔喀了。”明明是被打服了，还说是示好，噶尔丹不愧是个聪明人。
当时康熙不在场，福全相信了噶尔丹的谎言，自作主张，放了噶尔丹，还让其他部队不要阻截噶尔丹。就这样，噶尔丹顺利地逃脱。如果这时福全能够大军齐出，噶尔丹早就被擒获了，后来那些麻烦就能避免。可惜，福全心地仁厚，相信了他，为了这事，事后他还受到康熙的责备，被革去议政并罚薪一年。
在逃跑这块，噶尔丹表现出了不亚于战场上的英勇，他连夜偷渡什拉穆楞格河，翻过大碛山，一路逃到科布多。虽然脱离险境，噶尔丹的部队也遭受了重大的损失，只剩下几千伤残兵。
人已经逃走了，康熙本着穷寇莫追的原则，给噶尔丹发出了最后的警告：“以后不得再侵犯归附清朝的喀尔喀一人一畜，如果违反誓言，必定追击到底一网打尽。”
放走噶尔丹后，康熙仍然不信他，康熙觉得噶尔丹这个人狡诈成性不可相信。
康熙在张角隘口，独石口、大同和宣府一带，随时准备出征，保持着高度警惕的姿态。
乌兰布通惨败后，噶尔丹处境极为凄惨，没有牲畜，人员大量减少。为生计所迫，噶尔丹不得不低头请求清廷给一些粮食和白银，以解燃眉之急。清朝的理藩院一口回绝，康熙却法外施恩，赏赐给噶尔丹千两白银，同时派遣大臣招降噶尔丹，承诺只要归降，一定妥善安置，让他们过上幸福的生活。
噶尔丹也是一个高明的对手，他看出康熙的两手做法，也还之以礼，派出两千男女到清军驻地，表面是归顺，暗地里让这些人充当奸细，四处搜集情报。安稳一段时间后，噶尔丹又要求清廷将多尔济和哲布尊交给自己，对于噶尔丹的无理要求，康熙给予了严厉的谴责。
噶尔丹被拒绝后，心里很不服气，开始在边境挑起事端。康熙派遣使者到阿拉布坦那里通好，噶尔丹的部署半道截击他们，将使者们杀害，劫走全部行李。此外，噶尔丹还挑唆其他人背叛清朝，阻止班禅入京。
康熙三十四年（1695年）秋，噶尔丹率领三万骑兵渡过克鲁伦河，对喀尔喀部落进行大肆抢掠。上次战败让噶尔丹记忆犹新，所以这次他没有进入漠北，只是扬言等借到俄罗斯六万鸟枪兵，将大举进攻，这分明是公然向康熙宣战。
康熙必须回应噶尔丹的挑衅，当然征讨的困难康熙也非常清楚，他说：“朕亲历其间，比较了解塞外情形，自古以来，这里就是难用兵的地方。那里是不毛之地，经常无水，到了沙漠地带，运粮特别难……”
困难重重不过是为了表示康熙的钢铁决心，康熙又说，噶尔丹违背约定，横行无忌，如果不灭了他，边境将永不得安宁。康熙召集三品以上的武官商讨灭敌之策，大家都认为非常困难，都不愿劳师远征。在这种情况下，康熙仍然坚持剿贼，更令人吃惊的是，康熙居然要再次御驾亲征。他后来回忆这段经历说：“我上一次征讨噶尔丹，众人都劝阻，只有费扬古支持我。后来两次征讨，就没有人赞同我了，是我执意如此。”
这一年是康熙三十五年（1696年），四十二岁的康熙带领十万兵马，兵分三路，再次前往大漠讨伐噶尔丹。东路军由抗俄名将萨布素率领，西路军由抚远大将军费扬古统领，中路军是康熙亲率的禁卫军。
行军途中，无论多小的事情，康熙都要亲自过问，然后做出具体的指示。远征大漠，粮草还可以自己带，但是淡水却带不了那么多，寻找水源是最重要的一个环节。饮水问题主要靠掘井解决，这事由户部侍郎思格色负责，他负责掘井，掘好一口井后，他回来向康熙禀报。康熙问他：“一口井能解决多少人马的饮水问题？”
思格色回答不上来，康熙很生气，骂他为官昏聩，让议政王大臣撤了他的职，贬为一般的士兵。后来，康熙派遣副都统阿迪视察水草情况，阿迪回答说：“现在冰雪冻住了，不容易开掘。”
康熙很生气，说：“用兵之道，贵在神速，大兵行军，断不可缺水，时当春季，地脉当融，即使冰冻也可以凿开。”
世上最怕认真二字，康熙的命令下达以后，没过多久，就掘出了好几口井，把地下的冰层凿开后，醉人的清泉就涌出来了，全军一片欢腾。为了方便大家饮水，康熙让军队围绕着井扎营，这样士兵可以从不同的方向饮水，不会造成拥挤。每口井康熙都让官兵把守，以保证用水的安全。
康熙每天都起得很早，起来后他就看到军营里炊烟缭绕，心中颇多感慨。
在这段漫长的征途中，面对着沙漠的风光和草原的广阔，康熙心中难掩诗意之情，在征途中，他写下了一首诗：
四月天山路，今朝浩瀚行。
积沙流绝塞，落日度连营。
战伐因声罪，驱驰为息兵。
敢云黄屋重？辛苦事亲征。
在这首诗中，康熙表达了为了国家为了人民不辞辛苦坚持亲征的战斗精神，也流露出了一定的自豪感，所以他才敢很有底气地反问：“帝王中，像我这样御驾亲征，穿越沙漠、高山、草原的有几个呢？”
康熙有一个特点，一旦做出了决定，一定会坚持到底。大军到达科图时，有传言说噶尔丹已经逃走了，远远地不知躲在什么地方。扈从大臣佟国维、索额图、伊桑阿等人反复启奏，希望康熙能够班师回北京，留下西路兵对付噶尔丹就行了。这些大臣平时在北京城里养尊处优，过着天堂般的生活，现在要来这塞外遭罪受，肯定不适应。他们请求康熙回京是可以理解的，更多的还是一种自私的心理，并不是为了康熙。
康熙很愤怒，严厉地斥责了他们。康熙说：“怯懦是最大的无耻，半途而废是世上最没出息的行为。”
康熙一般很少这么愤怒的，可这时必须愤怒，佟国维、索额图这些人的想法并不是少数人的想法，很可能代表了大多数人的心理，一旦这种心理蔓延开了，一定会影响士气动摇军心。所以，康熙必须向全军表现出自己的决心，不灭了噶尔丹绝不班师回朝。
康熙对大臣们说：“如果有不敢奋勇向前，怕死退后的，杀无赦。我们一定要杀了噶尔丹，或者擒住他，所以我们是不能后退的。如果我们撤退的话，噶尔丹必会集中兵力歼灭西路军，所以，希望大家勇往直前，直捣对方老巢，从今以后不要再说后退两个字。”
中路军慢慢地靠近了噶尔丹的驻地，但是西路军还没有到来。其实，这西路军行军路上出了一点状况，途中人畜相继死亡，许多有水草的地方被噶尔丹给烧毁，前路一片灰烬，西路军不得不绕道而行，因此耽误了行期，没法如期和中路军在土拉会师。
看到西路军久久没有到来，大臣们开始议论纷纷，有的说中路军应该暂缓前进，等待西路军的到来。有的说不用等西路军了，为了防止噶尔丹窜逃，应该火速出击。
康熙陷入了沉思，半晌，他想出了一条妙计：“噶尔丹以前不过是一个强盗，向来没有远见卓识，他听信别人的话，以为我军不能到这里，所以胆敢侵略喀尔喀。现在我军靠近噶尔丹，费扬古的西路军很快就会到土拉。如果我们等待费扬古到来一同出击，肯定来不及了，如果中路军贸然和噶尔丹全面交锋正面拼杀，仍然要冒大风险。现在最好的情况是，我们慢慢靠近噶尔丹，然后派遣使者请噶尔丹过来会盟，噶尔丹如果知道我亲自来了，必定会逃窜。噶尔丹一逃窜，我们立即追杀。如果噶尔丹向土拉那边逃走，必定会遭遇到费扬古的军队，这样一来，噶尔丹必定灭亡。”
众大臣惊呼妙计。康熙随即命人带着礼品前往噶尔丹的驻地巴彦乌兰，在敕书中，康熙告诉噶尔丹：“朕的大军已经向你逼近，希望你好自为之，朕不忍生灵涂炭，还想给你一次机会，你自己过来与朕会盟吧……”
噶尔丹还不相信康熙会亲自来，便跑到孟纳尔山上眺望，瞥见军营中果然挂着龙旗，还放着皇帝乘坐的銮车。在御营之外有帷幕围起来的皇城，皇城之外又有网城，旗帜飘扬，军容整齐。噶尔丹大声惊呼：“简直是天兵从天而降。”
正如康熙所料，噶尔丹带着部队拔营逃跑。噶尔丹中计了，康熙之所以设这么个计，其实是没有完胜的把握。他需要噶尔丹逃窜，自乱阵脚。
得到噶尔丹逃跑的消息，康熙命令大臣马思哈率领骑兵去追。噶尔丹跑得特别快，接连奔驰五昼夜，逃到特勒尔济口，费扬古的西路军已抵达了昭莫多（今天蒙古共和国乌兰巴托东南图拉河上游南岸）。昭莫多在蒙古语里的意思是大森林，这里有一片广阔的大草原，草原蔓延到肯特岭下，远望这片山岭，千山万仞就像屏障一样，所以这里自古以来就是漠北的著名战场。
费扬古在距离敌营三十里的地方扎营，他先派遣统领硕岱、副都统阿南达率领四百人前去叫阵，将敌人诱到昭莫多。费扬古事先带领士兵在山头上列阵，并派一部分军队列阵于土拉河西，将军孙思克带领着绿营骑兵登上另一个小山峰。噶尔丹率领一万骑兵，想抢占山头制高点。
清军占据有利地势阻击噶尔丹，噶尔丹生生被逼到东崖下面。接着，噶尔丹大军依靠悬崖，拿出火铳，对着清军一阵射击，清军则拿出弓弩，对着敌人疯狂射箭。费扬古下令藤牌兵进攻，并在前进的过程不断移动拒马木，以防敌人骑兵碾过来。噶尔丹无法，下令全部骑兵都下马，拿着武器，冒着清军的炮火向前冲去，一副不怕死的精神。清军的骑兵也下马，和敌军短兵相接，这是一场硬对硬的死磕，狭路相逢勇者胜，战斗非常激烈，两军伤亡相当。
一直打得夕阳西下，双方仍然难解难分。费扬古在山上看噶尔丹后方人马没有动，估计是妇女和骆驼。费扬古立即指挥沿河部队分两路出击，一支部队和噶尔丹部队交战，另一支部队杀向敌人的后方。
看到伏兵四起，后方被袭击，噶尔丹军心大乱，仓皇溃逃，清军四面追击，杀得敌人丢盔弃甲。这次战役中，噶尔丹损失两千士兵、三千妇人，清军俘获的牛羊和财物更是数不胜数。噶尔丹的妻子阿努也在这次战争中阵亡，噶尔丹逃跑时身边只剩下几十个骑兵。
昭莫多之战是清军和噶尔丹之间具有决定意义的一战，这一战歼灭了噶尔丹的精锐主力，从此噶尔丹没能再恢复元气，最终导致了噶尔丹最终的败亡。
接到捷报后，康熙大大表扬了费扬古，并让他在科图驻防。六月，康熙返京。
经过两次惨败，噶尔丹精锐主力丧尽，财产所剩无几，大本营伊犁又被侄儿占领，已经到了山穷水尽的地步。
康熙三十五年（1696年）九月，回京才三个月，康熙又坐不住了，他决定再一次御驾亲征。这次亲征很显然比上两次要轻松多了，康熙没有像上次那样带着大军在沙漠里穿行，而是直接来到归化城（呼和浩特市）视察。十一天后，康熙前往鄂尔多斯打猎，还到处散发这个消息，实际上是一边打猎，一边等待噶尔丹前来投降。
康熙之所以这么悠闲，是因为噶尔丹已经失去了抵抗的资本，除了投降别无活路。康熙亲自写了一封招降书，印了几百份让人分发，所以康熙很自信噶尔丹一定会过来投降的，康熙对部下说：“即使噶尔丹不来投降，他的部众必然溃散，纷纷前来投降。”为此，康熙命令费扬古停止对噶尔丹进行征剿，旨在给噶尔丹投降的时间。
确实，噶尔丹主力部队被歼灭，大本营又被侄子占据，之前控制的一些区域纷纷脱离噶尔丹的控制。噶尔丹想回伊犁，又担心侄子吃掉自己；南投西藏，又嫌路途太远，中途很多地方都被清军控制；噶尔丹也想投靠俄罗斯，但是又怕沙俄不敢接纳自己。结果，只好像孤魂野鬼一样在草原上晃荡。
昭莫多战失败后，噶尔丹也做过一些努力，收集残兵，还形成了五千人的军队。他带着这些人在台库勒举行一次会盟，商讨今后的决策。在会议上，噶尔丹这个失败的强人还是统一了思想，不过他并没有能解决内部矛盾，先后有不少人马叛逃，脱离他的控制，正如康熙所料。
但康熙很显然低估了噶尔丹的生存能力，在入冬前，噶尔丹已经赶到萨克萨图古时克，这里野兽很多，解决了噶尔丹生计上的困难。噶尔丹的流浪军团居然在这里渡过了严寒的冬天。
康熙等了很久，始终没有等到噶尔丹，不过他等到了噶尔丹的使者寨桑格垒，这人是噶尔丹营帐中为数不多的外交高手，多次跟清廷打交道。使者表示噶尔丹愿意投降。康熙则表示噶尔丹必须亲自来投降，康熙给噶尔丹七十天的时间，如果七十天后噶尔丹没有来，即将发大军征剿。
噶尔丹是个不折不扣的顽固派，从没真心打算投降。当时，噶尔丹的部属大多主张投降清廷，大家都说这个森林里野兽虽多，但是我们来了以后，野兽都惊骇四散，以后没法维持生计了。
噶尔丹沉默无语，丹济拉等人劝他投降，噶尔丹都不同意。噶尔丹不仅不投降，还派遣使者去找康熙，让康熙归还以前投靠清朝的人。结果，这个使者不仅没有完成使命，反而举家投奔康熙。噶尔丹已经众叛亲离，虽然已经走上了穷途末路，但噶尔丹还是决定要与清廷对抗到底。
到了这地步，连最忠于噶尔丹的丹济拉也脱离他，噶尔丹两次召他，他都不理睬。他派人去召另一个亲信杜哈尔阿拉布坦，结果杜哈尔阿拉布坦反而抢走了来人的马驼。部族中的人散的散，背叛的背叛，有的人甚至配合清廷追剿噶尔丹，噶尔丹的侄儿甚至想抓住噶尔丹向清廷邀功。
面对这种处境，噶尔丹即使不死，也难成气候了。就在康熙从宁夏坐船返京的途中，收到费扬古的奏章：噶尔丹已死。
关于噶尔丹之死有不同说法，有的说是病死，有的说是自杀。费扬古和噶尔丹的手下都说是病死，但康熙对此很怀疑，认为噶尔丹是自杀。只有自杀，才能突出康熙在政治上的胜利，康熙想证明是自己击败了这个对手的生存意志，而不是什么疾病。
回京后，皇太子举行了盛大的欢迎仪式，文武百官在德胜门外跪迎凯旋的皇帝。
康熙三十七年（1698年）九月十二日，噶尔丹的遗骸被运送到北京，悬挂在城门外示众。不久，依照吴三桂的例子，挫骨扬灰，以警后来者。
这次战役不仅维护了清廷内部的稳定，也扩展了清帝国的领土，清朝将边境线延伸到阿尔泰山一带，并将广阔的喀尔喀蒙古正式纳入版图中，清帝国的领土达到一千三百多万平方公里。